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基于生物信息学分析胃癌双微体中增强子的调控机制
1
作者
安梦婷
郭冠麟
+2 位作者
吴杰
孙文靖
贾学渊
《遗传》
北大核心
2025年第5期558-572,共15页
胃癌(gastric cancer,GC)在全球范围内的发病率和死亡率均居高位。双微体(double minutes,DMs)是一种染色体外的环状染色体,常携带有癌基因或耐药基因,其与肿瘤发生及耐药性密切相关。为深入探索双微体在胃癌发展中的作用及调控机制,本...
胃癌(gastric cancer,GC)在全球范围内的发病率和死亡率均居高位。双微体(double minutes,DMs)是一种染色体外的环状染色体,常携带有癌基因或耐药基因,其与肿瘤发生及耐药性密切相关。为深入探索双微体在胃癌发展中的作用及调控机制,本研究利用生物信息学方法通过分析CCLE细胞系数据库和TCGA实体瘤数据库中的基因组拷贝数变异数据,总结含双微体肿瘤样本的基因组特征,依此特征对胃癌样本进行分类。接着使用FANTOM5数据库、R包“GenomicRanges”、Bedtools工具以及MEME SUITE分析胃癌双微体上增强子及其调控的靶基因的功能。然后利用CIBERSORT包和GDSC药物数据库对TCGA中含和不含的胃癌样本进行免疫细胞浸润分析和耐药分析。研究显示,胃癌中的双微体基因组特征包括一类拷贝数超过10且长度≥50kb的基因组片段。双微体增强子的调控作用影响了耐药性和肿瘤免疫,其中增强子-转录因子-靶基因的调控回路扰动也与肿瘤免疫相关。进一步分析发现,双微体增强子调控的靶基因不仅导致了免疫相关基因表达的改变,还使得胃癌样本对常见化疗药物展现出更强的不敏感性,并且耐药相关靶基因在含双微体的胃癌样本中高表达并与不良预后密切相关。综上所述,该项研究为含有双微体的胃癌个体治疗提供了新的见解。
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关键词
双微体
增强子
胃癌
肿瘤免疫
肿瘤耐药性
生物信息学
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职称材料
基于原发癌灶T2WI的影像组学特征预测局部进展期直肠癌新辅助治疗疗效及多种分类器效能比较
被引量:
5
2
作者
胡鸿博
赵升
+3 位作者
姜昊
姜慧杰
蔺雪
张莹
《磁共振成像》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第11期77-83,共7页
目的3.0 T MRI影像数据具有评估局部进展期直肠癌(locally advanced rectal cancer,LARC)术前新辅助放化疗(neoadjuvant chemoradiotherapy,nCRT)疗效临床价值,但是构建模型多种机器学习间的比较并没有被探究过。我们将比较4种常用的机...
目的3.0 T MRI影像数据具有评估局部进展期直肠癌(locally advanced rectal cancer,LARC)术前新辅助放化疗(neoadjuvant chemoradiotherapy,nCRT)疗效临床价值,但是构建模型多种机器学习间的比较并没有被探究过。我们将比较4种常用的机器学习方法在评估直肠癌新辅助治疗疗效临床价值的效能。材料与方法回顾性分析2021年9月至2023年1月于哈尔滨医科大学附属第二医院就诊经病理检查证实的LARC并行nCRT的病例共160例,按8∶2比例分为训练集及验证集。分别建立支持向量机(support vector machines,SVM)、朴素贝叶斯(naive Bayes,NB)、神经网络(neural network,NN)、卷积神经网络(convolutional neural networks,CNN)四种分类器模型,采用DeLong检验比较受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线的差异,对4种分类器诊断效能进行评估比较。结果2组患者年龄、性别差异无统计学意义(P>0.05)。通过最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)算法得到9个与治疗效果分组相关的特征,9个特征在病理完全缓解(pathological complete response,pCR)/病理非完全缓解(non-pathological complete response,non-pCR)中有差异,但差异不具有统计学意义(P>0.05)。SVM模型在训练集的ROC曲线下面积为0.9150,评估nCRT效果最为显著。结论基于磁共振高分辨T2WI的纹理特征,通过SVM、NB、NN、CNN分类器模型可以对直肠癌nCRT疗效进行评估,其中SVM分类器模型诊断效能最佳。基于高分辨T2WI的影像组学可以评估LARC患者nCRT治疗效果。
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关键词
直肠癌
磁共振成像
影像组学
机器学习
支持向量机
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职称材料
新人工阳离子多肽AIK抗肿瘤活性的初步研究
被引量:
1
3
作者
范芳芳
徐晖
+7 位作者
孙慧莹
刘佳玮
张海员
李亦兰
宁雪莲
白静
傅松滨
周春水
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第6期617-623,共7页
目的:研究新发现的人工阳离子多肽AIK在体内外对肿瘤细胞的抑制作用和杀伤机制。方法:MTS方法检测AIK对急性早幼粒白血病细胞HL-60的抑制作用,确定AIK最佳作用浓度及作用时间,并以此条件测定其对10株人肿瘤细胞(95C、95D、HL-60、He La...
