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基于生物信息学与分子结构的SARS冠状病毒主蛋白酶(SARS CoV M^(pro))多肽类抑制剂研究: 1; 作者孙浩李大鹏 +1 位作者谢军民杜奇石《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2006年第2期10-12,共3页; 用冠状病毒基因解析软件系统ZCURVE_CoV 2.0,从SARS冠状病毒(TOR2,NC_004718)的RNA基因序列出发,搜索出含有SARS冠状病毒主蛋白酶(SARS CoV Mpro)真实剪切位点的11个八肽,运用分子叠合和分子对接的方法,对11个八肽进行了分析,证明这11... 展开更多; 关键词 SARS 冠状病毒主蛋白酶多肽; 在线阅读下载PDF 职称材料

HIV蛋白酶多肽抑制剂的理论研究被引量：4: 2; 作者高慧高维娜 +5 位作者李云徐为人李娜蒋志勤杜奇石魏冬青《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期6-10,共5页; 艾滋病病毒的发现距今已有二十多年的历史了.它仍然以很快的速度在全球范围速蔓延.研发抗艾滋病药物是当代药学的重大课题之一.在以往研究的基础上,我们利用分子叠合和分子对接这两种分子模拟手段,把从PDB数据库中得到的与HIV蛋白酶结合... 展开更多; 关键词 HIV 蛋白酶多肽抑制剂分子模拟; 在线阅读下载PDF 职称材料

蛋白质中氨基酸间的相关性研究被引量：2: 3; 作者王树青杜奇石 +1 位作者魏冬青李爱秀《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2004年第2期12-15,共4页; 计算和分析了4种类型(α型、β型、α/β型和α+β型)共计204个蛋白质中的20种氨基酸间的相关性.研究发现,氨基酸之间的相关性可分为强正相关、强负相关、弱相关和不相关.作为蛋白质的建筑构件,20种氨基酸在不同类型的蛋白质中的相关性... 展开更多; 关键词氨基酸蛋白质结构生物信息学化学计量学; 在线阅读下载PDF 职称材料

四聚甲基锂Li_4(CH_3)_4的电子结构的量子化学研究被引量：1: 4; 作者刘亨杜奇石 +1 位作者孙玉彬王树青《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2004年第2期9-11,共3页; 用Gaussian98W程序对四聚甲基锂Li4(CH3)4的电子结构作了量子化学计算,根据分子轨道能级、电子密度集居数分析、原子电荷、化学键键级等对Li4(CH3)4的缺电子多中心键的特点进行了理论解释.计算表明在Li4(CH3)4中每个碳原子与4个锂原子... 展开更多; 关键词金属有机化合物 5中心2电子键分子轨道理论量子化学; 在线阅读下载PDF 职称材料

依据氨基酸残基的相关性预测蛋白质的结构类型被引量：5: 5; 作者王树青刘红 +1 位作者杜奇石魏冬青《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第5期498-502,共5页; 作为蛋白质的建筑构件,各种类型的蛋白质的20种氨基酸残基之间存在着特定的相互关联,反映了氨基酸残基之间的制约性,并有深刻的物理和化学的内在因素.某些氨基酸残基对之间的相关系数可以作为一种类型的蛋白质区别于其它类型蛋白质的特... 展开更多; 关键词氨基酸残基蛋白质相关性系数正确率欧几里德距离法生物信息学分子生物学生物技术; 在线阅读下载PDF 职称材料

(R)-N-[[3-[3-氟-4-吗啉基]苯基]-2-氧代-5-噁唑烷基]甲醇的合成被引量：3: 6; 作者李云黄长江 +5 位作者高慧高维娜刘登科徐为人杜奇石魏冬青《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2005年第4期13-15,共3页; 利奈唑酮是新上市的一种口恶唑烷酮类全合成抗菌药,本研究对其关键中间体(R)-N-[[3-[3-氟-4-吗啉基]苯基]-2-氧代-5口-恶唑烷基]甲醇(1)的合成方法做了改进.合成3-氟-4-吗啉基硝基苯时,用价廉易得的三乙胺代替二异丙基乙胺,反应时间由72... 展开更多; 关键词噁唑烷酮利奈唑酮工艺改进; 在线阅读下载PDF 职称材料

