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整合卵巢癌染色体拷贝数变异与差异表达基因的生物信息学分析 被引量:5
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作者 邓祯祥 王文辉 李金明 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期813-817,共5页
目的从分子的遗传变异和表达水平综合探讨卵巢癌的发病机制,为临床诊疗提供新思路。方法从TCGA数据门户上下载大样本的高浆液性卵巢癌DNA拷贝数数据和mRNA表达数据,使用GISTIC对拷贝数变异进行分析,利用SAM软件包samr筛选差异表达基因;... 目的从分子的遗传变异和表达水平综合探讨卵巢癌的发病机制,为临床诊疗提供新思路。方法从TCGA数据门户上下载大样本的高浆液性卵巢癌DNA拷贝数数据和mRNA表达数据,使用GISTIC对拷贝数变异进行分析,利用SAM软件包samr筛选差异表达基因;并利用GSEA等工具进行生物信息学分析。结果 GISTIC发现45个拷贝数扩增区域;SAM和Fisher's exact test发现拷贝数扩增区域中有40个拷贝数变异的基因能引起表达差异;GSEA富集分析发现这些拷贝数变异基因主要富集在多个有关癌症基因集的研究报告中。结论利用生物信息学方法综合分析拷贝数变异数据和基因表达数据,能充分有效地获取信息,为确定卵巢癌的早期诊断和治疗靶点提供新的思路。 展开更多
关键词 卵巢癌 拷贝数变异 基因差异表达 SAM方法 GISTIC方法
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基于生理信号的精神疲劳评估 被引量:15
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作者 夏岚 王见荣 +3 位作者 梁妃学 李伟龙 郭劲松 邓亲恺 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期870-873,共4页
目的通过非介入式的生理参数的监测,评估精神疲劳。方法根据实验对象的反应时间在反应时测试实验过程中伴随疲劳而发生的变化,记录14例实验对象疲劳过程前后的皮肤电活动、心率、心率变异性3组生理参数,并进行统计分析。结果人体清醒和... 目的通过非介入式的生理参数的监测,评估精神疲劳。方法根据实验对象的反应时间在反应时测试实验过程中伴随疲劳而发生的变化,记录14例实验对象疲劳过程前后的皮肤电活动、心率、心率变异性3组生理参数,并进行统计分析。结果人体清醒和精神疲劳状态下的平均皮肤电导水平、平均心率、总功率密度、极低频功率密度占总功率密度百分比、高频功率密度占总功率密度百分比均有显著性差异。结论通过监测皮肤电活动、心率和心率变异性等生理参数对人体精神疲劳进行评估的方法具有无创、有效和实用的特点,有较好的运用前景。 展开更多
关键词 精神疲劳 反应时间 皮肤电活动 心率 心率变异性
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基于胸阻抗的人体肺功能参数测量方法 被引量:3
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作者 杨建明 钟胜河 +3 位作者 梁妃学 郭劲松 李伟龙 李金明 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期1352-1356,共5页
目的研制一种基于人体胸阻抗变化的测量,获取人体肺功能参数的新方法。方法基于生物阻抗法研究用力呼吸过程中胸阻抗的变化与肺功能参数值的关系,研制了胸阻抗测量仪实验样机,分别采用所研制的实验样机和基于传统流量计进行肺功能测量的... 目的研制一种基于人体胸阻抗变化的测量,获取人体肺功能参数的新方法。方法基于生物阻抗法研究用力呼吸过程中胸阻抗的变化与肺功能参数值的关系,研制了胸阻抗测量仪实验样机,分别采用所研制的实验样机和基于传统流量计进行肺功能测量的MIR公司的spirolabⅢ肺功能仪,对10例健康人进行对比实验,所测肺功能参数包括:用力肺活量、一秒率和峰值流量。结果所测数据均落于其均值的正负两倍标准差范围之内因为两种方法具有较好的一致性。结论基于生物阻抗法研制的实验样机所测肺功能参数与市售肺功能仪(基于流量计测量方法)的测量结果有较好的一致性。 展开更多
关键词 胸阻抗 阻抗变化 用力肺活量 一秒率 峰值流量
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非负矩阵分解在微阵列数据分类和聚类发现中的应用 被引量:5
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作者 任重鲁 李金明 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2014年第7期1389-1397,共9页
