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草原红牛肝配蛋白A5基因克隆及其在不同组织中的表达研究
被引量：
1
1
作者
薛佳佳
秦立红
+6 位作者
曹阳
高一
刘理想
李旭
肖成
王晶
张国梁
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2021年第6期1967-1975,共9页
研究旨在克隆中国草原红牛肝配蛋白A5(ephrin A5,EFNA5)基因,并对其进行生物信息学分析,检测EFNA5基因在中国草原红牛不同组织中表达的差异。以中国草原红牛为研究对象,根据GenBank公布的牛EFNA5基因序列(登录号:NM_001076432.1)设计引...
研究旨在克隆中国草原红牛肝配蛋白A5(ephrin A5,EFNA5)基因,并对其进行生物信息学分析,检测EFNA5基因在中国草原红牛不同组织中表达的差异。以中国草原红牛为研究对象,根据GenBank公布的牛EFNA5基因序列(登录号:NM_001076432.1)设计引物,PCR扩增获得EFNA5基因的完整编码区(CDS)序列后进行测序验证,利用分析软件进行序列相似性比对并构建系统进化树;分析对应的氨基酸序列蛋白理化特性并预测蛋白亚细胞定位、蛋白亲/疏水性和磷酸化位点;预测蛋白二级结构并构建蛋白三级结构模型;以实时荧光定量PCR法检测EFNA5基因在中国草原红牛各组织中的相对表达量。结果显示:中国草原红牛EFNA5基因与普通牛和美洲野牛相似性最高,分别为100%和99.8%,与羊、人的相似性分别为95.6%、97.2%,与海豚、鸡、马、猕猴、小鼠和猪的相似性较低,分别为83.6%、85.8%、84.5%、84.9%、84.1%、82.8%;EFNA5基因CDS大小为687 bp,编码228个氨基酸,EFNA5基因编码蛋白的分子式为C_(1183)H_(1791)N_(315)O_(339)S_(13),总原子数为3641,分子质量为26.266 ku,理论等电点为5.97,不稳定系数为49.66,总平均亲水性为-0.313。磷酸化位点预测分析发现,EFNA5蛋白共有27个磷酸化位点;亚细胞定位结果表明,EFNA5蛋白主要位于细胞质(26.1%)、分泌系统囊泡(27.1%)、细胞核(13.0%)、线粒体(13.0%)、质膜(8.7%)、内质网(4.3%)、高尔基体(4.3%)、细胞骨架(4.3%)及液泡(4.3%)中;二级结构主要由α-螺旋、β-转角、β-折叠和无规则卷曲组成,分别占18.9%、30.2%、26.4%和24.5%,与三级结构预测结果相符;EFNA5基因在中国草原红牛不同组织的相对表达量差异较大,在肾脏和胃组织中表达量较高,在肺脏组织中表达量最少。本研究结果可为进一步筛选草原红牛肉质候选基因提供参考。
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关键词
中国草原红牛
EFNA5基因
克隆
生物信息学分析
表达差异
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职称材料
草原红牛Acot2基因克隆及其在各组织中的表达差异研究
被引量：
1
2
作者
刘理想
高一
+3 位作者
吕阳
薛佳佳
胡忠昌
张国梁
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2019年第11期3154-3162,共9页
本研究旨在探究草原红牛酰基辅酶A硫酯酶2(Acot2)的基因功能,并对其进行生物信息学分析,检测Acot 2基因在草原红牛不同组织中的表达差异。根据GenBank中公布的牛Acot 2基因序列(登录号:NM_001101938.1)设计引物,PCR扩增获得草原红牛Aco...
