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利用深度测序技术鉴定疑似桑花叶卷叶病感病桑树叶片中的相关病毒
1
作者
苏秀
陈莎
+2 位作者
朱诚棋
周湘
马良进
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第4期576-582,共7页
植物通过小干扰RNA(siRNA)介导的RNA干扰机制来防御外来病毒感染,通过对感病植物材料小RNA(sRNA)的深度测序,获得这一过程中产生的与病毒序列高度一致的siRNA序列信息,可以快速地鉴定侵染植物的病毒组成。以采集自浙江省桐乡市桑园疑似...
植物通过小干扰RNA(siRNA)介导的RNA干扰机制来防御外来病毒感染,通过对感病植物材料小RNA(sRNA)的深度测序,获得这一过程中产生的与病毒序列高度一致的siRNA序列信息,可以快速地鉴定侵染植物的病毒组成。以采集自浙江省桐乡市桑园疑似感染桑花叶卷叶病(原称桑花叶型萎缩病)的桑树叶片为材料提取总RNA,构建sRNA文库并进行深度测序,对测序得到的总sRNA进行组装后,比对鉴定出桑花叶卷叶病相关病毒(mulberry mosaic leaf roll-associated virus,MMLRa V),并分别得到占MMLRa V 2个组分全基因组14.19%和21.86%的核酸序列。进一步以感病桑叶组织的总RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得部分MMLRa V基因组序列,经Sanger测序确定采集的感病桑树叶片中只存在MMLRa V。通过生物信息学方法分析表明,MMLRa V来源siRNA在基因组中的长度分布、5'端碱基偏好性及热点区分布等具有明显特点。研究结果显示,利用siRNA深度测序技术鉴定桑树病毒是非常高效的手段。
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关键词
桑花叶卷叶病相关病毒
深度测序
小干扰RNA
生物信息学分析
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职称材料
题名
利用深度测序技术鉴定疑似桑花叶卷叶病感病桑树叶片中的相关病毒
1
作者
苏秀
陈莎
朱诚棋
周湘
马良进
机构
浙江农林大学林业与生物技术
学院
园艺作物病虫害治理湖南省重点实验室湖南省植物保护研究所湖南省农业科学院
华南
农业
大学林
学院
出处
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第4期576-582,共7页
基金
浙江省重中之重林学一级学科开放基金项目(No.KF201-330)
浙江省教育厅一般科研项目(No.Y201431042)
文摘
植物通过小干扰RNA(siRNA)介导的RNA干扰机制来防御外来病毒感染,通过对感病植物材料小RNA(sRNA)的深度测序,获得这一过程中产生的与病毒序列高度一致的siRNA序列信息,可以快速地鉴定侵染植物的病毒组成。以采集自浙江省桐乡市桑园疑似感染桑花叶卷叶病(原称桑花叶型萎缩病)的桑树叶片为材料提取总RNA,构建sRNA文库并进行深度测序,对测序得到的总sRNA进行组装后,比对鉴定出桑花叶卷叶病相关病毒(mulberry mosaic leaf roll-associated virus,MMLRa V),并分别得到占MMLRa V 2个组分全基因组14.19%和21.86%的核酸序列。进一步以感病桑叶组织的总RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得部分MMLRa V基因组序列,经Sanger测序确定采集的感病桑树叶片中只存在MMLRa V。通过生物信息学方法分析表明,MMLRa V来源siRNA在基因组中的长度分布、5'端碱基偏好性及热点区分布等具有明显特点。研究结果显示,利用siRNA深度测序技术鉴定桑树病毒是非常高效的手段。
关键词
桑花叶卷叶病相关病毒
深度测序
小干扰RNA
生物信息学分析
Keywords
Mulberry mosaic leaf roll-associated virus（MMLRaV）
Deep sequencing
Small interfering RNA（siRNA）
Bioinformatics analysis
分类号
S888.71 [农业科学—特种经济动物饲养]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用深度测序技术鉴定疑似桑花叶卷叶病感病桑树叶片中的相关病毒
苏秀
陈莎
朱诚棋
周湘
马良进
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2016
0
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