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基于线粒体和核糖体部分基因的蛙两种重盘吸虫遗传多样性分析
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作者 陈滢钰 邱鸿宇 +8 位作者 安琪 谢沛璇 李犇 刘雪薇 杨彦 闫艺萌 李秀文 高俊峰 王春仁 《动物医学进展》 北大核心 2025年第3期45-51,共7页
为了解林蛙重盘吸虫的遗传多样性,对采自黑龙江省鹤岗、伊春、佳木斯、齐齐哈尔、鸡西五个地市林蛙肠道寄生的日本重盘吸虫和短肠重盘吸虫线粒体cox 1、nad 1以及核糖体ITS基因进行PCR测序和序列分析。结果表明,日本重盘吸虫3个基因部... 为了解林蛙重盘吸虫的遗传多样性,对采自黑龙江省鹤岗、伊春、佳木斯、齐齐哈尔、鸡西五个地市林蛙肠道寄生的日本重盘吸虫和短肠重盘吸虫线粒体cox 1、nad 1以及核糖体ITS基因进行PCR测序和序列分析。结果表明,日本重盘吸虫3个基因部分序列的有效长度分别421 bp、905 bp和831 bp,短肠重盘吸虫3个基因部分序列有效长度分别为420 bp、739 bp和797 bp;3基因联合序列(cox1、nad1和ITS)分析不同地区50个日本重盘吸虫分离株中共发现34种单倍型,50个短肠重盘分离株中共发现46种单倍型,2种重盘吸虫各分离株均呈高单倍型多样性和低核苷酸多样性(H>0.5,π<0.005),表现出高度遗传多样性;系统发育分析显示2种重盘吸虫没有形成明显地理遗传结构;中性检验、错配分布分析结果显示,黑龙江省日本重盘吸虫可能经历过种群扩张而短肠重盘吸虫种群相对稳定。研究结果表明,黑龙江省2种重盘吸虫的遗传多样性较高,各种群间基因交流较为频繁,未形成显著的地理遗传结构。 展开更多
关键词 日本重盘吸虫 短肠重盘吸虫 遗传多样性分析 种群遗传
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耐多药奇异变形杆菌噬菌体生物学特性分析及其对鸡胸肉抑菌作用
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作者 潘顺圆 陈麒百 +4 位作者 王宏月 孔祥宇 庞申雨 高东阳 宋军 《食品科学》 北大核心 2025年第6期89-97,共9页
目的:以耐多药奇异变形杆菌为宿主菌分离噬菌体,测定其生物学特性并评估其对鸡胸肉的抑菌作用。方法:以耐多药奇异变形杆菌为宿主菌分离噬菌体,透射电镜观察噬菌体形态,测定噬菌体感染复数(multiplicity of infection,MOI)、一步生长曲... 目的:以耐多药奇异变形杆菌为宿主菌分离噬菌体,测定其生物学特性并评估其对鸡胸肉的抑菌作用。方法:以耐多药奇异变形杆菌为宿主菌分离噬菌体,透射电镜观察噬菌体形态,测定噬菌体感染复数(multiplicity of infection,MOI)、一步生长曲线和噬菌体稳定性;通过点斑法测定噬菌体宿主范围;提取噬菌体基因组并进行全基因组测序分析;采用结晶紫染色法、平板计数法评价噬菌体对生物被膜清除能力;采用平板计数法评价噬菌体对不同材料上生物被膜清除效果,以及测定4℃和25℃条件下噬菌体对鸡胸肉的抑菌能力。结果:分离获得一株长尾奇异变形杆菌噬菌体vB_PMC-PL1;全基因组分析该噬菌体属于Demerecviridae家族Novosibvirus属,未发现与毒力、抗生素耐药性和整合酶相关的基因;vB_PMC-PL1最佳MOI为0.1、潜伏期为20 min、裂解量为106 PFU/cell;在pH 3~11、4~50℃条件下活性稳定;宿主范围显示,vB_PMC-PL1不但能裂解奇异变形杆菌,还能裂解普通变形杆菌;平板计数结果显示vB_PMC-PL1能有效清除不锈钢和高密度聚乙烯上形成的细菌生物被膜。在4℃条件下vB_PMC-PL1处理6 h后,鸡胸肉中细菌数量分别减少0.95(lg(CFU/g))(MOI=1 000)和1.01(lg(CFU/g))(MOI=10 000);在25℃条件下vB_PMC-PL1处理9 h后细菌数量分别减少1.50(lg(CFU/g))(MOI=1 000)和1.67(lg(CFU/g))(MOI=10 000)。结论:vB_PMC-PL1能够裂解奇异变形杆菌和普通变形杆菌,并对奇异变形杆菌生物被膜具有良好的裂解活性和清除作用,这不仅丰富了变形杆菌噬菌体资源库,而且为变形杆菌噬菌体鸡尾酒的开发与食品生物防控应用提供了参考。 展开更多
