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cDNA芯片缺失值处理对基于基因表达谱的疾病分类的影响
被引量:
3
1
作者
王栋
郭政
+3 位作者
李霞
吕莹丽
朱晶
王晨光
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第5期501-505,共5页
选取了4套cDNA芯片数据,分别运用补零和K近邻的方法,对有检测缺失的基因进行了补缺失值处理,分析了不同处理对支持向量机、K近邻分类器、决策树三种分类器分类效能的影响.结果显示: 在cDNA基因表达谱数据中,对检测缺失率不高于5%的基...
选取了4套cDNA芯片数据,分别运用补零和K近邻的方法,对有检测缺失的基因进行了补缺失值处理,分析了不同处理对支持向量机、K近邻分类器、决策树三种分类器分类效能的影响.结果显示: 在cDNA基因表达谱数据中,对检测缺失率不高于5%的基因补缺失值是一种较好的策略,这样可以保留较多的基因供后续的功能分析,同时仍然能够保持很高的疾病分类效能.
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关键词
基因表达谱
缺失值
分类
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职称材料
基于基因功能表达谱的疾病分类:抗基因缺失的稳健性
被引量:
3
2
作者
郭政
张田文
+1 位作者
王琦
李霞
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第6期78-81,共4页
利用基因表达谱数据,按 Gene Ontology基因功能分类体系,将基因模块化地组织到具有显著生物学意义的低维差异表达功能模块单元中,构造新的指标用于分类疾病样本,从而提出了基于功能表达谱的分析新途径.新算法可稳健地抗基因检测缺失,抗...
利用基因表达谱数据,按 Gene Ontology基因功能分类体系,将基因模块化地组织到具有显著生物学意义的低维差异表达功能模块单元中,构造新的指标用于分类疾病样本,从而提出了基于功能表达谱的分析新途径.新算法可稳健地抗基因检测缺失,抗基因表达变异,抗检测误差,并可以显著地降低分类特征维数(参与疾病分类的基因数目).采用淋巴瘤数据集,比较了基于功能表达谱和常规的基因表达谱的决策树分类器.结果显示,基于功能表达谱可以得到高准确度的疾病样本分类结果,能够直接从功能水平上给出相应的生物学解释.通过仿真分析,进一步显示了基于功能表达谱的分类方法具有抗基因检测缺失的稳健性.
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关键词
基因功能
稳健性
疾病
基因缺失
Ontology
基因检测
生物学意义
基因表达谱
分类体系
功能模块
差异表达
检测误差
基因数目
特征维数
树分类器
样本分类
仿真分析
分类方法
谱数据
地组织
模块化
新算法
数据集
淋巴瘤
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职称材料
功能相关基因模块的共表达分析软件GeneHub
3
作者
郭政
张田文
+4 位作者
李霞
屠康
喻辉
徐建震
王辰光
《哈尔滨工业大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2005年第5期599-603,共5页
介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists...
介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色体定位、蛋白质互作及蛋白质复合物、调控通路、信号传导通路和细胞位置5个方面的基因功能分类体系下基因组共表达现象.该软件有利于整合其他多种基因组信息源,从而为采用信息融合分析技术挖掘基因表达谱数据和发现新的基因功能知识建立了很好的基础.介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色?
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关键词
基因芯片
基因表达
基因功能
相关
数据库
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职称材料
大豆异黄酮的功能和开发前景的研究进展
被引量:
24
4
作者
闫作梅
顾雪峰
韩俊
《大豆通报》
2006年第1期34-36,共3页
大豆异黄酮是一类具有植物雌激素活性的物质,它主要包括为染料木素,大豆黄素,黄豆黄素。动物实验、临床研究以及流行病学调查表明,大豆异黄酮对癌症、动脉硬化症、骨质疏松症以及更年期综合症具有预防与治愈作用。
关键词
异黄酮
植物雌激素
动脉粥样硬化
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职称材料
肿瘤抑制因子——白细胞介素24的研究进展
被引量:
1
5
作者
高冬妮
葛菁萍
+2 位作者
凌宏志
闫作梅
平文祥
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第4期381-385,共5页
关键词
白细胞介素24
肿瘤抑制因子
肿瘤基因治疗
黑色素瘤细胞
干扰素-Β
成纤维细胞
蛋白激酶
终末分化
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职称材料
大豆异黄酮糖配体制备工艺研究
6
作者
王路
李玉厚
+2 位作者
孙丽艳
韩俊
崔洪斌
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第1期94-96,93,共4页
以大豆胚轴为原料,通过正交设计确立制备含染料木黄酮的糖配体酸水解条件,水解酸液的浓度为2.5 mol/L、水解温度为90℃,水解时间为3h。根据糖配体的溶解度与极性经AB-8大孔树脂柱乙醇溶剂分步淋洗(水→30%乙醇→80%乙醇)分离及以氯仿∶...
