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THP1细胞过表达腺病毒介导的PEDF抑制炎症过程中关键基因的鉴别
1
作者
张媛媛
吴红莲
+2 位作者
徐嫚鸿
李筱荣
邵彦
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期887-897,共11页
目的鉴别人单核细胞白血病细胞THP1过表达腺病毒介导的色素上皮衍生因子(PEDF)抑制炎症过程中的关键基因。方法对THP1细胞过表达腺病毒介导的PEDF进行蛋白质组学分析。将THP1细胞分为GFP组和PEDF组,分别用GFP腺病毒和PEDF腺病毒感染细胞...
目的鉴别人单核细胞白血病细胞THP1过表达腺病毒介导的色素上皮衍生因子(PEDF)抑制炎症过程中的关键基因。方法对THP1细胞过表达腺病毒介导的PEDF进行蛋白质组学分析。将THP1细胞分为GFP组和PEDF组,分别用GFP腺病毒和PEDF腺病毒感染细胞;将THP1细胞分为甘露醇组、高糖组、高糖+GFP组和高糖+PEDF组,分别用D-甘露醇、D-无水葡萄糖、GFP腺病毒和PEDF腺病毒培养4、4、3和3 d;将Pedf^(-/-)小鼠采用随机数表法分为Pedf^(-/-)组和Pedf^(-/-)糖尿病组,每组12只,另取10只C57BL/6小鼠为对照组,取小鼠视网膜进行实验。采用实时荧光定量PCR验证差异表达基因(DEGs)的mRNA在视网膜组织和THP1细胞系中的表达水平。与GSE5504数据集进行DEGs交集,使用String数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,Cytoscape软件及MCODE应用程序提取PPI网络模块,与Set1数据集取交集并找到关键基因。采用Western blot在THP1细胞和Pedf^(-/-)小鼠中验证关键基因的表达水平。结果通过蛋白质组学和生物信息学分析,筛选出Set1数据集中的105个差异蛋白。实时荧光定量PCR结果显示,PEDF组细胞中ARF5、TCF25和KCTD9 mRNA相对表达量明显高于GFP组,RNPS1、CSF1R、OGA、IBA57和MGST2 mRNA相对表达量明显低于GFP组,差异均有统计学意义(均P<0.001)。对照组、Pedf^(-/-)组和Pedf^(-/-)糖尿病组视网膜组织中表达显著下调的TCF25、KCTD9、ARF5 mRNA和表达显著上调的CSF1R、RNPS1、IBA57 mRNA相对表达量总体比较,差异均有统计学意义(F=64.057、27.561、37.179、65.757、44.024、34.248,均P<0.001);与对照组相比,Pedf^(-/-)组TCF25、KCTD9、ARF5 mRNA相对表达量降低,CSF1R、RNPS1 mRNA相对表达量升高,差异均有统计学意义(均P<0.05);Pedf^(-/-)糖尿病组TCF25、KCTD9、ARF5 mRNA相对表达量降低,CSF1R、RNPS1、IBA57 mRNA相对表达量升高,差异均有统计学意义(均P<0.05)。与Pedf^(-/-)组相比,Pedf^(-/-)糖尿病组TCF25 mRNA相对表达量降低,CSF1R、RNPS1和IBA57 mRNA相对表达量升高,差异均有统计学意义(均P<0.05)。Set1数据集与GSE5504数据集交集后得到20个差异蛋白,主要富集于基因表达的正向调控、ERK1和ERK2级联的正向调节、胰岛素分泌的正向调节参与细胞对葡萄糖刺激的反应和抗原加工与递呈通路上。通过构建PPI网络和Cytoscape软件中MCODE插件筛选出关键基因CSF 1 R。Western blot结果显示,高糖组和高糖+GFP组中细胞CSF1R相对表达量分别为1.961±0.085和1.000±0.069,分别高于甘露醇组的1.000±0.072和高糖+PEDF组的0.469±0.079,差异均有统计学意义(t=14.940、8.765,均P<0.01);Pedf^(-/-)糖尿病组中视网膜CSF1R相对表达量为1.633±0.192,高于Pedf^(-/-)组的1.000±0.050,差异有统计学意义(t=5.537,P<0.01)。结论CSF 1 R可能为THP1细胞过表达腺病毒介导的PEDF抑制炎症过程中的关键基因和治疗靶点。
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关键词
糖尿病视网膜病变
炎症
色素上皮衍生因子
生物信息学
CSF1R基因
THP1细胞
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职称材料
题名
THP1细胞过表达腺病毒介导的PEDF抑制炎症过程中关键基因的鉴别
1
作者
张媛媛
吴红莲
徐嫚鸿
李筱荣
邵彦
机构
