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转录因子NRF3结构、功能及其表达调控的研究进展
1
作者
吴宇财
钱金钦
+2 位作者
何宇辉
李学松
巩艳青
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第8期1493-1498,共6页
“帽领”(Capncollar,CNC)家族包括果蝇CNC1,线虫Skn-1,脊椎动物核因子E2样蛋白1(nuclear factor E2-like protein 1,NFE2L1)/核因子E2相关因子1(nuclear factor E2-related factor 1,NRF1)、NFE2L2/NRF2和NFE2L3/NRF3,以及相似性较低的...
“帽领”(Capncollar,CNC)家族包括果蝇CNC1,线虫Skn-1,脊椎动物核因子E2样蛋白1(nuclear factor E2-like protein 1,NFE2L1)/核因子E2相关因子1(nuclear factor E2-related factor 1,NRF1)、NFE2L2/NRF2和NFE2L3/NRF3,以及相似性较低的BACH1和BACH2蛋白[1]。在信号传递过程中,CNC因子与小Maf家族蛋白形成异源二聚体,以进一步识别并结合多种反应元件如NFE2、Maf识别元件(Maf recognition element,MARE)、抗氧化反应元件(antioxidant response element,ARE)、应激反应元件(stress response element,STRE)和亲电子反应元件(electrophile response element,EpRE),进而调控靶基因的表达[2]。
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关键词
NRF3蛋白
转录因子
表达调控
生物学功能
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职称材料
核转出蛋白对前列腺癌雄激素受体稳定性的调节
被引量:
1
2
作者
巩艳青
张崔建
+3 位作者
何世明
李学松
周利群
郭应禄
《北京大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第4期569-574,共6页
目的:探讨位于雄激素受体(androgen receptor,AR)配体结合域中具有出核转运信号肽的核转出蛋白(nuclear export signal of androgen receptor,NESAR)对前列腺癌雄激素受体蛋白表达和稳定性调节的机制。方法:绿色荧光蛋白(green fluoresc...
目的:探讨位于雄激素受体(androgen receptor,AR)配体结合域中具有出核转运信号肽的核转出蛋白(nuclear export signal of androgen receptor,NESAR)对前列腺癌雄激素受体蛋白表达和稳定性调节的机制。方法:绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)融合蛋白表达载体p EGFP-AR(1-918aa),p EGFP-NESAR(743-817aa),p EGFP-NAR(1-665aa)和p EGFP-NAR-NESAR,及NESAR的赖氨酸突变体(赖氨酸K突变为精氨酸R)p EGFPNESAR K776R,p EGFP-NESAR K807R和p EGFP-NESAR K776R/K807R,瞬时转染前列腺癌细胞PC3后,采用荧光显微镜、蛋白质免疫印迹和免疫沉淀,检测NESAR对雄激素受体稳定性的调节。结果:在荧光显微镜下,含NESAR的融合蛋白呈胞浆定位,荧光信号强度比不含NESAR的融合蛋白明显减弱,且含NESAR的融合蛋白表达水平显著低于不含NESAR的融合蛋白表达水平。在蛋白合成抑制剂放线菌酮处理下,GFP-NESAR和GFP-NAR-NESAR的半衰期小于6 h,而对照GFP和GFP-NAR的表达相对更稳定,半衰期大于24 h。融合蛋白GFP-NESAR在蛋白酶体抑制剂MG132的处理下,其蛋白表达显著增加,并呈现剂量依赖性,而MG132对GFP蛋白稳定性没有显著影响;在蛋白合成被抑制的情况下,MG132同样显著抑制了GFP-NESAR融合蛋白的降解,且蛋白表达呈剂量依赖性的增加。GFP免疫沉淀的结果显示,GFP-NESAR融合蛋白的泛素化水平明显高于GFP对照。赖氨酸位点K776和K807突变的NESAR的泛素化水平显著降低,且蛋白稳定性提高,赖氨酸位点K776和K807是介导NESAR发生泛素化的关键氨基酸残基。结论:核转出蛋白NESAR具有降解不稳定性,作为多聚泛素化修饰的识别信号,介导了其融合蛋白在前列腺癌细胞中通过泛素-蛋白酶体途径的降解。本研究为AR蛋白水平和/或活性的调控开辟一种新的研究思路,有助于对AR降解分子机制的了解和在前列腺癌产生去势抗性的过程中对AR靶向的密切调控。
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关键词
雄激素受体
核转出蛋白
泛素蛋白酶体途径
降解
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职称材料
面向异质性医学图像处理的深度学习算法综述
被引量:
3
3
作者
马梓博
米悦
+4 位作者
张波
张征
吴静云
黄海文
王文东
《软件学报》
EI
CSCD
北大核心
2023年第10期4870-4915,共46页
近年来深度学习技术在诸多计算机视觉任务上取得了令人瞩目的进步,也让越来越多的研究者尝试将其应用于医学图像处理领域,如面向高通量医学图像(CT、MRI)的解剖结构分割等,旨在为医生提供诊断辅助,提高其阅片效率.由于训练医学图像处理...