以大豆胚轴为原料,通过正交设计确立制备含染料木黄酮的糖配体酸水解条件,水解酸液的浓度为2.5 mol/L、水解温度为90℃,水解时间为3h。根据糖配体的溶解度与极性经AB-8大孔树脂柱乙醇溶剂分步淋洗(水→30%乙醇→80%乙醇)分离及以氯仿∶甲醇∶20%冰乙酸,体积比为7∶3∶1为展开系薄层小量制备出纯度为48.6%大豆异黄酮糖配体染料木黄酮。
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关键词
糖配体
大豆异黄酮
制备
HPLC
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职称材料
大豆皂甙的提取、生理功能及应用进展
被引量:
11
7
作者
杨光
顾雪峰
韩俊
《大豆通报》
2005年第6期23-26,共4页
大豆是我国的传统食品,营养丰富,并且含有多种生物活性物质。本文介绍了大豆中皂甙的分子结构,酶解和提取工艺。并简述了其增强免疫功能,抗肿瘤,抗自由基,抗血栓,抗脂蛋白氧化等生理功能和治疗高脂血症的临床实验。大豆皂甙应用前景广阔...
大豆是我国的传统食品,营养丰富,并且含有多种生物活性物质。本文介绍了大豆中皂甙的分子结构,酶解和提取工艺。并简述了其增强免疫功能,抗肿瘤,抗自由基,抗血栓,抗脂蛋白氧化等生理功能和治疗高脂血症的临床实验。大豆皂甙应用前景广阔,已在食品和化妆品有一些应用,并有可能被开发为治疗心血管疾病的药物。
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关键词
大豆皂甙
酶解
提取
生理功能
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职称材料
题名
cDNA芯片缺失值处理对基于基因表达谱的疾病分类的影响
被引量:
3
1
作者
王栋
郭政
李霞
吕莹丽
朱晶
王晨光
机构
哈尔滨
医科大学
生物
信息学系
同济大学生命科学与技术学院
哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司
出处
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第5期501-505,共5页
基金
国家自然科学基金(30370798,30170515,30370388)资助项目.
文摘
选取了4套cDNA芯片数据,分别运用补零和K近邻的方法,对有检测缺失的基因进行了补缺失值处理,分析了不同处理对支持向量机、K近邻分类器、决策树三种分类器分类效能的影响.结果显示: 在cDNA基因表达谱数据中,对检测缺失率不高于5%的基因补缺失值是一种较好的策略,这样可以保留较多的基因供后续的功能分析,同时仍然能够保持很高的疾病分类效能.
关键词
基因表达谱
缺失值
分类
Keywords
gene expression profile, missing value, classification
分类号
TP391.4 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
Q786 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
基于基因功能表达谱的疾病分类:抗基因缺失的稳健性
被引量:
3
2
作者
郭政
张田文
王琦
李霞
机构
哈尔滨
工业大学计算机科学与技术学院
哈尔滨
工业大学计算机科学与技术学院
出处
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第6期78-81,共4页
基金
国家自然科学基金,国家高技术研究发展计划(863计划)
文摘
利用基因表达谱数据,按 Gene Ontology基因功能分类体系,将基因模块化地组织到具有显著生物学意义的低维差异表达功能模块单元中,构造新的指标用于分类疾病样本,从而提出了基于功能表达谱的分析新途径.新算法可稳健地抗基因检测缺失,抗基因表达变异,抗检测误差,并可以显著地降低分类特征维数(参与疾病分类的基因数目).采用淋巴瘤数据集,比较了基于功能表达谱和常规的基因表达谱的决策树分类器.结果显示,基于功能表达谱可以得到高准确度的疾病样本分类结果,能够直接从功能水平上给出相应的生物学解释.通过仿真分析,进一步显示了基于功能表达谱的分类方法具有抗基因检测缺失的稳健性.
关键词
基因功能
稳健性
疾病
基因缺失
Ontology
基因检测
生物学意义
基因表达谱
分类体系
功能模块
差异表达
检测误差
基因数目
特征维数
树分类器
样本分类
仿真分析
分类方法
谱数据
地组织
模块化
新算法
数据集
淋巴瘤
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
O212.1 [理学—概率论与数理统计]
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职称材料
题名
功能相关基因模块的共表达分析软件GeneHub
3
作者
郭政
张田文
李霞
屠康
喻辉
徐建震
王辰光
机构
哈尔滨
工业大学计算机科学系
哈尔滨
医科大学
生物
信息学研究室
哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司
哈尔滨
医科大学
生物
信息学研究室
出处
《哈尔滨工业大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2005年第5期599-603,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(39970397
30370388
+5 种基金
30170515)
国家高技术研究发展计划资助项目(2002AA222052
2003AA2Z2051)
黑龙江科技攻关重点资助项目(GB03C602-4)
哈尔滨市科技攻关资助项目(2003AA3CS113)
黑龙江自然科学基金资助项目(F0177).
