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如何工程化生物学 被引量:3
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作者 肖文海 周嗣杰 +1 位作者 王颖 元英进 《化工进展》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1827-1836,共10页
随着化学学科的发展和应用需求,化学工程应运而生;随着生物学的发展和工程化需求,代表着"生物学第三次革命"的合成生物学也随之诞生。合成生物学,即生物学的工程化,它从工程学角度设计创建元件、器件或模块,以及通过这些元器... 随着化学学科的发展和应用需求,化学工程应运而生;随着生物学的发展和工程化需求,代表着"生物学第三次革命"的合成生物学也随之诞生。合成生物学,即生物学的工程化,它从工程学角度设计创建元件、器件或模块,以及通过这些元器件改造和优化现有自然生物体系,但是如何对复杂生命进行工程化一直是合成生物学工作者不断探索的重大科学问题。本文系统地阐释了迄今为止工程化生物学的4个特点:(1)模块化和标准化;(2)正交性;(3)鲁棒性;(4)适配性及其对应研究进展。最后从"设计-构建-测试"循环的研究模式入手提出了今后如何进一步有效地工程化生物学。 展开更多
关键词 合成生物学 模块化 正交性 鲁棒性 适配性 “设计-构建-检测”循环
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链霉菌沉默生物合成基因簇调控的研究进展 被引量:4
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作者 陈瑞琦 梁冬梅 +2 位作者 刘家亨 乔建军 财音青格乐 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 2020年第12期1201-1207,共7页
本文以天蓝色链霉菌(Streptomyces coelicolor)中黄色色素coelimycin生物合成调控及开发策略的研究进展为代表,介绍了链霉菌中沉默生物合成基因簇调控激活的新进展,为链霉菌天然产物基因簇的挖掘和新次级代谢产物的发现提供研究思路。
关键词 链霉菌 次级代谢 沉默生物合成基因簇 黄色色素coelimycin 转录调控
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鼠伤寒沙门氏菌群体感应干扰策略研究进展
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作者 肖雪 张红蕊 +3 位作者 张鹏 乔建军 财音青格乐 吴胜波 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第2期382-389,共8页
鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella enterica serovar Typhimurium)作为常见的食源性致病菌,由于其耐药性问题而严重危害公共健康。研究表明干扰致病菌的群体感应(quorum sensing,QS)系统是解决其耐药性问题的有效方案之一。QS是细胞间的一种... 鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella enterica serovar Typhimurium)作为常见的食源性致病菌,由于其耐药性问题而严重危害公共健康。研究表明干扰致病菌的群体感应(quorum sensing,QS)系统是解决其耐药性问题的有效方案之一。QS是细胞间的一种通讯机制,涉及多种代谢活动,例如生物被膜形成、运动性、毒力因子、黏附和侵袭等过程。为了系统地总结鼠伤寒沙门氏菌的群体感应及其相应的干扰策略,该文首先介绍了S.Typhimurium包含的N-高丝氨酸内酯类、2型自诱导分子、3型自诱导分子、吲哚和扩散信号分子等介导的5种QS系统。然后从信号分子合成、胞外运输及反应、与受体蛋白相互作用3方面总结了对不同QS系统的抑制和促进策略。指出了未来QS干扰策略的开发应更多立足于多靶点和多层次的系统网络,以期为解决沙门氏菌耐药性开辟新的思路。 展开更多
关键词 群体感应干扰 群体感应猝灭 肠道致病菌 抗生素耐药性 生物被膜 毒力因子
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微生物代谢工程发酵姜黄素研究进展 被引量:4
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作者 刘彬 赵莹 +1 位作者 于思礼 赵广荣 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期254-260,268,共8页
