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枣DCL基因家族注释及其在枣疯病发生中的表达模式分析
被引量：
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作者
张亚婕
黄玉静
+6 位作者
姚佳
曹懂懂
李君毅
王梦丽
李萌
李继东
冯建灿
《河南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期936-945,共10页
【目的】从枣基因组中注释枣DCL(dicer-like)基因家族成员,对其在枣疯病发生过程中的表达模式进行分析,研究枣DCL基因家族在响应植原体侵染中的作用。【方法】从NCBI网站下载冬枣基因组(Genebank号JREP00000000)数据,以拟南芥DCL蛋白序...
【目的】从枣基因组中注释枣DCL(dicer-like)基因家族成员,对其在枣疯病发生过程中的表达模式进行分析,研究枣DCL基因家族在响应植原体侵染中的作用。【方法】从NCBI网站下载冬枣基因组(Genebank号JREP00000000)数据,以拟南芥DCL蛋白序列为探针,使用生物信息学方法筛选得到枣DCL家族成员,分析其染色体位置、基因及蛋白结构、系统进化和保守基序特征,对枣DCL基因家族成员在枣疯病发生过程中的转录组数据进行分析,并对各成员在枣疯病发生过程中的动态进行实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)定量。【结果】以4个拟南芥DCL蛋白为探针,注释了11个枣DCL成员(ZjDCLs),其蛋白分子质量范围为15 217.48~225 623.49 D,等电点为5.82~9.05。11个枣DCL基因不均匀分布在6条枣染色体上,其中1号染色体上的最多。根据和拟南芥4个DCL的进化关系可将11个枣DCL成员分为4类。基因结构分析表明,ZjDCL3和ZjDCL7外显子数量最多为25个,保守基序分析表明,枣DCL的结构较为保守。转录组数据分析表明,10个枣DCL基因在枣疯病发生过程中有表达,ZjDCL6在第Ⅳ个时期的表达量最高,qRT-PCR定量分析表明,ZjDCL6,ZjDCL8和ZjDCL10在不同时期健康树和病树之间差异变化较大。【结论】枣基因组中有11个DCL基因家族成员,结构较为保守,其中ZjDCL6,ZjDCL8和ZjDCL10在枣响应植原体侵染中起重要作用。
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关键词
枣疯病
植原体
DCL基因家族
植物防御
表达模式
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题名
枣DCL基因家族注释及其在枣疯病发生中的表达模式分析
被引量：
1
1
作者
张亚婕
黄玉静
姚佳
曹懂懂
李君毅
王梦丽
李萌
李继东
冯建灿
机构
河南农业大学林学院
河南省科学
技术
情报
中心
国家林业和草原局农田防护林工程技术研究中心
河南农业大学园艺学院
出处
《河南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期936-945,共10页
基金
国家自然科学基金项目(32071803)
河南省自然科学基金项目(232300420007)
河南省科技兴林项目(2023008)。
文摘
【目的】从枣基因组中注释枣DCL(dicer-like)基因家族成员,对其在枣疯病发生过程中的表达模式进行分析,研究枣DCL基因家族在响应植原体侵染中的作用。【方法】从NCBI网站下载冬枣基因组(Genebank号JREP00000000)数据,以拟南芥DCL蛋白序列为探针,使用生物信息学方法筛选得到枣DCL家族成员,分析其染色体位置、基因及蛋白结构、系统进化和保守基序特征,对枣DCL基因家族成员在枣疯病发生过程中的转录组数据进行分析,并对各成员在枣疯病发生过程中的动态进行实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)定量。【结果】以4个拟南芥DCL蛋白为探针,注释了11个枣DCL成员(ZjDCLs),其蛋白分子质量范围为15 217.48~225 623.49 D,等电点为5.82~9.05。11个枣DCL基因不均匀分布在6条枣染色体上,其中1号染色体上的最多。根据和拟南芥4个DCL的进化关系可将11个枣DCL成员分为4类。基因结构分析表明,ZjDCL3和ZjDCL7外显子数量最多为25个,保守基序分析表明,枣DCL的结构较为保守。转录组数据分析表明,10个枣DCL基因在枣疯病发生过程中有表达,ZjDCL6在第Ⅳ个时期的表达量最高,qRT-PCR定量分析表明,ZjDCL6,ZjDCL8和ZjDCL10在不同时期健康树和病树之间差异变化较大。【结论】枣基因组中有11个DCL基因家族成员,结构较为保守,其中ZjDCL6,ZjDCL8和ZjDCL10在枣响应植原体侵染中起重要作用。
关键词
枣疯病
植原体
DCL基因家族
植物防御
表达模式
Keywords
jujube witches’broom disease
phytoplasma
DCL gene family
plant defense
expression pattern
分类号
S723 [农业科学—林木遗传育种]
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作者
出处
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被引量
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1
枣DCL基因家族注释及其在枣疯病发生中的表达模式分析
张亚婕
黄玉静
姚佳
曹懂懂
李君毅
王梦丽
李萌
李继东
冯建灿
《河南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
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