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基于红景天苷对三阴性乳腺癌关键差异基因作用机制的生物信息学和分子对接技术分析
被引量:
1
1
作者
朱紫嘉
陈霞
+3 位作者
崔曼
文继红
王苹
宋东
《吉林大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期759-769,共11页
目的:通过生物信息学和网络药理学方法探讨红景天苷治疗三阴性乳腺癌(TNBC)的作用机制,阐明其产生治疗作用的主要靶点和信号通路。方法:通过基因表达综合数据库(GEO)获取数据集GSE45827,利用R软件包GSEABase进行基因集富集分析(GSEA),采...
目的:通过生物信息学和网络药理学方法探讨红景天苷治疗三阴性乳腺癌(TNBC)的作用机制,阐明其产生治疗作用的主要靶点和信号通路。方法:通过基因表达综合数据库(GEO)获取数据集GSE45827,利用R软件包GSEABase进行基因集富集分析(GSEA),采用limma R软件包寻找相邻正常组织和TNBC组织之间的差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,将DEGs与药物靶点结合,导入基因/蛋白相互作用检索搜查工具String数据库,形成蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络。使用MCODE插件对PPI网络进行功能模块筛选,对SCORE值排名前2位的关键模块基因再次进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。将2次KEGG富集分析所得通路与转录组数据GSEA富集分析结果取交集,获得红景天苷治疗TNBC的作用通路。使用CytoHubba插件计算出关键模块中最大团中心性(MCC)评分前10位的关键节点基因,即为核心基因。应用AutoDock Vina 1.1.2和PyMOL 2.3.0软件完成分子对接。结果:KEGG与GSEA富集分析的结果取交集得到13条共同通路,涉及细胞周期、细胞衰老和p53信号通路等。GO功能富集分析结果中所涉及的有丝分裂、核分裂和姐妹染色单体分离等生物学过程与细胞周期有密切关联,与KEGG富集分析结果一致。SCORE值排名第1位的关键模块中包含5个红景天苷药物作用靶点,分别为重组人细胞周期蛋白A2(CCNA2)、细胞周期检查点激酶1(CHEK1)、驱动蛋白家族成员11(KIF11)、DNA拓扑异构酶2(TOP2A)和胸腺嘧啶酸合酶(TYMS),将上述蛋白与红景天苷进行分子对接,结果均表现出很强的结合能力(结合能<-7.0 kcal·mol^(-1))。结论:红景天苷的紧密结合靶标位于TNBC的DEGs关键功能模块中,可以与CCNA2蛋白结合产生直接的调控作用,与KIF11、TOPA2、CHEK1和TYMS蛋白结合可针对TNBC的关键节点基因产生间接的调控作用,红景天苷有可能成为TNBC的临床治疗药物。
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关键词
红景天苷
三阴性乳腺癌
生物信息学
网络药理学
分子对接
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职称材料
新鲜羊膜对兔宫腔黏连的预防作用及对子宫内膜容受性的改善作用
2
作者
范艳艳
王娜
+2 位作者
徐文
葛亚杰
王丽娜
《吉林大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期990-998,共9页
目的:建立兔宫腔黏连(IUA)模型,探讨宫腔内放置新鲜羊膜预防IUA的效果和对子宫内膜容受性的改善作用。方法:雌性新西兰大白兔30只随机分为对照组、模型组和治疗组,每组10只,模型组和治疗组兔用刮勺搔刮宫腔机械性损伤子宫内膜并于宫腔...
