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基于串联质量标签(TMT)技术的宁都黄鸡大小睾丸蛋白质组学研究
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作者 马荆鄂 吴斯琪 +5 位作者 万淑敏 熊信威 许继国 许晶 饶友生 周敏 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第5期1029-1044,共16页
试验旨在探讨成年宁都黄鸡睾丸的蛋白质表达谱,筛选大小睾丸个体差异表达蛋白和功能通路,为繁殖性能选育提供基础数据。以6只22周龄宁都黄鸡的睾丸组织为研究对象,分为大睾丸组(H-TES)和小睾丸组(L-TES),采用串联质量标签(tandem mass t... 试验旨在探讨成年宁都黄鸡睾丸的蛋白质表达谱,筛选大小睾丸个体差异表达蛋白和功能通路,为繁殖性能选育提供基础数据。以6只22周龄宁都黄鸡的睾丸组织为研究对象,分为大睾丸组(H-TES)和小睾丸组(L-TES),采用串联质量标签(tandem mass tags, TMT)技术对2组个体睾丸蛋白质进行差异表达、功能富集和基因互作分析,初步筛选候选蛋白质,分析这些蛋白质在6个个体的表达量与6个睾丸性状指标(左侧睾丸重、右侧睾丸重、总睾丸重、左侧睾丸指数、右侧睾丸指数、总睾丸指数)之间的相关性,分析候选蛋白质的功能。结果表明,宁都黄鸡睾丸中共鉴定到4 683个蛋白质,筛选到144个差异表达蛋白质。GO分析结果表明,差异蛋白质主要参与精子结构组成,具有尿蛋白-谷氨酸连接酶活性、胸腺嘧啶结合、脱氢抗坏血酸跨膜转运体活性等功能。差异蛋白质显著富集的KEGG通路为精氨酸和脯氨酸代谢、泛酸和辅酶A的生物合成、β-丙氨酸代谢等。蛋白质互作网络中有34个差异蛋白质,初步筛选出30个候选蛋白质。结合相关性分析和文献查阅,筛选出16个关键候选蛋白质,即SPAG6、TPPP2、ENKUR、ODF2、SAXO1、TCP11、DNALI1、CCDC63、TSSK3、TEKT2、TEKT3、ALDH2、DNAH5、CCDC40、CCDC39、DNAH10。结合关键候选蛋白质的功能,初步确定精氨酸和脯氨酸代谢、泛酸和辅酶A生物合成、β-丙氨酸代谢、紧密连接、间隙连接是睾丸性状调控关键KEGG通路。研究结果为地方鸡种睾丸质量性状选育提供了基础依据。 展开更多
关键词 宁都黄鸡 睾丸 TMT 蛋白质组学 候选基因
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丝兰提取物的生物学功能及其在猪和家禽生产中的应用研究进展 被引量:3
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作者 郜璐瑶 李袁飞 +1 位作者 梅华迪 贺建华 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期6882-6893,共12页
丝兰提取物是以丝兰为原料,经过一系列加工工艺提取的乙醚不溶物,它的主要活性成分包含皂苷、多酚类和多糖等,具有抗氧化、抗炎、免疫调节和抗菌等多种生物学功能。在猪和家禽生产中的应用研究表明,丝兰提取物具有促生长、改善肠道健康... 丝兰提取物是以丝兰为原料,经过一系列加工工艺提取的乙醚不溶物,它的主要活性成分包含皂苷、多酚类和多糖等,具有抗氧化、抗炎、免疫调节和抗菌等多种生物学功能。在猪和家禽生产中的应用研究表明,丝兰提取物具有促生长、改善肠道健康、提升产品品质以及减少臭气排放等多重作用,这些作用使其具备替代传统抗生素和促进减排的潜力,具有广泛的开发和应用前景。本文就丝兰提取物的主要活性成分、生物学功能及其在猪和家禽生产中的应用研究进展进行综述,旨在为丝兰提取物作为饲料添加剂开发利用以及猪和家禽的生态健康养殖提供参考。 展开更多
关键词 丝兰提取物 活性成分 生物学功能 家禽
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农业经济动物稀释毛色表型形成研究进展 被引量:1
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作者 许继国 崔芳芳 +1 位作者 张国生 许桥 《广东农业科学》 CAS 2024年第2期1-15,共15页
