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分子对接和动力学模拟提高嗜热蛋白酶PhpI的活力 被引量：7
1
作者 詹冬玲 高楠 +1 位作者 韩葳葳 冯雁 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2013年第3期628-633,共6页
通过分子对接和动力学模拟对嗜热蛋白酶的分子进行改造,确定蛋白酶PH1704(PhpI)定点突变残基,并通过分子生物学实验进行验证.突变体K43C的蛋白酶活力提高了5.8倍.分子动力学模拟结果表明,经过8 ns的动力学模拟后,K43C突变体二级结构由... 通过分子对接和动力学模拟对嗜热蛋白酶的分子进行改造,确定蛋白酶PH1704(PhpI)定点突变残基,并通过分子生物学实验进行验证.突变体K43C的蛋白酶活力提高了5.8倍.分子动力学模拟结果表明,经过8 ns的动力学模拟后,K43C突变体二级结构由野生型的S2片层(F11-E12-D13)变成环状结构.E12和K43均是活性位点的重要残基,这种变化将导致活性位点的柔性增强,有利于催化反应的发生. 展开更多
关键词 嗜热蛋白酶PhpI 分子对接 动力学模拟 定点突变
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基于分子动力学模拟提高嗜热磷酸三酯酶样内酯酶非特异性底物活力的理论研究 被引量：1
2
作者 朱镜璇 于正飞 +4 位作者 刘野 詹冬玲 韩佳睿 田晓翩 韩葳葳 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期138-146,共9页
采用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟方法,结合分子力学-广义玻恩表面积(MM-GB/SA)方法进行自由能计算和结构交互指纹分析,研究了模拟过程中非特异性底物(对氧磷/内酯)分别与嗜热磷酸三酯酶样内酯酶(SsoPox)野生型和突变体(W263F/W2... 采用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟方法,结合分子力学-广义玻恩表面积(MM-GB/SA)方法进行自由能计算和结构交互指纹分析,研究了模拟过程中非特异性底物(对氧磷/内酯)分别与嗜热磷酸三酯酶样内酯酶(SsoPox)野生型和突变体(W263F/W263T)结合的构象变化,分析了Loop8中重要残基Trp263的突变提高SsoPox非特异性底物活力的原因,发现其能够影响门控残基Phe229的构象变化,导致活性口袋入口变宽(Phe229与Tyr99之间的距离变大),使对氧磷和内酯更容易结合到蛋白质的活性位点上; Asp256和Arg223形成盐桥的几率高于野生型(WT) SsoPox,在Arg223(位于Loop7)的协助下质子更加高效地从活性中心的Asp256(位于Loop8)传递到溶剂中去,因而能够提高SsoPox水解底物的效率.通过比较2个野生型复合物的结构稳定性和结合自由能差异,发现在模拟过程中SsoPox与内酯的复合物体系更加稳定并且具有更低的结合自由能,有利于SsoPox识别底物并使其埋在活性部位的疏水环境中,促进氢氧化物亲核进攻底物的亲电中心.因此,底物与酶稳定的相互作用可能是SsoPox具有天然内酯酶活性的原因之一. 展开更多
关键词 嗜热类磷酸三酯酶样内酯酶 分子动力学模拟 拉伸分子动力学模拟 分子力学-广义玻恩表面积 结构交互指纹分析
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人类细胞色素P450 2E1酶在不同乙醇浓度下构象变化的分子动力学模拟（英文） 被引量：2
3
作者 王衍 郑清川 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2015年第11期2226-2235,共10页