目的:建立兔宫腔黏连(IUA)模型,探讨宫腔内放置新鲜羊膜预防IUA的效果和对子宫内膜容受性的改善作用。方法:雌性新西兰大白兔30只随机分为对照组、模型组和治疗组,每组10只,模型组和治疗组兔用刮勺搔刮宫腔机械性损伤子宫内膜并于宫腔内放置浸泡脂多糖(LPS)的棉线使宫腔感染,建立兔IUA模型,治疗组兔于模型建立同时宫腔内放置新鲜羊膜,对照组为假手术组,不进行宫腔处理。收集建模后第1和2周时的子宫标本,采用HE染色和Masson染色检测各组兔子宫内膜组织中腺体数量和子宫内膜纤维化面积百分率,采用免疫组织化学染色法检测各组兔子宫内膜组织中整合素αVβ3和白血病抑制因子(LIF)蛋白表达水平。结果:与对照组比较,第1和2周时模型组和治疗组兔子宫内膜组织中腺体数量明显减少(P<0.05),子宫内膜纤维化面积百分率明显升高(P<0.05),子宫内膜组织中整合素αVβ3和LIF蛋白表达水平明显降低(P<0.05);与模型组比较,第1和2周时治疗组兔子宫内膜组织中腺体数量明显增加(P<0.05),子宫内膜纤维化面积百分率明显降低(P<0.05),子宫内膜组织中整合素αVβ3和LIF蛋白表达水平明显升高(P<0.05);与第1周时比较,第2周时对照组和治疗组兔子宫内膜组织中腺体数量、子宫内膜纤维化面积百分率及子宫内膜组织中整合素αVβ3和LIF蛋白表达水平差异均无统计学意义(P>0.05),但第2周时模型组兔子宫内膜纤维化面积百分率明显降低(P<0.01),子宫内膜组织中整合素αVβ3和LIF蛋白表达水平明显升高(P<0.05)。结论:宫腔内放置新鲜羊膜可以减轻IUA的程度,改善子宫内膜容受性,且起效快并作用持久。
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关键词
宫腔黏连
新鲜羊膜
整合素ΑVΒ3
白血病抑制因子
子宫内膜容受性
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职称材料
题名
基于红景天苷对三阴性乳腺癌关键差异基因作用机制的生物信息学和分子对接技术分析
被引量:
1
1
作者
朱紫嘉
陈霞
崔曼
文继红
王苹
宋东
机构
吉林大学
第一
医院
乳腺外
科
吉林大学
基础医学院药理学系
吉林大学第一医院普通妇一科
吉林大学
第一
医院
耳鼻咽喉-头颈外
科
出处
《吉林大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期759-769,共11页
基金
吉林省科技厅自然科学基金项目(20210401057YY,20210101326JC)。
文摘
目的:通过生物信息学和网络药理学方法探讨红景天苷治疗三阴性乳腺癌(TNBC)的作用机制,阐明其产生治疗作用的主要靶点和信号通路。方法:通过基因表达综合数据库(GEO)获取数据集GSE45827,利用R软件包GSEABase进行基因集富集分析(GSEA),采用limma R软件包寻找相邻正常组织和TNBC组织之间的差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,将DEGs与药物靶点结合,导入基因/蛋白相互作用检索搜查工具String数据库,形成蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络。使用MCODE插件对PPI网络进行功能模块筛选,对SCORE值排名前2位的关键模块基因再次进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。将2次KEGG富集分析所得通路与转录组数据GSEA富集分析结果取交集,获得红景天苷治疗TNBC的作用通路。使用CytoHubba插件计算出关键模块中最大团中心性(MCC)评分前10位的关键节点基因,即为核心基因。应用AutoDock Vina 1.1.2和PyMOL 2.3.0软件完成分子对接。结果:KEGG与GSEA富集分析的结果取交集得到13条共同通路,涉及细胞周期、细胞衰老和p53信号通路等。GO功能富集分析结果中所涉及的有丝分裂、核分裂和姐妹染色单体分离等生物学过程与细胞周期有密切关联,与KEGG富集分析结果一致。SCORE值排名第1位的关键模块中包含5个红景天苷药物作用靶点,分别为重组人细胞周期蛋白A2(CCNA2)、细胞周期检查点激酶1(CHEK1)、驱动蛋白家族成员11(KIF11)、DNA拓扑异构酶2(TOP2A)和胸腺嘧啶酸合酶(TYMS),将上述蛋白与红景天苷进行分子对接,结果均表现出很强的结合能力(结合能<-7.0 kcal·mol^(-1))。结论:红景天苷的紧密结合靶标位于TNBC的DEGs关键功能模块中,可以与CCNA2蛋白结合产生直接的调控作用,与KIF11、TOPA2、CHEK1和TYMS蛋白结合可针对TNBC的关键节点基因产生间接的调控作用,红景天苷有可能成为TNBC的临床治疗药物。