近年来深度学习技术在诸多计算机视觉任务上取得了令人瞩目的进步,也让越来越多的研究者尝试将其应用于医学图像处理领域,如面向高通量医学图像(CT、MRI)的解剖结构分割等,旨在为医生提供诊断辅助,提高其阅片效率.由于训练医学图像处理的深度学习模型同样需要大量的标注数据,同一医疗机构的数据往往不能满足需求,而受设备和采集协议的差异的影响,不同医疗机构的数据具有很大的异质性,这导致通过某些医疗机构的数据训练得到模型很难在其他医疗机构的数据上取得可靠的结果.此外,不同的医疗数据在患者个体病情阶段的分布上也往往是十分不均匀的,这同样会降低模型的可靠性.为了减少数据异质性的影响,提高模型的泛化能力,域适应、多站点学习等技术应运而生.其中域适应技术作为迁移学习中的研究热点,旨在将源域上学习的知识迁移到未标记的目标域数据上;多站点学习和数据非独立同分布的联邦学习技术则旨在在多个数据集上学习一个共同的表示,以提高模型的鲁棒性.从域适应、多站点学习和数据非独立同分布的联邦学习技术入手,对近年来的相关方法和相关数据集进行了综述、分类和总结,为相关研究提供参考.
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关键词
医学图像处理
深度学习
数据异质性
域适应
多站点学习
联邦学习
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职称材料
成纤维细胞生长因子受体2在肾透明细胞癌中的表达及意义
被引量:
2
4
作者
蔡天玉
朱振鹏
+4 位作者
徐纯如
吉星
吕同德
郭振可
林健
《北京大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期628-635,共8页
目的:研究成纤维细胞生长因子受体2(fibroblast growth factor receptor 2,FGFR2)在肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC;or kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)中的表达情况,对FGFR2的表达与ccRCC临床病理特征...
目的:研究成纤维细胞生长因子受体2(fibroblast growth factor receptor 2,FGFR2)在肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC;or kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)中的表达情况,对FGFR2的表达与ccRCC临床病理特征及预后关系进行分析,并研究FGFR2的表达与其他分子之间作用关系,探讨其在ccRCC发生发展中的作用。方法:从肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库及基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中下载ccRCC患者的基因表达及临床信息资料,进行转化及整理,并收集北京大学第一医院泌尿外科104例临床ccRCC样本及癌旁正常组织样本,进行免疫组织化学染色(immunohistochemistry,IHC),对染色结果进行评分,从而比较ccRCC和癌旁正常组织中FGFR2的蛋白表达情况;采用实时荧光定量聚合酶链反应(quantify real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测正常的肾上皮细胞系(293)和肾细胞癌细胞系(786-O、769-P、OSRC-2、Caki-1、ACHN、A498)中FGFR2的mRNA表达水平;对数据库中的ccRCC患者进行进一步分析,研究FGFR2表达与ccRCC患者临床病理特征(包括TNM分期和病理分级)以及生存预后的关系,分析ccRCC患者中FGFR2表达与B细胞、T细胞、自然杀伤(natural killer,NK)细胞及中性粒细胞浸润的关系,并使用生物交互数据集通用存储库(Biological General Repository for Interactionh Datasets,BioGRID)构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,利用网络研究与FGFR2蛋白相互作用的分子。结果:在TCGA数据库中,相较于正常组织样本,FGFR2在ccRCC组织样本中表达下调,在GEO数据库中的表达也呈现出这一差异,并且FGFR2在ccRCC临床样本及ccRCC细胞系中表达下调,此外,FGFR2表达水平与ccRCC高分级分期相关,与ccRCC患者较好的预后相关,并且FGFR2表达与B细胞、T细胞、NK细胞及中性粒细胞浸润无明显相关关系。PPI网络显示FGFR2蛋白与某些分子间存在相互作用。结论:本研究揭示了FGFR2与ccRCC发生发展的潜在作用关系,提示FGFR2可能作为ccRCC患者的预后标志物和潜在治疗靶点。
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关键词
成纤维细胞生长因子受体2
肾透明细胞癌
生物标志物
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职称材料
题名
转录因子NRF3结构、功能及其表达调控的研究进展
1
作者
吴宇财
钱金钦
何宇辉
李学松
巩艳青
机构
北京大学第一医院
泌
尿
外科
出处
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第8期1493-1498,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.81772703)。
文摘