细胞色素P450(CYP)2E1家族酶是一种具有双重功能的单加氧酶,能够参与市场上6%药物的代谢而具有重要的作用.这类酶与酒精的消耗、糖尿病、肥胖症以及厌食症等密切相关,引起了广泛的研究兴趣.目前尚未见从原子水平上对这种酶在不同乙醇浓... 细胞色素P450(CYP)2E1家族酶是一种具有双重功能的单加氧酶,能够参与市场上6%药物的代谢而具有重要的作用.这类酶与酒精的消耗、糖尿病、肥胖症以及厌食症等密切相关,引起了广泛的研究兴趣.目前尚未见从原子水平上对这种酶在不同乙醇浓度下构象行为的研究.基于此,本文研究了花生四烯酸(AA)与CYP2E1复合物结构在不同乙醇浓度下构象与能量变化的特点.对于在不同乙醇浓度下AA与CYP2E1的复合物结构,采用分子动力学模拟结合自由能计算的方法进行研究.分子动力学模拟结果表明,His109和Lys243氨基酸残基对AA与CYP2E1的结合起到了至关重要的作用.当体系的乙醇浓度较高时,AA的结合能力有所下降,这种结合能力的下降是由于AA与CYP2E1之间氢键相互作用力的减弱所致.本研究对于AA与CYP2E1复合物结构在不同乙醇浓度下,AA分子与CYP2E1分子结合能力下降以及CYP2E1的构象变化给出了详细的解释.本研究工作得到的结论对于实验和理论研究均有重要意义,可为后续细胞色素P450酶类催化活性的研究提供理论支持. 展开更多
关键词 细胞色素P450 2E1酶 分子动力学模拟 结合自由能计算
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核糖核酸酶A表面原位聚合构建抗肿瘤纳米胶囊研究
4
作者 赵启轩 马骏 +2 位作者 刘爱江 梁骁 李全顺 《高等学校化学学报》 北大核心 2025年第1期139-147,共9页
通过原位聚合策略,在核糖核酸酶A(RNaseA)表面构建聚合物外壳,制备了纳米胶囊n(RNaseA).表征结果表明,n(RNase A)呈现均一的球形结构,流体力学直径和zeta电位分别为(118.9±14.1)nm和(7.3±1.5)mV.通过荧光显微镜和流式细胞术... 通过原位聚合策略,在核糖核酸酶A(RNaseA)表面构建聚合物外壳,制备了纳米胶囊n(RNaseA).表征结果表明,n(RNase A)呈现均一的球形结构,流体力学直径和zeta电位分别为(118.9±14.1)nm和(7.3±1.5)mV.通过荧光显微镜和流式细胞术对纳米胶囊n(RNaseA)的肿瘤摄取能力进行表征,发现该体系能够被非小细胞肺癌细胞系A549高效摄取.以此为基础,纳米胶囊n(RNaseA)能够切割细胞质中的RNA分子,诱导肿瘤细胞凋亡,显著抑制肿瘤细胞增殖.本研究利用表面原位聚合技术构建了能够实现RNaseA胞内递送的纳米制剂,为其它医用酶分子纳米胶囊的构建与评价提供了借鉴思路. 展开更多
关键词 核糖核酸酶A 原位聚合 纳米胶囊 抗肿瘤制剂
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具有谷胱甘肽过氧化物酶活性的小分子模拟物2-TeCD保护线粒体抵抗氧化损伤 被引量：8
5
作者 薛雁 任晓君 +6 位作者 张鲲 牟颖 刘俊秋 曹鹏 郭灿辉 罗贵民 沈家骢 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期506-510,共5页
首次合成了一个新的含碲化合物 2 TeCD(二碲桥联环糊精 ) ,并证实其具有谷胱甘肽过氧化物酶 (GPX)活力 ,能清除氢过氧化物 .与其它GPX模拟物相比 ,2 TeCD具有分子量小 ,水溶性好及良好的化学和生物学稳定性 ,且其GPX活力比另一种被广... 首次合成了一个新的含碲化合物 2 TeCD(二碲桥联环糊精 ) ,并证实其具有谷胱甘肽过氧化物酶 (GPX)活力 ,能清除氢过氧化物 .与其它GPX模拟物相比 ,2 TeCD具有分子量小 ,水溶性好及良好的化学和生物学稳定性 ,且其GPX活力比另一种被广泛认知的小分子模拟物Ebselen高约 4 6倍 .用Fe2 + Vc诱导的线粒体损伤体系研究了 2 TeCD的抗氧化性质 ,结果发现在相同剂量下 2 展开更多
