目的运用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的B细胞、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T(Th)细胞的抗原表位.方法从NCBI数据库检索SARS-CoV-2蛋白序列,根据抗原性≥0.5和氨基酸数≥100进行筛选,最终的蛋白序列用...目的运用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的B细胞、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T(Th)细胞的抗原表位.方法从NCBI数据库检索SARS-CoV-2蛋白序列,根据抗原性≥0.5和氨基酸数≥100进行筛选,最终的蛋白序列用于后续的抗原肽的预测.用蛋白质结构预测软件Phyre2进行三维结构的预测、蛋白质模型结构的细化软件GalaxyRefine优化蛋白的三维结构,最后用蛋白质结构同源建模SWISS-MODEL系统对优化后的结构进行准确性评估.蛋白序列用于CTL、Th细胞和线性B细胞抗原肽预测,三维结构用于结构性B细胞抗原预测.免疫表位数据库和分析资源(IEDB)预测SARS-CoV-2的CTL和Th细胞抗原表位,B细胞线性抗原肽预测软件Bepipred Linear Epitope Prediction 2.0和B细胞结构抗原肽预测软件ElliPro-Epitope prediction based upon structural protrusion分别预测B细胞线性和结构抗原肽.结果从NCBI数据库获得了27个SARS-CoV-2的蛋白序列,去掉抗原性<0.5和氨基酸数<100的蛋白质后,最终选定9个蛋白进行后续抗原肽预测.最终获得了24个CTL、20个Th细胞、12个B细胞线性表位和16个B细胞结构表位.结论获得的抗原表位可用于后续多表位疫苗的设计,相较于只针对单种蛋白靶点的抗原表位而言,多靶点抗原表位具有更强的免疫原性,这些抗原表位对SARS-CoV-2疫苗而言,具有一定的参考价值.展开更多
目的比较2018年中国指南与2019年欧洲心脏病学会(european society of cardiology,ESC)指南预后评分在预测急性肺栓塞(acute pulmonary embolism,APE)患者30 d全因死亡效能中的价值。方法回顾性收集2015年1月至2019年12月贵州省人民医...目的比较2018年中国指南与2019年欧洲心脏病学会(european society of cardiology,ESC)指南预后评分在预测急性肺栓塞(acute pulmonary embolism,APE)患者30 d全因死亡效能中的价值。方法回顾性收集2015年1月至2019年12月贵州省人民医院确诊APE住院患者资料,按照30 d死亡与否分为死亡组及生存组,并根据性别、血氧饱和度及感染情况进行亚组分析。使用SPSS软件绘制两个评分受试者工作特征曲线(ROC)并计算曲线下面积(AUC),应用Delong′s检验比较AUC差异,使用R软件survival包、survIDINRI包、PredictABEL包计算净重分类指数(NRI)及综合判别改善指数(IDI)。结果共纳入626例APE患者进行分析,使用两个评分对APE患者30 d死亡进行预测,结果显示,在总体区分度方面,2018年中国指南预后评分较2019年ESC指南预后评分表现较好,AUC分别为0.782、0.749,但差异无统计学意义(P>0.05);预测准确性方面,2019年ESC指南预后评分较2018年中国指南预后评分总体NRI提升44.4%(95%CI:0.091~0.753),正确重分类至死亡组NRI提升58.6%(95%CI:0.161~0.917),正确重分类至生存组NRI降低14.2%(95%CI:-0.249~0.08),IDI提高3.38%(P<0.05)。亚组分析示2018年中国指南预后评分及2019年ESC指南预后评分对不同性别、不同氧饱和度患者均有预测能力(均P<0.05)、合并感染人群AUC值分别为0.749、0.772(P<0.05)、不合并感染人群AUC值分别为0.652、0.833(P>0.05)。结论2018年中国指南预后评分、2019年ESC指南预后评分均可预测APE患者30 d死亡率,且对于合并感染的患者具有更好的预测能力;但前者对生存组预测准确性更高,且评分较为便捷,更方便临床应用,后者对死亡组预测能力有所改善。展开更多
