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基于幽门螺杆菌hp0169基因三维结构的生物信息学分析 被引量:1
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作者 林玲辉 李娜 +5 位作者 尹晓燕 王晓凌 胡亚平 刘威 费瑞 田新利 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期739-748,共10页
目的:克隆幽门螺杆菌(Hp) hp0169基因并进行晶体学研究,分析其二级结构和三维结构。方法:由UniProt数据库中检索Hp NCTC26695菌株hp0169基因及其编码蛋白序列,采用生物信息学方法分析Hp重组胶原蛋白酶(HpPrtC)蛋白理化性质,SOPMA和DNASt... 目的:克隆幽门螺杆菌(Hp) hp0169基因并进行晶体学研究,分析其二级结构和三维结构。方法:由UniProt数据库中检索Hp NCTC26695菌株hp0169基因及其编码蛋白序列,采用生物信息学方法分析Hp重组胶原蛋白酶(HpPrtC)蛋白理化性质,SOPMA和DNAStrar软件预测HpPrtC蛋白二级结构特征,SWISS-MOPEL软件构建HpPrtC蛋白三维结构,IEDB和ABCpred软件预测HpPrtC蛋白B淋巴细胞抗原表位,SYFPEITHI网站预测T淋巴细胞抗原表位,专家库(EP)算法和随机森林(RF)算法预测HpPrtC蛋白可结晶性。原核表达HpPrtC重组蛋白,经Ni^(2+)亲和层析和分子筛技术纯化蛋白,结晶试剂盒筛选HpPrtC的结晶条件。结果:hp0169基因共包含1 269个碱基配对,编码蛋白全长422个氨基酸,理论等电点为7.64,相对分子质量为47 300。HpPrtC蛋白为亲水性、可溶性蛋白。HpPrtC蛋白α螺旋的氨基酸数量占全部氨基酸数量百分率为35.78%,β片层为18.72%,β转角为6.87%,无规则卷曲为38.63%。抗原表位分析,HpPrtC蛋白含有B淋巴细胞的5个优势线性表位和3个构象表位及多个T淋巴细胞潜在优势抗原表位。同源建模,HpPrtC蛋白呈二聚体,单体由β折叠围成桶状结构,周围被α螺旋和无规则卷曲围绕。HpPrtC蛋白为中等难度结晶,且无信号肽和跨膜螺旋,在0.2 mol·L^(-1)氯化镁、 0.1 mol·L^(-1)三羟甲基氨基甲烷(Tris)、3.4 mol·L^(-1)己二醇和pH 8.5条件下出现细小成簇的针状晶体。结论:HpPrtC是一种亲水型蛋白,呈二聚体构造,在适宜条件下呈细小成簇针状晶体,其具有T淋巴细胞和B淋巴细胞优势抗原表位,可作为Hp疫苗设计的抗原,用于构建多价融合疫苗或多表位疫苗,本研究结果为Hp的防治提供了实验基础。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 hp0169基因 抗原表位 蛋白结晶 生物信息学
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低分子壳聚糖对缺氧/复氧大鼠心肌细胞中ClC-3表达的影响
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作者 万鑫 何建平 +3 位作者 张欢 林玲辉 张甜 费瑜 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期491-495,I0002,共6页
