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头颈部鳞状细胞癌巨噬细胞关键基因的筛选分析
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作者 侯晓睿 李浩坤 +5 位作者 宋贻芳 常若水 薛小磊 张千兵 吴砂 王妮莎 《中国临床解剖学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第2期174-180,共7页
目的 应用生物信息学的方法分析筛选头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)巨噬细胞中的潜在关键基因,为HNSCC的预后提供靶点。方法 基于在线数据库,利用一致流形近似与投影(UMAP)降维,捕获巨噬细胞群;进一步通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维分... 目的 应用生物信息学的方法分析筛选头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)巨噬细胞中的潜在关键基因,为HNSCC的预后提供靶点。方法 基于在线数据库,利用一致流形近似与投影(UMAP)降维,捕获巨噬细胞群;进一步通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维分析肿瘤组织与正常组织细胞群分布的变化并筛选差异基因的表达;运用Monocle包对关键风险基因在不同发育阶段细胞中的表达情况进行分析;利用Kaplan-Meier Plotter在线数据平台分析生存曲线;运用空间转录组技术验证关键基因在组织中的表达映射;多色荧光免疫组化进行临床样本的验证。结果 捕获得到7个巨噬细胞亚群,其中第1亚群仅存在于肿瘤组织中且分泌型磷蛋白1(SPP1)基因高富集。SPP1高表达趋向巨噬细胞M2型极化并处于细胞分化的终末阶段。SPP1+巨噬细胞糖酵解、缺氧、上皮间质化、血管生成等功能活跃,与HNSCC患者的预后呈负相关。结论 SPP1可能成为HNSCC中有价值的预后生物标志物。 展开更多
关键词 头颈部鳞状细胞癌 分泌型磷蛋白1(SPP1) 肿瘤相关巨噬细胞
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siRNA干扰TWSG1基因表达对胃癌MGC-803细胞增殖及凋亡的影响 被引量:1
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作者 曾嘉丽 袁静怡 +1 位作者 帅春 刘玥 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期480-484,共5页
目的:探讨扭转原肠胚形成同系物1基因(twisted gastrulation protein homolog 1,TWSG1)对胃癌MGC-803细胞增殖及凋亡的影响。方法:设计3条TWSG1基因相关的siRNA,将对数生长期MGC-803细胞分为空白对照组、阴性对照组、siRNA1干扰组、siR... 目的:探讨扭转原肠胚形成同系物1基因(twisted gastrulation protein homolog 1,TWSG1)对胃癌MGC-803细胞增殖及凋亡的影响。方法:设计3条TWSG1基因相关的siRNA,将对数生长期MGC-803细胞分为空白对照组、阴性对照组、siRNA1干扰组、siRNA2干扰组和siRNA3干扰组,待细胞汇合率达70%~80%时分别转染空载体、连接siRNA1、siRNA2和siRNA3的载体。采用q PCR和Western blotting检测各组细胞TWSG1 m RNA和TWSG1蛋白的表达水平,筛选干扰效率最高的稳定细胞株。用CCK-8法检测各组细胞的增殖情况,用流式细胞术检测各组细胞的凋亡情况。结果:各转染组细胞中siRNA1干扰效率最高。与空白对照组和阴性对照组相比,siRNA干扰组细胞TWSG1表达下调(P<0.05),其细胞增殖显著增加(P<0.05),凋亡显著减少(P<0.05)。结论:siRNA干扰MGC-803细胞中TWSG1基因的表达后,可促进细胞增殖、抑制细胞凋亡。 展开更多
关键词 TWSG1基因 胃癌 MGC-803细胞 RNA干扰 增殖 凋亡
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