“帽领”(Capncollar,CNC)家族包括果蝇CNC1,线虫Skn-1,脊椎动物核因子E2样蛋白1(nuclear factor E2-like protein 1,NFE2L1)/核因子E2相关因子1(nuclear factor E2-related factor 1,NRF1)、NFE2L2/NRF2和NFE2L3/NRF3,以及相似性较低的BACH1和BACH2蛋白[1]。在信号传递过程中,CNC因子与小Maf家族蛋白形成异源二聚体,以进一步识别并结合多种反应元件如NFE2、Maf识别元件(Maf recognition element,MARE)、抗氧化反应元件(antioxidant response element,ARE)、应激反应元件(stress response element,STRE)和亲电子反应元件(electrophile response element,EpRE),进而调控靶基因的表达[2]。
关键词
NRF3蛋白
转录因子
表达调控
生物学功能
Keywords
NRF3 protein
Transcriptionfactor
Expressionregulation
Biologicalfunction
分类号
R363 [医药卫生—病理学]
R34 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
核转出蛋白对前列腺癌雄激素受体稳定性的调节
被引量:
1
2
作者
巩艳青
张崔建
何世明
李学松
周利群
郭应禄
机构
北京大学第一医院
泌
尿
外科
出处
《北京大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第4期569-574,共6页
基金
国家自然科学基金(81402083)资助~~
文摘
目的:探讨位于雄激素受体(androgen receptor,AR)配体结合域中具有出核转运信号肽的核转出蛋白(nuclear export signal of androgen receptor,NESAR)对前列腺癌雄激素受体蛋白表达和稳定性调节的机制。方法:绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)融合蛋白表达载体p EGFP-AR(1-918aa),p EGFP-NESAR(743-817aa),p EGFP-NAR(1-665aa)和p EGFP-NAR-NESAR,及NESAR的赖氨酸突变体(赖氨酸K突变为精氨酸R)p EGFPNESAR K776R,p EGFP-NESAR K807R和p EGFP-NESAR K776R/K807R,瞬时转染前列腺癌细胞PC3后,采用荧光显微镜、蛋白质免疫印迹和免疫沉淀,检测NESAR对雄激素受体稳定性的调节。结果:在荧光显微镜下,含NESAR的融合蛋白呈胞浆定位,荧光信号强度比不含NESAR的融合蛋白明显减弱,且含NESAR的融合蛋白表达水平显著低于不含NESAR的融合蛋白表达水平。在蛋白合成抑制剂放线菌酮处理下,GFP-NESAR和GFP-NAR-NESAR的半衰期小于6 h,而对照GFP和GFP-NAR的表达相对更稳定,半衰期大于24 h。融合蛋白GFP-NESAR在蛋白酶体抑制剂MG132的处理下,其蛋白表达显著增加,并呈现剂量依赖性,而MG132对GFP蛋白稳定性没有显著影响;在蛋白合成被抑制的情况下,MG132同样显著抑制了GFP-NESAR融合蛋白的降解,且蛋白表达呈剂量依赖性的增加。GFP免疫沉淀的结果显示,GFP-NESAR融合蛋白的泛素化水平明显高于GFP对照。赖氨酸位点K776和K807突变的NESAR的泛素化水平显著降低,且蛋白稳定性提高,赖氨酸位点K776和K807是介导NESAR发生泛素化的关键氨基酸残基。结论:核转出蛋白NESAR具有降解不稳定性,作为多聚泛素化修饰的识别信号,介导了其融合蛋白在前列腺癌细胞中通过泛素-蛋白酶体途径的降解。本研究为AR蛋白水平和/或活性的调控开辟一种新的研究思路,有助于对AR降解分子机制的了解和在前列腺癌产生去势抗性的过程中对AR靶向的密切调控。
关键词
雄激素受体
核转出蛋白
泛素蛋白酶体途径
降解
Keywords
Androgen receptor
Nuclear export signal of androgen receptor
Ubiquitin proteasome system
Degradation
分类号
R393 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
面向异质性医学图像处理的深度学习算法综述
被引量:
3
3
作者
马梓博
米悦
张波
张征
吴静云
黄海文
王文东
机构
网络与交换
国家
重点实验室(北京邮电大学)
北京邮电大学计算机学院
北京邮电大学现代邮政学院
北京邮电大学国际学院
北京大学第一医院医学影像科
北京大学第一医院
泌
尿
外科
北京大学
泌
尿
外科
研究
所
国家泌尿男生殖系肿瘤研究中心
出处
《软件学报》
EI
CSCD
北大核心
2023年第10期4870-4915,共46页
基金
北京市自然科学基金-海淀原始创新联合基金(L182034)
国家自然科学基金(61802022,61802027)
+1 种基金
中央高校基本科研业务费提升科技创新能力行动计划(2019XD-A12)
中央高校基本科研业务费专项资金(2020RC07)。
文摘
近年来深度学习技术在诸多计算机视觉任务上取得了令人瞩目的进步,也让越来越多的研究者尝试将其应用于医学图像处理领域,如面向高通量医学图像(CT、MRI)的解剖结构分割等,旨在为医生提供诊断辅助,提高其阅片效率.由于训练医学图像处理的深度学习模型同样需要大量的标注数据,同一医疗机构的数据往往不能满足需求,而受设备和采集协议的差异的影响,不同医疗机构的数据具有很大的异质性,这导致通过某些医疗机构的数据训练得到模型很难在其他医疗机构的数据上取得可靠的结果.此外,不同的医疗数据在患者个体病情阶段的分布上也往往是十分不均匀的,这同样会降低模型的可靠性.为了减少数据异质性的影响,提高模型的泛化能力,域适应、多站点学习等技术应运而生.其中域适应技术作为迁移学习中的研究热点,旨在将源域上学习的知识迁移到未标记的目标域数据上;多站点学习和数据非独立同分布的联邦学习技术则旨在在多个数据集上学习一个共同的表示,以提高模型的鲁棒性.从域适应、多站点学习和数据非独立同分布的联邦学习技术入手,对近年来的相关方法和相关数据集进行了综述、分类和总结,为相关研究提供参考.
