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4种黄河珍稀鱼类外周血细胞显微与超微结构研究
1
作者 倪露芸 李飞扬 +4 位作者 邹巧林 欧军 刘艳 刘亚 赖见生 《南方农业学报》 北大核心 2025年第6期1936-1945,共10页
【目的】解析花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)、极边扁咽齿鱼(Platypharodon extremus)、黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)和厚唇裸重唇鱼(Gymnodiptychus pachycheilus)外周血细胞显微与超微结构,丰富4种黄河珍稀鱼类血液学参数,... 【目的】解析花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)、极边扁咽齿鱼(Platypharodon extremus)、黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)和厚唇裸重唇鱼(Gymnodiptychus pachycheilus)外周血细胞显微与超微结构,丰富4种黄河珍稀鱼类血液学参数,为黄河珍稀鱼类资源保护提供生理学资料。【方法】使用ArcGIS Desktop 10.5绘制采样点示意图,利用刺网和地笼进行捕捞。4种黄河珍稀鱼类经MS-222麻醉后,采用经肝素钠抗凝处理的1 mL注射器自尾静脉采血,并制备显微与超微结构样本。选择染色良好的外周血涂片,统计各类细胞占比,并使用ImageJ测量不同类型血细胞长径和短径及细胞核长径和短径。【结果】细胞显微结构和超微结构观察结果显示,除成熟红细胞外,在4种黄河珍稀鱼类外周血中还观察到未成熟红细胞和分裂期红细胞,4种黄河珍稀鱼类外周血细胞显微结构均未观察到嗜碱性粒细胞,但在超微结构中观察到少量嗜碱性粒细胞。厚唇裸重唇鱼嗜酸性粒细胞中的特殊颗粒由致密的晶体核心和基质组成,区别于其他3种鱼类。4种黄河珍稀鱼类外周血中粒细胞和单核细胞表面均分布伪足,且单核细胞胞质内线粒体和粗面内质网丰富,在厚唇裸重唇鱼单核细胞中还观察到初级溶酶体和次级溶酶体。细胞占比统计与大小测量结果显示,4种黄河珍稀鱼类外周血中淋巴细胞占比均最高,其次为嗜中性粒细胞,嗜酸性粒细胞和单核细胞占比较低。4种黄河珍稀鱼类外周血中红细胞长径无显著差异(P>0.05),花斑裸鲤红细胞短径显著大于其他3种鱼类(P<0.05,下同),厚唇裸重唇鱼红细胞胞核长径和短径显著大于其他3种鱼类,极边扁咽齿鱼嗜酸性粒细胞长径和短径显著大于厚唇裸重唇鱼,细胞核长径和短径显著大于黄河裸裂尻鱼,花斑裸鲤小淋巴细胞短径显著大于极边扁咽齿鱼,细胞核长径和短径显著大于黄河裸裂尻鱼。【结论】4种黄河珍稀鱼类外周血细胞组成相似,显微结构均可见红细胞、血栓细胞、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、单核细胞和淋巴细胞,超微结构还可见嗜碱性粒细胞。4种黄河珍稀鱼类外周血成熟红细胞体积相近,可能与其生活在相同水域环境有关。4种黄河珍稀鱼类外周血淋巴细胞占比最高,其次为嗜中性粒细胞,丰富的淋巴细胞可能与其形态适应性相关。 展开更多
关键词 黄河珍稀鱼类 血细胞 白细胞 显微结构 超微结构
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基于RAD-seq技术的俄罗斯鲟SNP分子标记开发
2
作者 陈叶雨 赖见生 +3 位作者 罗晓含 吴晓雲 宋明江 龚全 《南方农业学报》 北大核心 2025年第6期1691-1703,共13页
【目的】基于限制性位点相关DNA测序(RAD-seq)开发出俄罗斯鲟(Acipenser gueldenstaedti)的潜在单核苷酸多态性(SNP)分子标记,掌握俄罗斯鲟人工养殖群体的遗传多样性,为深入研究鲟形目鱼类的保护遗传学提供技术支撑。【方法】通过CTAB... 【目的】基于限制性位点相关DNA测序(RAD-seq)开发出俄罗斯鲟(Acipenser gueldenstaedti)的潜在单核苷酸多态性(SNP)分子标记,掌握俄罗斯鲟人工养殖群体的遗传多样性,为深入研究鲟形目鱼类的保护遗传学提供技术支撑。【方法】通过CTAB法提取俄罗斯鲟鳍条DNA,构建DNA文库后利用Illumina NovaSeq 6000测序平台完成RAD-seq,经质控过滤、聚类组装及比对分析等筛选出潜在的SNP位点,并以SNaPshot和Sanger测序对SNP位点进行验证。【结果】5个俄罗斯鲟样本RAD-seq共获得14.24 Gb原始数据(Raw base),平均每个样本的有效数据(Clean base)为2.84 Gb,平均有效数据率为99.54%,Q20均在96.00%以上,GC含量在40.52%~41.36%。数据组装总长度为53211245 bp,组装Contig的平均长度为343 bp,N50为404 bp;各样本测序得到Reads与组装基因组的比对率在59.89%~62.43%,平均测序深度为15.75~23.84倍。