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建立人源共生型大肠埃希菌在早期哺乳动物肠道中定植的小鼠模型
被引量:
1
1
作者
路丹荑
冯莉惠
《复旦学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期900-907,914,共9页
目的建立人源大肠埃希菌在早期哺乳动物肠道中定植的小鼠模型,探究大肠埃希菌在早期哺乳动物肠道中的定植变化趋势及影响因素。方法将一株婴幼儿来源的野生型大肠埃希菌LFYP5用灌胃的方式接种到SPF级小鼠肠道内,通过收集小鼠肠道内容物...
目的建立人源大肠埃希菌在早期哺乳动物肠道中定植的小鼠模型,探究大肠埃希菌在早期哺乳动物肠道中的定植变化趋势及影响因素。方法将一株婴幼儿来源的野生型大肠埃希菌LFYP5用灌胃的方式接种到SPF级小鼠肠道内,通过收集小鼠肠道内容物或粪便样本,利用铺板计数集落形成单位(colony forming unit,CFU)方法绘制大肠埃希菌的丰度变化曲线,探究小鼠不同肠道位置、接种年龄、断奶时间以及更换笼盒时间对大肠埃希菌定植丰度变化的影响,并利用16S rRNA测序探究接种大肠埃希菌后小鼠肠道中菌群构成变化。结果大肠埃希菌LFYP5能够在幼年小鼠肠道中定植,并在断奶期出现丰度的迅速下降,这种趋势与接种年龄及实验期间是否更换笼盒无关。若断奶年龄过早,大肠埃希菌丰度也会更早出现下降。接种大肠埃希菌的小鼠肠道内菌群alpha多样性降低且乳酸杆菌属相对丰度增加。结论成功建立了人源大肠埃希菌在早期哺乳动物肠道中定植的小鼠模型。该模型可用于未来研究人源大肠埃希菌在哺乳动物肠道中的定植机制。
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关键词
大肠埃希菌
小鼠模型
定植
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职称材料
高氧暴露BPD小鼠模型中巨噬细胞焦亡的检测及意义
被引量:
1
2
作者
涂子坤
高雅静
+2 位作者
韩晓
郭海艳
周玉峰
《复旦学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期791-801,共11页
目的 探讨巨噬细胞焦亡是否参与支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasia,BPD)的肺病理损伤。方法 40只足月新生小鼠随机分为空气(room air,RA)组和高氧(hyperoxia,HO)组,每组20只。建立慢性高氧诱导的BPD小鼠模型。HE染色评估小...
目的 探讨巨噬细胞焦亡是否参与支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasia,BPD)的肺病理损伤。方法 40只足月新生小鼠随机分为空气(room air,RA)组和高氧(hyperoxia,HO)组,每组20只。建立慢性高氧诱导的BPD小鼠模型。HE染色评估小鼠的肺泡化情况;CD31免疫组化检测肺血管发育状况;Masson染色分析肺组织的纤维化程度;qRT-PCR检测肺组织中的炎症因子和趋化因子(Il6、Il1b、Mmp12、Ccl2、Ccl5、Il8)基因表达水平;ELISA检测血清和肺组织匀浆中的IL-1β水平;Western blot检测细胞焦亡通路的关键蛋白NLRP3、Caspase-1 p20、N-消皮素D(gasdermin D,GSDMD)、IL-1β表达;流式分析支气管肺泡灌洗液中巨噬细胞比例;免疫荧光检测F4/80与NLRP3/Caspase-1/IL-1β的共定位;免疫组化分析AQP5的表达水平。结果 与RA组相比,HO组小鼠的肺泡化阻滞和肺血管生成障碍,肺纤维化显著增加;肺组织中促炎细胞因子的表达显著上调,细胞焦亡相关蛋白表达水平显著增加,血清和肺组织匀浆中IL-1β水平显著升高;支气管肺泡灌洗液中巨噬细胞比例显著升高,肺组织中F4/80与NLRP3、Caspase-1、IL-1β均存在显著的免疫荧光共定位现象,AQP5阳性的肺泡Ⅰ型上皮细胞严重受损。结论 高氧诱导的BPD小鼠模型中,NLRP3/Caspase-1/GSDMD细胞焦亡通路过度活化,可能导致BPD的肺部病理损伤。
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关键词
支气管肺发育不良(BPD)
消皮素D(GSDMD)
巨噬细胞
焦亡
小鼠
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职称材料
遗传病注释数据库中基因与变异名称的校验及更正
3
作者
王潇
王雅琼
+4 位作者
董欣然
吴冰冰
王慧君
卢宇蓝
周文浩
《复旦学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期514-521,共8页
目的评估常用疾病注释数据库中基因名及变异表示的匹配程度和更新情况,对遗传疾病数据库(OMIM)中的基因名和疾病变异注释数据库(HGMD,ClinVar)中的变异所属转录本按照GENCODE v34参考标准进行校验并对不匹配当前版本的名称进行更正。方...
