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HCV 3b亚型全长序列测定及基线耐药相关置换的分析 被引量:1
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作者 黄杰庭 许茹 +5 位作者 廖峭 王敏 单振刚 尤庆柱 戎霞 付涌水 《临床肝胆病杂志》 CAS 北大核心 2020年第1期94-97,共4页
目的探讨二代测序法(NGS)在HCV 3b全长序列及基线耐药相关置换(RAS)检测中的应用。方法从1例2016年7月在广州血液中心献血的献血者(HCV RNA阳性)血浆中提取核酸,经序列非依赖性扩增后,构建测序文库并采用illumina Hiseq进行深度测序,然... 目的探讨二代测序法(NGS)在HCV 3b全长序列及基线耐药相关置换(RAS)检测中的应用。方法从1例2016年7月在广州血液中心献血的献血者(HCV RNA阳性)血浆中提取核酸,经序列非依赖性扩增后,构建测序文库并采用illumina Hiseq进行深度测序,然后通过生物信息学方法分析HCV全长序列、病毒基因分型以及针对直接抗病毒药物(DAA)的基线RAS。结果NGS获得8.4 Gb原始测序数据,序列数(reads)超过56 M。经生物信息学分析获得HCV全长序列,平均测序深度为488007,基因分型结果为3b亚型。病毒氨基酸序列里含有12个RAS,分别是NS3区域的Y56H、Q80K、Q80R、A156G,NS5A区域的M28G、Q/A30G、Q/A30K、L31F、L31M、Y93H,以及NS5B区域的S282T和V321A,其中位于NS5A区域的Q/A30K和L31M属于高丰度RAS(99.16%和98.37%),其余10个RAS丰度较低(<0.5%)。结论NGS用于HCV 3b亚型的全长序列检测和基因分型,最终鉴定出基线RAS,对于HCV 3b的流行病学研究和DAA治疗方案的制订有重要意义。 展开更多
关键词 肝炎病毒属 高通量核苷酸序列分析 基因型
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广州地区无偿献血者戊型肝炎病毒感染流行病学调查 被引量:11
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作者 尤庆柱 黄杰庭 +5 位作者 许茹 王敏 廖峭 单振刚 戎霞 付涌水 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期363-368,共6页
目的调查广州地区无偿献血者的戊型肝炎病毒(hepatitis E virus, HEV)感染情况。方法 2017年4月-2018年4月间收集了5 552名广州血液中心无偿献血者的血液样本,采用酶联免疫吸附法(enzyme linked immunosorbent assay, ELISA)检测抗-HEV ... 目的调查广州地区无偿献血者的戊型肝炎病毒(hepatitis E virus, HEV)感染情况。方法 2017年4月-2018年4月间收集了5 552名广州血液中心无偿献血者的血液样本,采用酶联免疫吸附法(enzyme linked immunosorbent assay, ELISA)检测抗-HEV IgG抗体(HEV IgG)、抗-HEV IgM抗体(HEV IgM)和HEV抗原(HEV Ag),采用χ~2检验分析年龄、性别、民族、职业和ALT等因素分别与HEV IgG和IgM抗体阳性的相关性,采用多因素Logistic回归分析判辨HEV感染的独立风险因素。结果 HEV IgG、IgM和HEV Ag的阳性率分别为20.05%(1 113/5 552)、0.76%(42/5 552)和0.04%(2/5 552)。年龄和民族是HEV IgG和HEV IgM阳性率的独立风险因素:HEV阳性率随着年龄增长而增大(IgG OR=1.089, 95%CI:1.080-1.098,P<0.001; IgM OR=1.055,95%CI:1.028-1.084,P<0.001);壮族的HEV IgG和IgM阳性率(32.69%, 7.69%)高于汉族(19.89%, 0.70%),差异有统计学意义(IgG OR=2.052, 95%CI:1.103-3.819,P=0.023; IgM OR=12.029, 95%CI:4.067-35.580,P<0.001)。此外,我们还发现职业是HEV IgG阳性率的独立风险因素,学生是阳性率最低的人群。结论广州地区无偿献血者中HEV抗体阳性率较高,且在不同人群中感染情况不同,为输血传播HEV的风险评估提供基础数据。 展开更多
关键词 戊型肝炎病毒 无偿献血者 风险因素
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海南黎族人群乙肝感染情况与风险因素分析 被引量:4
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作者 宋丹丹 许茹 +3 位作者 黄杰庭 王敏 戎霞 付涌水 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期892-896,共5页