目的:研究低分子壳聚糖(LMCTS)对缺氧/复氧(H/R)损伤大鼠心肌细胞中氯离子通道3(ClC-3)表达的影响,探讨LMCTS对大鼠心肌细胞H/R损伤的保护作用及其与ClC-3通道的关系。方法:原代培养的大鼠心肌细胞分为空白对照组,模型组和200、400及600... 目的:研究低分子壳聚糖(LMCTS)对缺氧/复氧(H/R)损伤大鼠心肌细胞中氯离子通道3(ClC-3)表达的影响,探讨LMCTS对大鼠心肌细胞H/R损伤的保护作用及其与ClC-3通道的关系。方法:原代培养的大鼠心肌细胞分为空白对照组,模型组和200、400及600mg·L-1 LMCTS组。除空白对照组细胞不做任何处理、正常培养外,其余各组细胞均进行低压缺氧处理1h,之后在37℃条件下复氧24h,构建心肌细胞H/R损伤模型,其中模型组不加药物,正常培养;而不同浓度LMCTS组细胞在构建模型前分别给予200、400和600mg·L-1 LMCTS。采用RT-PCR法检测大鼠心肌细胞中ClC-3mRNA的表达水平;Western blotting法和免疫荧光法检测大鼠心肌细胞中ClC-3蛋白的相对表达水平。结果:RT-PCR法和Western blotting法检测,与空白对照组比较,模型组大鼠心肌细胞中ClC-3mRNA和蛋白表达水平明显升高(P<0.01);与模型组比较,不同浓度LMCTS组大鼠心肌细胞中ClC-3mRNA和蛋白表达水平明显降低(P<0.05),其中以600mg·L-1LMCTS组心肌细胞中ClC-3mRNA和蛋白表达水平最低。免疫荧光检测,与空白对照组比较,模型组大鼠心肌细胞荧光强度明显增强;与模型组比较,不同浓度LMCTS组大鼠心肌细胞荧光强度明显降低。结论:大鼠心肌细胞中ClC-3表达水平与心肌细胞H/R损伤有关联,LMCTS可降低ClC-3表达水平,其可能通过降低ClC-3表达水平对大鼠心肌细胞H/R损伤发挥保护作用。 展开更多
关键词 壳聚糖 心肌细胞 缺氧 复氧 氯离子通道3
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低分子壳聚糖的抗肝纤维化作用及其对TLR_4表达的影响 被引量:1
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作者 马佳男 敬海峰 +4 位作者 张春梅 董友杰 何海涛 韩旭 费瑞 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1013-1017,I0005,共6页
目的:阐明低分子壳聚糖(LMCTS)对四氯化碳(CCl4)诱导大鼠肝纤维化的抑制作用,探讨其对Toll样受体4(TLR4)表达的影响,为开发临床治疗肝纤维化的天然候选药物奠定基础。方法:将72只雄性Wistar大鼠随机均分空白对照组、CCl4组(模型组)、甘... 目的:阐明低分子壳聚糖(LMCTS)对四氯化碳(CCl4)诱导大鼠肝纤维化的抑制作用,探讨其对Toll样受体4(TLR4)表达的影响,为开发临床治疗肝纤维化的天然候选药物奠定基础。方法:将72只雄性Wistar大鼠随机均分空白对照组、CCl4组(模型组)、甘利欣(DG)组和50、100及150mg·kg-1 LMCTS组(低、中和高剂量组)。除空白对照组外,其余5组大鼠腹腔注射40%CCl4植物油(1.75mL·kg-1),每周2次,共8周;空白对照组大鼠腹腔注射等量100%植物油。从第9周起,DG组及LMCTS组大鼠分别灌胃给予DG和LMCTS(每天1次,共4周)。实验结束后检测各组大鼠血清中丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)和碱性磷酸酶(ALP)的活性,光镜下观察肝组织病理学改变,并采用RT-PCR和Western blotting法检测TLR4表达情况。结果:血清学指标,中和高剂量LMCTS组大鼠血清ALT、AST和ALP活性均低于模型组(P<0.05);与低剂量LMCTS组比较,中剂量LMCTS组ALP活性明显降低(P<0.05),而ALT和AST活性降低不明显(P>0.05);高剂量LMCTS组ALT、AST和ALP活性与中剂量LMCTS组比较差异有统计学意义(P<0.05)。