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肠道病毒71型六安地区分离株VP1基因的生物信息学分析及B细胞表位预测
被引量：
10
1
作者
俞海洋
陈伟
+7 位作者
倪德群
常宏伟
王林定
汤仁树
陈灵芝
丁晓娟
陈敬贤
王明丽
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2012年第3期233-240,共8页
目的对肠道病毒71型(EV71)VP1基因编码衣壳蛋白进行系统结构与功能预测,为制备EV71疫苗和诊断抗原的研究提供理论基础。方法基于编号为1404-Luan(CHN)-08的EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白的氨基酸序列,应用ProtParam、SigalP、TMPRE...
目的对肠道病毒71型(EV71)VP1基因编码衣壳蛋白进行系统结构与功能预测,为制备EV71疫苗和诊断抗原的研究提供理论基础。方法基于编号为1404-Luan(CHN)-08的EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白的氨基酸序列,应用ProtParam、SigalP、TMPRED、Sosui、SOPMA、Phyre、Bepipred等生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性、二级结构、三级结构等性质和潜在的B细胞表位。结果 EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白没有信号肽,无跨膜区,是一个亲水性蛋白;VP1蛋白二级结构以无规则卷曲和β-片层为主,含有少量的α-螺旋,少见β-转角;VP1的三级结构中4～121氨基酸部分在蛋白表面形成一环状结构(VPl GH loop);EV71 VP1潜在的B细胞表位共有6个可能的抗原表位。其中,预测分值最高的线性表位区域位于157～177位氨基酸残基。结论成功预测了EV71六安地区分离株VP1二级结构、三级结构和B细胞表位,为制备EV71基因工程疫苗和诊断抗原的开发提供了理论基础。
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关键词
肠道病毒71型
VP1
B细胞表位
二级结构
三级结构
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职称材料
题名
肠道病毒71型六安地区分离株VP1基因的生物信息学分析及B细胞表位预测
被引量：
10
1
作者
俞海洋
陈伟
倪德群
常宏伟
王林定
汤仁树
陈灵芝
丁晓娟
陈敬贤
王明丽
机构
安徽医科
大学
微生物学
教研室
安徽省重要遗传病基因资源利用重点实验室生物工程部
安徽省六安市疾病控制中心检验科
哥伦比亚大学病理与细胞学教研室
出处
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2012年第3期233-240,共8页
基金
教育部科学技术研究重点项目(编号:01052)
安徽省"十五"生物医药重大科技专项(编号:01303003)
安徽省高校省级自然科学研究项目(编号:KJ2008A085)
文摘
目的对肠道病毒71型(EV71)VP1基因编码衣壳蛋白进行系统结构与功能预测,为制备EV71疫苗和诊断抗原的研究提供理论基础。方法基于编号为1404-Luan(CHN)-08的EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白的氨基酸序列,应用ProtParam、SigalP、TMPRED、Sosui、SOPMA、Phyre、Bepipred等生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性、二级结构、三级结构等性质和潜在的B细胞表位。结果 EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白没有信号肽,无跨膜区,是一个亲水性蛋白;VP1蛋白二级结构以无规则卷曲和β-片层为主,含有少量的α-螺旋,少见β-转角;VP1的三级结构中4～121氨基酸部分在蛋白表面形成一环状结构(VPl GH loop);EV71 VP1潜在的B细胞表位共有6个可能的抗原表位。其中,预测分值最高的线性表位区域位于157～177位氨基酸残基。结论成功预测了EV71六安地区分离株VP1二级结构、三级结构和B细胞表位,为制备EV71基因工程疫苗和诊断抗原的开发提供了理论基础。
关键词
肠道病毒71型
VP1
B细胞表位
二级结构
三级结构
Keywords
enterovirus 71
VP1
B cell epitope
secondary structure
tertiary structure
分类号
R373.2 [医药卫生—病原生物学]
R314.8 [医药卫生—基础医学]
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作者
出处
发文年
被引量
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1
肠道病毒71型六安地区分离株VP1基因的生物信息学分析及B细胞表位预测
俞海洋
陈伟
倪德群
常宏伟
王林定
汤仁树
陈灵芝
丁晓娟
陈敬贤
王明丽
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2012
10
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