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肠舌状绦虫线粒体基因组特征及系统发育分析
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作者 陈秀琴 邱阳元 +1 位作者 吕庆博 黄梅清 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期5725-5737,共13页
本研究旨在获得肠舌状绦虫线粒体基因组全序列,了解其序列的结构特征,探究肠舌状绦虫系统发育相关信息。从麦穗鱼中获得肠舌状绦虫,提取基因组DNA,通过Illumina测序技术对肠舌状绦虫的线粒体全基因组进行测序、组装和注释,并进行生物信... 本研究旨在获得肠舌状绦虫线粒体基因组全序列,了解其序列的结构特征,探究肠舌状绦虫系统发育相关信息。从麦穗鱼中获得肠舌状绦虫,提取基因组DNA,通过Illumina测序技术对肠舌状绦虫的线粒体全基因组进行测序、组装和注释,并进行生物信息学分析;从GenBank数据库中下载8个科34种绦虫的线粒体基因组序列,运用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树。结果显示,肠舌状绦虫线粒体基因组全长为13655 bp,A+T含量为67.6%,其碱基组成具有明显的AT偏向性。肠舌状绦虫线粒体基因组包括12个蛋白编码基因(protein-coding genes,PCGs)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码控制区。在12个PCGs中,除cox3基因使用TTG作为起始密码子外,其余11个PCGs均使用ATG作为起始密码子;终止密码子方面,5个PCGs使用TAA,5个PCGs使用TAG,而cox3基因和nad3基因均没有终止密码子。PCGs使用密码子频率最高的是UUA,最低的是CGA。22个tRNA基因总长为1272 bp,大多数tRNA能形成典型的三叶草结构,但是trnS1和trnR由于缺少二氢尿嘧啶臂无法形成典型的三叶草结构。nad2、nad 6和nad 4基因更适合作为肠舌状绦虫的分子标记。系统发育树结果表明,肠舌状绦虫与双线绦虫亲缘关系最近,并与双槽头属绦虫(Dibothriocephalus)形成姐妹群。本研究获得了肠舌状绦虫的线粒体全基因组,为研究肠舌状绦虫的分类学和系统学提供参考。 展开更多
关键词 肠舌状绦虫 线粒体基因组 结构特征 系统发育
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2020年我国部分地区猪繁殖与呼吸综合征分子流行病学调查 被引量:11
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作者 梁俊超 赵翔 +7 位作者 刘红祥 袁飞 李坤 郝尧光 王宗升 王辉之 刘东 杜元钊 《中国动物检疫》 CAS 2022年第8期17-25,共9页
为了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行及遗传变异情况,2020年对来自7个省的570份疑似PRRSV感染样品进行RT-PCR检测,并对60个PRRSV阳性样品进行ORF5基因测序及分析比较。... 为了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行及遗传变异情况,2020年对来自7个省的570份疑似PRRSV感染样品进行RT-PCR检测,并对60个PRRSV阳性样品进行ORF5基因测序及分析比较。RT-PCR检测结果显示,2020年送检样品中,PRRSV阳性检出率为23.68%(135/570),其中保育猪病料的阳性检出率最高,为32.24%(108/335)。同源性对比及遗传进化分析结果显示,60个PRRSV均为PRRSV2(美洲株),主要属于谱系1和谱系8,占比分别为51.67%和43.33%。氨基酸分析结果显示,60个PRRSV的GP5蛋白氨基酸以点突变为主,其中10个PRRSV的GP5蛋白氨基酸出现缺失突变,且非中和表位、中和表位、潜在毒力位点及N-糖基化位点均发生不同程度的变异。结果表明,保育猪群为PRRSV高发病群体,谱系1 PRRSV或已成为国内流行优势毒株,且PRRSV不断发生变异,这或许会影响现有疫苗的免疫保护效果。因此,针对PRRS需要综合防控,除选用安全有效的PRRSV弱毒活疫苗进行免疫外,加强猪场生物安全及饲养管理也极其重要。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征 ORF5基因 分子遗传变异
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利用CRISPR/Cas9系统构建Prdx6基因敲除的RAW264.7细胞系 被引量:4
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作者 翟菲菲 全芷仪 +12 位作者 王路鹿 张士军 鞠丹迪 水一鸣 常江 常恒祯 胡盼 李岩松 卢士英 周玉 柳增善 李兆辉 任洪林 《动物医学进展》 北大核心 2019年第4期36-40,共5页