目的:研究新发现的人工阳离子多肽AIK在体内外对肿瘤细胞的抑制作用和杀伤机制。方法:MTS方法检测AIK对急性早幼粒白血病细胞HL-60的抑制作用,确定AIK最佳作用浓度及作用时间,并以此条件测定其对10株人肿瘤细胞(95C、95D、HL-60、He La、B95-8、HO-8910PM、HO-8910、SMMC-7721、U2OS和A549细胞)及人正常肝细胞HL-7702的抑制效应。流式细胞术检测AIK对宫颈癌He La细胞凋亡的影响,并经DAPI染色后荧光显微镜下观察细胞的形态学变化。制备小鼠荷肝癌H22细胞皮下移植瘤模型,将36只模型小鼠随机分为PBS阴性对照组、AIK低剂量组[8 mg/(kg·d)]、高剂量组[15 mg/(kg·d)]以及MTX阳性对照组[1 mg/(kg·d)],给予连续10 d瘤旁注射治疗,记录小鼠体质量并观察其活动状态;用药结束后,脊椎脱臼法处死小鼠,比较肿瘤质量及体积。结果:AIK对10种肿瘤细胞均有不同程度的杀伤活性,600μg/ml AIK作用24 h后对肺巨细胞癌95C、白血病HL-60和宫颈癌Hela细胞生长的抑制分别达(90.33±0.75)%、(89.06±1.28)%和(76.09±3.68)%。AIK处理组He La凋亡细胞[(4.88±0.57)%vs(0.51±0.19)%,P<0.05]及坏死细胞比例[(2.96±0.50)%vs(1.87±0.27)%,P<0.05]均显著高于对照组,400μg/ml AIK处理组50%以上的H22细胞出现胞膜破碎、细胞裂解等坏死表型。AIK高剂量组、低剂量组和MTX阳性对照组的移植瘤体积和质量均显著低于PBS阴性对照组(P<0.01)。4组小鼠体质量在治疗期间没有显著差异,但MTX组小鼠体质量在治疗第5天开始出现下降,其余3组在药物处理期间呈上升趋势。结论:AIK能够抑制多种肿瘤细胞的生长,诱导细胞凋亡和坏死;显著抑制肝癌H22细胞小鼠皮下移植瘤的生长,无明显不良反应。
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关键词
阳离子多肽
AIK
肿瘤
细胞凋亡
细胞坏死
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职称材料
题名
基于生物信息学分析胃癌双微体中增强子的调控机制
1
作者
安梦婷
郭冠麟
吴杰
孙文靖
贾学渊
机构
哈尔滨医科大学基础医学院医学遗传学教研室
中国
遗传
资源保护与疾病防控教育部重点实验室(
哈尔滨医科大学
)
出处
《遗传》
北大核心
2025年第5期558-572,共15页
基金
黑龙江省自然科学杰出青年基金项目(编号:JQ2022C004)
黑龙江省自然科学基金联合引导项目(编号:LH2021H006)
哈尔滨医科大学少帅揭榜项目(编号:HMUMIF-21007)资助。
文摘
胃癌(gastric cancer,GC)在全球范围内的发病率和死亡率均居高位。双微体(double minutes,DMs)是一种染色体外的环状染色体,常携带有癌基因或耐药基因,其与肿瘤发生及耐药性密切相关。为深入探索双微体在胃癌发展中的作用及调控机制,本研究利用生物信息学方法通过分析CCLE细胞系数据库和TCGA实体瘤数据库中的基因组拷贝数变异数据,总结含双微体肿瘤样本的基因组特征,依此特征对胃癌样本进行分类。接着使用FANTOM5数据库、R包“GenomicRanges”、Bedtools工具以及MEME SUITE分析胃癌双微体上增强子及其调控的靶基因的功能。然后利用CIBERSORT包和GDSC药物数据库对TCGA中含和不含的胃癌样本进行免疫细胞浸润分析和耐药分析。研究显示,胃癌中的双微体基因组特征包括一类拷贝数超过10且长度≥50kb的基因组片段。双微体增强子的调控作用影响了耐药性和肿瘤免疫,其中增强子-转录因子-靶基因的调控回路扰动也与肿瘤免疫相关。进一步分析发现,双微体增强子调控的靶基因不仅导致了免疫相关基因表达的改变,还使得胃癌样本对常见化疗药物展现出更强的不敏感性,并且耐药相关靶基因在含双微体的胃癌样本中高表达并与不良预后密切相关。综上所述,该项研究为含有双微体的胃癌个体治疗提供了新的见解。