关键词
医学图像处理
深度学习
数据异质性
域适应
多站点学习
联邦学习
Keywords
medical image processing
deep learning
data heterogeneity
domain adaptation
multi-site learning
federated learning
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
成纤维细胞生长因子受体2在肾透明细胞癌中的表达及意义
被引量:
2
4
作者
蔡天玉
朱振鹏
徐纯如
吉星
吕同德
郭振可
林健
机构
北京大学第一医院
泌
尿
外科
出处
《北京大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期628-635,共8页
基金
国家自然科学基金(82070704)。
文摘
目的:研究成纤维细胞生长因子受体2(fibroblast growth factor receptor 2,FGFR2)在肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC;or kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)中的表达情况,对FGFR2的表达与ccRCC临床病理特征及预后关系进行分析,并研究FGFR2的表达与其他分子之间作用关系,探讨其在ccRCC发生发展中的作用。方法:从肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库及基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中下载ccRCC患者的基因表达及临床信息资料,进行转化及整理,并收集北京大学第一医院泌尿外科104例临床ccRCC样本及癌旁正常组织样本,进行免疫组织化学染色(immunohistochemistry,IHC),对染色结果进行评分,从而比较ccRCC和癌旁正常组织中FGFR2的蛋白表达情况;采用实时荧光定量聚合酶链反应(quantify real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测正常的肾上皮细胞系(293)和肾细胞癌细胞系(786-O、769-P、OSRC-2、Caki-1、ACHN、A498)中FGFR2的mRNA表达水平;对数据库中的ccRCC患者进行进一步分析,研究FGFR2表达与ccRCC患者临床病理特征(包括TNM分期和病理分级)以及生存预后的关系,分析ccRCC患者中FGFR2表达与B细胞、T细胞、自然杀伤(natural killer,NK)细胞及中性粒细胞浸润的关系,并使用生物交互数据集通用存储库(Biological General Repository for Interactionh Datasets,BioGRID)构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,利用网络研究与FGFR2蛋白相互作用的分子。结果:在TCGA数据库中,相较于正常组织样本,FGFR2在ccRCC组织样本中表达下调,在GEO数据库中的表达也呈现出这一差异,并且FGFR2在ccRCC临床样本及ccRCC细胞系中表达下调,此外,FGFR2表达水平与ccRCC高分级分期相关,与ccRCC患者较好的预后相关,并且FGFR2表达与B细胞、T细胞、NK细胞及中性粒细胞浸润无明显相关关系。PPI网络显示FGFR2蛋白与某些分子间存在相互作用。结论:本研究揭示了FGFR2与ccRCC发生发展的潜在作用关系,提示FGFR2可能作为ccRCC患者的预后标志物和潜在治疗靶点。
关键词
成纤维细胞生长因子受体2
肾透明细胞癌
生物标志物
Keywords
Fibroblast growth factor receptor 2
Clear cell renal cell carcinoma
Biomarker
分类号
R34 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
转录因子NRF3结构、功能及其表达调控的研究进展
吴宇财
钱金钦
何宇辉
李学松
巩艳青
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021
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2
核转出蛋白对前列腺癌雄激素受体稳定性的调节
巩艳青
张崔建
何世明
李学松
周利群
郭应禄
《北京大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2017
1
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职称材料
3
面向异质性医学图像处理的深度学习算法综述
马梓博
米悦
张波
张征
吴静云
黄海文
王文东
《软件学报》
EI
CSCD
北大核心
2023
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4
成纤维细胞生长因子受体2在肾透明细胞癌中的表达及意义
蔡天玉
朱振鹏
徐纯如
吉星
吕同德
郭振可
林健
《北京大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022
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