基因芯片是微阵列技术的典型代表,它具有高通量的特性和同时检测全部基因组基因表达水平的能力。应用微阵列芯片的一个主要目的是基因表达模式的发现,即在基因组水平发现功能相似,生物学过程相关的基因簇;或者将样本分类,发现样本的各... 基因芯片是微阵列技术的典型代表,它具有高通量的特性和同时检测全部基因组基因表达水平的能力。应用微阵列芯片的一个主要目的是基因表达模式的发现,即在基因组水平发现功能相似,生物学过程相关的基因簇;或者将样本分类,发现样本的各种亚型。例如根据基因表达水平对癌症样本进行分类,发现疾病的分子亚型。非负矩阵分解NMF方法是一种非监督的、非正交的、基于局部表示的矩阵分解方法。近年来这种方法被越来越多地应用在微阵列数据的分类分析和聚类发现中。系统地介绍了非负矩阵分解的原理、算法和应用,分解结果的生物学解释,分类结果的质量评估和基于NMF算法的分类软件。总结并评估了NMF方法在微阵列数据分类和聚类发现应用中的表现。 展开更多
关键词 非负矩阵分解 微阵列数据 分类分析 聚类发现
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组蛋白赖氨酸去甲基化酶家族在膀胱癌中的表达模式及其潜在作用:基于多组学分析 被引量:2
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作者 付小聪 余光创 郭艳芳 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期1822-1831,共10页
目的探讨19个组蛋白赖氨酸去甲基化酶(KDMs)在膀胱癌多组学中的表达模式与潜在作用。方法本研究使用UALCAN和GSCALite分析来自TCGA的膀胱癌样本的KDMs的转录表达和甲基化水平、体细胞变异多组学高通量测序数据。使用Kaplan Meier-Plotte... 目的探讨19个组蛋白赖氨酸去甲基化酶(KDMs)在膀胱癌多组学中的表达模式与潜在作用。方法本研究使用UALCAN和GSCALite分析来自TCGA的膀胱癌样本的KDMs的转录表达和甲基化水平、体细胞变异多组学高通量测序数据。使用Kaplan Meier-Plotter和Assistant for clinical bioinformatics探讨KDMs的表达对BLCA样本的预后影响。利用Timer和GSCALite分析KDMs在膀胱癌中的免疫浸润和药物敏感性。结果分析结果首先揭示了KDMs在膀胱癌多组学中的表达特征,并不是所有KDMs都具有一致的表达模式。转录组数据分析显示KDM1A/1B/2B/4A/4B/5B/5C的表达上调(P<0.05),而KDM3B/6B/7C的表达下调。甲基化水平差异分析显示KDM1A/3B/4A/4B/4C/5A/5B/5C/7B的甲基化水平下调,而KDM7C甲基化水平上调(P<0.05)。相关性分析显示,14个KDMs家族成员的转录水平与甲基化水平呈负相关,其中KDM1A最显著。突变分析显示,KDM6A非同义突变频率最高,突变种类最多,且与其它KDMs的非同义突变具有互补性。生存分析显示,KDM3A/4C/5D/6A/7B对BLCA患者总生存率具有保护性作用,而KDM3B/5B/5C对BLCA患者无复发生存率具有危险性影响。综合预后模型证实KDM4C/6A/7B具有膀胱癌预后生物标志物的潜在作用,其表达与BLCA患者免疫浸润呈正相关。药物敏感性分析显示,KDM2B/3B/4B/4C/5A与大多数抗癌药物呈负相关,而KDM2B/4B与6种抗癌药物呈正相关(P<0.05)。结论本研究系统性地揭示了KDMs基因家族在膀胱癌中的高突变互补性、过表达与低甲基化负相关性的特征,并与膀胱癌预后、免疫浸润和药物敏感性密切相关。 展开更多
关键词 膀胱癌 组蛋白赖氨酸去甲基化酶 多组学
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成年人双侧膝关节形态学相似程度分析
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作者 谢雨杉 林泽宇 +1 位作者 谢普生 黄文华 《中国临床解剖学杂志》 CSCD 北大核心 2020年第3期314-320,326,共8页
目的通过比较双侧膝关节的形态学参数,评估利用镜像法逆向重建膝关节假体的有效性。方法以健侧为模板提取参数,基于逆向工程思路重建膝关节假体。实验共收集双侧CT分析区域数据正常的胫骨18例、股骨69例,进行三维重建,利用Geomagic Cont... 目的通过比较双侧膝关节的形态学参数,评估利用镜像法逆向重建膝关节假体的有效性。方法以健侧为模板提取参数,基于逆向工程思路重建膝关节假体。实验共收集双侧CT分析区域数据正常的胫骨18例、股骨69例,进行三维重建,利用Geomagic Control 2015进行配准,分别计算双侧膝关节的胫骨、股骨的偏差体积和面积及软件处理偏差,分析双侧膝关节的形态学差异,验证镜像法结合逆向工程技术设计个性化假体的可行性。结果偏差分析结果显示,超过85%区域差异小于1 mm,双侧膝关节存在高度的相似性。用Geomagic进行曲面优化前后股骨表面积无显著差异(P=0.197),胫骨表面积也无统计学差异(P=0.798)。股骨相似程度为(0.3427±0.9956)mm,胫骨的相似程度为(0.4165±1.0714)mm。结论双侧股骨远端及胫骨近端的关节面区域存在较高的相似性,可以利用健侧的股骨关节面原位逆向建模数据拟合的方法设计个性化假体。 展开更多
关键词 膝关节假体 个性化 相似性 偏差分析 逆向工程
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