HE染色,模型组大鼠部分肝细胞脂肪变性,有明显的炎性细胞浸润和胶原纤维增生,肝小叶破坏明显,而LMCTS组大鼠肝组织的变化有所减轻。RT-PCR和Western blotting法,与模型组比较,LMCTS组大鼠肝组织中TLR4表达水平降低(P<0.05或P<0.01),以高剂量LMCTS组最为明显,不同剂量组之间比较差异均有统计学意义(P<0.05)。结论:高剂量LMCTS具有良好的降低肝纤维化大鼠血清转氨酶活性和改善肝纤维化大鼠肝功能的作用,且此过程与TLR4表达水平降低有关。 展开更多
关键词 低分子壳聚糖 四氯化碳 肝纤维化 TOLL样受体4
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疏肝化癥方对小鼠皮下移植性三阴性乳腺癌生长的抑制作用及其机制 被引量:3
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作者 王博 杨焱 +5 位作者 费瑞 景年财 李兆东 卢义 肖宏宇 张越 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期299-306,共8页
目的:探讨疏肝化癥方对乳腺癌小鼠的抑瘤作用及其对肿瘤血管生成的影响,并阐明其可能的作用机制。方法:将40只雌性BALB/c小鼠随机分为模型组和0.01、0.10、1.00及10.00 g·kg~(-1)疏肝化癥方组,每组8只。采用小鼠腋下胸骨前缘乳腺... 目的:探讨疏肝化癥方对乳腺癌小鼠的抑瘤作用及其对肿瘤血管生成的影响,并阐明其可能的作用机制。方法:将40只雌性BALB/c小鼠随机分为模型组和0.01、0.10、1.00及10.00 g·kg~(-1)疏肝化癥方组,每组8只。采用小鼠腋下胸骨前缘乳腺脂肪垫内接种4T1细胞法构建三阴性乳腺癌(TNBC)小鼠模型。模型构建成功后,疏肝化癥方组小鼠灌胃给予相应剂量的疏肝化癥方液,模型组小鼠给予等量蒸馏水,持续21 d。每天检测各组小鼠食量和体质量;并在模型构建成功后第3、7、14和21天时,采用游标卡尺测量瘤体长径和短径,计算各组小鼠肿瘤体积和抑瘤率。21 d后处死小鼠,取瘤体组织,采用免疫组织化学法和Western blotting法检测各组小鼠肿瘤组织中血管内皮生长因子(VEGF)和血管生成素样蛋白2(Ang-2)蛋白表达水平。结果:与模型组比较,不同剂量疏肝化癥方组小鼠每日食量随天数增加均降低,但差异无统计学意义(P>0.05)。在第14和21天时,模型组小鼠体质量增长缓慢;但10.00 g·kg~(-1)疏肝化癥方组小鼠体质量明显增加,与模型组比较差异有统计学意义(P<0.01)。与模型组比较,第21天时0.10、1.00和10.00 g·kg~(-1)疏肝化癥方组小鼠抑瘤率明显升高(P<0.05或P<0.01)。免疫组织化学检测,模型组小鼠肿瘤组织细胞质棕黄色较深;各剂量疏肝化癥方组随剂量的升高,肿瘤组织细胞着色逐渐减轻,各剂量疏肝化癥方组小鼠肿瘤组织细胞质棕黄色逐渐减少,而细胞核淡蓝色逐渐加大。阳性信号吸光度(A)值检测,与模型组比较,各剂量疏肝化癥方组VEGF和Ang-2蛋白表达水平明显降低,差异有统计学意义(P<0.05或P<0.01),且以10.00 g·kg~(-1)疏肝化癥方组降低最明显。Western blotting法检测,与模型组比较,各剂量疏肝化癥方组小鼠肿瘤组织中VEGF和Ang-2蛋白表达水平明显降低(P<0.05或P<0.01),且呈剂量依赖性。结论:疏肝化癥方对乳腺癌荷瘤小鼠的瘤体生长有抑制作用,其作用机制可能与抑制肿瘤组织中VEGF和Ang-2蛋白表达有关。 展开更多
关键词 疏肝化癥方 三阴性乳腺癌 血管生成 血管内皮生长因子 血管生成素样蛋白2
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