关键词 谷胱甘肽过氧化物酶活性 小分子模拟物 2-TeCD 线粒体 抗氧化损伤
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产脂肪酸菌种的筛选及部分酶学性质 被引量：14
6
作者 王艳茹 高贵 +2 位作者 王师玉 王志 冯雁 《吉林大学自然科学学报》 CAS CSCD 1999年第4期91-94,共4页
从含油污泥中筛选出一株产脂肪酶活力较高的微球菌，此菌最适产酶条件：2％的蛋白胨为氮源，1％的橄榄油为碳源，pH8.0，28℃培养48h．酶学性质研究发现，在28℃和45℃脂肪酶有较高催化活力，其中28℃活力更高些，最佳反应pH为8．0，pH... 从含油污泥中筛选出一株产脂肪酶活力较高的微球菌，此菌最适产酶条件：2％的蛋白胨为氮源，1％的橄榄油为碳源，pH8.0，28℃培养48h．酶学性质研究发现，在28℃和45℃脂肪酶有较高催化活力，其中28℃活力更高些，最佳反应pH为8．0，pH稳定范围在6．0～10．0之间，Ca2+和K+对酶有激活作用，Fe2+，Cu2+和Mn2+等对酶有抑制作用． 展开更多
关键词 微球菌 脂肪酶 培养条件 筛选 发酵 酶学性质
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无花果蛋白酶与木瓜蛋白酶酶学性质的比较 被引量：7
7
作者 曲和之 黄露 +4 位作者 张国华 柴智 张雷 郝东云 王晓平 《吉林大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期1217-1220,共4页
比较了无花果蛋白酶和木瓜蛋白酶的部分酶学性质,二者均为巯基蛋白酶类,且水解底物相似.实验结果表明,无花果蛋白酶比木瓜蛋白酶的适用性更广,两者在反应温度范围上各有优点,无花果蛋白酶的适宜pH值范围大于木瓜蛋白酶的适宜pH值范围;... 比较了无花果蛋白酶和木瓜蛋白酶的部分酶学性质,二者均为巯基蛋白酶类,且水解底物相似.实验结果表明,无花果蛋白酶比木瓜蛋白酶的适用性更广,两者在反应温度范围上各有优点,无花果蛋白酶的适宜pH值范围大于木瓜蛋白酶的适宜pH值范围;在对底物的亲合性上,无花果蛋白酶明显高于木瓜蛋白酶. 展开更多
关键词 无花果蛋白酶 木瓜蛋白酶 酶学性质比较
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丁酸环氧丙酯的化学合成与酶法拆分 被引量：5
8
作者 刘志前 王智 +5 位作者 杨硕 郑良玉 翁良 李娜 韩四平 曹淑桂 《吉林大学自然科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期78-80,共3页
利用化学方法 ,由外消旋环氧氯丙烷出发 ,合成丁酸环氧丙酯 ,精制后可获得纯度96%以上的丁酸环氧丙酯 ,收率为 47% .利用猪胰脂肪酶进行不对称酯水解反应 ,可获得光学纯度为 93 .3 % ( ee值 )以上的
关键词 丁酸环氧丙酯 化学合成 脂肪酶 拆分
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化学诱变抗体模拟谷胱甘肽过氧化物酶 被引量：6
9
作者 丁兰 朱振齐 +3 位作者 罗贵民 孙启安 杨同书 沈家骢 《生物化学杂志》 CAS CSCD 1994年第3期296-299,共4页
用诱变剂苯甲基磺酰氟（ＰＭＳＦ）活化兔抗人ＩｇＭ（Ｆｃμ）片段上特殊活性部位的丝氨酸（Ｓｅｒ）残基，经硒化氢（Ｈ_２Ｓｅ）处理，则将丝氨酸转变成硒代半胱氨酸（ＳｅＣｙｓ）。诱变后的抗体具有谷胱甘肽过氧化物酶（ＧＳＨ－... 用诱变剂苯甲基磺酰氟（ＰＭＳＦ）活化兔抗人ＩｇＭ（Ｆｃμ）片段上特殊活性部位的丝氨酸（Ｓｅｒ）残基，经硒化氢（Ｈ_２Ｓｅ）处理，则将丝氨酸转变成硒代半胱氨酸（ＳｅＣｙｓ）。诱变后的抗体具有谷胱甘肽过氧化物酶（ＧＳＨ－Ｐｘ）活性，其活性为世界最好的ＧＳＨ－Ｐｘ模拟物ＰＺ５１的７０多倍。抗体效价为１：８，与没诱变的抗体相似。 展开更多