毛色是家畜驯化过程中最早被选择的性状之一,对该性状的偏好性选择导致家畜毛色丰富多样。家畜的毛色表型是由黑素细胞中真黑色素(产生黑色/棕色)和褐黑色素(产生黄色/红色)的相对含量决定,当真黑色素或褐黑色素的合成被稀释,或者两种... 毛色是家畜驯化过程中最早被选择的性状之一,对该性状的偏好性选择导致家畜毛色丰富多样。家畜的毛色表型是由黑素细胞中真黑色素(产生黑色/棕色)和褐黑色素(产生黄色/红色)的相对含量决定,当真黑色素或褐黑色素的合成被稀释,或者两种色素的合成均被稀释时,就会形成不同的稀释毛色表型。为深入理解家畜毛色变异的遗传机制,许多学者已经进行了大量的毛色遗传学研究,以确定家畜的毛色相关基因和因果突变。目前,已鉴定出超过300个基因座和150个与毛色相关的基因。稀释毛色表型作为动物毛色遗传研究领域的一个重要研究方向,其遗传学研究已取得了一定进展。已发现多个因果基因可以引起哺乳动物的毛色稀释和禽类的羽色稀释,这些基因通过影响潜在的色素形成途径来影响黑素细胞的发育和分化、黑色素的合成以及黑素小体的运输。相似的毛色稀释表型通常在不同物种间被发现,可能由保守的或不同的毛色稀释基因引起。在同一物种中,可能有多个基因导致相同或相似的稀释毛色表型。该文对农业经济动物(主要是猪、马、牛、羊、鸡)稀释毛色(羽色)表型的类型及其形成的因果基因和突变,以及遗传机理等研究进展进行综述,以期为动物稀释毛色(羽色)遗传机制的深入研究提供参考。 展开更多
关键词 农业动物 毛色变异 稀释毛色 毛色稀释基因 遗传机制
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蚕沙的营养特征、处理工艺及其在动物生产中的应用研究进展 被引量:2
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作者 贾少炎 李袁飞 +2 位作者 梅华迪 刘杰 贾新正 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1893-1902,共10页
蚕沙是桑蚕产业的副产物,具有产量丰富和价格低廉,富含粗蛋白质、粗纤维、粗脂肪等常规营养成分及钙、磷、铜、铁、锌、锰等矿物元素,同时含有黄酮、多酚、维生素、生物碱等活性成分的特点,可作为一种优质的非常规饲料原料。然而,蚕沙... 蚕沙是桑蚕产业的副产物,具有产量丰富和价格低廉,富含粗蛋白质、粗纤维、粗脂肪等常规营养成分及钙、磷、铜、铁、锌、锰等矿物元素,同时含有黄酮、多酚、维生素、生物碱等活性成分的特点,可作为一种优质的非常规饲料原料。然而,蚕沙中含有大量微生物、纤维素、亚硝酸盐、单宁、果胶、植酸等有毒有害或抗营养物质,直接饲喂会对动物健康产生消极影响,这严重限制了蚕沙的饲料化利用。采用一些技术手段,特别是微生物发酵技术不仅可降解蚕沙中的果胶、纤维素、亚硝酸盐、木质素、植酸、单宁等抗营养物质,抑制有害微生物的繁殖,而且还能提高其粗蛋白质、粗脂肪等营养物质含量,进而改善蚕沙的营养结构和营养价值,这对推进蚕沙的饲料化利用和缓解中国饲料资源紧缺等问题意义重大。在动物生产中,饲粮中适宜的蚕沙添加或替代水平具有提高动物生产性能、改善动物产品品质、调控机体免疫和代谢等作用,在畜牧领域具有广泛的发展应用前景。作者就蚕沙的营养特点和组成成分、处理工艺,以及蚕沙在动物生产中的应用进行归纳总结,以期为蚕沙的饲料化利用提供参考。 展开更多
关键词 蚕沙 营养特点 发酵处理 干燥处理 动物生产
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基于组学数据筛选康乐黄鸡8周龄体质量相关基因 被引量:1
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作者 马荆鄂 陈玉洁 +4 位作者 雷文静 许桥 许继国 许晶 饶友生 《华北农学报》 北大核心 2025年第1期224-231,共8页
旨在基于组学数据筛选与康乐黄鸡8周龄体质量性状相关的重要候选基因,为康乐黄鸡生长性状的分子标记辅助育种提供理论基础,为完善地方鸡种分子选育方法、加快品种选育进展提供关键的基础数据。以434只康乐黄鸡为研究对象,测定8~22周龄... 旨在基于组学数据筛选与康乐黄鸡8周龄体质量性状相关的重要候选基因,为康乐黄鸡生长性状的分子标记辅助育种提供理论基础,为完善地方鸡种分子选育方法、加快品种选育进展提供关键的基础数据。以434只康乐黄鸡为研究对象,测定8~22周龄体质量,采用基因芯片技术对康乐黄鸡8周龄体质量性状进行全基因组关联分析,筛选显著关联SNP位点。寻找位于每个显著SNP周围2 Mb区域内的候选基因,对候选基因进行GO和KEGG功能分析。结合前期转录组测序数据、文献数据,筛选与康乐黄鸡8周龄体质量性状相关的关键候选基因。共检测到2个显著关联SNPs,分别位于2号染色体(131 485 613 bp)和4号染色体(60 413 848 bp),筛选到118个候选基因。基因功能注释结果表明,视黄酸代谢过程为最显著富集的生物学过程,脂肪酸降解、酪氨酸代谢和药物代谢-细胞色素P450等12个通路为显著性富集通路。初步确定基因OXR1、RSPO2、EIF3E、TRHR、BMPR1B、ADH1C、MTTP、LAMTOR3、PPP3CA、PDLIM3可作为康乐黄鸡8周龄体质量性状的关键候选基因。研究初步确定了2个与康乐黄鸡8周龄体质量性状显著关联的SNP位点,以及10个关键候选基因。 展开更多