分子亲脂-亲水性的量子化学描述(Ⅰ)——分子的亲脂和亲水表面被引量：2: 7; 作者杜奇石魏冬青李爱秀《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2004年第9期1706-1710,共5页; 给出基于分子结构的“启发式”亲脂 -亲水势 HMLP ( Heuristic molecular lipophilicity-hydrophilicitypotential)的理论分析和有说服力的算例 .用量子化学计算其分子表面的静电势 V( r)的分布 ,通过与周围原子表面静电势的比较 ,构造... 展开更多; 关键词亲脂-亲水势(HMLP) 分子模拟生物信息学药物分子设计量子化学; 在线阅读下载PDF 职称材料

氨基酸主成分分析法及在蛋白质结构预测中的应用被引量：1: 8; 作者谢军民杜奇石 +2 位作者王树青李大鹏孙浩《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2005年第1期1-5,共5页; 用化学计量学的主成分分析(PCA)法计算和分析了4种类型(α型、β型、α/β型和α+β型)204个蛋白质的20种氨基酸在主成分中的贡献.研究发现,20种氨基酸在4种类型蛋白质的主成分中的贡献有明显的不同.氨基酸在主成分中的贡献体现了4种类... 展开更多; 关键词氨基酸蛋白质结构主成分分析(PCA) 生物信息学; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于生物信息学与分子结构的SARS冠状病毒主蛋白酶(SARS CoV M^(pro))多肽类抑制剂研究: 1; 作者孙浩李大鹏谢军民杜奇石; 机构天津师范大学生物信息与药物开发研究所; 出处《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2006年第2期10-12,共3页; 基金天津市科委基础科学重点项目(033801911); 文摘用冠状病毒基因解析软件系统ZCURVE_CoV 2.0,从SARS冠状病毒(TOR2,NC_004718)的RNA基因序列出发,搜索出含有SARS冠状病毒主蛋白酶(SARS CoV Mpro)真实剪切位点的11个八肽,运用分子叠合和分子对接的方法,对11个八肽进行了分析,证明这11个八肽有相似的活性,而且11个八肽中,op4的活性最高.分析认为,op4有望成为抗SARS药物的理想前体.; 关键词 SARS 冠状病毒主蛋白酶多肽; Keywords SARS coronavirus main protease multipeptid; 分类号 R965.1 [医药卫生—药理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名HIV蛋白酶多肽抑制剂的理论研究被引量：4: 2; 作者高慧高维娜李云徐为人李娜蒋志勤杜奇石魏冬青; 机构天津师范大学生物信息与药物开发研究所天津药物研究院; 出处《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期6-10,共5页; 基金天津市科委基础科学重点项目(033801911) 计算专项的资助和中国科学院计算机网络信息中心计算化学虚拟试验室和超级计算中心的支持.; 文摘艾滋病病毒的发现距今已有二十多年的历史了.它仍然以很快的速度在全球范围速蔓延.研发抗艾滋病药物是当代药学的重大课题之一.在以往研究的基础上,我们利用分子叠合和分子对接这两种分子模拟手段,把从PDB数据库中得到的与HIV蛋白酶结合的12个肽类分子和已经上市的抗艾滋病的药物Saquinavir做比较.根据结构相同或相近的分子具有相同的活性原理,运用分子叠合初部判断分子活性,特别是药效团的特征比对揭示了分子活性的原因,为进一步的药物设计奠定了良好的基础.进而采用分子对接的分子模拟方法对这12个肽类分子的活性构象进行了深入的分析,预测出了这12个分子对HIV病毒蛋白酶的不同抑制作用.研究发现:P01、P05、P09、P12可能与已知药物Saquinavir在与HIV蛋白酶结合时具有相似的活性,其中P9的活性最强,有望成为抗HIV药物的理想前体,为下一步的HIV药物的设计研究提供了理论依据.; 关键词 HIV 蛋白酶多肽抑制剂分子模拟; Keywords HIV Protease, peptide inhibitors, molecular simulations; 分类号 Q6 [生物学—生物物理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名蛋白质中氨基酸间的相关性研究被引量：2: 3; 作者王树青杜奇石魏冬青李爱秀; 机构天津师范大学生物信息与药物开发研究所; 出处《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2004年第2期12-15,共4页; 基金国家自然科学基金资助项目(20373048) 天津市科委基础科学重点资助项目(033801911); 文摘计算和分析了4种类型(α型、β型、α/β型和α+β型)共计204个蛋白质中的20种氨基酸间的相关性.研究发现,氨基酸之间的相关性可分为强正相关、强负相关、弱相关和不相关.作为蛋白质的建筑构件,20种氨基酸在不同类型的蛋白质中的相关性反映了这些建筑构件间的匹配规则,代表了蛋白质的结构特征.