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基于肿瘤浸润免疫细胞构建胰腺癌预后和免疫治疗效果的风险评分模型
被引量：
2
1
作者
魏训东
邓俊杰
+2 位作者
左雯
马洁
汪毅
《中国医学前沿杂志（电子版）》
2022年第9期23-33,共11页
目的胰腺癌是一种恶性程度极高的肿瘤,在全球范围内死亡率极高。本研究的目的是分析胰腺癌的肿瘤免疫微环境,确定预后相关免疫生物标志物和潜在靶点。方法利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)胰腺癌数据库和基因表达综合...
目的胰腺癌是一种恶性程度极高的肿瘤,在全球范围内死亡率极高。本研究的目的是分析胰腺癌的肿瘤免疫微环境,确定预后相关免疫生物标志物和潜在靶点。方法利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)胰腺癌数据库和基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO数据库),进行单样本基因集富集分析以评估肿瘤组织浸润24种免疫细胞类型的比例。通过最小绝对收缩和选择算子分析确定关键免疫细胞类型,并用于建立风险评分模型(risk scoring model,RSM)。结果RSM在TCGA队列中被验证为一种强有力的总体生存预后工具(P<0.05),1年、3年和5年总生存期的曲线下面积分别为0.789、0.764和0.887。此外,基于患者临床信息构建的列线图生成了拟合良好的校准曲线。通过分析免疫相关基因和肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB),发现胰腺癌TMB与RSM评分高度相关,RSM评分可以在一定程度上对免疫治疗的预后进行预测。RSM的可靠性通过GEO数据库中的GSE62452和GSE28735数据集成功验证。结论通过单样本基因集富集方法可预测胰腺癌浸润免疫细胞图谱,基于浸润免疫细胞建立了一个有效评估胰腺癌预后和免疫治疗反应的风险评分模型。
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关键词
肿瘤浸润免疫细胞
胰腺癌
生物信息学分析
TCGA数据库
生存模型
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职称材料
上皮基质相互作用蛋白1在胃癌组织中的表达以及对胃癌细胞增殖、凋亡等生物学功能的影响
被引量：
1
2
作者
马肖
张兴华
+1 位作者
汪毅
解亦斌
《中国医学前沿杂志（电子版）》
2022年第9期16-22,共7页
目的探讨上皮基质相互作用蛋白1(epithelial stromal interaction 1,EPSTI1)基因在胃癌组织中的表达情况以及该基因对胃癌细胞增殖、凋亡、克隆形成等生物学功能的影响。方法利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库筛...
目的探讨上皮基质相互作用蛋白1(epithelial stromal interaction 1,EPSTI1)基因在胃癌组织中的表达情况以及该基因对胃癌细胞增殖、凋亡、克隆形成等生物学功能的影响。方法利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库筛选出在人的胃癌组织中比相应癌旁组织中高表达的基因,选取EPSTI1作为候选基因来进一步研究。对人的胃癌细胞进行稳定敲降EPSTI1基因后,应用Celigo细胞计数的方法检测胃癌细胞增殖能力的改变,应用集落形成实验检测胃癌细胞克隆形成能力的改变,应用流式细胞术以及Caspase3/7活性实验检测胃癌细胞凋亡能力的改变。应用实时荧光定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qPCR)检测EPSTI1在不同分期的胃癌组织中的mRNA表达水平。结果TCGA数据结果显示EPSTI1在32对人的胃癌组织中比癌旁组织高表达。体外细胞学功能试验表明:敲降EPSTI1可以有效抑制人胃癌细胞(AGS和SGC-7901)的增殖及克隆形成,敲降EPSTI1可以激活胃癌细胞(AGS和SGC-7901)的Caspase3/7活性并促进其凋亡。临床标本检测发现:EPSTI1在Ⅲ/Ⅳ期胃癌组织中的表达水平显著高于Ⅰ/Ⅱ期。结论EPSTI1能够促进胃癌细胞的增殖并且抑制其凋亡,在胃癌的进展中起到了促癌的作用,有望成为治疗胃癌的一个新靶点。
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关键词
胃癌
EPSTI1
增殖
凋亡
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职称材料
题名
基于肿瘤浸润免疫细胞构建胰腺癌预后和免疫治疗效果的风险评分模型
被引量：
2
1
作者
魏训东
邓俊杰
左雯
马洁
汪毅
机构
北京
医院
生物治疗
中心
国家
老年
医学
中心
中国医学科学院
老年
医学
研究
院
齐鲁制药有限公司非
临床
开发部
国家癌症中心国家肿瘤临床医学研究中心中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院vip病房
出处
《中国医学前沿杂志（电子版）》
