卒中是全球第二大死亡原因,也是我国伤残调整生命年(disability-adjusted life years,DALYs)的首位原因,探索卒中的遗传学机制对减轻卒中的疾病负担至关重要[1-2]。除少数卒中的病因为单基因突变外,多数卒中是多因素复杂性疾病,因此卒...卒中是全球第二大死亡原因,也是我国伤残调整生命年(disability-adjusted life years,DALYs)的首位原因,探索卒中的遗传学机制对减轻卒中的疾病负担至关重要[1-2]。除少数卒中的病因为单基因突变外,多数卒中是多因素复杂性疾病,因此卒中的基因组学研究面临诸多挑战。在卒中的基因组学研究中,全基因组关联分析(genome wide association study,GWAS)是最常用的方法。展开更多
目的通过对人脑胚胎发育中期的血管组成细胞进行分析,探索围产期卒中性别差异的可能原因。方法对公开发表的性别相关全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)结果和血管单细胞转录组进行联合分析,确定性别差异相关的细胞...目的通过对人脑胚胎发育中期的血管组成细胞进行分析,探索围产期卒中性别差异的可能原因。方法对公开发表的性别相关全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)结果和血管单细胞转录组进行联合分析,确定性别差异相关的细胞类型。通过基因差异表达分析和功能富集分析,确定性别对细胞功能的影响,分析围产期卒中性别差异产生的潜在原因。结果经过判定,在胚胎发育中期血管单细胞转录组数据集的7例样本中,有4例男性和3例女性。典型的周细胞(P=0.018)和处于分裂状态的壁细胞(P=0.011)的表达谱与生物学性别的GWAS关联基因显著相关,而平滑肌细胞、成纤维细胞和全部5种内皮细胞类型与性别GWAS关联基因无明显相关性。总计345个基因在男性周细胞中显著高表达、619个基因在女性周细胞中显著高表达,这些差异表达基因分别富集在独特的生物学通路中,也同时富集在细胞能量代谢相关通路中。结论周细胞具有很强的性别差异性,可能是围产期卒中性别差异产生的原因。展开更多
目的建立并优化适合于脑血管病基因组学数据分析的生物信息流程,促进脑血管病多组学和精准医学研究的开展。方法调研和梳理临床科研需求,参考脑血管病以及群体遗传领域基因组学、遗传学研究,总结常用分析方法。按照研究目标和分析内容...目的建立并优化适合于脑血管病基因组学数据分析的生物信息流程,促进脑血管病多组学和精准医学研究的开展。方法调研和梳理临床科研需求,参考脑血管病以及群体遗传领域基因组学、遗传学研究,总结常用分析方法。按照研究目标和分析内容的不同,对生物信息学流程进行模块化设计。依托中国国家卒中登记Ⅲ(China national stroke registry-Ⅲ,CNSR-Ⅲ)研究产生的基因组学数据,在高性能运算集群(浮点运算能力375万亿次/秒)进行分析流程的搭建、测试和优化。结果本研究搭建的生物信息学分析流程,包括数据质控、关联分析、连锁分析、遗传变异注释、跨组学分析等多个模块。通过使用相应模块对上万例CNSR-Ⅲ样本的基因组学数据进行质控和分析,最终确认10241例数据质控合格、无3度以内亲缘关系的全基因组测序样本用于全基因组关联分析。结论结合脑血管病的特点,优化生物信息学分析流程,可以为脑血管病多组学研究提供数据保障,提升研究效率,为脑血管病风险评估、诊断与个体化治疗提供依据。展开更多