目的评估常用疾病注释数据库中基因名及变异表示的匹配程度和更新情况,对遗传疾病数据库(OMIM)中的基因名和疾病变异注释数据库(HGMD,ClinVar)中的变异所属转录本按照GENCODE v34参考标准进行校验并对不匹配当前版本的名称进行更正。方法对于OMIM基因,我们以其提供的查询号为媒介,检查OMIM基因名是否与人类基因命名委员会(HGNC)和GENCODE的标准基因名匹配;对于HGMD及ClinVar中的变异所属的转录本,我们评估其在转录本查询号(RefSeq,ENSEMBL)中是否真实存在,以及其版本号是否滞后。结果校验结果显示,OMIM中86.7%的基因名符合参考标准,ClinVar中有83.47%的变异通过校验,而HGMD中仅有18.78%的变异,其转录本与参考版本匹配,另有78.33%的变异所属转录本存在版本滞后的情况。我们对缺失部分信息的基因和变异进行缺失类型的标注;对校验后有出入的变异提供更新后的标准基因名称,转录本查询号和突变表示方式。结论常用的遗传病注释数据库中基因和变异的表示存在一定程度的缺失、滞后及弃用情况。通过对基因名及变异所属转录本的校验及更正,可以有效提高遗传变异数据分析、解读、验证和交流的效率,辅助遗传病诊断和相关科研工作的顺利进行。
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关键词
高通量测序
注释数据库
核准基因名
变异命名
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职称材料
题名
建立人源共生型大肠埃希菌在早期哺乳动物肠道中定植的小鼠模型
被引量:
1
1
作者
路丹荑
冯莉惠
机构
国家儿童医学中心/复旦大学附属儿科医院儿科研究院
复旦大学
生物
医学
研究院
出处
《复旦学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期900-907,914,共9页
基金
国家自然科学基金面上项目(81974239)。
文摘
目的建立人源大肠埃希菌在早期哺乳动物肠道中定植的小鼠模型,探究大肠埃希菌在早期哺乳动物肠道中的定植变化趋势及影响因素。方法将一株婴幼儿来源的野生型大肠埃希菌LFYP5用灌胃的方式接种到SPF级小鼠肠道内,通过收集小鼠肠道内容物或粪便样本,利用铺板计数集落形成单位(colony forming unit,CFU)方法绘制大肠埃希菌的丰度变化曲线,探究小鼠不同肠道位置、接种年龄、断奶时间以及更换笼盒时间对大肠埃希菌定植丰度变化的影响,并利用16S rRNA测序探究接种大肠埃希菌后小鼠肠道中菌群构成变化。结果大肠埃希菌LFYP5能够在幼年小鼠肠道中定植,并在断奶期出现丰度的迅速下降,这种趋势与接种年龄及实验期间是否更换笼盒无关。若断奶年龄过早,大肠埃希菌丰度也会更早出现下降。接种大肠埃希菌的小鼠肠道内菌群alpha多样性降低且乳酸杆菌属相对丰度增加。结论成功建立了人源大肠埃希菌在早期哺乳动物肠道中定植的小鼠模型。该模型可用于未来研究人源大肠埃希菌在哺乳动物肠道中的定植机制。
关键词
大肠埃希菌
小鼠模型
定植
Keywords
Escherichia coli
mouse model
colonization
分类号
R37 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
高氧暴露BPD小鼠模型中巨噬细胞焦亡的检测及意义
被引量:
1
2
作者
涂子坤
高雅静
韩晓
郭海艳
周玉峰
机构
国家儿童医学中心/复旦大学附属儿科医院儿科研究院
国家
卫生健康委员会新生儿疾病重点实验室(
复旦大学
)
复旦大学
生物
医学
研究院
出处
《复旦学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期791-801,共11页
基金
国家重点研发计划(2021YFC2701800,2021YFC2701802)
国家自然科学基金面上项目(82241038,81974248)。
文摘
