抗原肽与MHC分子相互作用的QSAR模型研究 被引量：9

1

作者 宋哲 刘涛 +2 位作者 刘伟 朱鸣华 王晓钢 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第2期198-205,共8页

分别采用氨基酸序列及氨基酸结构描述符方法定量研究了短肽-MHC(majorhistocompatibilitycomplex)分子结合亲合力的定量构效关系(QSAR)模型,用这两个模型对短肽与HLA-A*0201分子结合的805个预测样本进行了预测,预测准确度分别达到66.8%... 分别采用氨基酸序列及氨基酸结构描述符方法定量研究了短肽-MHC(majorhistocompatibilitycomplex)分子结合亲合力的定量构效关系(QSAR)模型,用这两个模型对短肽与HLA-A*0201分子结合的805个预测样本进行了预测,预测准确度分别达到66.8%和65.5%.采用了去除“劣点”方法检验模型的鲁棒性,结果证明两个模型都具有良好的鲁棒性.通过改变两个模型的参数,对氨基酸残基个数为8或10的CTL(cytotoxicyTlymphocyte)表位进行预测. 展开更多

关键词 CTL表位 氨基酸结构描述符 定量构效关系 偏最小二乘法

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MgSiO_3钙钛矿高温高压特性的第一性原理研究 被引量：5

2

作者 吴迪 赵纪军 +3 位作者 姬广富 刘红 龚自正 郭永新 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期1123-1129,共7页

本文采用第一性原理方法,计算了MgSiO_3钙钛矿在零温和0～150 GPa静水压范围内的晶体结构和弹性模量,并利用准简谐近似Debye模型,拟合三阶Birch-Murnaghan物态方程得到了其高温高压下的热力学性质.通过与现有的理论和实验的结果数据比较... 本文采用第一性原理方法,计算了MgSiO_3钙钛矿在零温和0～150 GPa静水压范围内的晶体结构和弹性模量,并利用准简谐近似Debye模型,拟合三阶Birch-Murnaghan物态方程得到了其高温高压下的热力学性质.通过与现有的理论和实验的结果数据比较,确认在0～2000K的温度区间内,第一性原理计算结合Debye模型能够较可靠地模拟在下地幔压力范围内MgSiO_3钙钛矿的热力学性质. 展开更多

关键词 钙钛矿 高温高压 第一性原理 准简谐Debye模型

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锂电池正极材料Li(Co,Ni)O_2化合物的第一性原理研究 被引量：4

3

作者 罗改霞 赵纪军 +2 位作者 孙厚谦 成海英 王保林 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1183-1188,共6页

锂离子电池以其高能量存储密度和优良的循环性能而受到广泛关注,尤其是其正极材料成为储能材料领域的研究热点.本文采用基于密度泛函理论的第一性原理方法对LiCoO_2,LiNiO_2和Li(Co_(0.5)Ni_(0.5))O_2化合物的晶体结构、电子结构、化学... 锂离子电池以其高能量存储密度和优良的循环性能而受到广泛关注,尤其是其正极材料成为储能材料领域的研究热点.本文采用基于密度泛函理论的第一性原理方法对LiCoO_2,LiNiO_2和Li(Co_(0.5)Ni_(0.5))O_2化合物的晶体结构、电子结构、化学键合特性进行了研究.结果表明:Li(Co_(0.5)Ni_(0.5))O_2化合物中主要是氧和过渡金属之间成键,锂原子对晶体总态密度贡献很少.Ni/Co混合后将导致Li(Co_(0.5)Ni_(0.5))O_2中Co的3d轨道和O的2p轨道之间成键得以加强. 展开更多

关键词 Li(Co Ni)O2化合物 锂电池 第一性原理

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高压下TATB压缩性质的LDA和GGA比较研究 被引量：2

4

作者 刘红 赵纪军 +4 位作者 龚自正 郑伟 杜建国 姬广富 魏冬青 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期291-297,共7页

本文采用第一性原理密度泛函理论，结合平面波赝势方法，采用局域密度近似（LDA）和广义梯度近似（GGA）两种方法计算了TATB晶体在高压（0～7GPa）压缩下的结构和物理性质，并与实验数据进行了比较．详细讨论了TATB晶体的晶体结构和分... 本文采用第一性原理密度泛函理论，结合平面波赝势方法，采用局域密度近似（LDA）和广义梯度近似（GGA）两种方法计算了TATB晶体在高压（0～7GPa）压缩下的结构和物理性质，并与实验数据进行了比较．详细讨论了TATB晶体的晶体结构和分子构型随压力的变化． 展开更多