2022年第9期23-33,共11页
基金
国家自然科学基金项目(82173109)
中国医学科学院医学与健康科技创新工程(2021-I2M-1-050)。
文摘
目的胰腺癌是一种恶性程度极高的肿瘤,在全球范围内死亡率极高。本研究的目的是分析胰腺癌的肿瘤免疫微环境,确定预后相关免疫生物标志物和潜在靶点。方法利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)胰腺癌数据库和基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO数据库),进行单样本基因集富集分析以评估肿瘤组织浸润24种免疫细胞类型的比例。通过最小绝对收缩和选择算子分析确定关键免疫细胞类型,并用于建立风险评分模型(risk scoring model,RSM)。结果RSM在TCGA队列中被验证为一种强有力的总体生存预后工具(P<0.05),1年、3年和5年总生存期的曲线下面积分别为0.789、0.764和0.887。此外,基于患者临床信息构建的列线图生成了拟合良好的校准曲线。通过分析免疫相关基因和肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB),发现胰腺癌TMB与RSM评分高度相关,RSM评分可以在一定程度上对免疫治疗的预后进行预测。RSM的可靠性通过GEO数据库中的GSE62452和GSE28735数据集成功验证。结论通过单样本基因集富集方法可预测胰腺癌浸润免疫细胞图谱,基于浸润免疫细胞建立了一个有效评估胰腺癌预后和免疫治疗反应的风险评分模型。
关键词
肿瘤浸润免疫细胞
胰腺癌
生物信息学分析
TCGA数据库
生存模型
Keywords
Tumor infiltrating immune cells
Pancreatic cancer
Bioinformatics
The Cancer Genome Atlas
Survival model
分类号
R735.9 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
上皮基质相互作用蛋白1在胃癌组织中的表达以及对胃癌细胞增殖、凋亡等生物学功能的影响
被引量：
1
2
作者
马肖
张兴华
汪毅
解亦斌
机构
首都医科大学附属
北京
友谊
医院
检验科
首都医科大学附属
北京
友谊
医院
消化内科
国家
消化系统疾病
临床医学
研究
中心
消化分
中心
国家癌症中心国家肿瘤临床医学研究中心中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院vip病房
国家癌症中心
国家
肿瘤
临床医学
研究
中心
中国医学科学院
北京协和医学院
肿瘤
医院
胰胃外科
出处
《中国医学前沿杂志（电子版）》
2022年第9期16-22,共7页
基金
中国医学科学院医学与健康科技创新工程(2016-I2M-1-007)
首都医科大学附属北京友谊医院“种子计划”(YYZZ202019)。
文摘
目的探讨上皮基质相互作用蛋白1(epithelial stromal interaction 1,EPSTI1)基因在胃癌组织中的表达情况以及该基因对胃癌细胞增殖、凋亡、克隆形成等生物学功能的影响。方法利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库筛选出在人的胃癌组织中比相应癌旁组织中高表达的基因,选取EPSTI1作为候选基因来进一步研究。对人的胃癌细胞进行稳定敲降EPSTI1基因后,应用Celigo细胞计数的方法检测胃癌细胞增殖能力的改变,应用集落形成实验检测胃癌细胞克隆形成能力的改变,应用流式细胞术以及Caspase3/7活性实验检测胃癌细胞凋亡能力的改变。应用实时荧光定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qPCR)检测EPSTI1在不同分期的胃癌组织中的mRNA表达水平。结果TCGA数据结果显示EPSTI1在32对人的胃癌组织中比癌旁组织高表达。体外细胞学功能试验表明:敲降EPSTI1可以有效抑制人胃癌细胞(AGS和SGC-7901)的增殖及克隆形成,敲降EPSTI1可以激活胃癌细胞(AGS和SGC-7901)的Caspase3/7活性并促进其凋亡。临床标本检测发现:EPSTI1在Ⅲ/Ⅳ期胃癌组织中的表达水平显著高于Ⅰ/Ⅱ期。结论EPSTI1能够促进胃癌细胞的增殖并且抑制其凋亡,在胃癌的进展中起到了促癌的作用,有望成为治疗胃癌的一个新靶点。
关键词
胃癌
EPSTI1
增殖
凋亡
Keywords
Gastric cancer
EPSTI1
Proliferation
Apoptosis
分类号
R735.2 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于肿瘤浸润免疫细胞构建胰腺癌预后和免疫治疗效果的风险评分模型
魏训东
邓俊杰
左雯
马洁
汪毅
《中国医学前沿杂志（电子版）》
2022
2
在线阅读
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职称材料
2
上皮基质相互作用蛋白1在胃癌组织中的表达以及对胃癌细胞增殖、凋亡等生物学功能的影响
马肖
张兴华
汪毅
解亦斌
《中国医学前沿杂志（电子版）》
2022
1
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