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2017年~2023年河南省猪圆环病毒2型的流行调查及遗传变异分析
被引量:
1
1
作者
冷超粮
马秀秀
+14 位作者
宋佳静
王佳宝
贾楠
田想
刘华
李峻婕
段竹君
刘思
翟洪月
张腾
史鸿飞
李娜
姚伦广
阚云超
田志军
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期960-966,共7页
为了解河南省猪圆环病毒2型(PCV2)的流行及变异情况,本研究采集该地区规模化猪场2017年1月~2023年6月939份表现为繁殖障碍和呼吸道症状的病猪血液或组织样品,采用PCR方法进行PCV2检测。结果显示,PCV2总阳性率为31.42%(295/939);2017年~2...
为了解河南省猪圆环病毒2型(PCV2)的流行及变异情况,本研究采集该地区规模化猪场2017年1月~2023年6月939份表现为繁殖障碍和呼吸道症状的病猪血液或组织样品,采用PCR方法进行PCV2检测。结果显示,PCV2总阳性率为31.42%(295/939);2017年~2022年PCV2阳性率逐年降低,分别为58.65%(61/104)、49.48%(48/97)、28.57%(36/126)、16.15%(31/192)、11.52%(19/165)和7.87%(7/89),而2023年迅速上升,达到56.02%(93/166)。利用PCR扩增29份PCV2阳性样品的全基因组序列并测序,采用Meg Align分析PCV2流行株全基因组序列与Gen Bank中4株PCV2参考株全基因组序列的同源性;采用MEGA 11软件利用NJ法构建PCV2流行株ORF2基因与Gen Bank中24株PCV2参考株ORF2基因的系统发育树;采用Meg Align分析PCV2流行株Cap蛋白氨基酸序列的变异特征;采用RDP4和Sim Plot分析PCV2流行株全基因组的重组特征。全基因组同源性分析结果显示,本研究鉴定的PCV2全基因组序列之间的同源性为95.1%~100%,与PCV2参考株的同源性为93.7%~98.6%,其中与疫苗株PCV2a LG(HM038034)、PCV2b DBN-SX07-2(HM641752)和PCV2d SH(AY686763)的同源性分别为94.8%~96.2%、95.3%~98.6%和96.6%~97.8%,与来自丹麦的代表株PCV2c DK1980PMWSfree株(EU148503)的同源性为93.7%~95.1%。此外,两株2023年的PCV2流行株HN230522和HN231217与参考株的同源性仅为94.5%~97.9%。进化树结果显示,有19株PCV2流行株与PCV2d基因型参考株聚为一个分支,10株与PCV2b基因型参考株聚为一个分支。其中今年出现的PCV2流行株HN230522和HN231217株虽然属于PCV2d基因型,但处于一个相对独立的分支。Cap蛋白氨基酸序列分析结果显示,与疫苗株PCV2a LG(HM038034)、PCV2b DBN-SX07-2(HM641752)和PCV2d SH株(AY686763)相比,部分PCV2流行株在构象表位区(aa47~aa85和aa165~aa200)存在R^(48)H、A^(59)K/R、G^(85)D、P^(151)T、N^(178)S、R^(180)K和G^(197)S的突变,在基因型特异性结构域(aa190~aa191/aa206/aa210)存在K^(206)I的突变,且HN230522株在核定位信号区(NLS)(aa1~aa41)存在特有的V^(30)L突变,HN231217株在基因型特异性结构域(aa89~aa91)存在特有的^(89)RTV^(91)残基。重组分析结果显示,有高达65.52%(19/29)的PCV2流行株存在疑似的重组片段,且重组片段全部位于ORF1中。上述结果表明,今年以来河南省猪场PCV2阳性率快速上升,且流行株出现了较大变异,应加强对PCV2流行动态和遗传变异的监测。本研究为河南省PCV2分子流行病学、疫苗研究提供了参考依据。
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关键词
猪圆环病毒2型
流行病学调查
序列分析
CAP蛋白
遗传变异
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职称材料
猪流行性腹泻病毒HeN21株的分离鉴定及致病性研究
被引量:
10
2
作者
冷超粮
贾楠
+9 位作者
翟洪月
马秀秀
田想
宋佳静
史鸿飞
李娜
姚伦广
阚云超
张瑞
田志军
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第11期1108-1115,共8页
为了解河南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行及变异情况,本研究从该地区某疑似感染PEDV的发病猪场采集粪便样品,经RT-PCR检测并测序,结果显示该猪场为PEDV感染。将阳性样品接种Vero细胞进行病毒分离,并通过RT-PCR扩增、测序及间接免疫...