目的:了解海南黎族人群乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)的感染情况并分析其相关风险因素。方法:于2014年7月至2015年10月采用随机抽样的方法选取1 595名海南白沙黎族居民作为研究对象,获得其基线资料和风险因素等流行病学资料,采... 目的:了解海南黎族人群乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)的感染情况并分析其相关风险因素。方法:于2014年7月至2015年10月采用随机抽样的方法选取1 595名海南白沙黎族居民作为研究对象,获得其基线资料和风险因素等流行病学资料,采用化学发光法检测血浆的乙肝核心抗体(HBc Ab),用t检验分析HBc Ab阳性组与阴性组之间年龄的差异,用单因素卡方检验和多因素Logistics回归分析年龄、性别及相关风险因素对HBc Ab的影响。结果:该人群HBc Ab的阳性率为71.8%(1 145/1 595)。男性与女性的阳性率差异无统计学意义(χ~2=0.134,P=0.715)。各年龄组之间HBV感染率的差异有统计学意义(F=540.769,P<0.001)。其中,12~17岁组的HBV感染率(11.9%)显著低于其他各年龄组,18~23岁组(28.0%)显著高于12~17岁组,但显著低于其余(>23岁)年龄组(>85%)。多因素Logistics回归分析显示饮酒和纹身均是该人群HBV感染的独立风险因素(χ2=169.833,P<0.001;χ~2=11.354,P=0.001)。结论:海南黎族人群的HBV感染率较高,年龄、饮酒和纹身是该人群感染的独立风险因素。 展开更多
关键词 HBV感染 风险因素 黎族 年龄
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基于二代测序的RhD阳性个体RHD基因mRNA选择性剪接分析 被引量:2
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作者 罗亚林 魏玲 +4 位作者 姬艳丽 罗广平 付涌水 温机智 黎诚耀 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期51-56,共6页
【目的】本研究旨在对RhD阳性个体中红细胞特异性表达的RHD基因不同转录本进行分析,并对选择性剪接发生的机制进行初步探讨。【方法】利用体外有核红细胞培养体系分离并培养RhD阳性个体的有核红细胞,使用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术... 【目的】本研究旨在对RhD阳性个体中红细胞特异性表达的RHD基因不同转录本进行分析,并对选择性剪接发生的机制进行初步探讨。【方法】利用体外有核红细胞培养体系分离并培养RhD阳性个体的有核红细胞,使用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术对RhD阳性个体RHD基因外显子6至3’非编码区扩增后进行二代测序,分析mRNA转录本,并采用生物信息学方法分析RHD基因所有外显子5’及3’剪接位点的最大熵值。【结果】RHD基因的转录本以正常全长mRNA为主,除此之外还存在其他8种异常转录本。按照表达量从多到少,分别为外显子7缺失、外显子9缺失、外显子8和9缺失、外显子7、8和9缺失、外显子7和9缺失、外显子8和9缺失合并外显子7与10间插入一段170 bp的内含子7片段、全长mRNA但插入170 bp的内含子7片段和外显子9缺失但插入一170 bp的内含子7片段,其中最后3种为新转录本。生物信息学分析提示外显子7和外显子9异常剪接可能与其5’-剪接位点(5’-splice site,5’ss)或3’ss和剪接体结合能力下降有关,而内含子7片段异常表达于转录本中可能与其两端存在类似5’ss和3’ss剪接保守序列有关。【结论】RHD基因存在十分复杂的选择性剪接模式,使RhD阳性个体的RHD基因在mRNA水平上存在多种不同的剪接转录本。 展开更多
关键词 RhD阳性 二代测序 转录本 剪接
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改良DTT法用于减少达雷妥尤单抗对血清学检测造成的干扰 被引量:2
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作者 黎裕元 张玲 +3 位作者 蔡葵 吴敏华 朱琳睿 黎诚耀 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1543-1549,共7页
