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刺参Y-box基因的克隆与表达分析
1
作者
田燚
张丙龙
+4 位作者
常亚青
董萍萍
陈百尧
伏光辉
安建
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第6期535-541,共7页
为了探究Y-box基因在刺参Apostichopus japonicus胚胎发育及性别分化中的作用,根据已有的EST序列,通过RACE技术克隆了刺参Y-box基因的cDNA全长序列,并利用实时定量PCR技术进行了表达模式分析。结果表明:刺参Y-box基因cDNA全长为1 142 b...
为了探究Y-box基因在刺参Apostichopus japonicus胚胎发育及性别分化中的作用,根据已有的EST序列,通过RACE技术克隆了刺参Y-box基因的cDNA全长序列,并利用实时定量PCR技术进行了表达模式分析。结果表明:刺参Y-box基因cDNA全长为1 142 bp,5’端UTR为102 bp,3’端UTR为215 bp,开放阅读框(ORF)为825 bp;Y-box基因cDNA全长编码274个氨基酸的前体蛋白,预测蛋白的相对分子质量为31 100,理论等电点为9.46,是亲水性蛋白;刺参Y-box氨基酸序列包含氨基酸N末端结构域、C末端结构域和冷休克结构域(CSD),其中CSD区在Y-box结合蛋白家族中非常保守;刺参Y-box结合蛋白质的二级结构没有α-螺旋和β-折叠,无规则卷曲占87.23%,延伸链占12.77%;刺参与其他物种的Ybox氨基酸的相似度为27%~41%,在冷休克区相似度很高,达到75%以上;构建的系统进化树表明,刺参与加州海兔Aplysia californica、栉孔扇贝Chlamys farreri、玻璃海鞘Ciona intestinalis聚为一支,为海洋无脊椎动物;经实时定量PCR检测,Y-box基因在小耳幼体中表达水平最高,且显著高于其他各发育阶段(P【0.05),在雄性性腺中的表达量显著高于雌性性腺(P【0.05)。研究表明,Y-box基因在刺参的胚胎发育及性别分化中发挥重要作用。
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关键词
刺参
Y-box基因克隆
序列分析
基因表达
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职称材料
基于微卫星标记的刺参群体遗传结构分析及与经济性状的相关性研究
被引量：
2
2
作者
李云霞
李娇
+1 位作者
丁君
常亚青
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第5期438-444,共7页
采用微卫星分子标记技术对7个刺参Apostichopus japonicus(Selenka)群体:辽宁葫芦岛养殖群体、山东烟台野生群体、山东莱州养殖群体、大连旅顺底播群体、丹东东港养殖群体、大连广鹿岛底播群体、大连黑石礁野生群体的遗传多样性进行分析...
采用微卫星分子标记技术对7个刺参Apostichopus japonicus(Selenka)群体:辽宁葫芦岛养殖群体、山东烟台野生群体、山东莱州养殖群体、大连旅顺底播群体、丹东东港养殖群体、大连广鹿岛底播群体、大连黑石礁野生群体的遗传多样性进行分析,并随机抽取7个群体中的180头刺参进行体长、体宽、体积、体质量和总棘数与17个微卫星标记之间的相关性研究。结果表明:用12个微卫星标记共扩增获得83个等位基因,每个位点的等位基因数为3～12个,长度为102～368 bp。刺参群体位点多样性分析显示,各刺参群体等位基因数为5.083 3～5.416 7,平均值为5.261 9;有效等位基因数为3.205 0～3.701 1,平均值为3.446 8;观测杂合度为0.547 5～0.686 9,平均值为0.614 9;期望杂合度为0.649 1～0.697 1,平均值为0.674 1;多态性信息含量为0.598 9～0.638 6,平均值为0.620 0。对各群体的Hardy-Weinber平衡检测显示,7个刺参群体均存在不同程度的平衡偏离。刺参群体遗传分化与基因流分析显示,刺参群体间遗传分化系数平均值为0.078 2,变异主要来源于群体内;基因流平均值为5.301 9,刺参群体间存在一定程度的基因交流。刺参群体间遗传相似性系数为0.731 8～0.886 0,UPGMA聚类显示,7个群体中山东烟台野生群体单独为一类,其他6个群体聚为一类。刺参微卫星标记与经济性状相关性分析显示,HC312、EAJ07位点与刺参体长、体积、体质量显著相关(P<0.05);IS45、EAJ03、EAJ04位点与刺参体长、体积、体宽、体质显著相关(P<0.05);SJ04位点仅与刺参总棘数显著相关(P<0.05);SJ09位点与刺参体积、体宽、体质量显著相关(P<0.05);SJ18位点仅与刺参体宽显著相关(P<0.05);SJ19位点与刺参体积、体宽、体质量、总棘数显著相关(P<0.05);SP072位点与刺参体积、体质量显著相关(P<0.05)。本研究结果可为刺参群体结构优化、经济性状的QTL定位、养殖和选育提供参考。
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关键词
刺参
微卫星
遗传多样性
经济性状
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职称材料
刺参肠组织蛋白质双向电泳体系的建立及优化
被引量：
2
3
作者
田邁
莫海波
+4 位作者
常亚青
湛篧篧
陈百尧
伏光辉
安建
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2013年第5期74-81,共8页
以刺参肠组织为材料,通过蛋白质提取方法、上样前处理方法、上样量以及聚焦条件的优化,建立了刺参肠组织蛋白质双向电泳技术体系.试验结果表明,采用TCA-丙酮沉淀法制备刺参肠组织蛋白质,能够得到高纯度的蛋白质提取液.刺参样品上样前不...