文摘目的运用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的B细胞、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T(Th)细胞的抗原表位.方法从NCBI数据库检索SARS-CoV-2蛋白序列,根据抗原性≥0.5和氨基酸数≥100进行筛选,最终的蛋白序列用于后续的抗原肽的预测.用蛋白质结构预测软件Phyre2进行三维结构的预测、蛋白质模型结构的细化软件GalaxyRefine优化蛋白的三维结构,最后用蛋白质结构同源建模SWISS-MODEL系统对优化后的结构进行准确性评估.蛋白序列用于CTL、Th细胞和线性B细胞抗原肽预测,三维结构用于结构性B细胞抗原预测.免疫表位数据库和分析资源(IEDB)预测SARS-CoV-2的CTL和Th细胞抗原表位,B细胞线性抗原肽预测软件Bepipred Linear Epitope Prediction 2.0和B细胞结构抗原肽预测软件ElliPro-Epitope prediction based upon structural protrusion分别预测B细胞线性和结构抗原肽.结果从NCBI数据库获得了27个SARS-CoV-2的蛋白序列,去掉抗原性<0.5和氨基酸数<100的蛋白质后,最终选定9个蛋白进行后续抗原肽预测.最终获得了24个CTL、20个Th细胞、12个B细胞线性表位和16个B细胞结构表位.结论获得的抗原表位可用于后续多表位疫苗的设计,相较于只针对单种蛋白靶点的抗原表位而言,多靶点抗原表位具有更强的免疫原性,这些抗原表位对SARS-CoV-2疫苗而言,具有一定的参考价值.
文摘目的比较2018年中国指南与2019年欧洲心脏病学会(european society of cardiology,ESC)指南预后评分在预测急性肺栓塞(acute pulmonary embolism,APE)患者30 d全因死亡效能中的价值。方法回顾性收集2015年1月至2019年12月贵州省人民医院确诊APE住院患者资料,按照30 d死亡与否分为死亡组及生存组,并根据性别、血氧饱和度及感染情况进行亚组分析。使用SPSS软件绘制两个评分受试者工作特征曲线(ROC)并计算曲线下面积(AUC),应用Delong′s检验比较AUC差异,使用R软件survival包、survIDINRI包、PredictABEL包计算净重分类指数(NRI)及综合判别改善指数(IDI)。结果共纳入626例APE患者进行分析,使用两个评分对APE患者30 d死亡进行预测,结果显示,在总体区分度方面,2018年中国指南预后评分较2019年ESC指南预后评分表现较好,AUC分别为0.782、0.749,但差异无统计学意义(P>0.05);预测准确性方面,2019年ESC指南预后评分较2018年中国指南预后评分总体NRI提升44.4%(95%CI:0.091~0.753),正确重分类至死亡组NRI提升58.6%(95%CI:0.161~0.917),正确重分类至生存组NRI降低14.2%(95%CI:-0.249~0.08),IDI提高3.38%(P<0.05)。亚组分析示2018年中国指南预后评分及2019年ESC指南预后评分对不同性别、不同氧饱和度患者均有预测能力(均P<0.05)、合并感染人群AUC值分别为0.749、0.772(P<0.05)、不合并感染人群AUC值分别为0.652、0.833(P>0.05)。结论2018年中国指南预后评分、2019年ESC指南预后评分均可预测APE患者30 d死亡率,且对于合并感染的患者具有更好的预测能力;但前者对生存组预测准确性更高,且评分较为便捷,更方便临床应用,后者对死亡组预测能力有所改善。
基金国家自然科学基金青年基金项目“基于本体方法的我国上市甲乙肝疫苗相关不良反应数据挖掘与建模分析”(61801067)重庆市教育委员会科学技术研究重点项目“卡介苗两种用途下相应不良反应信息的本体化表征与建模分析”(KJZD-K202000603)+4 种基金中国医学科学院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金资助,“国家卫生健康委员会肺脏免疫性疾病诊治重点实验室”建设项目(2019PT320003)University of Michigan Medical School Global Reach FundMichigan Medicine-Peking University Health Sciences Center Joint Institute for Clinical and Translational Research“Systemic Investigation of the Microbiome-host interactions in H.pylori-associated Gastric Cancer Patients”(U063430,BMU2019JI010)国家重点研发计划精准医学研究专项“疾病表型组-实验组学数据分析、注释与整合”(2017YFC0908404)中国医学科学院医学与健康科技创新工程项目“生物医学本体支持的通用数据元素表示和应用系统建设”(2018-I2M-AI-009)。