关键词
双微体
增强子
胃癌
肿瘤免疫
肿瘤耐药性
生物信息学
Keywords
double minute chromosomes
enhancer
gastric cancer
tumor immunity
tumor drug resistance
bioinformatics
分类号
R735.2 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
基于原发癌灶T2WI的影像组学特征预测局部进展期直肠癌新辅助治疗疗效及多种分类器效能比较
被引量:
5
2
作者
胡鸿博
赵升
姜昊
姜慧杰
蔺雪
张莹
机构
哈尔滨医科大学
附属第二医院放射科
哈尔滨医科大学基础医学院医学遗传学教研室
出处
《磁共振成像》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第11期77-83,共7页
基金
国家自然科学基金项目(编号:62171167)。
文摘
目的3.0 T MRI影像数据具有评估局部进展期直肠癌(locally advanced rectal cancer,LARC)术前新辅助放化疗(neoadjuvant chemoradiotherapy,nCRT)疗效临床价值,但是构建模型多种机器学习间的比较并没有被探究过。我们将比较4种常用的机器学习方法在评估直肠癌新辅助治疗疗效临床价值的效能。材料与方法回顾性分析2021年9月至2023年1月于哈尔滨医科大学附属第二医院就诊经病理检查证实的LARC并行nCRT的病例共160例,按8∶2比例分为训练集及验证集。分别建立支持向量机(support vector machines,SVM)、朴素贝叶斯(naive Bayes,NB)、神经网络(neural network,NN)、卷积神经网络(convolutional neural networks,CNN)四种分类器模型,采用DeLong检验比较受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线的差异,对4种分类器诊断效能进行评估比较。结果2组患者年龄、性别差异无统计学意义(P>0.05)。通过最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)算法得到9个与治疗效果分组相关的特征,9个特征在病理完全缓解(pathological complete response,pCR)/病理非完全缓解(non-pathological complete response,non-pCR)中有差异,但差异不具有统计学意义(P>0.05)。SVM模型在训练集的ROC曲线下面积为0.9150,评估nCRT效果最为显著。结论基于磁共振高分辨T2WI的纹理特征,通过SVM、NB、NN、CNN分类器模型可以对直肠癌nCRT疗效进行评估,其中SVM分类器模型诊断效能最佳。基于高分辨T2WI的影像组学可以评估LARC患者nCRT治疗效果。
关键词
直肠癌
磁共振成像
影像组学
机器学习
支持向量机
Keywords
rectal cancer
magnetic resonance imaging
imaging omics
machine learning
support vector machine
分类号
R445.2 [医药卫生—影像医学与核医学]
R735.37 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
新人工阳离子多肽AIK抗肿瘤活性的初步研究
被引量:
