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猪伪狂犬病病毒gE基因遗传变异及密码子使用偏好性分析
1
作者
陈志安
章蓓雯
+9 位作者
何敏嘉
陈美椿
翁成桢
黄欣欣
李鸿喜
曾仲文
陈宝良
邱龙新
陈洪博
李晓冰
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025年第7期3264-3275,共12页
【目的】了解国内猪伪狂犬病病毒(Porcine pseudorabies virus,PRV)的流行现状、流行毒株的遗传情况以及PRV gE基因的密码子使用偏好性和影响因素。【方法】本研究针对2019—2023年中国分离到的106条PRV gE基因序列,利用Mega 7.0软件构...
【目的】了解国内猪伪狂犬病病毒(Porcine pseudorabies virus,PRV)的流行现状、流行毒株的遗传情况以及PRV gE基因的密码子使用偏好性和影响因素。【方法】本研究针对2019—2023年中国分离到的106条PRV gE基因序列,利用Mega 7.0软件构建系统发育树,通过Launch DnaSP 6.0软件进行基因选择压力和基因流分析,采用CodonW 1.4.2和SPSS 27.0.1软件进行密码子分析。【结果】遗传进化分析结果表明,国内流行的PRV毒株为基因Ⅱ型,可进一步分为基因型2.1和基因型2.2。基因流分析显示,基因Ⅱ型中基因型2.1和2.2核苷酸多样性(Pi)分别为0.006和0.002;种群间遗传分化系数(Fst)为0.381,同义替换率(Ks)和基因流量化指标(Z)分别为1.353和6.637。基因选择压力分析显示,基因Ⅱ型中基因型2.1和2.2的非同义突变与同义突变比值(dN/dS)分别为1.808和1.362。密码子碱基分析结果表明,基因Ⅱ型的2个亚型中,GC3含量均>50%,基因型2.1和2.2的不同基因编码区有效密码子数(ENC)值分别为30.04和30.06。密码子使用偏好性分析显示,基因型2.1和2.2的相关系数分别为0.115和0.173。相对同义密码子使用度(RSCU)分析显示,基因型2.1和2.2中高表达的密码子第3位均为G/C碱基,低表达的密码子第3位主要为A/U碱基;共25个密码子的RSCU>1,为优先使用密码子,其中13个具有高GC含量,16个以碱基C结尾。【结论】国内PRV流行株以基因Ⅱ型为主,其具有独特的碱基组成,GC含量较高、AU含量相对较低,表现出较低的偏好性,密码子使用受突变压力与自然选择的双重作用,其中自然选择起主导性作用。研究结果为国内猪伪狂犬病的流行趋势研判及防控策略制定提供了科学依据与技术支撑。
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关键词
猪伪狂犬病病毒(PRV)
GE基因
遗传多样性
密码子
偏好性
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题名
猪伪狂犬病病毒gE基因遗传变异及密码子使用偏好性分析
1
作者
陈志安
章蓓雯
何敏嘉
陈美椿
翁成桢
黄欣欣
李鸿喜
曾仲文
陈宝良
邱龙新
陈洪博
李晓冰
机构
龙岩学院生命科学学院
福建省预防兽医学与兽医生物技术重点实验室
福建
农
林大学动物科学学院
漳州大北
农
农
牧科技
有限公司
厦门辅农钧通管理咨询服务有限公司
出处
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025年第7期3264-3275,共12页
基金
福建省自然科学基金(2024J01863)
福建省中青年教师教育科研重点项目(JZ230057)。
文摘
【目的】了解国内猪伪狂犬病病毒(Porcine pseudorabies virus,PRV)的流行现状、流行毒株的遗传情况以及PRV gE基因的密码子使用偏好性和影响因素。【方法】本研究针对2019—2023年中国分离到的106条PRV gE基因序列,利用Mega 7.0软件构建系统发育树,通过Launch DnaSP 6.0软件进行基因选择压力和基因流分析,采用CodonW 1.4.2和SPSS 27.0.1软件进行密码子分析。【结果】遗传进化分析结果表明,国内流行的PRV毒株为基因Ⅱ型,可进一步分为基因型2.1和基因型2.2。基因流分析显示,基因Ⅱ型中基因型2.1和2.2核苷酸多样性(Pi)分别为0.006和0.002;种群间遗传分化系数(Fst)为0.381,同义替换率(Ks)和基因流量化指标(Z)分别为1.353和6.637。基因选择压力分析显示,基因Ⅱ型中基因型2.1和2.2的非同义突变与同义突变比值(dN/dS)分别为1.808和1.362。密码子碱基分析结果表明,基因Ⅱ型的2个亚型中,GC3含量均>50%,基因型2.1和2.2的不同基因编码区有效密码子数(ENC)值分别为30.04和30.06。密码子使用偏好性分析显示,基因型2.1和2.2的相关系数分别为0.115和0.173。相对同义密码子使用度(RSCU)分析显示,基因型2.1和2.2中高表达的密码子第3位均为G/C碱基,低表达的密码子第3位主要为A/U碱基;共25个密码子的RSCU>1,为优先使用密码子,其中13个具有高GC含量,16个以碱基C结尾。【结论】国内PRV流行株以基因Ⅱ型为主,其具有独特的碱基组成,GC含量较高、AU含量相对较低,表现出较低的偏好性,密码子使用受突变压力与自然选择的双重作用,其中自然选择起主导性作用。研究结果为国内猪伪狂犬病的流行趋势研判及防控策略制定提供了科学依据与技术支撑。
关键词
猪伪狂犬病病毒(PRV)
GE基因
遗传多样性
密码子
偏好性
Keywords
Porcine pseudorabies virus(PRV)
gE gene
genetic diversity
codon
bias
分类号
S852.659.1 [农业科学—基础兽医学]
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作者
出处
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被引量
操作
1
猪伪狂犬病病毒gE基因遗传变异及密码子使用偏好性分析
陈志安
章蓓雯
何敏嘉
陈美椿
翁成桢
黄欣欣
李鸿喜
曾仲文
陈宝良
邱龙新
陈洪博
李晓冰
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025
0
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