关键词 谷胱甘肽 过氧化物酶 化学诱变
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嗜热蛋白酶PH1704别构中心量子化学计算与突变体动力学 被引量：6
10
作者 詹冬玲 高楠 +1 位作者 韩葳葳 冯雁 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2014年第1期146-153,共8页
通过量子化学计算，确定嗜热菌PyrococcushorikoshiiOT3的PHl704蛋白酶别构位点的关键残基为Argll3，Tyrl20和Asnl29．其中，Argll3及Asnl29与别构抑制剂结合，参与别构调控．Tyrl20残基位于亚基交界面附近，并与亲核残基Cys100之间以... 通过量子化学计算，确定嗜热菌PyrococcushorikoshiiOT3的PHl704蛋白酶别构位点的关键残基为Argll3，Tyrl20和Asnl29．其中，Argll3及Asnl29与别构抑制剂结合，参与别构调控．Tyrl20残基位于亚基交界面附近，并与亲核残基Cys100之间以氢键相连，可通过影响亚基聚合来影响酶的亲核催化．DJ-1超家族的4种构建蛋白的结构显示，120位点位于亚基交界面处，影响亚基的聚合，进而影响蛋白酶的活力，并间接参与别构调控．分子生物学实验显示，突变体R113T／Y120P／N129D的kcat/km（L·μmol^-1·min^-1）值是野生型kcat/km。值的6倍，h系数由野生型的0．86转变为1．3，负协同效应消失．113和129位点处阴离子别构剂脱离，从而破坏113，120和129位点间的封闭环结构，使AC交界面胡螺旋（124～129，524—529）间聚合度增强；120位点残基由rryr转变为Pro，与Cys100间氢键断裂，亲核进攻的阻力减小，从而使酶活力提高，别构负调控消失． 展开更多
关键词 嗜热蛋白酶 量子化学计算 别构中心 定点突变
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化学修饰解除天冬酰胺酶抗原性研究 被引量：7
11
作者 程玉华 曹淑桂 +2 位作者 赵秋宇 王树歧 丁忠田 《生物化学杂志》 CAS CSCD 1989年第1期28-32,共5页
本文报道了用活化的单甲氧基聚乙二醇PEG_2在底物保护的条件下修饰天冬酰胺酶。结果,修饰酶在抗原抗体结合能力完全消失的同时,酶活力保持30％以上,且修饰酶的抗胰蛋白酶水解能力明显增强,体外半衰期延长17倍,免疫原性显著下降。
关键词 在冬酰胺酶 抗原性 化学修饰
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肽β聚集的分子动力学模拟 被引量：4
12
作者 吕明 赵熹 +1 位作者 申兴桂 高雪峰 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2010年第8期1626-1629,共4页
选择一个可以形成淀粉样纤维的九肽作为研究对象,分别在酸性和碱性的环境下,运用分子动力学模拟的方法研究了这个九肽的β聚集结构,并且研究了它们的热稳定性.结果表明,在碱性环境下,九肽倾向于形成平行折叠结构,而在酸性环境下,九肽倾... 选择一个可以形成淀粉样纤维的九肽作为研究对象,分别在酸性和碱性的环境下,运用分子动力学模拟的方法研究了这个九肽的β聚集结构,并且研究了它们的热稳定性.结果表明,在碱性环境下,九肽倾向于形成平行折叠结构,而在酸性环境下,九肽倾向于形成反平行折叠结构,与实验结果一致.此外,无论是构成哪种折叠,肽链都沿折叠的生长方向成左手螺旋状排布,但是相邻的肽链间的扭转角度不同,平行的扭转角小于反平行的扭转角,由此可以推断,平行的β折叠更容易形成β折叠片之间的堆积,因此可以在一定程度上解释在碱性环境下的九肽淀粉样纤维的直径大于在酸性环境下淀粉样纤维的直径这一实验结果. 展开更多
