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基于高通量测序分析海带表面细菌群落结构
被引量：
6
1
作者
孙丕海
钱坤
+4 位作者
李晓丽
杨志平
丁鉴锋
孙雪莹
马悦欣
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第1期7-12,共6页
为研究大连登沙河湾和正明寺海带养殖区海带Saccharina japonica表面及其周围海域海水的细菌群落结构,分别于2015年1月、2月和4月,采用Illumina Miseq PE300高通量测序平台对样本基因组DNA的16S r RNA基因V3~V4区PCR扩增片段进行测序分...
为研究大连登沙河湾和正明寺海带养殖区海带Saccharina japonica表面及其周围海域海水的细菌群落结构,分别于2015年1月、2月和4月,采用Illumina Miseq PE300高通量测序平台对样本基因组DNA的16S r RNA基因V3~V4区PCR扩增片段进行测序分析。结果表明:从两个海区健康海带和海水中获得优化序列分别为130 158条和124 658条,海带序列可归为8个门和99个属,海水序列可归为14个门和135个属;在门水平,海带首要优势门为厚壁菌门(>69%),其次为变形菌门、蓝细菌门、放线菌门和拟杆菌门(>1%),海水首要优势门为变形菌门(>46%),其次为厚壁菌门、拟杆菌门、蓝细菌门和放线菌门(>1%);在属水平,海带主要优势属为乳球菌属(>40%)和芽孢杆菌属(>10%),其次为Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属(>3%),海水首要优势属为弧菌属(21.58%)和乳球菌属(28.29%),其次为科尔韦尔氏菌属、弓形杆菌属和亚硫酸杆菌属(>2%)。研究表明,两个海区海带细菌群落组成相似,海带和海水细菌群落组成则明显不同。
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关键词
海带
细菌群落
高通量测序
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职称材料
题名
基于高通量测序分析海带表面细菌群落结构
被引量：
6
1
作者
孙丕海
钱坤
李晓丽
杨志平
丁鉴锋
孙雪莹
马悦欣
机构
大连
海洋
大学海珍品苗种培育基地
大连金普新区海洋与渔业局
大连
海洋
大学农业部北方海水增养殖重点实验室
大连
汇新钛设备开发有限公司
出处
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第1期7-12,共6页
基金
辽宁省自然科学基金资助项目(2015020800)
大连市金州新区海洋与渔业局项目(2014115
2014118)
文摘
为研究大连登沙河湾和正明寺海带养殖区海带Saccharina japonica表面及其周围海域海水的细菌群落结构,分别于2015年1月、2月和4月,采用Illumina Miseq PE300高通量测序平台对样本基因组DNA的16S r RNA基因V3~V4区PCR扩增片段进行测序分析。结果表明:从两个海区健康海带和海水中获得优化序列分别为130 158条和124 658条,海带序列可归为8个门和99个属,海水序列可归为14个门和135个属;在门水平,海带首要优势门为厚壁菌门(>69%),其次为变形菌门、蓝细菌门、放线菌门和拟杆菌门(>1%),海水首要优势门为变形菌门(>46%),其次为厚壁菌门、拟杆菌门、蓝细菌门和放线菌门(>1%);在属水平,海带主要优势属为乳球菌属(>40%)和芽孢杆菌属(>10%),其次为Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属(>3%),海水首要优势属为弧菌属(21.58%)和乳球菌属(28.29%),其次为科尔韦尔氏菌属、弓形杆菌属和亚硫酸杆菌属(>2%)。研究表明,两个海区海带细菌群落组成相似,海带和海水细菌群落组成则明显不同。
关键词
海带
细菌群落
高通量测序
Keywords
Saccharina japonica
bacterial community
high-throughput sequencing
分类号
Q939.1 [生物学—微生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于高通量测序分析海带表面细菌群落结构
孙丕海
钱坤
李晓丽
杨志平
丁鉴锋
孙雪莹
马悦欣
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
6
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