本文分析了部分氨基酸间的相关性与蛋白质结构间的联系,从物理和化学性质上解释了氨基酸相关性的起源.; 关键词氨基酸蛋白质结构生物信息学化学计量学; Keywords amino acid protein structure bioinformatics chemometrics; 分类号 O629.7 [理学—有机化学] Q517 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名四聚甲基锂Li_4(CH_3)_4的电子结构的量子化学研究被引量：1: 4; 作者刘亨杜奇石孙玉彬王树青; 机构滨州师范高等专科学校天津师范大学生物信息与药物开发研究所; 出处《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2004年第2期9-11,共3页; 基金国家自然科学基金资助项目(20373048) 天津市科委基础科学重点资助项目(023618211); 文摘用Gaussian98W程序对四聚甲基锂Li4(CH3)4的电子结构作了量子化学计算,根据分子轨道能级、电子密度集居数分析、原子电荷、化学键键级等对Li4(CH3)4的缺电子多中心键的特点进行了理论解释.计算表明在Li4(CH3)4中每个碳原子与4个锂原子形成化学键,与一个距离较远的锂原子形成化学键的键级高于与3个距离较近的锂原子的键级,生成不对等的5中心2电子键(5c-2e);四聚甲基锂中Li-C键的平均键级是0.3749,平均键能为132.1kJ/mol.; 关键词金属有机化合物 5中心2电子键分子轨道理论量子化学; Keywords metal organic compound 5-center 2-electron bond molecular orbital theory quantum Chemistry; 分类号 O627.11 [理学—有机化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名依据氨基酸残基的相关性预测蛋白质的结构类型被引量：5: 5; 作者王树青刘红杜奇石魏冬青; 机构天津师范大学生物信息与药物开发研究所辽宁大学物理系; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第5期498-502,共5页; 基金国家自然科学基金(20373048) 天津市科委基础科学(023618211)资助项目~~; 文摘作为蛋白质的建筑构件,各种类型的蛋白质的20种氨基酸残基之间存在着特定的相互关联,反映了氨基酸残基之间的制约性,并有深刻的物理和化学的内在因素.某些氨基酸残基对之间的相关系数可以作为一种类型的蛋白质区别于其它类型蛋白质的特征,用于蛋白质结构类型的预测.研究了4种类型的蛋白质204个样品的氨基酸残基对的相关性系数,找出了可作为蛋白质结构类型特征的氨基酸残基的相关对,并用于蛋白质结构类型的预测,对于α型、β型、α/β型和α+β型蛋白质的204个蛋白质样品的交叉测试,正确率分别为94%、89%、79%和89%,平均为88%,高于简单距离法和欧几里德距离法.; 关键词氨基酸残基蛋白质相关性系数正确率欧几里德距离法生物信息学分子生物学生物技术; Keywords correlation of amino acids prediction of protein structure bioinformatics; 分类号 O629 [理学—有机化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名(R)-N-[[3-[3-氟-4-吗啉基]苯基]-2-氧代-5-噁唑烷基]甲醇的合成被引量：3: 6; 作者李云黄长江高慧高维娜刘登科徐为人杜奇石魏冬青; 机构天津药物研究院天津师范大学生物信息与药物开发研究所; 出处《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2005年第4期13-15,共3页; 基金天津市科委基础科学重点资助项目(033801911); 文摘利奈唑酮是新上市的一种口恶唑烷酮类全合成抗菌药,本研究对其关键中间体(R)-N-[[3-[3-氟-4-吗啉基]苯基]-2-氧代-5口-恶唑烷基]甲醇(1)的合成方法做了改进.合成3-氟-4-吗啉基硝基苯时,用价廉易得的三乙胺代替二异丙基乙胺,反应时间由72h缩短到6h;合成3-氟-4-吗啉基苯胺时,将溶媒改为丙酮,采用Pd/C(10%)还原,反应液直接与氯甲酸苄酯反应制得N-苄氧羰基-3-氟-4-吗啉基苯胺,实现了两步合一,收率提高到93.2%;合成(1)时,反应温度提高到-50℃左右,实验条件较文献方法相对温和.; 关键词噁唑烷酮利奈唑酮工艺改进; Keywords oxazolidinone linezolid process modification; 分类号 O6 [理学—化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名分子亲脂-亲水性的量子化学描述(Ⅰ)——分子的亲脂和亲水表面被引量：2: 7; 作者杜奇石魏冬青李爱秀; 机构天津师范大学生物信息与药物开发研究所; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2004年第9期1706-1710,共5页; 基金国家自然科学基金(批准号:20373048) 天津科委重点科学项目(批准号:033801911)资助.; 文摘给出基于分子结构的“启发式”亲脂 -亲水势 HMLP ( Heuristic molecular lipophilicity-hydrophilicitypotential)的理论分析和有说服力的算例 .