目的 探讨巨噬细胞焦亡是否参与支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasia,BPD)的肺病理损伤。方法 40只足月新生小鼠随机分为空气(room air,RA)组和高氧(hyperoxia,HO)组,每组20只。建立慢性高氧诱导的BPD小鼠模型。HE染色评估小鼠的肺泡化情况;CD31免疫组化检测肺血管发育状况;Masson染色分析肺组织的纤维化程度;qRT-PCR检测肺组织中的炎症因子和趋化因子(Il6、Il1b、Mmp12、Ccl2、Ccl5、Il8)基因表达水平;ELISA检测血清和肺组织匀浆中的IL-1β水平;Western blot检测细胞焦亡通路的关键蛋白NLRP3、Caspase-1 p20、N-消皮素D(gasdermin D,GSDMD)、IL-1β表达;流式分析支气管肺泡灌洗液中巨噬细胞比例;免疫荧光检测F4/80与NLRP3/Caspase-1/IL-1β的共定位;免疫组化分析AQP5的表达水平。结果 与RA组相比,HO组小鼠的肺泡化阻滞和肺血管生成障碍,肺纤维化显著增加;肺组织中促炎细胞因子的表达显著上调,细胞焦亡相关蛋白表达水平显著增加,血清和肺组织匀浆中IL-1β水平显著升高;支气管肺泡灌洗液中巨噬细胞比例显著升高,肺组织中F4/80与NLRP3、Caspase-1、IL-1β均存在显著的免疫荧光共定位现象,AQP5阳性的肺泡Ⅰ型上皮细胞严重受损。结论 高氧诱导的BPD小鼠模型中,NLRP3/Caspase-1/GSDMD细胞焦亡通路过度活化,可能导致BPD的肺部病理损伤。
关键词
支气管肺发育不良(BPD)
消皮素D(GSDMD)
巨噬细胞
焦亡
小鼠
Keywords
bronchopulmonary dysplasia(BPD)
gasdermin D(GSDMD)
macrophage
pyroptosis
mouse
分类号
R722 [医药卫生—儿科]
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职称材料
题名
遗传病注释数据库中基因与变异名称的校验及更正
3
作者
王潇
王雅琼
董欣然
吴冰冰
王慧君
卢宇蓝
周文浩
机构
国家儿童医学中心/复旦大学附属儿科医院儿科研究院
分子
医学
中心
出处
《复旦学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期514-521,共8页
基金
上海市科委科技基金(20Z11900601)。
文摘
目的评估常用疾病注释数据库中基因名及变异表示的匹配程度和更新情况,对遗传疾病数据库(OMIM)中的基因名和疾病变异注释数据库(HGMD,ClinVar)中的变异所属转录本按照GENCODE v34参考标准进行校验并对不匹配当前版本的名称进行更正。方法对于OMIM基因,我们以其提供的查询号为媒介,检查OMIM基因名是否与人类基因命名委员会(HGNC)和GENCODE的标准基因名匹配;对于HGMD及ClinVar中的变异所属的转录本,我们评估其在转录本查询号(RefSeq,ENSEMBL)中是否真实存在,以及其版本号是否滞后。结果校验结果显示,OMIM中86.7%的基因名符合参考标准,ClinVar中有83.47%的变异通过校验,而HGMD中仅有18.78%的变异,其转录本与参考版本匹配,另有78.33%的变异所属转录本存在版本滞后的情况。我们对缺失部分信息的基因和变异进行缺失类型的标注;对校验后有出入的变异提供更新后的标准基因名称,转录本查询号和突变表示方式。结论常用的遗传病注释数据库中基因和变异的表示存在一定程度的缺失、滞后及弃用情况。通过对基因名及变异所属转录本的校验及更正,可以有效提高遗传变异数据分析、解读、验证和交流的效率,辅助遗传病诊断和相关科研工作的顺利进行。
关键词
高通量测序
注释数据库
核准基因名
变异命名
Keywords
high-throughput sequencing
annotation database
approved gene symbol
variants nomenclature
分类号
Q319 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
建立人源共生型大肠埃希菌在早期哺乳动物肠道中定植的小鼠模型
路丹荑
冯莉惠
《复旦学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
在线阅读
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职称材料
2
高氧暴露BPD小鼠模型中巨噬细胞焦亡的检测及意义
涂子坤
高雅静
韩晓
郭海艳
周玉峰
《复旦学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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职称材料
3
遗传病注释数据库中基因与变异名称的校验及更正
王潇
王雅琼
董欣然
吴冰冰
王慧君
卢宇蓝
周文浩
《复旦学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022
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