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16SrDNA基因芯片检测临床常见感染性细菌 被引量:33
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作者 翟俊辉 郭兆彪 +4 位作者 宋亚军 王津 张敏丽 杨瑞馥 韩俊 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期133-136,共4页
目的 提高细菌和临床微生物检测的速度和准确性 ,建立含有 2 0种细菌探针在内的感染性细菌检测用基因芯片模型。方法 使用 16SrDNA克隆探针和合成的寡核苷酸探针两种 ,利用点样仪制成基因芯片。细菌DNA经过 16SrDNA通用引物扩增后与... 目的 提高细菌和临床微生物检测的速度和准确性 ,建立含有 2 0种细菌探针在内的感染性细菌检测用基因芯片模型。方法 使用 16SrDNA克隆探针和合成的寡核苷酸探针两种 ,利用点样仪制成基因芯片。细菌DNA经过 16SrDNA通用引物扩增后与芯片上的探针杂交 ,然后用荧光扫描仪检测信号。结果 基因芯片能够用于细菌检测 ,克隆探针具有广泛和灵敏的特点 ,但是交叉反应明显 ;寡核苷酸探针具有较高的特异性 ,但是灵敏度稍差。结论 cDNA探针和寡核苷酸探针结合或设计几个不同的探针来指向同一株细菌很可能是将来基因芯片的检测方向。 展开更多
关键词 检测 感染性细菌 基因芯片 细菌感染 16S RDNA
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cDNA芯片缺失值处理对基于基因表达谱的疾病分类的影响 被引量:3
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作者 王栋 郭政 +3 位作者 李霞 吕莹丽 朱晶 王晨光 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期501-505,共5页
选取了4套cDNA芯片数据,分别运用补零和K近邻的方法,对有检测缺失的基因进行了补缺失值处理,分析了不同处理对支持向量机、K近邻分类器、决策树三种分类器分类效能的影响.结果显示: 在cDNA基因表达谱数据中,对检测缺失率不高于5%的基... 选取了4套cDNA芯片数据,分别运用补零和K近邻的方法,对有检测缺失的基因进行了补缺失值处理,分析了不同处理对支持向量机、K近邻分类器、决策树三种分类器分类效能的影响.结果显示: 在cDNA基因表达谱数据中,对检测缺失率不高于5%的基因补缺失值是一种较好的策略,这样可以保留较多的基因供后续的功能分析,同时仍然能够保持很高的疾病分类效能. 展开更多
关键词 基因表达谱 缺失值 分类
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基于基因功能表达谱的疾病分类:抗基因缺失的稳健性 被引量:3
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作者 郭政 张田文 +1 位作者 王琦 李霞 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期78-81,共4页
利用基因表达谱数据,按 Gene Ontology基因功能分类体系,将基因模块化地组织到具有显著生物学意义的低维差异表达功能模块单元中,构造新的指标用于分类疾病样本,从而提出了基于功能表达谱的分析新途径.新算法可稳健地抗基因检测缺失,抗... 利用基因表达谱数据,按 Gene Ontology基因功能分类体系,将基因模块化地组织到具有显著生物学意义的低维差异表达功能模块单元中,构造新的指标用于分类疾病样本,从而提出了基于功能表达谱的分析新途径.新算法可稳健地抗基因检测缺失,抗基因表达变异,抗检测误差,并可以显著地降低分类特征维数(参与疾病分类的基因数目).采用淋巴瘤数据集,比较了基于功能表达谱和常规的基因表达谱的决策树分类器.结果显示,基于功能表达谱可以得到高准确度的疾病样本分类结果,能够直接从功能水平上给出相应的生物学解释.通过仿真分析,进一步显示了基于功能表达谱的分类方法具有抗基因检测缺失的稳健性. 展开更多
关键词 基因功能 稳健性 疾病 基因缺失 Ontology 基因检测 生物学意义 基因表达谱 分类体系 功能模块 差异表达 检测误差 基因数目 特征维数 树分类器 样本分类 仿真分析 分类方法 谱数据 地组织 模块化 新算法 数据集 淋巴瘤
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功能相关基因模块的共表达分析软件GeneHub
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作者 郭政 张田文 +4 位作者 李霞 屠康 喻辉 徐建震 王辰光 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第5期599-603,共5页
介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists... 介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色体定位、蛋白质互作及蛋白质复合物、调控通路、信号传导通路和细胞位置5个方面的基因功能分类体系下基因组共表达现象.该软件有利于整合其他多种基因组信息源,从而为采用信息融合分析技术挖掘基因表达谱数据和发现新的基因功能知识建立了很好的基础.介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色? 展开更多
关键词 基因芯片 基因表达 基因功能 相关 数据库
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大豆异黄酮的功能和开发前景的研究进展 被引量:24
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作者 闫作梅 顾雪峰 韩俊 《大豆通报》 2006年第1期34-36,共3页
大豆异黄酮是一类具有植物雌激素活性的物质,它主要包括为染料木素,大豆黄素,黄豆黄素。动物实验、临床研究以及流行病学调查表明,大豆异黄酮对癌症、动脉硬化症、骨质疏松症以及更年期综合症具有预防与治愈作用。
关键词 异黄酮 植物雌激素 动脉粥样硬化
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大豆皂甙的提取、生理功能及应用进展 被引量:11
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作者 杨光 顾雪峰 韩俊 《大豆通报》 2005年第6期23-26,共4页
大豆是我国的传统食品,营养丰富,并且含有多种生物活性物质。本文介绍了大豆中皂甙的分子结构,酶解和提取工艺。并简述了其增强免疫功能,抗肿瘤,抗自由基,抗血栓,抗脂蛋白氧化等生理功能和治疗高脂血症的临床实验。大豆皂甙应用前景广阔... 大豆是我国的传统食品,营养丰富,并且含有多种生物活性物质。本文介绍了大豆中皂甙的分子结构,酶解和提取工艺。并简述了其增强免疫功能,抗肿瘤,抗自由基,抗血栓,抗脂蛋白氧化等生理功能和治疗高脂血症的临床实验。大豆皂甙应用前景广阔,已在食品和化妆品有一些应用,并有可能被开发为治疗心血管疾病的药物。 展开更多
关键词 大豆皂甙 酶解 提取 生理功能
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