关键词 TATB 高压 晶体结构 密度泛函理论

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MgO高温高压特性及相变的第一性原理研究 被引量：5

5

作者 赵福亮 赵纪军 +3 位作者 刘红 吴迪 刘雷 郭永新 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期57-62,共6页

应用第一性原理密度泛函理论计算了MgO在零温(0K)下和0～200 GPa静水压范围内的晶体结构和弹性模量,以及B1、B4和B8相结构的MgO的声速随压力的变化.利用准简谐近似下的Debye模型,通过拟合三阶Birch-Murnaghan物态方程模拟了高温效应并... 应用第一性原理密度泛函理论计算了MgO在零温(0K)下和0～200 GPa静水压范围内的晶体结构和弹性模量,以及B1、B4和B8相结构的MgO的声速随压力的变化.利用准简谐近似下的Debye模型,通过拟合三阶Birch-Murnaghan物态方程模拟了高温效应并对三个相在高温高压下的相稳定性做了研究.本工作的计算结果与前人的理论和实验结果符合较好,说明第一性原理结合准简谐Debye模型能够比较准确的模拟矿物如MgO在高温高压下的热力学性质. 展开更多

关键词 第一性原理 方镁石 相变 高压

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含缺陷碳纳米管的力学性质研究 被引量：1

6

作者 廖敬波 郭旭 赵纪军 《电子显微学报》 CAS CSCD 2006年第4期345-347,共3页

本文采用全电子密度泛函理论,研究了带有不同拓扑缺陷的碳纳米管在单轴拉伸下的力学性质。计算结果表明:带有7元环和8元环拓扑缺陷的碳纳米管力学性质很接近。两端施加给定轴向应变,二者的能量曲线几乎都在应变约为6.5%时与完好管的能... 本文采用全电子密度泛函理论,研究了带有不同拓扑缺陷的碳纳米管在单轴拉伸下的力学性质。计算结果表明:带有7元环和8元环拓扑缺陷的碳纳米管力学性质很接近。两端施加给定轴向应变,二者的能量曲线几乎都在应变约为6.5%时与完好管的能量曲线相交。这表明在拉伸荷载作用下,触发8环和7环拓扑缺陷的临界应变几乎相同。但对于含有9元环拓扑缺陷的碳纳米管,在所考虑的拉伸范围内其能量远高于相应的完好管。这表明此种缺陷形式很难被拉伸加载方式所触发。 展开更多

关键词 碳纳米管 密度泛函理论 拓扑缺陷 拉伸荷载

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笼状Au团簇的休克尔模型研究 被引量：1

7

作者 唐玲丽 赵纪军 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期245-251,共7页

这篇文章分别用简单和扩展休克尔模型处理四种具有较大尺寸的笼状Au团簇(Au_(32),Au_(42),Au_(50),Au_(72)),这四种团簇经理论计算预言具有较高的稳定性.将两种休克尔模型计算得到的能级分布,最高占据分子轨道(HOMO)与最低未占据分子轨... 这篇文章分别用简单和扩展休克尔模型处理四种具有较大尺寸的笼状Au团簇(Au_(32),Au_(42),Au_(50),Au_(72)),这四种团簇经理论计算预言具有较高的稳定性.将两种休克尔模型计算得到的能级分布,最高占据分子轨道(HOMO)与最低未占据分子轨道(LUMO)之间能隙,以及平均结合能与密度泛函理论的计算结果进行比较,探讨了采用休克尔模型研究笼状Au团簇的适用性,进而讨论了这些笼状团簇的球形芳香性. 展开更多

关键词 金团簇 笼状结构 稳定性 休克尔模型

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中等尺寸Si_N团簇结构和相对稳定性的研究(21≤N≤50,N=60)(英文) 被引量：1

8

作者 马丽 赵纪军 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期653-661,共9页

在过去二十年里,对中等尺寸硅团簇的研究一直十分活跃.为阐明低能团簇从中等到大尺寸的生长行为,我们对SiN团簇在21≤N≤50,和N=60的结构和相对稳定性进行论述.对Si21-Si29,除Si27外最低能量结构是扁长形.对N≥30,SiN团簇倾向于形成填... 在过去二十年里,对中等尺寸硅团簇的研究一直十分活跃.为阐明低能团簇从中等到大尺寸的生长行为,我们对SiN团簇在21≤N≤50,和N=60的结构和相对稳定性进行论述.对Si21-Si29,除Si27外最低能量结构是扁长形.对N≥30,SiN团簇倾向于形成填充富勒烯结构.随着团簇尺寸的增大(N≥41),内部开始出现四面体结构,可视为金刚石晶格结构形成的初始阶段.当团簇尺寸达到N=60时,其已偏离小团簇的类分子行为,但向块体结构的转变还没完成.中等尺寸硅团簇的填充富勒烯结构可以被看作是从类分子向块体过渡的中间阶段. 展开更多