关键词 康乐黄鸡 SNP 全基因组关联分析 体质量 候选基因 基因通路
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植物多酚对猪肉品质的影响及其调控机制 被引量:1
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作者 黄明海 李袁飞 +1 位作者 梅华迪 贺建华 《动物营养学报》 北大核心 2025年第1期60-74,共15页
随着生活水平和健康意识的不断提高,消费者越来越重视猪肉的感官品质和营养价值。因此,提高猪肉品质是未来养猪业可持续发展的重点方向。大量研究表明,植物多酚作为一种植物次生代谢物,在提高猪肉感官品质和营养价值方面有着重大潜力。... 随着生活水平和健康意识的不断提高,消费者越来越重视猪肉的感官品质和营养价值。因此,提高猪肉品质是未来养猪业可持续发展的重点方向。大量研究表明,植物多酚作为一种植物次生代谢物,在提高猪肉感官品质和营养价值方面有着重大潜力。本文主要阐述了植物多酚的分类及其对猪肉品质的影响,并从抗氧化、肌纤维类型转化、氨基酸代谢、脂质代谢等方面来探讨植物多酚对改善猪肉品质的可能调控机制,以期为植物多酚助力优质猪肉生产提供参考。 展开更多
关键词 植物多酚 肉品质 调控机制
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基于肝脏转录组测序筛选康乐黄鸡开产相关基因和关键通路
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作者 马荆鄂 曾配君 +5 位作者 万淑敏 熊信威 王樟凤 刘婧 许继国 饶友生 《华北农学报》 北大核心 2025年第3期207-214,共8页
通过分析开产与未开产康乐黄鸡肝脏组织转录组表达谱,筛选出开产相关候选基因和关键通路,为研究鸡肝脏基因调控开产性状分子机理提供理论基础,为康乐黄鸡选种选育提供一定参考。选取154日龄已开产(H组)、未开产(L组)各3个个体的肝脏组织... 通过分析开产与未开产康乐黄鸡肝脏组织转录组表达谱,筛选出开产相关候选基因和关键通路,为研究鸡肝脏基因调控开产性状分子机理提供理论基础,为康乐黄鸡选种选育提供一定参考。选取154日龄已开产(H组)、未开产(L组)各3个个体的肝脏组织,采用TRIzol法提取总RNA,利用Illumina测序平台进行转录组测序,筛选2组个体的差异表达基因;对差异表达基因进行功能富集和蛋白互作分析;随机选取9个候选基因,在9个个体肝脏中,进行qRT-PCR验证。一共检测到21465个基因在肝脏组织表达,共筛选出227个差异表达基因,其中48个表达上调,179个表达下调。qRT-PCR验证结果表明,9个基因在2组个体肝脏中表达量变化趋势与RNA-Seq结果基本一致,且在H、M(即将开产)和L 3组个体中呈现表达量依次递减或递增的趋势。初步确定了6个开产性状相关候选基因,分别是VTG1、VTG2、VTG3、APOV1、RBP、RNF186。5条关键信号通路分别是脂肪消化吸收、胆固醇代谢、ECM-受体相互作用、雌激素信号通路、D-谷氨酰胺和D-谷氨酸代谢。综上,初步确定了6个康乐黄鸡开产性状相关候选基因,5条关键信号通路。 展开更多
关键词 康乐黄鸡 肝脏 候选基因 关键通路 转录组测序 开产性状
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鸡青黄脚和白色羽性状分子选育研究 被引量:4
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作者 柴学文 贡继尚 +5 位作者 崔芳芳 康昭风 武艳平 周敏 孙雪梅 许继国 《广东农业科学》 CAS 2023年第11期132-138,共7页