本研究旨在探究草原红牛酰基辅酶A硫酯酶2(Acot2)的基因功能,并对其进行生物信息学分析,检测Acot 2基因在草原红牛不同组织中的表达差异。根据GenBank中公布的牛Acot 2基因序列(登录号:NM_001101938.1)设计引物,PCR扩增获得草原红牛Acot 2基因的完整CDS并进行测序,利用分析软件进行序列同源性比对并构建系统进化树;获得对应的氨基酸序列并分析蛋白理化特性及蛋白亚细胞结构、亲疏水性和磷酸化位点,预测蛋白二级结构并构建蛋白质三级结构模型;利用实时荧光定量PCR方法检测Acot 2基因在不同组织中的表达差异。结果显示,草原红牛Acot 2基因CDS大小为1395 bp,编码464个氨基酸,其核苷酸序列与亚洲水牛的同源性较高(98.3%),与猕猴和黑猩猩的同源性较低(80.5%和80.4%)。Acot2蛋白分子式为C2317H3606N640O628S14,分子质量为50.924 ku,理论等电点为8.84。蛋白质不稳定指数为37.50,氨基酸残基多数为亲水性残基,总平均亲水性为-0.094。亚细胞定位分析表明,Acot2蛋白分布在内质网(30.4%)、线粒体(26.1%)、高尔基体(17.4%)、细胞质(17.4%)、液泡(4.3%)和细胞质(4.3%)中;磷酸化位点分析发现,Acot2蛋白存在20个磷酸化位点。二级结构主要形式有α-螺旋(21.8%)、β-转角(33.4%)、β-折叠(18.4%)和无规则卷曲(26.4%),三级结构预测结果与其相一致。实时荧光定量结果显示,Acot 2基因在草原红牛胃中表达量最高,在肺脏中表达量极少。Acot 2基因在生物进化过程中具有低保守性,其编码氨基酸组成的蛋白质结构稳定,属于水溶性蛋白,在线粒体和内质网中发挥作用,在草原红牛不同组织的表达量有明显差异。本研究结果为进一步探究Acot 2基因对家畜脂代谢的影响和筛选草原红牛肉质候选基因提供资料。
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关键词
草原红牛
Acot2基因
克隆
生物信息学分析
表达差异
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职称材料
题名
草原红牛肝配蛋白A5基因克隆及其在不同组织中的表达研究
被引量：
1
1
作者
薛佳佳
秦立红
曹阳
高一
刘理想
李旭
肖成
王晶
张国梁
机构
吉林
农业大学动物科学技术学院
吉林
省农业科学院
吉林坤成牧业科技发展有限公司
农业农村部肉牛遗传育种重点实验室
吉林
省肉牛繁育及养殖技术
科技
创新中心
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2021年第6期1967-1975,共9页
基金
吉林省畜牧局肉用草原红牛培育(C02294007)
国家重点研发计划(2018YFD0501802)
+5 种基金
国家肉牛牦牛产业技术体系(CARS-37)
吉林省重点科技研发项目(20180201039NY)
吉林省科技攻关计划(20160204006NY)
吉林省创新平台“优质草原红牛高效选育技术研究与应用”(20200602052ZP)
吉林省农业科技创新工程(C92072027)
吉林省农业科学院创新工程(CXGC2019DC005)。
文摘
研究旨在克隆中国草原红牛肝配蛋白A5(ephrin A5,EFNA5)基因,并对其进行生物信息学分析,检测EFNA5基因在中国草原红牛不同组织中表达的差异。以中国草原红牛为研究对象,根据GenBank公布的牛EFNA5基因序列(登录号:NM_001076432.1)设计引物,PCR扩增获得EFNA5基因的完整编码区(CDS)序列后进行测序验证,利用分析软件进行序列相似性比对并构建系统进化树;分析对应的氨基酸序列蛋白理化特性并预测蛋白亚细胞定位、蛋白亲/疏水性和磷酸化位点;预测蛋白二级结构并构建蛋白三级结构模型;以实时荧光定量PCR法检测EFNA5基因在中国草原红牛各组织中的相对表达量。结果显示:中国草原红牛EFNA5基因与普通牛和美洲野牛相似性最高,分别为100%和99.8%,与羊、人的相似性分别为95.6%、97.2%,与海豚、鸡、马、猕猴、小鼠和猪的相似性较低,分别为83.6%、85.8%、84.5%、84.9%、84.1%、82.8%;EFNA5基因CDS大小为687 bp,编码228个氨基酸,EFNA5基因编码蛋白的分子式为C_(1183)H_(1791)N_(315)O_(339)S_(13),总原子数为3641,分子质量为26.266 ku,理论等电点为5.97,不稳定系数为49.66,总平均亲水性为-0.313。磷酸化位点预测分析发现,EFNA5蛋白共有27个磷酸化位点;亚细胞定位结果表明,EFNA5蛋白主要位于细胞质(26.1%)、分泌系统囊泡(27.1%)、细胞核(13.0%)、线粒体(13.0%)、质膜(8.7%)、内质网(4.3%)、高尔基体(4.3%)、细胞骨架(4.3%)及液泡(4.3%)中;二级结构主要由α-螺旋、β-转角、β-折叠和无规则卷曲组成,分别占18.9%、30.2%、26.4%和24.5%,与三级结构预测结果相符;EFNA5基因在中国草原红牛不同组织的相对表达量差异较大,在肾脏和胃组织中表达量较高,在肺脏组织中表达量最少。本研究结果可为进一步筛选草原红牛肉质候选基因提供参考。