以刺参肠组织为材料,通过蛋白质提取方法、上样前处理方法、上样量以及聚焦条件的优化,建立了刺参肠组织蛋白质双向电泳技术体系.试验结果表明,采用TCA-丙酮沉淀法制备刺参肠组织蛋白质,能够得到高纯度的蛋白质提取液.刺参样品上样前不经过处理,等电聚焦电压1 000V,电流7mA,聚焦时间3h,平衡时间30min,最佳上样量25μg,pH 4～6.5、8.5cm的IPG胶条,银染能获得较好的双向电泳图谱.通过蛋白质双向电泳体系的优化,获得了刺参肠组织的蛋白质表达图谱。
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关键词
刺参
肠组织
蛋白质双向电泳
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职称材料
题名
刺参Y-box基因的克隆与表达分析
1
作者
田燚
张丙龙
常亚青
董萍萍
陈百尧
伏光辉
安建
机构
大连海洋大学农业部北方海水增养殖重点开放实验室
连云港市
海洋
与水产科学研究所
连云港市海珍品
增养殖
试验场
出处
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第6期535-541,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(41106128)
国家"863"计划重大项目(2012AA10A412)
江苏省科技支撑计划项目(BE2012421)
文摘
为了探究Y-box基因在刺参Apostichopus japonicus胚胎发育及性别分化中的作用,根据已有的EST序列,通过RACE技术克隆了刺参Y-box基因的cDNA全长序列,并利用实时定量PCR技术进行了表达模式分析。结果表明:刺参Y-box基因cDNA全长为1 142 bp,5’端UTR为102 bp,3’端UTR为215 bp,开放阅读框(ORF)为825 bp;Y-box基因cDNA全长编码274个氨基酸的前体蛋白,预测蛋白的相对分子质量为31 100,理论等电点为9.46,是亲水性蛋白;刺参Y-box氨基酸序列包含氨基酸N末端结构域、C末端结构域和冷休克结构域(CSD),其中CSD区在Y-box结合蛋白家族中非常保守;刺参Y-box结合蛋白质的二级结构没有α-螺旋和β-折叠,无规则卷曲占87.23%,延伸链占12.77%;刺参与其他物种的Ybox氨基酸的相似度为27%~41%,在冷休克区相似度很高,达到75%以上;构建的系统进化树表明,刺参与加州海兔Aplysia californica、栉孔扇贝Chlamys farreri、玻璃海鞘Ciona intestinalis聚为一支,为海洋无脊椎动物;经实时定量PCR检测,Y-box基因在小耳幼体中表达水平最高,且显著高于其他各发育阶段(P【0.05),在雄性性腺中的表达量显著高于雌性性腺(P【0.05)。研究表明,Y-box基因在刺参的胚胎发育及性别分化中发挥重要作用。
关键词
刺参
Y-box基因克隆
序列分析
基因表达
Keywords
Apostichopus japonicus
Y-box gene cloning
sequence analysis
gene expression
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
在线阅读
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职称材料
题名
基于微卫星标记的刺参群体遗传结构分析及与经济性状的相关性研究
被引量：
2
2
作者
李云霞
李娇
丁君
常亚青
机构
大连海洋大学农业部北方海水增养殖重点开放实验室
出处
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第5期438-444,共7页
基金
国家"863"计划项目(2012AA10A412
2010AA10A401)
辽宁省农业攻关计划重大项目(2011203003)
文摘