为了解河南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行及变异情况,本研究从该地区某疑似感染PEDV的发病猪场采集粪便样品,经RT-PCR检测并测序,结果显示该猪场为PEDV感染。将阳性样品接种Vero细胞进行病毒分离,并通过RT-PCR扩增、测序及间接免疫荧光试验(IFA)鉴定,结果显示分离到一株PEDV,命名为HeN21株。经PCR分段扩增病毒全基因组,测序、拼接后的结果显示,该病毒基因组全长28036 bp。为进一步分析HeN21株的遗传演化特征,利用MegAlign分析HeN21株全基因组与GenBank中5株PEDV参考株全基因组序列的相似性;采用MEGA 11软件中NJ法构建HeN21株与GenBank中31株PEDV参考株S基因的系统发育树;采用MegAlign分析HeN21株S蛋白氨基酸序列的变异特征;进一步评价HeN21株对哺乳仔猪的致病性。相似性分析结果显示,HeN21株与PEDV参考株的相似性为96.6%~98.9%,其中与经典GIa亚型代表株CV777的相似性最低为96.6%,与GIIa亚型代表株AH2012和GIIb亚型代表株AJ1102的相似性均为98.5%。进化树结果显示,HeN21株与GIIa亚型PEDV聚为一支。S蛋白氨基酸序列分析结果显示,与经典株CV777相比,HeN21株在中和抗原表位类胶原酶消化区(COE)存在11个氨基酸突变,其中K635T是其特有的突变。致病性试验结果显示,3日龄健康仔猪最早于接种HeN21株后12 h出现腹泻和呕吐,随后症状加重并死亡。感染组仔猪的直肠拭子经RT-PCR检测和PCR产物测序,全部为PEDV阳性,且小肠肠壁薄而透明,完全丧失消化吸收功能。上述结果表明,PEDV在我国持续变异,且分离株具有较强的致病性,应高度重视。本研究报道的PEDV分离株为深入了解河南地区PED的流行及防控具有重要意义,并进一步丰富了PEDV病毒库,为开发设计新型疫苗奠定了基础。
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关键词
猪流行性腹泻病毒
序列分析
遗传变异
致病性试验
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职称材料
题名
2017年~2023年河南省猪圆环病毒2型的流行调查及遗传变异分析
被引量:
1
1
作者
冷超粮
马秀秀
宋佳静
王佳宝
贾楠
田想
刘华
李峻婕
段竹君
刘思
翟洪月
张腾
史鸿飞
李娜
姚伦广
阚云超
田志军
机构
南阳师范学院河南省动物疫病诊断与综合防控工程技术研究中心/昆虫生物反应器河南省工程实验室
中国农业科
学院
哈尔滨兽医
研究
所
动物
疫病
防控
全国重点
实验室
出处
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期960-966,共7页
基金
河南省高等学校重点科研项目(22A230016)。
文摘
为了解河南省猪圆环病毒2型(PCV2)的流行及变异情况,本研究采集该地区规模化猪场2017年1月~2023年6月939份表现为繁殖障碍和呼吸道症状的病猪血液或组织样品,采用PCR方法进行PCV2检测。结果显示,PCV2总阳性率为31.42%(295/939);2017年~2022年PCV2阳性率逐年降低,分别为58.65%(61/104)、49.48%(48/97)、28.57%(36/126)、16.15%(31/192)、11.52%(19/165)和7.87%(7/89),而2023年迅速上升,达到56.02%(93/166)。利用PCR扩增29份PCV2阳性样品的全基因组序列并测序,采用Meg Align分析PCV2流行株全基因组序列与Gen Bank中4株PCV2参考株全基因组序列的同源性;采用MEGA 11软件利用NJ法构建PCV2流行株ORF2基因与Gen Bank中24株PCV2参考株ORF2基因的系统发育树;采用Meg Align分析PCV2流行株Cap蛋白氨基酸序列的变异特征;采用RDP4和Sim Plot分析PCV2流行株全基因组的重组特征。全基因组同源性分析结果显示,本研究鉴定的PCV2全基因组序列之间的同源性为95.1%~100%,与PCV2参考株的同源性为93.7%~98.6%,其中与疫苗株PCV2a LG(HM038034)、PCV2b DBN-SX07-2(HM641752)和PCV2d SH(AY686763)的同源性分别为94.8%~96.2%、95.3%~98.6%和96.6%~97.8%,与来自丹麦的代表株PCV2c DK1980PMWSfree株(EU148503)的同源性为93.7%~95.1%。此外,两株2023年的PCV2流行株HN230522和HN231217与参考株的同源性仅为94.5%~97.9%。进化树结果显示,有19株PCV2流行株与PCV2d基因型参考株聚为一个分支,10株与PCV2b基因型参考株聚为一个分支。其中今年出现的PCV2流行株HN230522和HN231217株虽然属于PCV2d基因型,但处于一个相对独立的分支。Cap蛋白氨基酸序列分析结果显示,与疫苗株PCV2a LG(HM038034)、PCV2b DBN-SX07-2(HM641752)和PCV2d SH株(AY686763)相比,部分PCV2流行株在构象表位区(aa47~aa85和aa165~aa200)存在R^(48)H、A^(59)K/R、G^(85)D、P^(151)T、N^(178)S、R^(180)K和G^(197)S的突变,在基因型特异性结构域(aa190~aa191/aa206/aa210)存在K^(206)I的突变,且HN230522株在核定位信号区(NLS)(aa1~aa41)存在特有的V^(30)L突变,HN231217株在基因型特异性结构域(aa89~aa91)存在特有的^(89)RTV^(91)残基。重组分析结果显示,有高达65.52%(19/29)的PCV2流行株存在疑似的重组片段,且重组片段全部位于ORF1中。上述结果表明,今年以来河南省猪场PCV2阳性率快速上升,且流行株出现了较大变异,应加强对PCV2流行动态和遗传变异的监测。本研究为河南省PCV2分子流行病学、疫苗研究提供了参考依据。
