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基于可变剪接的头颈鳞癌亚型与肿瘤微环境的关系
1
作者
周仕敏
张丽
毛敏
《实用口腔医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期203-209,共7页
目的:利用癌症基因组图谱的头颈鳞癌数据探讨可变剪接与肿瘤微环境的关系。方法:从UCSC-Xena、TIMER2.0、Spliceseq网站分别下载TCGA头颈鳞癌的转录组和临床数据、免疫浸润数据以及剪接百分比数据。根据剪接数据对肿瘤样本进行分型,对...
目的:利用癌症基因组图谱的头颈鳞癌数据探讨可变剪接与肿瘤微环境的关系。方法:从UCSC-Xena、TIMER2.0、Spliceseq网站分别下载TCGA头颈鳞癌的转录组和临床数据、免疫浸润数据以及剪接百分比数据。根据剪接数据对肿瘤样本进行分型,对各型进行通路富集及肿瘤微环境分析。结果:共纳入485例肿瘤和41例正常样本,涉及剪接事件6 720个,基因3 330个。一致性聚类将头颈鳞癌分成4个亚型。亚型间的预后及部分临床特征差异显著。4个亚型间有不同的微环境特征和检查点基因特征。结论:头颈鳞癌的可变剪接与临床表型及肿瘤微环境密切相关。基于可变剪接的头颈鳞癌分型有一定的免疫靶点选择和研究的提示作用。
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关键词
可变剪接
头颈鳞癌
肿瘤微环境
免疫检查点
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题名
基于可变剪接的头颈鳞癌亚型与肿瘤微环境的关系
1
作者
周仕敏
张丽
毛敏
机构
国药东风茅箭医院口腔科
湖北医药学院附属太和
医院
口腔科
出处
《实用口腔医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期203-209,共7页
基金
湖北省自然科学基金项目(编号:2019CFB450)。
文摘
目的:利用癌症基因组图谱的头颈鳞癌数据探讨可变剪接与肿瘤微环境的关系。方法:从UCSC-Xena、TIMER2.0、Spliceseq网站分别下载TCGA头颈鳞癌的转录组和临床数据、免疫浸润数据以及剪接百分比数据。根据剪接数据对肿瘤样本进行分型,对各型进行通路富集及肿瘤微环境分析。结果:共纳入485例肿瘤和41例正常样本,涉及剪接事件6 720个,基因3 330个。一致性聚类将头颈鳞癌分成4个亚型。亚型间的预后及部分临床特征差异显著。4个亚型间有不同的微环境特征和检查点基因特征。结论:头颈鳞癌的可变剪接与临床表型及肿瘤微环境密切相关。基于可变剪接的头颈鳞癌分型有一定的免疫靶点选择和研究的提示作用。
关键词
可变剪接
头颈鳞癌
肿瘤微环境
免疫检查点
Keywords
Alternative splicing
Squamous cell carcinoma of the head and neck
Tumor microenvironment
Immune checkpoint
分类号
R739.8 [医药卫生—肿瘤]
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出处
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被引量
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1
基于可变剪接的头颈鳞癌亚型与肿瘤微环境的关系
周仕敏
张丽
毛敏
《实用口腔医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023
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