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计算机辅助药物分子对接并行演化设计 被引量:4
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作者 李纯莲 王希诚 赵金城 《计算机辅助设计与图形学学报》 EI CSCD 北大核心 2005年第1期168-173,共6页
对分子对接理论作了简单介绍 ,建立了一个基于柔性配体分子与刚性受体分子对接的数学规划模型 ,将分子对接中的构象优化搜索转化为求解约束极小化问题的过程 ,并采用带有空间收缩的多种群并行遗传算法进行求解 在分布式存储的并行机曙光... 对分子对接理论作了简单介绍 ,建立了一个基于柔性配体分子与刚性受体分子对接的数学规划模型 ,将分子对接中的构象优化搜索转化为求解约束极小化问题的过程 ,并采用带有空间收缩的多种群并行遗传算法进行求解 在分布式存储的并行机曙光 30 0 0上模拟计算表明 ,该设计具有很高的并行加速比 ,在保证分子对接的准确性和有效性的前提下 。 展开更多
关键词 分子对接 结合位点 遗传算法 信息熵 并行计算
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应用改进型遗传算法进行药物分子对接设计 被引量:4
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作者 李纯莲 王希诚 赵金城 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2003年第36期31-33,89,共4页
文章建立了一种约束优化的演化模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法,将信息熵概念引入进化过程,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩。该算法用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,并以空间收缩尺度作为停机判椐,有效地控... 文章建立了一种约束优化的演化模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法,将信息熵概念引入进化过程,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩。该算法用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,并以空间收缩尺度作为停机判椐,有效地控制了算法的收敛。利用基于小种群的多种群进化策略,在保证种群多样性的前提下,极大程度地减少了计算量,提高了计算效率。数值算例表明,熵的介入增强了随机搜索类进化算法的寻优目的性,使收敛过程平稳且迅速。算例表明此算法能有效的应用于药物分子对接设计。 展开更多
关键词 药物设计 药物分子 改进型遗传算法 对接设计 计算机辅助设计
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一种基于信息熵的多种群遗传算法 被引量:21
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作者 李纯莲 王希诚 +1 位作者 赵金城 武金瑛 《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第4期589-593,共5页
通过模型变换建立了一种约束优化的演化设计模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法.利用最优解在各种群中的存在概率将信息熵概念引入进化过程,构造出一种含有熵的多目标优化模型,利用该模型可以直接显式地给出作为拉格朗日... 通过模型变换建立了一种约束优化的演化设计模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法.利用最优解在各种群中的存在概率将信息熵概念引入进化过程,构造出一种含有熵的多目标优化模型,利用该模型可以直接显式地给出作为拉格朗日乘子的种群最优解存在概率,从而得出多种群遗传操作的空间收缩因子,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩.用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛.数值算例显示,熵的介入使随机搜索类进化算法的寻优目的性大为增强,从而提高了演化设计的计算效率. 展开更多
关键词 信息熵 群遗传算法 准精确惩罚函数 拉格朗日乘子 约束优化 空间收缩尺度
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基于浮点数编码的信息熵控制多种群遗传算法 被引量:1
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作者 李纯莲 王希诚 赵金城 《南京理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第5期453-456,共4页
在用准精确惩罚函数处理约束优化问题的基础上 ,提出一种基于浮点数编码机制的信息熵控制多种群遗传算法。通过在遗传设计中定义一个新的概率而引入信息熵概念 ,构造出一个信息熵优化模型。该模型不必完全求解 ,即可容易求出作为概率的... 在用准精确惩罚函数处理约束优化问题的基础上 ,提出一种基于浮点数编码机制的信息熵控制多种群遗传算法。通过在遗传设计中定义一个新的概率而引入信息熵概念 ,构造出一个信息熵优化模型。该模型不必完全求解 ,即可容易求出作为概率的拉格朗日乘子 ,得出空间收缩概率 ,控制各种群中解空间的收缩。信息熵的介入可使优化过程更加平稳 ,收敛更快。同时 ,该算法给出了一种科学而有效的遗传设计收敛判据。实例证明该文算法在求解约束优化问题时快速。 展开更多
关键词 遗传算法 准精确惩罚函数 信息熵
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一种新的遗传算法停止准则 被引量:6
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作者 李纯莲 王希诚 赵金城 《辽宁工程技术大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2004年第1期62-64,共3页
遗传算法因其思想简单、易于实现及不需要目标与约束函数的灵敏度信息等优点而越来越受到国内外广大学者的关注。本文以基于空间收缩的多种群遗传算法中搜索空间的收缩精度作为算法停止准则,并与传统的控制算法收敛的方法进行比较分析,... 遗传算法因其思想简单、易于实现及不需要目标与约束函数的灵敏度信息等优点而越来越受到国内外广大学者的关注。本文以基于空间收缩的多种群遗传算法中搜索空间的收缩精度作为算法停止准则,并与传统的控制算法收敛的方法进行比较分析,实验表明本文算法停止准则能够及时准确地控制算法收敛,较之传统方法更具科学性和有效性。 展开更多
关键词 遗传算法 停止准则 空间收缩 搜索空间
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