关键词
猪圆环病毒2型
流行病学调查
序列分析
CAP蛋白
遗传变异
Keywords
porcine circovirus type 2
epidemiological investigation
sequence analysis
Cap protein
genetic variation
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
在线阅读
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职称材料
题名
猪流行性腹泻病毒HeN21株的分离鉴定及致病性研究
被引量:
10
2
作者
冷超粮
贾楠
翟洪月
马秀秀
田想
宋佳静
史鸿飞
李娜
姚伦广
阚云超
张瑞
田志军
机构
南阳师范学院河南省动物疫病诊断与综合防控工程技术研究中心/昆虫生物反应器河南省工程实验室
河南省
封丘县农业农村局
中国农业科
学院
哈尔滨兽医
研究
所
动物
疫病
防控
全国重点
实验室
出处
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第11期1108-1115,共8页
基金
河南省高等学校重点科研项目(22A230016)。
文摘
为了解河南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行及变异情况,本研究从该地区某疑似感染PEDV的发病猪场采集粪便样品,经RT-PCR检测并测序,结果显示该猪场为PEDV感染。将阳性样品接种Vero细胞进行病毒分离,并通过RT-PCR扩增、测序及间接免疫荧光试验(IFA)鉴定,结果显示分离到一株PEDV,命名为HeN21株。经PCR分段扩增病毒全基因组,测序、拼接后的结果显示,该病毒基因组全长28036 bp。为进一步分析HeN21株的遗传演化特征,利用MegAlign分析HeN21株全基因组与GenBank中5株PEDV参考株全基因组序列的相似性;采用MEGA 11软件中NJ法构建HeN21株与GenBank中31株PEDV参考株S基因的系统发育树;采用MegAlign分析HeN21株S蛋白氨基酸序列的变异特征;进一步评价HeN21株对哺乳仔猪的致病性。相似性分析结果显示,HeN21株与PEDV参考株的相似性为96.6%~98.9%,其中与经典GIa亚型代表株CV777的相似性最低为96.6%,与GIIa亚型代表株AH2012和GIIb亚型代表株AJ1102的相似性均为98.5%。进化树结果显示,HeN21株与GIIa亚型PEDV聚为一支。S蛋白氨基酸序列分析结果显示,与经典株CV777相比,HeN21株在中和抗原表位类胶原酶消化区(COE)存在11个氨基酸突变,其中K635T是其特有的突变。致病性试验结果显示,3日龄健康仔猪最早于接种HeN21株后12 h出现腹泻和呕吐,随后症状加重并死亡。感染组仔猪的直肠拭子经RT-PCR检测和PCR产物测序,全部为PEDV阳性,且小肠肠壁薄而透明,完全丧失消化吸收功能。上述结果表明,PEDV在我国持续变异,且分离株具有较强的致病性,应高度重视。本研究报道的PEDV分离株为深入了解河南地区PED的流行及防控具有重要意义,并进一步丰富了PEDV病毒库,为开发设计新型疫苗奠定了基础。
关键词
猪流行性腹泻病毒
序列分析
遗传变异
致病性试验
Keywords
porcine epidemic diarrhea virus
sequence analysis
genetic variation
pathogenicity test
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
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2017年~2023年河南省猪圆环病毒2型的流行调查及遗传变异分析
冷超粮
马秀秀
宋佳静
王佳宝
贾楠
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刘华
李峻婕
段竹君
刘思
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《中国预防兽医学报》
CAS
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北大核心
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猪流行性腹泻病毒HeN21株的分离鉴定及致病性研究
冷超粮
贾楠
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马秀秀
田想
宋佳静
史鸿飞
李娜
姚伦广
阚云超
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田志军
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
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