【目的】鸡的胫色和羽色作为品种的特征性状是新品种选育的重要性状。通过分子生物学手段对鸡育种生产中的青黄脚和白色羽性状进行分析,探究其形成机制并建立相关的分子标记辅助选择方案。【方法】采用候选基因的方法,将BCO2基因作为鸡... 【目的】鸡的胫色和羽色作为品种的特征性状是新品种选育的重要性状。通过分子生物学手段对鸡育种生产中的青黄脚和白色羽性状进行分析,探究其形成机制并建立相关的分子标记辅助选择方案。【方法】采用候选基因的方法,将BCO2基因作为鸡青黄脚形成的候选基因,以青黄脚、青脚和黄脚个体为材料,通过测序对BCO2基因上的目的位点进行分型,分析该位点与不同性状间的关系。分别将编码扩展基因座e、显性白基因座I和隐性白基因座C的MC1R、PMEL17和TYR基因作为白色羽相关候选基因,以隐性白羽洛克鸡、快大型白羽肉鸡、合成隐性白品系和杂交后代白羽个体为试验材料,通过测序和PCR检测对相关候选突变进行分型,分析相关基因多态性与性状的关系。【结果】(1)青黄脚性状是由真皮层黑色素和胫部黄色鳞片相互作用的结果,BCO2基因突变是青黄脚性状形成的关键,342 bp处的突变位点可用于相关性状的分子标记辅助选择,淘汰CT基因型个体即可达到纯化目的;(2)合成隐性白品系的隐性白基因座为cc,后代白色羽不是因隐性白突变所致;(3)杂交白羽后代均携带PMEL17基因编码的显性白等位基因I,全部为杂合子基因型Ii;(4)杂交白羽后代均携带MC1R基因编码的E和E^(R)等位基因;(5)显性白突变等位基因I、E和ER均来自快大型白羽肉鸡。【结论】青黄脚性状是由控制表皮颜色的BCO2基因上的突变导致,342 bp位点可用于针对该性状的分子标记辅助选择;白色羽形成与隐性白突变无关,主要是由编码显性白等位基因I的PMEL17突变导致。 展开更多
关键词 青黄脚 白色羽 分子标记辅助选择 BCO2 TYR PMEL17 MC1R
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基于垂体转录组测序筛选康乐黄鸡开产性状相关基因和信号通路
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作者 马荆鄂 兰岚 +1 位作者 刘梓阁 许继国 《广东农业科学》 2025年第4期73-87,共15页
【目的】运用转录组测序技术深度剖析154日龄已开产与未开产康乐黄鸡垂体转录组表达谱差异,旨在筛选垂体中与开产性状紧密关联的基因及信号通路。【方法】采用Illumina NovaSeq 6000测序平台,对154日龄康乐黄鸡已开产和未开产个体的垂... 【目的】运用转录组测序技术深度剖析154日龄已开产与未开产康乐黄鸡垂体转录组表达谱差异,旨在筛选垂体中与开产性状紧密关联的基因及信号通路。【方法】采用Illumina NovaSeq 6000测序平台,对154日龄康乐黄鸡已开产和未开产个体的垂体组织进行转录组测序,对筛选出的差异表达基因进行功能注释和蛋白网络互作分析,并利用RT-qPCR技术验证基因表达水平。【结果】两组样品中共获得21168713~23657558个Clean reads,检测到23447个基因在垂体组织中表达,其中分类为6大垂体细胞簇的标记基因共282个。通过筛选共获得119个基因在已开产与未开产个体间呈显著差异表达,具体表现为46个基因上调表达、73个基因下调表达,且TRPC4和TYRP1分别为上、下调差异倍数最大的基因。GO功能富集分析显示,差异表达基因主要富集在管发育、心脏发育、膜的整体成分和核苷酸结合等生物过程。KEGG通路富集分析发现,差异表达基因显著富集于吞噬体、细胞衰老、细胞黏附分子、内吞作用和单纯疱疹病毒1型感染等信号通路。蛋白互作分析表明,119个差异表达基因中有14个基因存在互作关系,其中EPHA10、OVCH1和FGB为互作网络中的核心蛋白。综合分析,鉴定到12个开产性状相关重要候选基因,分别为POMC、CHGA、GRP、GH、CGA、PRL、CST3、CARTPT、TRPC4、PRKAA2、HTR1B和IGFBP5。RT-qPCR验证结果显示,其中7个基因表达量变化趋势与转录组测序结果一致。【结论】通过分析康乐黄鸡垂体组织转录组测序结果,筛选出12个开产相关候选基因、8条关键基因通路,为深入探究鸡垂体组织基因调控开产性状的分子机制提供坚实的数据支持。 展开更多
关键词 垂体 转录组测序 康乐黄鸡 开产性状 差异表达基因 KEGG通路
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荞麦属五种植物叶绿体基因组的结构变异与分子进化研究 被引量:2
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作者 黄超婷 孙豪良 盛文涛 《种子》 北大核心 2023年第10期83-88,98,共7页