1
3
作者
范芳芳
徐晖
孙慧莹
刘佳玮
张海员
李亦兰
宁雪莲
白静
傅松滨
周春水
机构
哈尔滨医科大学基础医学院医学遗传学教研室
出处
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第6期617-623,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.81272582)~~
文摘
目的:研究新发现的人工阳离子多肽AIK在体内外对肿瘤细胞的抑制作用和杀伤机制。方法:MTS方法检测AIK对急性早幼粒白血病细胞HL-60的抑制作用,确定AIK最佳作用浓度及作用时间,并以此条件测定其对10株人肿瘤细胞(95C、95D、HL-60、He La、B95-8、HO-8910PM、HO-8910、SMMC-7721、U2OS和A549细胞)及人正常肝细胞HL-7702的抑制效应。流式细胞术检测AIK对宫颈癌He La细胞凋亡的影响,并经DAPI染色后荧光显微镜下观察细胞的形态学变化。制备小鼠荷肝癌H22细胞皮下移植瘤模型,将36只模型小鼠随机分为PBS阴性对照组、AIK低剂量组[8 mg/(kg·d)]、高剂量组[15 mg/(kg·d)]以及MTX阳性对照组[1 mg/(kg·d)],给予连续10 d瘤旁注射治疗,记录小鼠体质量并观察其活动状态;用药结束后,脊椎脱臼法处死小鼠,比较肿瘤质量及体积。结果:AIK对10种肿瘤细胞均有不同程度的杀伤活性,600μg/ml AIK作用24 h后对肺巨细胞癌95C、白血病HL-60和宫颈癌Hela细胞生长的抑制分别达(90.33±0.75)%、(89.06±1.28)%和(76.09±3.68)%。AIK处理组He La凋亡细胞[(4.88±0.57)%vs(0.51±0.19)%,P<0.05]及坏死细胞比例[(2.96±0.50)%vs(1.87±0.27)%,P<0.05]均显著高于对照组,400μg/ml AIK处理组50%以上的H22细胞出现胞膜破碎、细胞裂解等坏死表型。AIK高剂量组、低剂量组和MTX阳性对照组的移植瘤体积和质量均显著低于PBS阴性对照组(P<0.01)。4组小鼠体质量在治疗期间没有显著差异,但MTX组小鼠体质量在治疗第5天开始出现下降,其余3组在药物处理期间呈上升趋势。结论:AIK能够抑制多种肿瘤细胞的生长,诱导细胞凋亡和坏死;显著抑制肝癌H22细胞小鼠皮下移植瘤的生长,无明显不良反应。
关键词
阳离子多肽
AIK
肿瘤
细胞凋亡
细胞坏死
Keywords
cationic peptide
AIK
tumor
cell apoptosis
cell necrosis
分类号
Q516 [生物学—生物化学]
R730.5 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于生物信息学分析胃癌双微体中增强子的调控机制
安梦婷
郭冠麟
吴杰
孙文靖
贾学渊
《遗传》
北大核心
2025
0
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职称材料
2
基于原发癌灶T2WI的影像组学特征预测局部进展期直肠癌新辅助治疗疗效及多种分类器效能比较
胡鸿博
赵升
姜昊
姜慧杰
蔺雪
张莹
《磁共振成像》
CAS
CSCD
北大核心
2023
5
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职称材料
3
新人工阳离子多肽AIK抗肿瘤活性的初步研究
范芳芳
徐晖
孙慧莹
刘佳玮
张海员
李亦兰
宁雪莲
白静
傅松滨
周春水
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2014
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