5个俄罗斯鲟样本RAD-seq获得的SNPs位点总数在299416~367709个,SNP转换位点数在183070~224458个,SNP颠换位点数在116346~143251个,转换/颠换比(Ts/Tv)平均为1.57;SNP位点的杂合率在82.81%~97.43%,其突变类型可分为6种(T/C、T/A、T/G、C/G、C/A和A/G),以T/C或A/G的出现频率最高。基于Sanger测序从随机挑选的100个潜在SNPs位点中筛选出36个多态性SNPs位点,其突变类型中以A/G的出现频率最高(44.4%),其次是T/C(出现频率为36.1%),A/C、C/G和G/T的出现频率相对较低,分别为8.3%、8.3%和2.7%。36个SNPs位点共检测到72个等位基因,最小等位基因频率(MAF)的范围在0.0147~0.5000,观察杂合度(H_(O))为0.029~0.971,期望杂合度(HE)为0.029~0.523;除Ag18、Ag33、Ag35和Ag36等4个SNPs位点呈低度多态性(PIC≤0.25)外,其他32个SNPs位点均为中度多态性位点(0.25<PIC≤0.50),表明我国西南地区人工养殖的俄罗斯鲟遗传多样性处于较低水平。Hardy-Weinberg平衡性检测结果显示,有19个SNPs位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P_(HWE)>0.05)。【结论】基于RAD-seq开发俄罗斯鲟SNP分子标记是一种切实可行的方法,开发出的SNP分子标记通用性高、数量多、覆盖率广,为俄罗斯鲟群体遗传学研究、遗传连锁图谱构建及分子辅助育种提供了技术支撑。 展开更多
关键词 俄罗斯鲟 SNP分子标记 遗传多样性 RAD-seq
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基于转录组测序的花斑裸鲤温度应激功能基因挖掘
3
作者 吴晓雲 陈叶雨 +4 位作者 刘亚 宋明江 李飞扬 邹巧林 赖见生 《南方农业学报》 北大核心 2025年第6期1752-1762,共11页
【目的】基于转录组测序挖掘花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)温度应激功能相关基因,为探究热应激下花斑裸鲤的适应性及温度响应机制提供理论参考。【方法】选取60尾健康花斑裸鲤,随机分为对照组和热应激组,分别饲养于10和28℃水环境中。... 【目的】基于转录组测序挖掘花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)温度应激功能相关基因,为探究热应激下花斑裸鲤的适应性及温度响应机制提供理论参考。【方法】选取60尾健康花斑裸鲤,随机分为对照组和热应激组,分别饲养于10和28℃水环境中。饲养结束后,经MS-222麻醉后取肝脏组织。肝脏组织经液氮研磨后采用TRIzol法提取组织总RNA,采用Illumina NovaSeq 6000平台进行高通量测序。将获得的Unigenes与NR、NT、KOG、SWISS-PROT、Pfam、GO和KEGG数据库比对,进行功能注释分析。基于转录本表达水平,采用DESeq2筛选差异表达基因(DEGs)并进行KEGG信号通路富集分析。随机选取6个DEGs进行实时荧光定量PCR检测,验证转录组数据准确性。【结果】GO功能注释分析结果显示,共有23464条Unigenes在GO数据库中成功注释,涉及生物学过程、细胞组分和分子功能三大功能类别。KOG功能注释分析结果显示,有16583条Unigenes在KOG数据库中成功注释,涉及RNA加工和修饰、染色体结构和动力学等26个KOG功能条目。KEGG功能注释分析结果显示,注释到KEGG数据库的Unigenes涉及五大功能类别,其中注释Unigenes数量最多的KEGG功能条目是信号转导,其次是免疫系统。DEGs分析结果表明,对照组与热应激组间共有2388个DEGs,其中1520个DEGs上调,868个DEGs下调。KEGG信号通路富集分析结果表明,上调的DEGs主要富集在抗原处理和呈递、内质网蛋白质加工和雌激素等信号通路,下调的DEGs主要富集在代谢途径。实时荧光定量PCR检测结果表明,DNAJA4、HSP90a、FKBP4、Caspase1、Caspase7和Caspase8转录组中每千个碱基转录每百万映射片段数(FPKM)与基因表达水平变化趋势一致,表明转录组测序数据具有较高的准确性。【结论】热应激下花斑裸鲤免疫相关DEGs下调,热休克蛋白相关DEGs上调,热应激可能抑制花斑裸鲤免疫功能,热休克蛋白家族成员可能通过稳定蛋白结构和维护细胞稳态发挥抗热应激作用。热应激下花斑裸鲤细胞凋亡相关DEGs下调,可能与热休克蛋白对细胞凋亡的抑制效应有关,花斑裸鲤在热应激下可能通过增强分子伴侣活性来降低细胞凋亡风险。 展开更多
关键词 花斑裸鲤 热应激 细胞凋亡 热休克蛋白
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