关键词
红景天苷
三阴性乳腺癌
生物信息学
网络药理学
分子对接
Keywords
Salidroside
Triple negative breast cancer
Bioinformatics
Network pharmacology
Molecular docking
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
R285.5 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
新鲜羊膜对兔宫腔黏连的预防作用及对子宫内膜容受性的改善作用
2
作者
范艳艳
王娜
徐文
葛亚杰
王丽娜
机构
吉林大学第一医院普通妇一科
出处
《吉林大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期990-998,共9页
基金
吉林省科技厅科技发展计划项目(20180414061GH)
吉林省财政厅卫生专项项目(JLSWSRCZX2020-061)。
文摘
目的:建立兔宫腔黏连(IUA)模型,探讨宫腔内放置新鲜羊膜预防IUA的效果和对子宫内膜容受性的改善作用。方法:雌性新西兰大白兔30只随机分为对照组、模型组和治疗组,每组10只,模型组和治疗组兔用刮勺搔刮宫腔机械性损伤子宫内膜并于宫腔内放置浸泡脂多糖(LPS)的棉线使宫腔感染,建立兔IUA模型,治疗组兔于模型建立同时宫腔内放置新鲜羊膜,对照组为假手术组,不进行宫腔处理。收集建模后第1和2周时的子宫标本,采用HE染色和Masson染色检测各组兔子宫内膜组织中腺体数量和子宫内膜纤维化面积百分率,采用免疫组织化学染色法检测各组兔子宫内膜组织中整合素αVβ3和白血病抑制因子(LIF)蛋白表达水平。结果:与对照组比较,第1和2周时模型组和治疗组兔子宫内膜组织中腺体数量明显减少(P<0.05),子宫内膜纤维化面积百分率明显升高(P<0.05),子宫内膜组织中整合素αVβ3和LIF蛋白表达水平明显降低(P<0.05);与模型组比较,第1和2周时治疗组兔子宫内膜组织中腺体数量明显增加(P<0.05),子宫内膜纤维化面积百分率明显降低(P<0.05),子宫内膜组织中整合素αVβ3和LIF蛋白表达水平明显升高(P<0.05);与第1周时比较,第2周时对照组和治疗组兔子宫内膜组织中腺体数量、子宫内膜纤维化面积百分率及子宫内膜组织中整合素αVβ3和LIF蛋白表达水平差异均无统计学意义(P>0.05),但第2周时模型组兔子宫内膜纤维化面积百分率明显降低(P<0.01),子宫内膜组织中整合素αVβ3和LIF蛋白表达水平明显升高(P<0.05)。结论:宫腔内放置新鲜羊膜可以减轻IUA的程度,改善子宫内膜容受性,且起效快并作用持久。
关键词
宫腔黏连
新鲜羊膜
整合素ΑVΒ3
白血病抑制因子
子宫内膜容受性
Keywords
uterine cavity adhesion
fresh amniotic membrane
integrinαVβ3
leukemia inhibitory factor
endometrial receptivity
分类号
R711.74 [医药卫生—妇产科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于红景天苷对三阴性乳腺癌关键差异基因作用机制的生物信息学和分子对接技术分析
朱紫嘉
陈霞
崔曼
文继红
王苹
宋东
《吉林大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
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职称材料
2
新鲜羊膜对兔宫腔黏连的预防作用及对子宫内膜容受性的改善作用
范艳艳
王娜
徐文
葛亚杰
王丽娜
《吉林大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2021
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