天津医科大学眼科医院、天津医科大学眼视光学院、天津医科大学眼科研究所、天津市视网膜功能与疾病重点实验室、天津市眼科学与视觉科学国际联合研究中心
出处
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期887-897,共11页
基金
国家自然科学基金青年项目(81900891)。
文摘
目的鉴别人单核细胞白血病细胞THP1过表达腺病毒介导的色素上皮衍生因子(PEDF)抑制炎症过程中的关键基因。方法对THP1细胞过表达腺病毒介导的PEDF进行蛋白质组学分析。将THP1细胞分为GFP组和PEDF组,分别用GFP腺病毒和PEDF腺病毒感染细胞;将THP1细胞分为甘露醇组、高糖组、高糖+GFP组和高糖+PEDF组,分别用D-甘露醇、D-无水葡萄糖、GFP腺病毒和PEDF腺病毒培养4、4、3和3 d;将Pedf^(-/-)小鼠采用随机数表法分为Pedf^(-/-)组和Pedf^(-/-)糖尿病组,每组12只,另取10只C57BL/6小鼠为对照组,取小鼠视网膜进行实验。采用实时荧光定量PCR验证差异表达基因(DEGs)的mRNA在视网膜组织和THP1细胞系中的表达水平。与GSE5504数据集进行DEGs交集,使用String数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,Cytoscape软件及MCODE应用程序提取PPI网络模块,与Set1数据集取交集并找到关键基因。采用Western blot在THP1细胞和Pedf^(-/-)小鼠中验证关键基因的表达水平。结果通过蛋白质组学和生物信息学分析,筛选出Set1数据集中的105个差异蛋白。实时荧光定量PCR结果显示,PEDF组细胞中ARF5、TCF25和KCTD9 mRNA相对表达量明显高于GFP组,RNPS1、CSF1R、OGA、IBA57和MGST2 mRNA相对表达量明显低于GFP组,差异均有统计学意义(均P<0.001)。对照组、Pedf^(-/-)组和Pedf^(-/-)糖尿病组视网膜组织中表达显著下调的TCF25、KCTD9、ARF5 mRNA和表达显著上调的CSF1R、RNPS1、IBA57 mRNA相对表达量总体比较,差异均有统计学意义(F=64.057、27.561、37.179、65.757、44.024、34.248,均P<0.001);与对照组相比,Pedf^(-/-)组TCF25、KCTD9、ARF5 mRNA相对表达量降低,CSF1R、RNPS1 mRNA相对表达量升高,差异均有统计学意义(均P<0.05);Pedf^(-/-)糖尿病组TCF25、KCTD9、ARF5 mRNA相对表达量降低,CSF1R、RNPS1、IBA57 mRNA相对表达量升高,差异均有统计学意义(均P<0.05)。与Pedf^(-/-)组相比,Pedf^(-/-)糖尿病组TCF25 mRNA相对表达量降低,CSF1R、RNPS1和IBA57 mRNA相对表达量升高,差异均有统计学意义(均P<0.05)。Set1数据集与GSE5504数据集交集后得到20个差异蛋白,主要富集于基因表达的正向调控、ERK1和ERK2级联的正向调节、胰岛素分泌的正向调节参与细胞对葡萄糖刺激的反应和抗原加工与递呈通路上。通过构建PPI网络和Cytoscape软件中MCODE插件筛选出关键基因CSF 1 R。Western blot结果显示,高糖组和高糖+GFP组中细胞CSF1R相对表达量分别为1.961±0.085和1.000±0.069,分别高于甘露醇组的1.000±0.072和高糖+PEDF组的0.469±0.079,差异均有统计学意义(t=14.940、8.765,均P<0.01);Pedf^(-/-)糖尿病组中视网膜CSF1R相对表达量为1.633±0.192,高于Pedf^(-/-)组的1.000±0.050,差异有统计学意义(t=5.537,P<0.01)。结论CSF 1 R可能为THP1细胞过表达腺病毒介导的PEDF抑制炎症过程中的关键基因和治疗靶点。
关键词
糖尿病视网膜病变
炎症
色素上皮衍生因子
生物信息学
CSF1R基因
THP1细胞
Keywords
Diabetic retinopathy
Inflammation
Pigment epithelium-derived factor
Bioinformatics
CSF1R gene
THP1 cell
分类号
R587.2 [医药卫生—内分泌]
R774.1 [医药卫生—眼科]
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作者
出处
发文年
被引量
操作
1
THP1细胞过表达腺病毒介导的PEDF抑制炎症过程中关键基因的鉴别
张媛媛
吴红莲
徐嫚鸿
李筱荣
邵彦
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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