采用微卫星分子标记技术对7个刺参Apostichopus japonicus(Selenka)群体:辽宁葫芦岛养殖群体、山东烟台野生群体、山东莱州养殖群体、大连旅顺底播群体、丹东东港养殖群体、大连广鹿岛底播群体、大连黑石礁野生群体的遗传多样性进行分析,并随机抽取7个群体中的180头刺参进行体长、体宽、体积、体质量和总棘数与17个微卫星标记之间的相关性研究。结果表明:用12个微卫星标记共扩增获得83个等位基因,每个位点的等位基因数为3～12个,长度为102～368 bp。刺参群体位点多样性分析显示,各刺参群体等位基因数为5.083 3～5.416 7,平均值为5.261 9;有效等位基因数为3.205 0～3.701 1,平均值为3.446 8;观测杂合度为0.547 5～0.686 9,平均值为0.614 9;期望杂合度为0.649 1～0.697 1,平均值为0.674 1;多态性信息含量为0.598 9～0.638 6,平均值为0.620 0。对各群体的Hardy-Weinber平衡检测显示,7个刺参群体均存在不同程度的平衡偏离。刺参群体遗传分化与基因流分析显示,刺参群体间遗传分化系数平均值为0.078 2,变异主要来源于群体内;基因流平均值为5.301 9,刺参群体间存在一定程度的基因交流。刺参群体间遗传相似性系数为0.731 8～0.886 0,UPGMA聚类显示,7个群体中山东烟台野生群体单独为一类,其他6个群体聚为一类。刺参微卫星标记与经济性状相关性分析显示,HC312、EAJ07位点与刺参体长、体积、体质量显著相关(P<0.05);IS45、EAJ03、EAJ04位点与刺参体长、体积、体宽、体质显著相关(P<0.05);SJ04位点仅与刺参总棘数显著相关(P<0.05);SJ09位点与刺参体积、体宽、体质量显著相关(P<0.05);SJ18位点仅与刺参体宽显著相关(P<0.05);SJ19位点与刺参体积、体宽、体质量、总棘数显著相关(P<0.05);SP072位点与刺参体积、体质量显著相关(P<0.05)。本研究结果可为刺参群体结构优化、经济性状的QTL定位、养殖和选育提供参考。
关键词
刺参
微卫星
遗传多样性
经济性状
Keywords
Apostichopusjaponicus（Selenka）
microsatellite
genetic diversity
economic trait
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
刺参肠组织蛋白质双向电泳体系的建立及优化
被引量：
2
3
作者
田邁
莫海波
常亚青
湛篧篧
陈百尧
伏光辉
安建
机构
大连海洋大学农业部北方海水增养殖重点开放实验室
连云港市
海洋
与水产科学研究所
连云港市海珍品
增养殖
试验场
出处
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2013年第5期74-81,共8页
基金
国家自然科学基金项目(41106128)
国家“863”计划项目(2012AA10A42)
江苏省科技支撑计划(BE2012421)共同资助
文摘
以刺参肠组织为材料,通过蛋白质提取方法、上样前处理方法、上样量以及聚焦条件的优化,建立了刺参肠组织蛋白质双向电泳技术体系.试验结果表明,采用TCA-丙酮沉淀法制备刺参肠组织蛋白质,能够得到高纯度的蛋白质提取液.刺参样品上样前不经过处理,等电聚焦电压1 000V,电流7mA,聚焦时间3h,平衡时间30min,最佳上样量25μg,pH 4～6.5、8.5cm的IPG胶条,银染能获得较好的双向电泳图谱.通过蛋白质双向电泳体系的优化,获得了刺参肠组织的蛋白质表达图谱。
关键词
刺参
肠组织
蛋白质双向电泳
Keywords
Apostichopus japonicus IntestineProtein two-dimensional electrophoresis （2-DE）
分类号
Q95-3 [生物学—动物学]
S966.9 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
刺参Y-box基因的克隆与表达分析
田燚
张丙龙
常亚青
董萍萍
陈百尧
伏光辉
安建
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
0
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职称材料
2
基于微卫星标记的刺参群体遗传结构分析及与经济性状的相关性研究
李云霞
李娇
丁君
常亚青
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
2
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下载PDF
职称材料
3
刺参肠组织蛋白质双向电泳体系的建立及优化
田邁
莫海波
常亚青
湛篧篧
陈百尧
伏光辉
安建
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2013
2
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职称材料
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