利用生物信息学方法对荞麦属叶绿体进行比较基因组学研究。结果表明,荞麦属已测的5种植物叶绿体基因组大小在159265~159599 bp之间;GC含量介于37.81%~37.98%之间,基因的数目、类型与拷贝数差异小;区域边界基本一致;SSR类型的种类与数目... 利用生物信息学方法对荞麦属叶绿体进行比较基因组学研究。结果表明,荞麦属已测的5种植物叶绿体基因组大小在159265~159599 bp之间;GC含量介于37.81%~37.98%之间,基因的数目、类型与拷贝数差异小;区域边界基本一致;SSR类型的种类与数目相似;该属的LSC区域和SSC区域比IR区域多态性位点变异高,其中非编码区trnS_trnG、rps4_trnT和rpl32_trnL是变异最高的热点区域;系统分析表明,野生金荞麦与苦荞的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 荞麦属 叶绿体 基因组特征
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生长激素基因SNPs与康乐黄鸡产蛋性状的关联分析 被引量:1
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作者 马荆鄂 邱愉菲 +3 位作者 林晓巧 许继国 王樟凤 饶友生 《中国家禽》 北大核心 2024年第9期46-53,共8页
为探索生长激素(Growth hormone,GH)基因部分序列单核苷酸多态性(Single nu⁃cleotide polymorphism,SNP)位点与康乐黄鸡母鸡产蛋性状的相关性,寻找地方鸡种产蛋性状选育的分子标记,试验选取294只康乐黄鸡母鸡为研究材料,测量并记录3个... 为探索生长激素(Growth hormone,GH)基因部分序列单核苷酸多态性(Single nu⁃cleotide polymorphism,SNP)位点与康乐黄鸡母鸡产蛋性状的相关性,寻找地方鸡种产蛋性状选育的分子标记,试验选取294只康乐黄鸡母鸡为研究材料,测量并记录3个产蛋性状指标,包括开产日龄、初产体重和182日龄产蛋数。采用PCR直接测序法筛选GH基因内含子1区域SNPs,利用SAS分析产蛋性状关联的SNPs。结果显示:共发现30个SNP位点,其中共有5个SNP位点与康乐黄鸡母鸡产蛋性状显著关联,其中位于内含子1区域的位点T1270451C与康乐黄鸡母鸡182日龄产蛋数,位点C1271148T与开产日龄、初产体重,位点A1271168G与开产日龄,位点G1271198A与初产体重均显著相关,位于内含子2区域的位点T1270070A与初产体重显著相关。研究表明,GH基因内含子1区域的4个位点T1270451C、C1271148T、A1271168G、G1271198A,内含子2区域T1270070A位点可作为康乐黄鸡产蛋性状选育的候选分子标记。 展开更多
关键词 康乐黄鸡 生长激素基因 SNP 产蛋性状
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GH基因SNPs与宁都黄鸡睾丸性状的关联分析 被引量:3
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作者 马荆鄂 许继国 +5 位作者 姚利君 谭玉文 朱学农 杨艳北 饶友生 周敏 《中国家禽》 北大核心 2023年第6期11-18,共8页
为探索生长激素基因(Growth hormone,GH)部分序列单核苷酸多态位点及其单倍型对宁都黄公鸡睾丸性状的影响,寻找地方鸡种睾丸性状选育的分子标记,试验选取499只16周龄宁都黄公鸡为研究材料,采用PCR直接测序法筛选GH基因5′-flanking和内... 为探索生长激素基因(Growth hormone,GH)部分序列单核苷酸多态位点及其单倍型对宁都黄公鸡睾丸性状的影响,寻找地方鸡种睾丸性状选育的分子标记,试验选取499只16周龄宁都黄公鸡为研究材料,采用PCR直接测序法筛选GH基因5′-flanking和内含子1区域的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点,利用SAS(Statistical analysis system)分析睾丸性状关联的SNP位点,利用PHASE软件对多态位点进行单倍型分析,并使用在线软件对关联位点的转录因子结合类型进行预测。结果显示:GH基因上游序列存在6个多态性位点,即T1272755C、G1272611A、C1272225T、C1271211T、C1271025A和A1271024C,均对睾丸性状的影响达到显著水平(P<0.05);与睾丸性状相关的优势基因组合为TGCCAC/TGCTAC;转录因子预测结果显示在一些转录因子的结合位点会随着等位基因变异而发生特异性变化,如AR(Androgen receptor)、PR(Progesterone receptor)、Sox2(sex determining region Y-box 2)、SRY(Sex determining region Y)、HNF-3beta(Hepatocyte nuclear factor 3-beta)等。研究表明C1271211T为宁都黄鸡睾丸性状的关键候选分子标记,CC基因型个体的睾丸性状显著高于TT型,推测原因为上述5种转录因子之间相互作用,调控GH表达,共同影响睾丸性状。 展开更多