姜黄素类化合物(Curcuminoids)是姜科植物(Curcuma Longa Linn)中的一类二酮化合物,作为一种天然色素,广泛应用于食品行业。近年来,随着其在肿瘤及癌症治疗和预防方面潜力的逐步证实,姜黄素类化合物的制备显得越发重要。传统的植物提取... 姜黄素类化合物(Curcuminoids)是姜科植物(Curcuma Longa Linn)中的一类二酮化合物,作为一种天然色素,广泛应用于食品行业。近年来,随着其在肿瘤及癌症治疗和预防方面潜力的逐步证实,姜黄素类化合物的制备显得越发重要。传统的植物提取法制备姜黄素,易受限于时间空间和种属差异,且提取工艺复杂,效率和纯度较低。随着合成生物学和代谢工程的发展,在微生物体内重构姜黄素类化合物生物合成途径,通过发酵制备将是一种有潜力的方法。目前,对姜黄素合酶、底盘菌株优化改造等方面,已取得较大进展,该文对此进行了综述。 展开更多
关键词 姜黄素类化合物 姜黄合酶 微生物合成 代谢工程 合成生物学
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酿酒酵母染色体设计与合成研究进展 被引量:7
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作者 徐赫鸣 谢泽雄 +3 位作者 刘夺 吴毅 李炳志 元英进 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期865-876,共12页
随着合成生物学的蓬勃发展,基因组学的研究正在由读取基因组信息拓展到以编写基因组信息为主的合成基因组学时代。2009年,由Jef D.Boeke教授提出的人工合成酵母基因组计划(Sc2.0)旨在合成世界上首个真核生物基因组。在美、中、英、法、... 随着合成生物学的蓬勃发展,基因组学的研究正在由读取基因组信息拓展到以编写基因组信息为主的合成基因组学时代。2009年,由Jef D.Boeke教授提出的人工合成酵母基因组计划(Sc2.0)旨在合成世界上首个真核生物基因组。在美、中、英、法、澳大利亚、新加坡等多国科学家的努力下,目前已经完成1/3的酵母染色体的人工合成。本文从合成基因组学领域的发展历程出发,介绍了Sc2.0计划中酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)染色体设计与合成的最新进展,包括酿酒酵母9号染色体右臂、3号染色体、2号染色体、5号染色体、6号染色体、10号染色体和12号染色体的设计与合成过程,阐述了其各自的合成策略以及生物学意义,以期为合成基因组学的深入开展提供借鉴与参考。 展开更多
关键词 合成基因组学 合成酵母基因组计划(Sc2.0) 合成型酵母染色体
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乳酸链球菌肽的应用及研究进展 被引量:13
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作者 张阳玲 吴昊 +1 位作者 乔建军 李艳妮 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期289-295,共7页
乳酸链球菌肽(Nisin)是由乳酸链球菌产生的具有34个氨基酸的小分子抗菌肽,具有抑菌效果好、热稳定性好及安全无毒等优点。Nisin能够抑制多种引起食品腐败的革兰氏阳性菌的生长,被广泛应用于食品行业,如肉制品、乳制品及酒精饮料的防腐... 乳酸链球菌肽(Nisin)是由乳酸链球菌产生的具有34个氨基酸的小分子抗菌肽,具有抑菌效果好、热稳定性好及安全无毒等优点。Nisin能够抑制多种引起食品腐败的革兰氏阳性菌的生长,被广泛应用于食品行业,如肉制品、乳制品及酒精饮料的防腐保鲜中。近年来,越来越多的研究者开始关注Nisin的医用价值,其在抑制癌细胞生长、治疗腹泻以及口腔保健等方面具有巨大的应用前景。该文对Nisin的生物合成、抑菌机制、生产优化及其应用进行了总结,详细介绍了Nisin在食品和医药等方面的应用,并对其未来的研究方向进行了展望。 展开更多
关键词 乳酸链球菌肽 生物合成 抑菌性 产量 食品防腐剂 抗癌
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产蒎烯人工酵母细胞的构建 被引量:8
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作者 陈天华 张若思 +5 位作者 姜国珍 姚明东 刘宏 王颖 肖文海 元英进 《化工学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期179-188,共10页
蒎烯可衍生为高能量密度燃料,但在酿酒酵母中的全生物合成却未见报道。酿酒酵母由于拥有强大的蛋白表达和翻译后修饰系统以及完整的内膜系统,相比于大肠杆菌等原核生物更适于P450等蛋白的表达,因此将酿酒酵母作为宿主细胞,对于蒎烯或者... 蒎烯可衍生为高能量密度燃料,但在酿酒酵母中的全生物合成却未见报道。酿酒酵母由于拥有强大的蛋白表达和翻译后修饰系统以及完整的内膜系统,相比于大肠杆菌等原核生物更适于P450等蛋白的表达,因此将酿酒酵母作为宿主细胞,对于蒎烯或者其他物质实现如"疯狂碳环"的高能量化是至关重要的。本研究在酿酒酵母底盘中表达内源焦磷酸香叶酯合成酶(ERG20)的突变体ERG20ww和火炬松来源的蒎烯合酶(PtPS)构建了蒎烯的合成路径。通过截短PtPS N端2~51位氨基酸残基(tPtPS),蒎烯产量较初始产量(0.329 mg·L^(-1))提高了2.23倍。在过表达异戊二烯焦磷酸异构酶(IDI1)和RNA聚合酶Ш负调控因子(MAF1)的基础上,表达ERG20ww和tPtPS的融合蛋白,蒎烯产量进一步提高了5.16倍。通过将内源基因ERG20启动子原位替换为弱启动子HXT1,下调ERG20的转录,蒎烯的产量提高了26.0%。最终通过调节发酵过程中的培养基pH使蒎烯产量达11.7 mg·L^(-1),较初始产量提高了34.5倍。本研究在酿酒酵母中实现蒎烯的从头合成,并获得已知蒎烯摇瓶水平的最高产量。 展开更多