关键词 淀粉样纤维 分子动力学模拟 反应场 左手螺旋
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有机相中脂肪酶催化不对称酯合成反应动力学的研究 被引量：2
13
作者 杨红 高修功 +2 位作者 郭妮妮 曹淑桂 杨同书 《生物化学杂志》 CAS CSCD 1996年第5期631-632,共2页
有机相中脂肪酶催化不对称酯合成反应动力学的研究杨红，高修功，郭妮妮，曹淑桂，杨同书（吉林大学酶工程国家重点实验室，长春１３００２３）在环已烷中应用酵母脂肪酶催化外消旋２－辛醇和辛酸的不对称酯合成反应，研究了该反应的动... 有机相中脂肪酶催化不对称酯合成反应动力学的研究杨红，高修功，郭妮妮，曹淑桂，杨同书（吉林大学酶工程国家重点实验室，长春１３００２３）在环已烷中应用酵母脂肪酶催化外消旋２－辛醇和辛酸的不对称酯合成反应，研究了该反应的动力学机制，测定了表现动力学常数．利... 展开更多
关键词 酯 不对称酯 脂肪酶 有机相 合成
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乙酰肉碱的化学合成与酶法拆分 被引量：1
14
作者 丁天兵 王智 +4 位作者 翁良 于大海 郑良玉 曹淑桂 苟小军 《吉林大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期399-401,共3页
采用化学方法以肉碱为底物,合成了外消旋乙酰肉碱,精制后可获得纯度99%以上的乙酰肉碱,收率为96%.利用蜗牛酶(SnailEnzyme)对其进行不对称酯水解反应,发现蜗牛酶对乙酰肉碱具有高度立体选择性,并且可得到光学纯度为98%的乙酰-L-肉碱.
关键词 乙酰肉碱 化学合成 酶法拆分 蜗牛酶 不对称酯水解反应 立体选择性 光学纯度
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两亲分子解除乙醇对内切葡聚糖酶的抑制作用 被引量：1
15
作者 冯雁 邢辉 +1 位作者 曹淑桂 程玉华 《生物化学杂志》 CAS CSCD 1994年第3期363-366,共4页
乙醇（１０％Ｖ／Ｖ）对内切葡聚糖酶存在抑制作用，一定浓度的ＢＲＩＪ３５、Ｔｗｅｅｎ８０、Ｔｗｅｅｎ２０可以部分或基本解除乙醇的抑制，而ＳＤＳ不能解除乙醇对酶的抑制。从荧光光谱可见，乙醇使酶分子的生色团埋藏于分子内部，... 乙醇（１０％Ｖ／Ｖ）对内切葡聚糖酶存在抑制作用，一定浓度的ＢＲＩＪ３５、Ｔｗｅｅｎ８０、Ｔｗｅｅｎ２０可以部分或基本解除乙醇的抑制，而ＳＤＳ不能解除乙醇对酶的抑制。从荧光光谱可见，乙醇使酶分子的生色团埋藏于分子内部，两亲分子则反之。圆二色谱揭示了酶分子α螺旋结构为活性所必需。两亲分子结构不同，解除乙醇对酶抑制的能力也不同。 展开更多
关键词 内切葡聚糖酶 乙醇 两亲分子
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棕色固氮菌铁超氧化物歧化酶的化学修饰——Ⅰ.酶与人白蛋白缀合物的制备 被引量：2
16
作者 梁涌涛 罗贵民 +1 位作者 孙启安 杨同书 《生物化学杂志》 CSCD 1993年第5期601-604,共4页
用化学交联法制备了Fe-SOD与人白蛋白的缀合物,研究该缀合物的理化性质,观察到此修饰酶的热稳定性、抗蛋白酶水解及酸水解的效能以及抗抑制剂作用都有显著提高。
关键词 固氮菌 清蛋白 铁 超氧物歧化酶
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α-淀粉酶碳酸胍变性中CO_3^(2-)作用的光谱学证据 被引量：1