关键词 奇异变形杆菌 裂解性噬菌体 食源性致病菌 生物被膜 鸡胸肉
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蟾蜍棒线虫线粒体全基因组特征分析
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作者 杨彦 胡雁鸣 +8 位作者 丁健 李犇 何雨桐 刘雪薇 王佳文 兰卓 邱鸿宇 高俊峰 王春仁 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第7期3190-3201,共12页
【目的】获得蟾蜍棒线虫(Rhabdias bufonis)线粒体全基因组并分析其特征。【方法】通过PCR扩增蟾蜍棒线虫线粒体基因组序列,利用测序、注释、组装、拼接,获得线虫线粒体全基因组,对其进行序列分析;以湖沼驼形线虫(Camallanus lacustris... 【目的】获得蟾蜍棒线虫(Rhabdias bufonis)线粒体全基因组并分析其特征。【方法】通过PCR扩增蟾蜍棒线虫线粒体基因组序列,利用测序、注释、组装、拼接,获得线虫线粒体全基因组,对其进行序列分析;以湖沼驼形线虫(Camallanus lacustris)为外群,基于线粒体12个蛋白质编码基因(PCGs)氨基酸串联序列,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)和贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建系统发育树进行进化分析。【结果】蟾蜍棒线虫线粒体基因组为环形结构,全长为14208 bp,由12个PCGs、22个转运RNA(tRNAs)、2个核糖体RNA(rRNAs)和2个非编码控制区组成;其线粒体基因组碱基组成中AT含量为75%、GC含量为25%,AT偏倚(AT-skew)为0.26,GC偏倚(GC-skew)为―0.36,呈现明显的AT偏向性。PCGs以ATG、GTG作为起始密码子,以TGA、TAA及不完整的TA-作为终止密码子。tRNAs二级结构分析显示,除trnS2和trnH基因缺少二氢尿嘧啶(DHU)臂外,其余均为典型的三叶草结构。系统进化树分析显示,垫刃亚目(Tylenchina)分为两个大的分支,首叶超科(Cephaloboidea)和垫刃超科(Tylenchoidea)形成分支Ⅰ,类圆超科(Strongyloidoidea)、斯氏超科(Steinernematoidea)、滑刃超科(Aphelenchoidea)及Panagrolaimoidea形成分支Ⅱ;在分支Ⅱ中,斯氏科(Steinernematidae)和棒线科(Rhabdiasidae)聚集在一起再与滑刃科(Aphelenchoidiae)和Panagrolaimidae形成的另一姐妹支形成一个大的分支,而类圆科(Strongyloididae)则独立形成另一个大的分支;林蛙源蟾蜍棒线虫与蟾蜍源蟾蜍棒线虫(OR725306)聚集在一起,两者关系较其他两株Rhabdias kafunata亲缘关系近;寄生于两栖类棒线虫与昆虫斯氏线虫聚为一支,且与寄生于植物的滑刃科线虫亲缘关系较寄生于哺乳动物的类圆线虫近。【结论】本研究成功获得林蛙源蟾蜍棒线虫线粒体全基因组序列,且斯氏科与棒线科的亲缘关系明显近于类圆科,支持斯氏超科作为独立分类阶元的有效性,斯氏科应归于斯氏超科。试验结果为棒线科线虫的分类学、群体遗传学和系统发育学的研究提供了基础资料。 展开更多
关键词 蟾蜍棒线虫 线粒体基因组 序列分析 遗传进化分析
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