关键词 代谢工程 合成生物学 蒎烯 酿酒酵母
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常压室温等离子体诱变选育高产核黄素枯草芽孢杆菌 被引量:8
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作者 郭佳欣 张培基 +3 位作者 刘丁玉 洪坤强 陈涛 王智文 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期28-33,共6页
该研究以BS120作为出发菌株,通过常压室温等离子体诱变(atmospheric and room temperature plasma,ARTP)技术进行诱变处理,第一轮以40 mg/L 8-氮鸟嘌呤为筛选拮抗物进行筛选,得到核黄素产量和得率分别提升61.60%和58.12%的菌株BSG1。第... 该研究以BS120作为出发菌株,通过常压室温等离子体诱变(atmospheric and room temperature plasma,ARTP)技术进行诱变处理,第一轮以40 mg/L 8-氮鸟嘌呤为筛选拮抗物进行筛选,得到核黄素产量和得率分别提升61.60%和58.12%的菌株BSG1。第二轮诱变以300 mg/L寡霉素为筛选拮抗物进行筛选,筛选获得菌株BSG3,核黄素产量和得率较BS120分别提升83.59%和78.76%。将核黄素操纵子表达质粒pMX45转入BSG3中,得到菌株BSG5,核黄素产量达到(4467.08±99.47)mg/L,得率为(42.56±1.25)mg/g葡萄糖,较BS120分别提高140.94%和120.52%,展现了良好的核黄素发酵性能和遗传稳定性。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 核黄素 常压室温等离子体诱变 诱变选育 8-氮鸟嘌呤 寡霉素
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高通量筛选技术在菌种进化中的研究进展 被引量:3
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作者 杨祖明 王颖 +1 位作者 姚明东 肖文海 《化工进展》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第5期2402-2412,共11页
菌种进化工程是绿色生物制造的重要策略,利用高效的高通量筛选方法和技术可以快速地获得理想的实用菌株。针对菌种进化工程中的高通量筛选方法,本文重点综述了基于颜色或荧光、基于细胞生长、基于生物传感器以及基于液滴微流体平台等4... 菌种进化工程是绿色生物制造的重要策略,利用高效的高通量筛选方法和技术可以快速地获得理想的实用菌株。针对菌种进化工程中的高通量筛选方法,本文重点综述了基于颜色或荧光、基于细胞生长、基于生物传感器以及基于液滴微流体平台等4个方面的高通量筛选技术的重要进展,同时也介绍了各种高通量筛选技术的应用范围和特点,为研究人员从不同进化文库中获得生理特性或者代谢能力显著提高的目标菌株提供了理论指导,极大地提高进化文库的筛选效率,降低了菌株筛选的时间和成本。最后展望了人工智能、合成生物学以及生物信息学的发展对高通量筛选技术的重要影响,以期提高高通量筛选技术的精度、效率和应用范围,进而加速菌种进化过程和工业化进程。 展开更多
关键词 菌种进化工程 绿色生物制造 高通量筛选 进化文库
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羟基肉桂酰基转移酶的结构、功能与应用 被引量:6
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作者 秦小淯 乔建军 李艳妮 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1058-1066,共9页
羟基肉桂酰基转移酶(hydroxycinnamoyl transferase,HCT)属于植物酰基转移酶家族的一个重要分支,具有“HXXXD”和“DFGWG”两个保守序列,以多种酰基辅酶A(肉桂酰辅酶A、对香豆酰辅酶A、咖啡酰辅酶A、阿魏酰辅酶A和芥子酰辅酶A等)作为酰... 羟基肉桂酰基转移酶(hydroxycinnamoyl transferase,HCT)属于植物酰基转移酶家族的一个重要分支,具有“HXXXD”和“DFGWG”两个保守序列,以多种酰基辅酶A(肉桂酰辅酶A、对香豆酰辅酶A、咖啡酰辅酶A、阿魏酰辅酶A和芥子酰辅酶A等)作为酰基供体,催化多种底物(莽草酸、奎尼酸、4-羟基苯乳酸、龙胆酸和4-羟基苯乙胺等)形成酯类或酰胺化合物。其酰基化产物可改善植物次生代谢产物的理化性质和生物活性,因此HCT被广泛应用于开发生物质能源、改良作物品种和研制抗炎药物,对植物次生代谢产物的合成与后修饰具有重要意义。本文系统介绍了HCT的序列特点、蛋白质结构特征、酰基化反应机制和其在工业、农业及医药行业的应用,并对HCT的未来发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 羟基肉桂酰基转移酶 蛋白质结构 催化机制 底物普适性
