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题名基于病毒组学的川崎病潜在病毒感染特征分析
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作者
林沙
刘晓亮
华益民
范振鑫
吴刚
李一飞
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机构
四川大学华西第二医院出生缺陷与相关妇儿疾病教育部重点实验室
四川大学华西第二医院四川大学华西第二医院儿童心血管科
四川大学生命科学学院
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出处
《中国循证儿科杂志》
CSCD
北大核心
2024年第1期12-18,共7页
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基金
国家自然科学基金项目:82270249。
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文摘
背景目前虽然有许多研究从流行病学、遗传学、感染、免疫、炎症等方面探讨川崎病(KD)病因,但仍无定论。目的通过对KD患儿血液的微生物组学和病毒组学的测序分析,尝试从微生物学和病毒学角度分析KD可能的病因,揭示KD患儿体内微生物和病毒的组成及相对丰度,并寻找KD的潜在致病病毒。设计病例对照研究。方法采集KD和健康儿童血液标本,行病毒样颗粒的纯化、提取和测序,并对宏基因组测序和原始数据质量控制,通过MEGAHIT软件实现宏基因组的组装,运用kraken2进行物种注释,获得样本的物种在各个分类层级(门、目、科、属、种)的相对丰度,利用在线工具Wekemo Bioincloud将分类群丰度按相对丰度标准化,并将前20个分类群进行展示,利用线性判别分析进行比较,以线性回归分析(LDA)>2为标准筛选组间在丰度上有显著差异的物种。主要结局指标物种在门、目、科、属、种的相对丰度。结果在微生物组学层面,KD组与对照组极为相似,只有科萨病毒门和芽孢杆菌Y1的相对丰度差异有统计学意义。特异性病毒组学高通量测序分析显示,门级:KD组与对照组相比,Uroviricota、核质病毒门和杆状病毒门的相对丰度明显降低;属水平:Orthohepadnavirus、Pegunavirus、Montyvirus、正内罗病毒属、Toursvirus等多个属的相对丰度较对照组显著增加;种水平:KD组Woodchuck hepatitis virus(WHV)、丙酸杆菌病毒(PHL112N00,ATCC29399BT,Pirate和P105)、Diadromus pulchellus toursvirus(DpTV-1)等的相对丰度明显高于对照组。结论本研究筛选出了几种候选的KD致病性病毒,如WHV、Orthonairovirus和DpTV-1;推测这些病毒可能通过破坏免疫系统导致KD患儿出现急性发热或肝损伤,但还需要更多的研究证实。
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关键词
川崎病
病毒感染
宏基因组学
高通量测序
生物信息学
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Keywords
Kawasaki disease
virus infection
metagenomics
high-throughput sequencing
bioinformatics
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分类号
R725.4
[医药卫生—儿科]
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