关键词 硅团簇 结构 相对稳定性 生长行为

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铝团簇Al_(13)的结构、电子性质和氧原子吸附的第一原理计算 被引量：9

9

作者 王璐 赵纪军 +3 位作者 王英杰 龚自正 郭永新 魏冬青 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期559-563,共5页

利用密度泛函理论对Al13团簇的几种典型异构体进行了计算.对几种不同对称性(Ih,D5h,D3h,Oh)的中性和带电团簇Al13、Al13-、Al13+进行了结构优化和总能计算,得到了各种带电状态下的最低能量结构,并计算了Al13团簇的电离势、电子亲和能和... 利用密度泛函理论对Al13团簇的几种典型异构体进行了计算.对几种不同对称性(Ih,D5h,D3h,Oh)的中性和带电团簇Al13、Al13-、Al13+进行了结构优化和总能计算,得到了各种带电状态下的最低能量结构,并计算了Al13团簇的电离势、电子亲和能和结合能.理论结果与实验值比较,比以前的理论计算符合的更好.从中性和负电状态下的正二十面体的最低能量结构出发,研究了氧原子在Al13和Al13-上的吸附行为,并与单个氧原子在铝fcc表面的吸附行为做了比较.计算发现,高稳定性的幻数团簇如Al13-,较中性团簇和铝表面,更不易于氧化. 展开更多

关键词 铝团簇Al13 异构体 密度泛函理论 吸附

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Al_(12)N、Al_(12)B团簇结构和电子性质的密度泛函计算 被引量：6

10

作者 王晓秋 王保林 赵纪军 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期1151-1154,共4页

利用密度泛函理论研究了Al12N和Al12B团簇的原子结构和电子性质,通过各种异构体的比较,发现两种掺杂团簇的最低能量结构都是完好的二十面体(Ih)结构,N(B)原子占据在二十面体的中心.高对称性团簇形成稀疏离散的电子态密度和大的电子能隙.... 利用密度泛函理论研究了Al12N和Al12B团簇的原子结构和电子性质,通过各种异构体的比较,发现两种掺杂团簇的最低能量结构都是完好的二十面体(Ih)结构,N(B)原子占据在二十面体的中心.高对称性团簇形成稀疏离散的电子态密度和大的电子能隙.在Al-N之间发生较大的电荷转移.因此我们建议把Al12N团簇看作是碱金属超原子,Al12B团簇看作是卤素超原子,用来构造团簇组装固体. 展开更多

关键词 团簇的基态结构 结构优化 密度泛函理论 电子性质

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碳纳米管材料的储锂性能 被引量：5

11

作者 周震 赵纪军 《物理学进展》 CSCD 北大核心 2007年第1期92-108,共17页

碳纳米管较低的碳原子密度、管径和管间的空隙可以为锂离子提供大量的嵌入空间，从而拥有更高的储锂能力。本文结合实验与理论研究的最新成果，综述了这一领域的主要进展和前景。实验上，对单壁碳纳米管进行适当处理，可以将锂存储量提... 碳纳米管较低的碳原子密度、管径和管间的空隙可以为锂离子提供大量的嵌入空间，从而拥有更高的储锂能力。本文结合实验与理论研究的最新成果，综述了这一领域的主要进展和前景。实验上，对单壁碳纳米管进行适当处理，可以将锂存储量提高到常规石墨材料的2～3倍。根据密度泛函理论计算，锂在不同碳纳米管束中的最高理论嵌入量可以达到Li0.5C。嵌入后锂和碳纳米管之间发生了完全的电荷转移，碳纳米管的Fermi能级上移到导带中，所有碳纳米管都转变为金属。纳米管自身的电子结构对锂的吸附是至关重要的，缺电子体系更有利于锂的吸附。锂在B掺杂的复合管如BC3纳米管中有很大的吸附能。锂穿透纳米管壁从管壁外进入纳米管内的能垒，随着纳米管壁拓扑缺陷结构的尺寸变大而显著降低，B在纳米管壁的存在会进一步降低锂穿越纳米管壁的能垒。同时B的掺杂会降低相同拓扑缺陷的生成能，导致在BC3纳米管中出现更多的拓扑缺陷，从而有利于锂离子的扩散。实验与理论计算的结合可望加深对锂离子在纳米管材料中嵌入过程的理解，指导设计具有更高储锂性能的新材料。 展开更多

关键词 纳米管 锂离子电池 扩散 掺杂 电子结构

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