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基于生物信息学分析的肝细胞癌预后相关基因的筛选
被引量：
2
1
作者
孙厚芳
颜次慧
+2 位作者
吴磊
李百会
杨莉莉
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期431-439,共9页
目的:利用生物信息学方法筛选出肝细胞癌(HCC)组织与正常肝组织之间差异表达基因(DEG),从转录组层面分析这些候选基因参与HCC发生发展的内在机制及其与HCC患者预后相关基因的临床意义。方法:分别从基因表达数据库(GEO)及人类癌症基因组...
目的:利用生物信息学方法筛选出肝细胞癌(HCC)组织与正常肝组织之间差异表达基因(DEG),从转录组层面分析这些候选基因参与HCC发生发展的内在机制及其与HCC患者预后相关基因的临床意义。方法:分别从基因表达数据库(GEO)及人类癌症基因组图谱(TCGA)网站中下载GSE45267、GSE64041、GSE84402和TCGA中的基因表达谱,R软件和Bioconductor安装包用于筛选HCC组织与癌旁组织之间DEG,然后对这些DEG进行基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析、蛋白质相互作用(PPI)网络分析及生存分析。结果:共筛选出46个上调基因和154个下调基因,GO富集分析显示,这些DEG主要与细胞分裂、增殖、周期调控、氧化还原过程及某些代谢途径密切相关;KEGG通路分析显示DEG主要与色氨酸、视黄醇等代谢途径及P53通路有关。在TCGA数据集中,6个上调的中枢基因CCNA2、CDK1、DLGAP5、KIF20A、KPNA2、MELK的过表达被认为与HCC患者预后呈明显负相关(均P<0.01)。结论:筛选出的一组与预后负相关的中枢上调基因对HCC诊断和治疗的临床研究可能具有潜在的指导价值。
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关键词
肝细胞癌
生物信息分析
预后相关基因
基因本体分析
京都基因与基因组百科全书分析
蛋白质相互作用网络
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题名
基于生物信息学分析的肝细胞癌预后相关基因的筛选
被引量：
2
1
作者
孙厚芳
颜次慧
吴磊
李百会
杨莉莉
机构
天津医科大学肿瘤医院生物技术研究室国家肿瘤临床医学研究中心天津市“肿瘤防治”重点实验室天津市恶性肿瘤临床医学研究中心天津市肿瘤免疫与生物治疗重点实验室
出处
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期431-439,共9页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.81572265)~~
文摘
目的:利用生物信息学方法筛选出肝细胞癌(HCC)组织与正常肝组织之间差异表达基因(DEG),从转录组层面分析这些候选基因参与HCC发生发展的内在机制及其与HCC患者预后相关基因的临床意义。方法:分别从基因表达数据库(GEO)及人类癌症基因组图谱(TCGA)网站中下载GSE45267、GSE64041、GSE84402和TCGA中的基因表达谱,R软件和Bioconductor安装包用于筛选HCC组织与癌旁组织之间DEG,然后对这些DEG进行基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析、蛋白质相互作用(PPI)网络分析及生存分析。结果:共筛选出46个上调基因和154个下调基因,GO富集分析显示,这些DEG主要与细胞分裂、增殖、周期调控、氧化还原过程及某些代谢途径密切相关;KEGG通路分析显示DEG主要与色氨酸、视黄醇等代谢途径及P53通路有关。在TCGA数据集中,6个上调的中枢基因CCNA2、CDK1、DLGAP5、KIF20A、KPNA2、MELK的过表达被认为与HCC患者预后呈明显负相关(均P<0.01)。结论:筛选出的一组与预后负相关的中枢上调基因对HCC诊断和治疗的临床研究可能具有潜在的指导价值。
关键词
肝细胞癌
生物信息分析
预后相关基因
基因本体分析
京都基因与基因组百科全书分析
蛋白质相互作用网络
Keywords
hepatocellular carcinoma
bioinformatical analysis
prognostic gene
gene ontology analysis
Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes analysis
protein-protein interaction network
分类号
R735.7 [医药卫生—肿瘤]
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作者
出处
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1
基于生物信息学分析的肝细胞癌预后相关基因的筛选
孙厚芳
颜次慧
吴磊
李百会
杨莉莉
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
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