研究提示,外周血白细胞发生Y染色体嵌合缺失(mosaic loss of chromosome Y,mLOY)增加全因死亡和心脑血管等年龄相关疾病的风险。mLOY是男性特有的遗传变异因素,高龄、吸烟、空气污染等可能是mLOY的危险因素。近年来的全基因组关联分析(g...研究提示,外周血白细胞发生Y染色体嵌合缺失(mosaic loss of chromosome Y,mLOY)增加全因死亡和心脑血管等年龄相关疾病的风险。mLOY是男性特有的遗传变异因素,高龄、吸烟、空气污染等可能是mLOY的危险因素。近年来的全基因组关联分析(genome wide association studies,GWAS)研究发现了不少与mLOY相关的基因位点。基础研究和基于人类基因数据库的分析提示mLOY对心脑血管疾病的发生和复发、预后有不良影响,其可能机制有“免疫监控”假说和“共同土壤”假说。目前针对mLOY的检测方法主要是于单核苷酸多态性基因微阵列测序数据或全基因组测序数据,其中前者的应用更为广泛。展开更多
文摘卒中是全球第二大死亡原因,也是我国伤残调整生命年(disability-adjusted life years,DALYs)的首位原因,探索卒中的遗传学机制对减轻卒中的疾病负担至关重要[1-2]。除少数卒中的病因为单基因突变外,多数卒中是多因素复杂性疾病,因此卒中的基因组学研究面临诸多挑战。在卒中的基因组学研究中,全基因组关联分析(genome wide association study,GWAS)是最常用的方法。
文摘目的通过对人脑胚胎发育中期的血管组成细胞进行分析,探索围产期卒中性别差异的可能原因。方法对公开发表的性别相关全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)结果和血管单细胞转录组进行联合分析,确定性别差异相关的细胞类型。通过基因差异表达分析和功能富集分析,确定性别对细胞功能的影响,分析围产期卒中性别差异产生的潜在原因。结果经过判定,在胚胎发育中期血管单细胞转录组数据集的7例样本中,有4例男性和3例女性。典型的周细胞(P=0.018)和处于分裂状态的壁细胞(P=0.011)的表达谱与生物学性别的GWAS关联基因显著相关,而平滑肌细胞、成纤维细胞和全部5种内皮细胞类型与性别GWAS关联基因无明显相关性。总计345个基因在男性周细胞中显著高表达、619个基因在女性周细胞中显著高表达,这些差异表达基因分别富集在独特的生物学通路中,也同时富集在细胞能量代谢相关通路中。结论周细胞具有很强的性别差异性,可能是围产期卒中性别差异产生的原因。
文摘目的建立并优化适合于脑血管病基因组学数据分析的生物信息流程,促进脑血管病多组学和精准医学研究的开展。方法调研和梳理临床科研需求,参考脑血管病以及群体遗传领域基因组学、遗传学研究,总结常用分析方法。按照研究目标和分析内容的不同,对生物信息学流程进行模块化设计。依托中国国家卒中登记Ⅲ(China national stroke registry-Ⅲ,CNSR-Ⅲ)研究产生的基因组学数据,在高性能运算集群(浮点运算能力375万亿次/秒)进行分析流程的搭建、测试和优化。结果本研究搭建的生物信息学分析流程,包括数据质控、关联分析、连锁分析、遗传变异注释、跨组学分析等多个模块。通过使用相应模块对上万例CNSR-Ⅲ样本的基因组学数据进行质控和分析,最终确认10241例数据质控合格、无3度以内亲缘关系的全基因组测序样本用于全基因组关联分析。结论结合脑血管病的特点,优化生物信息学分析流程,可以为脑血管病多组学研究提供数据保障,提升研究效率,为脑血管病风险评估、诊断与个体化治疗提供依据。
文摘研究提示,外周血白细胞发生Y染色体嵌合缺失(mosaic loss of chromosome Y,mLOY)增加全因死亡和心脑血管等年龄相关疾病的风险。mLOY是男性特有的遗传变异因素,高龄、吸烟、空气污染等可能是mLOY的危险因素。近年来的全基因组关联分析(genome wide association studies,GWAS)研究发现了不少与mLOY相关的基因位点。基础研究和基于人类基因数据库的分析提示mLOY对心脑血管疾病的发生和复发、预后有不良影响,其可能机制有“免疫监控”假说和“共同土壤”假说。目前针对mLOY的检测方法主要是于单核苷酸多态性基因微阵列测序数据或全基因组测序数据,其中前者的应用更为广泛。