目的:改良美国输血协会《AABB技术手册》中经典的二硫苏糖醇(DTT)处理红细胞法,探讨其在使用达雷妥尤单抗(daratumumab)治疗的患者输血前检查中的应用价值。方法:从PBS、DTT浓度、供者红细胞浓度(悬浮/压积)及样本处理时间方面,对经典的... 目的:改良美国输血协会《AABB技术手册》中经典的二硫苏糖醇(DTT)处理红细胞法,探讨其在使用达雷妥尤单抗(daratumumab)治疗的患者输血前检查中的应用价值。方法:从PBS、DTT浓度、供者红细胞浓度(悬浮/压积)及样本处理时间方面,对经典的0.2 mol/L AABB DTT法进行改良,将改良DTT法和AABB经典DTT方法应用于12例达雷妥尤单抗治疗的多发性骨髓瘤患者的配血试验,并用已知抗体性质的抗血清和抗体试剂评估改良DTT法处理谱红细胞后对其他不规则抗体检出的影响。结果:建立了2种改良DTT法(方法一:将DTT浓度改为0.01 mol/L;方法二:将DTT浓度改为0.02 mol/L,并将压积红细胞改为3%悬浮红细胞)。改良DTT法处理红细胞最佳处理时间为35 min,不仅能够消除达雷妥尤单抗造成的全凝集现象,且不影响抗-E、抗-Jk^(a)、抗-M等抗体的检出,对抗-K抗体的测定效价仅有略微下降。结论:改良DTT法安全有效,能够在消除达雷妥尤单抗干扰的同时保留Kell血型系统活性,可以替代目前AABB经典的DTT配血方法。 展开更多
关键词 二硫苏糖醇 达雷妥尤单抗 多发性骨髓瘤 CD38 Kell血型系统
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流式细胞术检测NK细胞的细胞毒作用的两种方法比较 被引量:5
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作者 蔡思齐 邓志辉 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期325-330,共6页
目的:比较并优化流式细胞术检测人NK细胞体外细胞毒功能的方法。方法:采用Calcein-AM释放法或CFSE/7-AAD法分别对靶细胞进行标记,按10∶1和20∶1效靶比与7例NK细胞在37℃5%CO2培养箱共培养4 h,流式细胞术测定两种不同标记方法的靶细胞... 目的:比较并优化流式细胞术检测人NK细胞体外细胞毒功能的方法。方法:采用Calcein-AM释放法或CFSE/7-AAD法分别对靶细胞进行标记,按10∶1和20∶1效靶比与7例NK细胞在37℃5%CO2培养箱共培养4 h,流式细胞术测定两种不同标记方法的靶细胞死亡率。结果:各实验组中CFSE/7-AAD法检出的靶细胞死亡率均高于Calcein-AM释放法,在低效靶比、弱细胞毒作用条件下,差异具有统计学意义。细胞毒作用较弱时,Calcein-AM释放法平均荧强度变化不显著、结果误差较大;而CFSE/7-AAD法则能更加敏感地检出靶细胞的死亡率。结论:CFSE/7-AAD法能够特异、灵敏地检出NK细胞的细胞毒活性,所获得的结果更为可靠。 展开更多
关键词 流式细胞术 细胞毒作用 NK细胞 钙黄绿素乙酰甲酯 羧基荧光素二醋酸盐琥珀酰亚胺酯 7-氨基-放线菌素D
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寨卡病毒包膜蛋白重组人腺病毒5型载体的构建与免疫原性测定
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作者 马晓瑞 罗升学 +5 位作者 王一琳 张攀丽 刘博超 赵卫 李婷婷 黎诚耀 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期474-480,共7页
目的以腺病毒5型载体(Ad5)构建含寨卡病毒(ZIKV)包膜蛋白(prM-E)的复制缺陷型5型重组腺病毒(rAd5)表达载体,测定prM-E在细胞中的表达及对小鼠的免疫原性。方法从ZIKV毒株Z16006(亚洲型)分离获得prM-E基因片段,以重组腺病毒AdMaxTM系统... 目的以腺病毒5型载体(Ad5)构建含寨卡病毒(ZIKV)包膜蛋白(prM-E)的复制缺陷型5型重组腺病毒(rAd5)表达载体,测定prM-E在细胞中的表达及对小鼠的免疫原性。方法从ZIKV毒株Z16006(亚洲型)分离获得prM-E基因片段,以重组腺病毒AdMaxTM系统包装重组腺病毒rAd5/prM-E。选用C57BL/6小鼠,以rAd5/prM-E107、108和109 PFU三个剂量肌内注射免疫小鼠,在第3周同等剂量加强免疫一次,第5周从小鼠眼球取血并分离脾淋巴细胞。分别以ELISpot和ELISA方法测定小鼠对ZIKV prM-E的体液与细胞免疫反应。结果成功构建复制缺陷型重组腺病毒载体rAd5/prM-E,采用Western blot方法和抗ZIKV E抗体检测rAd5/prM-E感染的293A细胞表达产物,可见与E蛋白相应的56 kDa蛋白带。以ELISpot方法测定小鼠脾淋巴细胞特异性IFN-γ分泌细胞形成斑点数(SFCs),结果分别为(688.54±186.43)、(1 084.90±144.14)和(1 640.20±147.13)SFCs/106脾细胞,与病毒接种剂量呈正比关系;采用ELISA测定免疫小鼠血清中抗E抗体,其滴度(log10值)分别为(3.14±0.39)、(3.50±0.30)和(3.74±0.25),均高于对照组小鼠(0.80±0.17),差异具有统计学意义(P<0.001)。结论 rAd5/prM-E具有感染小鼠并诱导小鼠产生强烈的特异性抗体和细胞免疫反应的能力,表明prM-E具有良好的免疫原性,为ZIKV候选疫苗研制提供了可靠的免疫源。 展开更多
关键词 寨卡病毒 prM-E蛋白 腺病毒载体 免疫原性
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