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西瓜基因组框架图谱绘制与20份代表性资源重测序研究 被引量:1
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作者 郭绍贵(编译) 许勇(编译) +63 位作者 张建国 孙宏贺 Jerome Salse William JLucas 张海英 Yi Zheng 毛林勇 任毅 王志文 闵久梦 郭晓森 Florent Murat Byung-Kook Ham 张召亮 高山 黄明云 徐益民 钟思林 Aureliano Bombarely Lukas A Mueller 赵泓 何洪巨 张岩 张忠华 黄三文 谭涛 庞尔丽 林魁 胡群 匡汉辉 倪培相 王博 刘景安 孔秋生 侯文菊 邹小花 江姣 宫国义 Kathrin Klee Heiko Schoof 黄莹 胡雪松 董珊珊 梁德全 王娟 吴奎 夏阳 赵翔 郑泽群 邢淼 梁新明 黄邦清 吕添 王军一 尹烨 伊鸿平 李瑞强 吴明珠 Amnon Levil 张兴平 James J Giovannoni 王俊 李云伏 费章君 《中国瓜菜》 CAS 北大核心 2019年第8期193-195,共3页
目的与意义:西瓜是一种重要的葫芦科作物,占全世界蔬菜生产面积的7%.经过长期人工选育,西瓜遗传多样性变的十分狭窄,已成为西瓜品种改良的瓶颈.本研究以东亚类型高品质西瓜品种‘97103’为材料进行西瓜全基因组序列分析,并开展20份代表... 目的与意义:西瓜是一种重要的葫芦科作物,占全世界蔬菜生产面积的7%.经过长期人工选育,西瓜遗传多样性变的十分狭窄,已成为西瓜品种改良的瓶颈.本研究以东亚类型高品质西瓜品种‘97103’为材料进行西瓜全基因组序列分析,并开展20份代表性西瓜资源的基因组重测序分析,以明确西瓜基因组结构和进化历程,阐明果实品质和维管束信号传导等重要生物学过程的分子机制. 展开更多
关键词 全基因组 测序分析 西瓜 资源 图谱 框架 品种改良 果实品质
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元基因组学方法在环境微生物中的研究进展 被引量:2
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作者 刘捷孟 戚继 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期51-59,共9页
新一代测序技术的快速发展,使得元基因组学研究方法成为了理解环境微生物群落结构和相互作用的重要手段之一。元基因组学方法不需要将环境样本中的微生物单独分离培养,而是作为整体进行研究,因而可以回避传统研究时分离培养微生物的困... 新一代测序技术的快速发展,使得元基因组学研究方法成为了理解环境微生物群落结构和相互作用的重要手段之一。元基因组学方法不需要将环境样本中的微生物单独分离培养,而是作为整体进行研究,因而可以回避传统研究时分离培养微生物的困难。基于这一优势,人体、海洋和土壤等环境有关的各项环境微生物测序计划相继启动,并取得了一系列重要的研究进展。探讨了元基因组测序数据分析中所经常采用的方法,以及有关流程的优势和局限性,并进一步讨论了这些方法在各种环境微生物研究中的应用和成果。 展开更多
关键词 元基因组 高通量测序 生物信息 环境微生物
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利用Pearson相关系数定量分析生物亲缘关系 被引量:106
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作者 张宇镭 党琰 贺平安 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2005年第33期79-82,99,共5页
论文主要利用计算语言学中使用的统计学方法定量分析生物物种的亲缘关系。以包含生物体遗传信息的核酸序列为研究对象,采用计算语言学的思想和方法,将每一个生物体的核酸序列看作一篇很长的自然语言文本,抽取核酸序列的双核苷酸频率分... 论文主要利用计算语言学中使用的统计学方法定量分析生物物种的亲缘关系。以包含生物体遗传信息的核酸序列为研究对象,采用计算语言学的思想和方法,将每一个生物体的核酸序列看作一篇很长的自然语言文本,抽取核酸序列的双核苷酸频率分布特征向量,用以表征其数字特征。而后采用PearsonCorrelationCoefficient(Pearson相关系数)定量分析其亲缘关系的远近程度。将119个细菌的全基因组核酸序列进行两两比对,对所得的7021个r值进行分析,得出的结论是:亲缘关系越相近的物种,其Pearson相关系数越大。取定0.985作为“属”的分界阈值时,得到召回率为75.824%,准确率为73.404%。论文对定量分析生物学核酸序列的相似性和对生物亲缘关系远近的建模有重要的实际意义。 展开更多
关键词 Pearson相关系数 核酸序列 自然语言文本
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