关键词 宁都黄鸡 生长激素基因 单核苷酸多态位点 睾丸性状
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宁都黄鸡GH基因SNP与鸡冠性状的关联分析 被引量:1
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作者 马荆鄂 曾成瑶 +4 位作者 周敏 谭玉文 朱学农 饶友生 许继国 《广东农业科学》 CAS 2023年第7期137-145,共9页
【目的】研究宁都黄鸡GH基因(Growth hormone,GH)5’-侧翼和内含子1区域单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)与鸡冠性状的关联性,以期筛选地方鸡种鸡冠性状的早期选育分子标记。【方法】以499只宁都黄鸡公鸡为研究对象... 【目的】研究宁都黄鸡GH基因(Growth hormone,GH)5’-侧翼和内含子1区域单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)与鸡冠性状的关联性,以期筛选地方鸡种鸡冠性状的早期选育分子标记。【方法】以499只宁都黄鸡公鸡为研究对象,测定7个不同周龄的冠高、冠长、冠厚、肉垂长、肉垂厚以及冠齿数指标,利用SAS(Statistical analysis system)分析GH基因部分序列SNP与鸡冠性状的关联性。【结果】有13个SNP与冠高性状指标显著关联(P<0.05),即C1272225T、G1272611A、C1271211T、C1270902T、A1270769G、G1270640C、T1270578C、G1270503C、T1270451C、C1270032T,其中A1270769G与7个周龄冠高指标均显著关联;G1272611A与5个周龄冠高指标显著关联;有10个SNP与冠长性状显著关联(P<0.05),即C1272225T、G1272611A、C1271211T、C1270902T、A1270769G、G1270640C、T1270578C、G1270503C、T1270451C、C1270032T,其中C1271211T与6个周龄冠长指标显著关联,G1272611A与5个周龄冠长指标显著关联。G1272611A位点与5个连续周龄冠长或冠高性状指标均显著关联,该位点在该群体中对应GG和GA 2种基因型,GG基因型个体的5个连续周龄冠高或冠长均显著高于GA基因型个体。【结论】G1272611A位点可作为宁都黄鸡冠高和冠长性状选育重要候选分子标记。 展开更多
关键词 宁都黄鸡 生长激素基因 单核苷酸多态位点(SNP) 鸡冠 冠高 冠长
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低浓度阿奇霉素对猪链球菌2型蛋白表达、荚膜多糖与药物敏感性的影响 被引量:2
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作者 杨艳北 许晶 +5 位作者 刘婉萍 陶艾妮 冯育林 孙勇 王闯 刘建 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期757-765,共9页
本研究通过探索低浓度阿奇霉素对猪链球菌2型蛋白表达、荚膜多糖与药物敏感性的影响,为进一步研究环境中低浓度抗生素对微生物的影响奠定基础。用低浓度阿奇霉素处理猪链球菌2型,利用蛋白质组学iTRAQ技术,筛选关键差异表达蛋白。同时测... 本研究通过探索低浓度阿奇霉素对猪链球菌2型蛋白表达、荚膜多糖与药物敏感性的影响,为进一步研究环境中低浓度抗生素对微生物的影响奠定基础。用低浓度阿奇霉素处理猪链球菌2型,利用蛋白质组学iTRAQ技术,筛选关键差异表达蛋白。同时测定猪链球菌2型的荚膜多糖含量和药物敏感性。结果显示,共鉴定到差异表达蛋白174个,占总鉴定蛋白的11.6%,多数差异表达蛋白参与催化和代谢过程,属于膜蛋白,其中,3个荚膜多糖蛋白、9个ABC转运蛋白、1个50 S核糖体蛋白、1个核糖体RNA甲基转移酶、1个DNA回旋酶上调表达;8个荚膜多糖蛋白、4个50S核糖体蛋白、4个30S核糖体蛋白、1个核糖体RNA甲基转移酶、1个DNA聚合酶IV下调表达。用低浓度阿奇霉素处理猪链球菌2型,发现其对多种抗生素的敏感性降低,存活下来的菌株,恢复正常培养后,药物敏感性恢复。用低浓度阿奇霉素处理猪链球菌2型,荚膜多糖含量也未发生大幅度变化。猪链球菌2型通过改变自身蛋白质组的表达量,以适应低浓度阿奇霉素的选择压力。与低浓度阿奇霉素共存时,猪链球菌2型开启外排泵系统,会增加细菌产生多重耐药的风险。 展开更多