文摘
介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色体定位、蛋白质互作及蛋白质复合物、调控通路、信号传导通路和细胞位置5个方面的基因功能分类体系下基因组共表达现象.该软件有利于整合其他多种基因组信息源,从而为采用信息融合分析技术挖掘基因表达谱数据和发现新的基因功能知识建立了很好的基础.介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色?
关键词
基因芯片
基因表达
基因功能
相关
数据库
Keywords
Computer software
Correlation theory
Database systems
Information analysis
Statistical methods
分类号
Q347 [生物学—遗传学]
R587.1 [医药卫生—内分泌]
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职称材料
题名
大豆异黄酮的功能和开发前景的研究进展
被引量:
24
4
作者
闫作梅
顾雪峰
韩俊
机构
哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司
哈尔滨
百爱科技
有限
公司
出处
《大豆通报》
2006年第1期34-36,共3页
文摘
大豆异黄酮是一类具有植物雌激素活性的物质,它主要包括为染料木素,大豆黄素,黄豆黄素。动物实验、临床研究以及流行病学调查表明,大豆异黄酮对癌症、动脉硬化症、骨质疏松症以及更年期综合症具有预防与治愈作用。
关键词
异黄酮
植物雌激素
动脉粥样硬化
Keywords
isoflavone
phytoestrogen
atherosclerosis
分类号
TS218 [轻工技术与工程—粮食、油脂及植物蛋白工程]
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职称材料
题名
肿瘤抑制因子——白细胞介素24的研究进展
被引量:
1
5
作者
高冬妮
葛菁萍
凌宏志
闫作梅
平文祥
机构
黑龙江省微
生物
高校重点实验室黑龙江大学生命科学学院
哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司
出处
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第4期381-385,共5页
关键词
白细胞介素24
肿瘤抑制因子
肿瘤基因治疗
黑色素瘤细胞
干扰素-Β
成纤维细胞
蛋白激酶
终末分化
分类号
R392.11 [医药卫生—免疫学]
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职称材料
题名
大豆异黄酮糖配体制备工艺研究
6
作者
王路
李玉厚
孙丽艳
韩俊
崔洪斌
机构
哈尔滨
医科大学公共卫生学院
黑龙江省医院营养科
哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司
出处
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第1期94-96,93,共4页
基金
863资助项目(2002AA2Z2052)
文摘
以大豆胚轴为原料,通过正交设计确立制备含染料木黄酮的糖配体酸水解条件,水解酸液的浓度为2.5 mol/L、水解温度为90℃,水解时间为3h。根据糖配体的溶解度与极性经AB-8大孔树脂柱乙醇溶剂分步淋洗(水→30%乙醇→80%乙醇)分离及以氯仿∶甲醇∶20%冰乙酸,体积比为7∶3∶1为展开系薄层小量制备出纯度为48.6%大豆异黄酮糖配体染料木黄酮。
关键词
糖配体
大豆异黄酮
制备
HPLC
Keywords
Aglycon
Isoflavones
Preparation
HPLC
分类号
TQ464.1 [化学工程—制药化工]
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职称材料
题名
大豆皂甙的提取、生理功能及应用进展
被引量:
11
7
作者
杨光
顾雪峰
韩俊
机构
哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司
哈尔滨
百爱科技
有限
公司
出处
《大豆通报》
2005年第6期23-26,共4页
基金
哈尔滨市科技攻关项目(2004AA3CS168-3)
文摘
大豆是我国的传统食品,营养丰富,并且含有多种生物活性物质。本文介绍了大豆中皂甙的分子结构,酶解和提取工艺。并简述了其增强免疫功能,抗肿瘤,抗自由基,抗血栓,抗脂蛋白氧化等生理功能和治疗高脂血症的临床实验。大豆皂甙应用前景广阔,已在食品和化妆品有一些应用,并有可能被开发为治疗心血管疾病的药物。
关键词
大豆皂甙
酶解
提取
生理功能
分类号
TS201.1 [轻工技术与工程—食品科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
cDNA芯片缺失值处理对基于基因表达谱的疾病分类的影响
王栋
郭政
李霞
吕莹丽
朱晶
王晨光
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2006
3
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职称材料
2
基于基因功能表达谱的疾病分类:抗基因缺失的稳健性
郭政
张田文
王琦
李霞
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2005
3
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职称材料
3
功能相关基因模块的共表达分析软件GeneHub
郭政
张田文
李霞
屠康
喻辉
徐建震
王辰光
《哈尔滨工业大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2005
0
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职称材料
4
大豆异黄酮的功能和开发前景的研究进展
闫作梅
顾雪峰
韩俊
《大豆通报》
2006
24
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职称材料
5
肿瘤抑制因子——白细胞介素24的研究进展
高冬妮
葛菁萍
凌宏志
闫作梅
平文祥
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2007
1
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职称材料
6
大豆异黄酮糖配体制备工艺研究
王路
李玉厚
孙丽艳
韩俊
崔洪斌
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2006
0
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职称材料
7
大豆皂甙的提取、生理功能及应用进展
杨光
顾雪峰
韩俊
《大豆通报》
2005
11
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职称材料
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