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题名大兴安岭草苁蓉全长转录组测序及生物信息学分析
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作者
杨秋雪
沃佳美雪
徐晓敏
郭忠录
刘树民
高宏伟
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机构
黑龙江中医药大学
大兴安岭地区中医药协会
黑龙江中医药大学中医药研究院
黑龙江中医药大学附属第一医院
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出处
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第11期2101-2110,共10页
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基金
黑龙江中医药大学优秀创新人才(领军人才)项目(2018RCL13)。
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文摘
草苁蓉为东北道地药材,具有补肾壮阳,润肠通便,止血的功效,草苁蓉中含有草苁蓉多糖、草苁蓉环烯醚萜苷、草苁蓉酸等活性成分,具有丰富的药用价值。目前对草苁蓉的研究多集中于有效成分,药理性等方面,在转录组及功能基因方面的内容较少。为进一步了解大兴安岭草苁蓉的转录组,丰富其遗传信息利用高通量测序技术获得大兴安岭草苁蓉种子的转录组信息。利用转录组测序获得Unigene序列,将Unigene与七大功能数据库注释进行比对注释、SSR分析、CDS预测,得到草苁蓉转录组的信息。结果显示,共获得18.87 G的CleanData,各样本的有效数据量分布在5.4~7.06 Gb,Q30碱基分布在95.66%~97.45%,平均GC含量为49.35%。拼接出Unigene 57799条,总长度为48308661 bp,平均长度为835.8 bp。大兴安岭草苁蓉与油菜(Brassica napus)序列相似度最高,47035个(81.38%)基因注释到非冗余蛋白序列数据库(NR),33653个(58.22%)基因注释到蛋白序列数据库(Swissprot),13174个(22.79%)基因注释到京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG),27886个(48.25%)基因注释到真核生物蛋白相邻类的聚簇数据库(KOG),42506个(73.54%)基因注释到直系同源蛋白分组比对数据库(eggNOG),30928个(53.51%)基因注释到基因本体论数据库(GO),29642个(51.28%)基因注释到蛋白家族数据库(Pfam)。预测出SSRs 11031个,包含SSRs的Unigene有57799条,包含大于1个SSRs的Unigene有1886条,复合型SSRs943个。预测出53033条CDS序列,其中数据库比对方法预测出47140条,ESTScan预测出5893条。研究结果丰富了大兴安岭草苁蓉的转录组数据,为深入研究大兴安岭草苁蓉生物学特性及分子机制等提供参考,也有利于其资源开发和保护利用。
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关键词
草苁蓉
全长转录组测序
大兴安岭
代谢通路
生物信息分析
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Keywords
Boschniakia rossica
Full-length transcriptome sequencing
Daxing’an Mountains
Metabolic pathway
Bioinformatics analysis
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分类号
S567.239
[农业科学—中草药栽培]
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