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影响多步脱氢酶CrtI功能的关键结构特征探索
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作者 陈琛 王颖 +3 位作者 刘宏 陈艳 姚明东 肖文海 《化工学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期189-198,共10页
在生物体内存在可催化多步连续反应的通用酶,对生物代谢过程具有重要作用。八氢番茄红素脱氢酶(CrtI)作为典型代表,可以催化多步连续脱氢反应,生成番茄红素等具有重要价值的产物。本文以酿酒酵母为底盘研究CrtI的催化功能特征。首先通... 在生物体内存在可催化多步连续反应的通用酶,对生物代谢过程具有重要作用。八氢番茄红素脱氢酶(CrtI)作为典型代表,可以催化多步连续脱氢反应,生成番茄红素等具有重要价值的产物。本文以酿酒酵母为底盘研究CrtI的催化功能特征。首先通过组合设计与筛选番茄红素合成路径中的三种外源酶CrtE、CrtB和CrtI,发现CrtI是主要的限制因素,且三孢布拉氏霉菌来源的CrtI (BtCrtI)表现出优异的催化功能。通过生物信息学与蛋白结构分析发现BtCrtI的S311残基是连接和稳定活性中心结构的关键。随后通过分析该位点的饱和突变结果,揭示了该位点的氨基酸残基类型对活性中心结构和功能的显著作用,为酶的设计和改造提供了新的思路。同时发现CrtI的活性差异未对合成路径中的类胡萝卜素的代谢流造成扰动,表明CrtI是番茄红素的产量和纯度的决定因素。 展开更多
关键词 合成生物学 生物催化 八氢番茄红素脱氢酶 多步脱氢反应 酶的活性中心结构
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基于模糊信息粒化和LSSVM真空玻璃保温性能预测研究 被引量:4
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作者 张亮 王磊 +3 位作者 王元麒 李益红 谭毓银 宋浩 《广西大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2017年第6期2230-2238,共9页
真空玻璃传热过程是非线性复杂的系统。为了研究真空玻璃的保温性能,提出一种基于模糊信息粒化和LSSVM真空玻璃保温性能预测研究的智能检测方法。根据工业现场采集数据,考虑真空玻璃传热过程的选择透过性,将采集的多元样本数据进行模糊... 真空玻璃传热过程是非线性复杂的系统。为了研究真空玻璃的保温性能,提出一种基于模糊信息粒化和LSSVM真空玻璃保温性能预测研究的智能检测方法。根据工业现场采集数据,考虑真空玻璃传热过程的选择透过性,将采集的多元样本数据进行模糊粒化处理,提取各窗口有效的分量信息,建立基于最小二乘支持向量机的真空玻璃保温性能的预测模型,实现对真空玻璃非热源一侧温度平均值和波动范围的联合预测。利用自适应模糊粒子群算法进行迭代,获取更优的模型参数,提高模型的性能。研究结果表明:预测结果在0℃~0.5℃,在一定波动范围内,能够有效预测真空玻璃的保温性能。 展开更多
关键词 真空玻璃 保温性能 模糊粒化 最小二乘支持向量机(LSSVM)
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基于RSSI的无线传感器网络被动式无源感知研究
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作者 冯俞璋 王磊 +3 位作者 王元麒 李益红 谭毓银 宋浩 《广西大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2018年第2期604-611,共8页
为研究无线传感器网络在特定区域内进行感知的表现,在目标区域内部署传感器节点,测出无人状态下和有人进入时各个节点的接收信号强度指示,并用一种基于中值滤波的被动式无源感知算法对结果进行分析。分析结果表明:无线传感器网络对部署... 为研究无线传感器网络在特定区域内进行感知的表现,在目标区域内部署传感器节点,测出无人状态下和有人进入时各个节点的接收信号强度指示,并用一种基于中值滤波的被动式无源感知算法对结果进行分析。分析结果表明:无线传感器网络对部署环境要求不高,它可以应用于诸多不依赖于环境的领域;当有人进入监测区域时,必定会对区域内节点的接收信号产生影响,使接收信号强度有所波动,通过分析这种波动就可以实现感知;采用中值滤波的方式对被动式无源感知算法进行优化,该方法能有效地减少随机性和不稳定性带来的误差影响,使测量值更接近于真实值,也使感知算法的准确度有所提高。 展开更多
关键词 被动式无源感知 接收信号强度指示(RSSI) 波动影响 无线传感器网络(WSN) 中值滤波 感知算法
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