关键词 猪链球菌2型 阿奇霉素 荚膜多糖 药物敏感性
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沼泽红假单胞菌相似菌株间差异功能模体的筛选和分析 被引量:1
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作者 杨艳北 许晶 +2 位作者 马荆鄂 冯育林 孙勇 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第3期73-78,共6页
从功能模体水平上,探索沼泽红假单胞菌相似菌株间功能差异的机理。利用循环遍历算法和Python特有的字典数据格式,编写脚本test.py和difference analysis.py,筛选沼泽红假单胞菌CGA009和YSC3差异功能模体。沼泽红假单胞菌CGA009独有14种... 从功能模体水平上,探索沼泽红假单胞菌相似菌株间功能差异的机理。利用循环遍历算法和Python特有的字典数据格式,编写脚本test.py和difference analysis.py,筛选沼泽红假单胞菌CGA009和YSC3差异功能模体。沼泽红假单胞菌CGA009独有14种功能模体,功能主要集中在DNA复制、合成、修复、重排和结构稳定;蛋白质合成;呼吸链的电子转移;细胞的增殖和分化;生长和繁殖;代谢途径的补充;离子运输;清除毒性物质甲基乙二醛。沼泽红假单胞菌CGA009独有5种功能模体,功能主要集中在重金属铜的抗性、降解生物胺、调节生物节律和光周期。沼泽红假单胞菌CGA009对紫外线和化学试剂具有抵抗能力,DNA骨架结构更稳定,生长和繁殖性能更强。沼泽红假单胞菌YSC3,对光照反应更加敏感,对重金属铜具有抵抗能力,能够降解生物胺,生存能力更强。本研究编写的Python脚本,广泛适用于细菌、真菌、动物、植物等所有物种。 展开更多
关键词 沼泽红假单胞菌 功能模体 Python程序 生物信息学
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水稻窄叶突变体nrl2新等位基因的鉴定与功能分析
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作者 姚栋萍 盛文涛 +3 位作者 吴俊 柏斌 肖贵 傅爱斌 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期133-139,共7页
以籼型两系不育系Y58S的窄叶突变体nrl2(1)为试验材料,对nrl2(1)突变体材料进行表型、组织学分析,发现该突变体主要表现为叶片变窄且卷曲,维管束发育异常,大、小叶脉数显著减少;遗传分析结果表明,该窄叶表型受1对隐性核基因控制;通过基... 以籼型两系不育系Y58S的窄叶突变体nrl2(1)为试验材料,对nrl2(1)突变体材料进行表型、组织学分析,发现该突变体主要表现为叶片变窄且卷曲,维管束发育异常,大、小叶脉数显著减少;遗传分析结果表明,该窄叶表型受1对隐性核基因控制;通过基因精细定位,发现NRL2(1)定位在第3染色体46000 bp区间内;图位克隆及候选基因验证结果表明该基因是NRL2的等位基因;测序比对结果显示,突变体的第17个外显子由碱基C变为T,对应的氨基酸由谷氨酰胺变为终止密码子,造成翻译提前终止。以nrl2(1)为亲本材料,选育两系不育系,预期可选育出叶片较窄、株型紧凑、分蘖多的新型两系不育系。 展开更多
关键词 水稻 窄叶 突变体 基因克隆 基因功能分析
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康乐黄公鸡体尺与屠宰性状的相关性分析 被引量:1
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作者 章英枝 许晶 +1 位作者 饶友生 马荆鄂 《中国畜禽种业》 2023年第12期108-112,共5页
