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玉山黑猪两种头型遗传机制的初步解析
被引量：
1
1
作者
王成斌
王小鹏
+4 位作者
郑小明
陈浩
张俊杰
郭源梅
丁能水
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第8期1585-1593,共9页
旨在检测"马脸"型和"狮子头"型玉山黑猪在基因组上的遗传分化信号,结合全基因组关联分析(GWAS),鉴别影响玉山黑猪两种头型的候选基因并探寻其可能的形成机理。本研究选取玉山黑猪国家保种场的24头"马脸"...
旨在检测"马脸"型和"狮子头"型玉山黑猪在基因组上的遗传分化信号,结合全基因组关联分析(GWAS),鉴别影响玉山黑猪两种头型的候选基因并探寻其可能的形成机理。本研究选取玉山黑猪国家保种场的24头"马脸"型个体和12头"狮子头"型个体,利用Illumina猪60KSNP芯片对这些个体进行扫描和基因分型。基于60K SNP芯片数据,检测"马脸"型和"狮子头"型两个类群间的遗传分化系数(Fst)。同时,进行病例-对照的GWAS分析和连锁不平衡(LD)分析,根据Fst、GWAS和LD分析结果确定重要候选基因。结果表明,两个群体间最强的遗传分化信号位于猪10号染色体,GWAS同样在该区域检测到显著的关联位点。LD及单倍型分析将置信区间锁定在该染色体11.76~12.05 Mb的一段290kb的区域。本研究基于猪60K芯片数据,通过遗传分化分析、全基因组关联分析和连锁不平衡分析等手段,初步推测RAB3GAP2和IASR2为影响玉山黑猪头型的候选基因,该结果为进一步解析中国地方猪不同头型的形成机制奠定了基础。
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关键词
玉山黑猪
遗传分化信号
全基因组关联分析
头型
候选基因
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职称材料
题名
玉山黑猪两种头型遗传机制的初步解析
被引量：
1
1
作者
王成斌
王小鹏
郑小明
陈浩
张俊杰
郭源梅
丁能水
机构
江西农业大学省部共建
猪
遗传改良与养殖技术
国家
重点实验室
国家级
玉
江猪
(
玉
山
黑
猪
)
保
种
场
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第8期1585-1593,共9页
基金
江西省生猪产业技术体系(JXARS-01)
文摘
旨在检测"马脸"型和"狮子头"型玉山黑猪在基因组上的遗传分化信号,结合全基因组关联分析(GWAS),鉴别影响玉山黑猪两种头型的候选基因并探寻其可能的形成机理。本研究选取玉山黑猪国家保种场的24头"马脸"型个体和12头"狮子头"型个体,利用Illumina猪60KSNP芯片对这些个体进行扫描和基因分型。基于60K SNP芯片数据,检测"马脸"型和"狮子头"型两个类群间的遗传分化系数(Fst)。同时,进行病例-对照的GWAS分析和连锁不平衡(LD)分析,根据Fst、GWAS和LD分析结果确定重要候选基因。结果表明,两个群体间最强的遗传分化信号位于猪10号染色体,GWAS同样在该区域检测到显著的关联位点。LD及单倍型分析将置信区间锁定在该染色体11.76~12.05 Mb的一段290kb的区域。本研究基于猪60K芯片数据,通过遗传分化分析、全基因组关联分析和连锁不平衡分析等手段,初步推测RAB3GAP2和IASR2为影响玉山黑猪头型的候选基因,该结果为进一步解析中国地方猪不同头型的形成机制奠定了基础。
关键词
玉山黑猪
遗传分化信号
全基因组关联分析
头型
候选基因
Keywords
Yushan Black pig
genetic differentiation signatures
GWAS
head type
candidate genc
分类号
S828.2 [农业科学—畜牧学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
玉山黑猪两种头型遗传机制的初步解析
王成斌
王小鹏
郑小明
陈浩
张俊杰
郭源梅
丁能水
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
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