关键词
中国草原红牛
EFNA5基因
克隆
生物信息学分析
表达差异
Keywords
Chinese Red steppe
EFNA5 gene
cloning
bioinformatics analysis
expression difference
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
草原红牛Acot2基因克隆及其在各组织中的表达差异研究
被引量：
1
2
作者
刘理想
高一
吕阳
薛佳佳
胡忠昌
张国梁
机构
吉林
农业大学动物科学技术学院
吉林
省农业科学院畜牧分院
吉林坤成牧业科技发展有限公司
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2019年第11期3154-3162,共9页
基金
国家重点研发计划(2018YFD0501802)
国家肉牛牦牛产业技术体系(CARA-37)
吉林省农业科学院创新工程项目(C92072001)
文摘
本研究旨在探究草原红牛酰基辅酶A硫酯酶2(Acot2)的基因功能,并对其进行生物信息学分析,检测Acot 2基因在草原红牛不同组织中的表达差异。根据GenBank中公布的牛Acot 2基因序列(登录号:NM_001101938.1)设计引物,PCR扩增获得草原红牛Acot 2基因的完整CDS并进行测序,利用分析软件进行序列同源性比对并构建系统进化树;获得对应的氨基酸序列并分析蛋白理化特性及蛋白亚细胞结构、亲疏水性和磷酸化位点,预测蛋白二级结构并构建蛋白质三级结构模型;利用实时荧光定量PCR方法检测Acot 2基因在不同组织中的表达差异。结果显示,草原红牛Acot 2基因CDS大小为1395 bp,编码464个氨基酸,其核苷酸序列与亚洲水牛的同源性较高(98.3%),与猕猴和黑猩猩的同源性较低(80.5%和80.4%)。Acot2蛋白分子式为C2317H3606N640O628S14,分子质量为50.924 ku,理论等电点为8.84。蛋白质不稳定指数为37.50,氨基酸残基多数为亲水性残基,总平均亲水性为-0.094。亚细胞定位分析表明,Acot2蛋白分布在内质网(30.4%)、线粒体(26.1%)、高尔基体(17.4%)、细胞质(17.4%)、液泡(4.3%)和细胞质(4.3%)中;磷酸化位点分析发现,Acot2蛋白存在20个磷酸化位点。二级结构主要形式有α-螺旋(21.8%)、β-转角(33.4%)、β-折叠(18.4%)和无规则卷曲(26.4%),三级结构预测结果与其相一致。实时荧光定量结果显示,Acot 2基因在草原红牛胃中表达量最高,在肺脏中表达量极少。Acot 2基因在生物进化过程中具有低保守性,其编码氨基酸组成的蛋白质结构稳定,属于水溶性蛋白,在线粒体和内质网中发挥作用,在草原红牛不同组织的表达量有明显差异。本研究结果为进一步探究Acot 2基因对家畜脂代谢的影响和筛选草原红牛肉质候选基因提供资料。
关键词
草原红牛
Acot2基因
克隆
生物信息学分析
表达差异
Keywords
Red steppe
Acot 2 gene
cloning
bioinformatics analysis
expression difference
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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1
草原红牛肝配蛋白A5基因克隆及其在不同组织中的表达研究
薛佳佳
秦立红
曹阳
高一
刘理想
李旭
肖成
王晶
张国梁
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2021
1
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职称材料
2
草原红牛Acot2基因克隆及其在各组织中的表达差异研究
刘理想
高一
吕阳
薛佳佳
胡忠昌
张国梁
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2019
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