利用CRISPR/Cas9系统构建敲除Prdx6基因的RAW264.7小鼠巨噬细胞系,为探讨Prdx6与布鲁菌感染及胞内寄生的关系构建细胞模型。针对Prdx6基因的第1外显子设计sgRNA,构建重组表达载体Prdx6-pX459-sgRNA,将重组质粒转染RAW264.7细胞,嘌呤霉... 利用CRISPR/Cas9系统构建敲除Prdx6基因的RAW264.7小鼠巨噬细胞系,为探讨Prdx6与布鲁菌感染及胞内寄生的关系构建细胞模型。针对Prdx6基因的第1外显子设计sgRNA,构建重组表达载体Prdx6-pX459-sgRNA,将重组质粒转染RAW264.7细胞,嘌呤霉素初步筛选。单细胞接种并扩繁,提取基因组DNA,PCR及测序鉴定。结果表明,在敲除细胞株基因组中存在碱基缺失,导致移码突变。说明成功获得敲除Prdx6基因的RAW264.7细胞系。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9 RAW264.7 Prdx6 移码突变 布鲁菌
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我国部分地区送检样品3种常见猪病血清学和病原学检测 被引量:7
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作者 梁俊超 王辉之 +7 位作者 刘晓东 刘红祥 李坤 孔宪好 马振乾 胡继明 刘东 于录 《中国动物检疫》 CAS 2020年第10期21-26,共6页
为了解我国部分地区猪瘟、猪繁殖与呼吸综合征和猪伪狂犬病3种常见疫病的流行情况,采用ELISA、聚合酶链式反应(PCR)和反转录PCR(RT-PCR)等方法,对2019年11个省(自治区)172个猪场送检的3550份猪血清样品进行猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼... 为了解我国部分地区猪瘟、猪繁殖与呼吸综合征和猪伪狂犬病3种常见疫病的流行情况,采用ELISA、聚合酶链式反应(PCR)和反转录PCR(RT-PCR)等方法,对2019年11个省(自治区)172个猪场送检的3550份猪血清样品进行猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)及伪狂犬病野毒(PRV-gE)抗体检测,对9个省(自治区)72个猪场送检的371份病料进行抗原检测。结果显示:CSFV、PRRSV、PRV-gE抗体阳性率分别为82.75%、84.08%、31.86%,抗原阳性率分别为2.62%、26.15%、1.67%。保育猪群CSFV抗体平均阻断率最低,为44.62%,抗体整齐度差,CV为58.26%,且CSFV抗原主要在哺乳仔猪和保育猪病料中被检出,检出率分别为3.57%、3.00%;除育肥猪群外,其他各阶段猪群的PRRSV抗体S/P平均值为1.0~2.0,抗体整齐度整体较差,且平均抗原阳性率较高(26.15%),其中保育阶段猪群病原检出率最高(37.68%);育肥猪、母猪、公猪的PRV-gE抗体阳性率分别为36.82%、35.31%、15.65%,病原主要从死胎/木乃伊胎和哺乳仔猪病料中被检出,检出率分别为8.70%和2.99%。结果表明,PRRSV对我国猪场不同阶段猪群均有较大威胁;保育猪群CSFV抗体水平不理想,暴发疫情风险较高;公猪、母猪及育肥猪群普遍存在PRV感染,尤其是母猪。提议各猪场采取免疫、监测、净化等综合措施,加强这3类常见猪群疫病的防控。 展开更多
关键词 流行病学调查 猪瘟病毒 猪繁殖与呼吸综合征病毒 伪狂犬病毒
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环状RNA hsa_circ_004389对甲型流感病毒复制的影响 被引量:1
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作者 张舒 于小航 +3 位作者 张乐 苏宁 赵丽丽 段铭 《广东农业科学》 CAS 2022年第2期135-142,共8页
【目的】试验前期组学数据提示甲型流感病毒(Influenza A Virus,IAV)感染A549细胞后宿主的环状RNA(circular RNA,circRNA)hsa_circ_004389表达显著上调。为进一步明确hsa_circ_004389表达和IAV感染间的关联,研究其对IAV复制的影响。【... 【目的】试验前期组学数据提示甲型流感病毒(Influenza A Virus,IAV)感染A549细胞后宿主的环状RNA(circular RNA,circRNA)hsa_circ_004389表达显著上调。为进一步明确hsa_circ_004389表达和IAV感染间的关联,研究其对IAV复制的影响。【方法】(1)采用荧光定量PCR等方法,确定在IAV病毒感染后不同时间点和不同感染复数(Multiplicity of Infection,MOI)条件下hsa_circ_004389的表达水平;(2)检测聚肌苷酸胞苷酸(Polyinosinic acid:polycytidilic acid,poly I∶C)和细菌脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)处理后hsa_circ_004389的表达情况;(3)干扰素(Interferon,IFN)β和JAK的抑制剂处理细胞后检测hsa_circ_004389的表达情况;hsa_circ_004389过表达和敲低后,在mRNA和蛋白水平上检测该环状RNA对IAV复制的影响。【结果】宿主细胞内hsa_circ_004389表达的增加与IAV感染相关,且与病毒复制呈明显正相关,而JAK-STAT信号通路参与hsa_circ_004389的表达调控,并且hsa_circ_004389能够抑制IAV复制。【结论】hsa_circ_004389是宿主应答IAV感染的产物,为潜在的细胞Ⅰ型IFN应答IAV的拮抗因子。 展开更多
关键词 环状RNA hsa_circ_004389 甲型流感病毒 宿主 表达调控
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