用量子化学计算其分子表面的静电势 V( r)的分布 ,通过与周围原子表面静电势的比较 ,构造表达分子静电势的极性和大小的函数 L( r) .亲脂势 L( r)保留了静电势 V( r)描述分子静电作用的能力 ,并把应用范围扩展到疏水性的描述 .HMLP不使用原子的经验参数 ,但在 L( r)的构造中使用了经验的函数形式 .经参数化和指标化后 ,HMLP有望用于蛋白质结构与功能的研究和药物分子配体与生物大分子受体结合自由能的估算 .; 关键词亲脂-亲水势(HMLP) 分子模拟生物信息学药物分子设计量子化学; Keywords Lipophilicity-hydrophilicity potential(HMLP) Molecular simulation Bioinformatics Design of drug molecule Quantum chemistry; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名氨基酸主成分分析法及在蛋白质结构预测中的应用被引量：1: 8; 作者谢军民杜奇石王树青李大鹏孙浩; 机构天津师范大学生物信息与药物开发研究所; 出处《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2005年第1期1-5,共5页; 基金国家自然科学基金资助项目(20373048) 天津市科委基础科学面上资助项目(023618211); 文摘用化学计量学的主成分分析(PCA)法计算和分析了4种类型(α型、β型、α/β型和α+β型)204个蛋白质的20种氨基酸在主成分中的贡献.研究发现,20种氨基酸在4种类型蛋白质的主成分中的贡献有明显的不同.氨基酸在主成分中的贡献体现了4种类型蛋白质的结构特征,有深刻的物理和化学的内在原因.我们把氨基酸的主成分分析法应用于蛋白质结构类型的预测,对4种类型的蛋白质都取得了满意的结果.使用LOO(leaveoneout)检验法,4种类型蛋白质的预测正确率分别为:76.9%(α型)、96.7%(β型)、82.2%(α/β型)和78.3%(α+β型),204个蛋白质的整体正确率为84.3%,高于以氨基酸组成为基础的简单距离和欧几里德距离等方法.; 关键词氨基酸蛋白质结构主成分分析(PCA) 生物信息学; Keywords amino acids protein structure principal component analysis (PCA) bioinformatics; 分类号 O629.71 [理学—有机化学] Q517 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于生物信息学与分子结构的SARS冠状病毒主蛋白酶(SARS CoV M^(pro))多肽类抑制剂研究	孙浩李大鹏谢军民杜奇石	《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS	2006	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	HIV蛋白酶多肽抑制剂的理论研究	高慧高维娜李云徐为人李娜蒋志勤杜奇石魏冬青	《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心	2006	4	在线阅读下载PDF 职称材料
3	蛋白质中氨基酸间的相关性研究	王树青杜奇石魏冬青李爱秀	《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS	2004	2	在线阅读下载PDF 职称材料
4	四聚甲基锂Li_4(CH_3)_4的电子结构的量子化学研究	刘亨杜奇石孙玉彬王树青	《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS	2004	1	在线阅读下载PDF 职称材料
5	依据氨基酸残基的相关性预测蛋白质的结构类型	王树青刘红杜奇石魏冬青	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2004	5	在线阅读下载PDF 职称材料
6	(R)-N-[[3-[3-氟-4-吗啉基]苯基]-2-氧代-5-噁唑烷基]甲醇的合成	李云黄长江高慧高维娜刘登科徐为人杜奇石魏冬青	《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS	2005	3	在线阅读下载PDF 职称材料
7	分子亲脂-亲水性的量子化学描述(Ⅰ)——分子的亲脂和亲水表面	杜奇石魏冬青李爱秀	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2004	2	在线阅读下载PDF 职称材料
8	氨基酸主成分分析法及在蛋白质结构预测中的应用	谢军民杜奇石王树青李大鹏孙浩	《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS	2005	1	在线阅读下载PDF 职称材料