17
作者 张学忠 吴华 +1 位作者 汪大伟 程玉华 《吉林大学自然科学学报》 CSCD 1992年第4期101-105,共5页
以α-淀粉酶盐酸胍变性作用为对照,利用紫外差光谱、荧光光谱和圆二色谱法研究了α-淀粉酶、脱钙α-淀粉酶和牛血清白蛋白碳酸胍及碳酸钠的变性作用。光谱数据所反映的酶分子构象变化和酶活性的变化表明,碳酸胍阴离子CO_3^(2-)与酶蛋白... 以α-淀粉酶盐酸胍变性作用为对照,利用紫外差光谱、荧光光谱和圆二色谱法研究了α-淀粉酶、脱钙α-淀粉酶和牛血清白蛋白碳酸胍及碳酸钠的变性作用。光谱数据所反映的酶分子构象变化和酶活性的变化表明,碳酸胍阴离子CO_3^(2-)与酶蛋白间存在着复杂的作用,可能是碳酸胍强变性作用的重要原因之一。 展开更多
关键词 Α-淀粉酶 碳酸胍 变性作用
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化学修饰抗体增加模拟酶的GPX活性
18
作者 刘俊秋 时成波 +3 位作者 姜明守 罗贵民 闫岗林 沈家骢 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 1999年第3期444-447,共4页
将丝氨酸共价偶联到兔抗人ＩｇＭ（Ｆｃμ）抗体上，以增加抗体结合部位丝氨酸残基含量．在中性条件下，丝氨酸被对苯甲基磺酰氟活化，再经ＮａＨＳｅ亲核取代，将丝氨酸诱变为硒代半胱氨酸（ＳｅＣｙｓ）．其谷胱甘肽过氧化物酶（ＧＰ... 将丝氨酸共价偶联到兔抗人ＩｇＭ（Ｆｃμ）抗体上，以增加抗体结合部位丝氨酸残基含量．在中性条件下，丝氨酸被对苯甲基磺酰氟活化，再经ＮａＨＳｅ亲核取代，将丝氨酸诱变为硒代半胱氨酸（ＳｅＣｙｓ）．其谷胱甘肽过氧化物酶（ＧＰＸ）活性由未增加丝氨酸前的诱变抗体的７０Ｕ／μｍｏｌ提高到２１８Ｕ／μｍｏｌ，其活性为模拟物ＰＺ５１的２００多倍． 展开更多
关键词 硒 模拟酶 化学修饰 抗体 GPX
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磷酸三酯酶的同源模建及分子对接理论
19
作者 郑文琦 赵丽 +1 位作者 宋亚伟 韩葳葳 《吉林大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期514-517,共4页
利用同源模建和分子动力学模拟方法模建了来源于Thermaerobacter marianensis的磷酸三酯酶样内酯酶(PLLs)三维结构.通过与不同底物的对接可知,Arg44与两种底物(磷酸三酯和内酯)均形成氢键,从而Arg44是两种底物与酶结合时重要的氨基酸残基.
关键词 磷酸三酯酶 同源模建 分子对接
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嗜热酯酶EstTs1的远源三维结构模建及分子对接
20
作者 詹冬玲 邵鸿泽 +1 位作者 韩葳葳 刘景圣 《吉林大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期1131-1135,共5页
利用Phyre网络服务器,构建嗜热酯酶EstTs1的三维结构,并通过分子动力学优化构型,得到了可靠的构型.分子对接研究表明,p-硝基苯基丁酸酯是EstTs1的最适底物,其大小正适合EstTs1的活性口袋.Thr111是底物与酶结合的重要残基,与底物形成了氢... 利用Phyre网络服务器,构建嗜热酯酶EstTs1的三维结构,并通过分子动力学优化构型,得到了可靠的构型.分子对接研究表明,p-硝基苯基丁酸酯是EstTs1的最适底物,其大小正适合EstTs1的活性口袋.Thr111是底物与酶结合的重要残基,与底物形成了氢键;Ser85是重要的催化残基. 展开更多
关键词 远源三维结构模建 分子对接 嗜热酯酶EstTs1
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