为开展康乐黄公鸡屠宰性状的间接选育工作,该研究对102只154日龄的康乐黄公鸡的8个体尺性状指标(胫围、胫长、体斜长、胸深、胸围、胸宽、胸骨长、背宽)和7个屠宰性状(活重、屠体重、全净膛重、半净膛重、腹脂重、单侧胸肌重、单侧腿重... 为开展康乐黄公鸡屠宰性状的间接选育工作,该研究对102只154日龄的康乐黄公鸡的8个体尺性状指标(胫围、胫长、体斜长、胸深、胸围、胸宽、胸骨长、背宽)和7个屠宰性状(活重、屠体重、全净膛重、半净膛重、腹脂重、单侧胸肌重、单侧腿重)进行测定,探究体尺性状与屠宰性状指标的相关性。结果表明:胫围与活重、屠体重、全净膛重呈极显著正相关(P<0.01),胫长、体斜长、胸围、胸宽、胸骨长、背宽与活重、屠体重、全净膛重呈极显著正相关(P<0.01)。可见,通过测定体尺性状指标,可以对其屠宰性状进行间接选育,其中体斜长、胸围可作为重要观测指标。 展开更多
关键词 康乐黄公鸡 体尺 屠宰性状 相关性
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鸡增殖型与肥大型软骨细胞差异表达基因筛选
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作者 贡继尚 李袁飞 +4 位作者 许继国 柴学文 马荆鄂 杨艳北 饶友生 《中国家禽》 北大核心 2023年第7期19-27,共9页
为研究家禽软骨细胞分化过程中的差异基因,寻找家禽胫骨软骨发育不良发生的相关基因和通路,研究基于GEO数据库下载家禽软骨细胞分化的基因表达谱芯片数据进行生物信息学分析。结果显示:共筛选出292个差异基因,其中40个上调,252个下调;... 为研究家禽软骨细胞分化过程中的差异基因,寻找家禽胫骨软骨发育不良发生的相关基因和通路,研究基于GEO数据库下载家禽软骨细胞分化的基因表达谱芯片数据进行生物信息学分析。结果显示:共筛选出292个差异基因,其中40个上调,252个下调;差异基因的GO富集主要在细胞成分活动的调节、趋化性、细胞间黏附和细胞黏附分子结合等过程,KEGG信号通路分析主要在ECM受体相互作用、黏着斑等通路富集;PPI网络分析筛选出APP、SPP1、TF和LAMB14个核心基因,并结合RT-PCR技术对核心基因进行表达谱验证,与预测的结果一致,均表现在增殖型软骨细胞中表达下调。研究表明,从GEO18568数据中分析筛选出的4个核心基因,在增殖型软骨细胞分化为肥大型软骨细胞过程中均发挥正向调控作用。 展开更多
关键词 软骨细胞 增殖型 肥大型 差异基因
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基于转录组测序筛选康乐黄鸡开产相关基因和通路
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作者 马荆鄂 万淑敏 +3 位作者 俞梓萱 许桥 李袁飞 许继国 《中国家禽》 2025年第10期16-22,共7页
为了筛选康乐黄鸡开产日龄相关候选基因,试验选取154日龄已开产(H组)、即将开产(M组)、未开产(L组)各3个个体的下丘脑组织,利用Illumina测序平台进行转录组测序,筛选组间差异表达基因,并对其进行功能注释和蛋白互作分析,随机选取5个基因... 为了筛选康乐黄鸡开产日龄相关候选基因,试验选取154日龄已开产(H组)、即将开产(M组)、未开产(L组)各3个个体的下丘脑组织,利用Illumina测序平台进行转录组测序,筛选组间差异表达基因,并对其进行功能注释和蛋白互作分析,随机选取5个基因,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证其在3组个体下丘脑中的表达量。结果显示:在康乐黄鸡下丘脑中,一共检测到27943个基因表达;筛选出1104个差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs);RT-qPCR结果显示,POMC、GRP、PRL、SOUL、ALB在3组个体中表达趋势与测序结果相符;综合GO、KEGG和蛋白互作网络分析,初步确定POMC、GRP、EPHA4、EPHA5和EPHA6为与康乐黄鸡开产日龄相关基因,神经活性配体-受体相互作用(Neuroactive ligand-receptor interaction)为关键信号通路。研究表明,候选基因POMC、GRP、EPHA4、EPHA5和EPHA6及神经活性配体-受体相互作用信号通路可调控康乐黄鸡开产日龄性状。 展开更多
关键词 康乐黄鸡 转录组测序 下丘脑 候选基因 开产日龄性状
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