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慢性疲劳综合症差异表达基因筛选的运动实验研究 被引量:3
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作者 柯杰兵 马文丽 +2 位作者 彭翼飞 姜立 郑文岭 《西安体育学院学报》 北大核心 2006年第3期72-77,共6页
为了寻找慢性疲劳综合症的标志物,并研究慢性疲劳综合症与身体锻炼之间的关系,对患有慢性疲劳综合症女性的运动前后外周血单核细胞基因表达谱进行了研究。两组女性自愿参加本次实验(即患有慢性疲劳综合症的女性组,称为实验组;身体健康... 为了寻找慢性疲劳综合症的标志物,并研究慢性疲劳综合症与身体锻炼之间的关系,对患有慢性疲劳综合症女性的运动前后外周血单核细胞基因表达谱进行了研究。两组女性自愿参加本次实验(即患有慢性疲劳综合症的女性组,称为实验组;身体健康而很少参与体育锻炼的白领组,称为对照组),两组在功率自行车上进行运动,强度控制在其最大负荷的70%左右。在负荷前后抽取血液,分离单核细胞并提取总RNA,逆转录成cDNA,进行信号标记后与带有3 800个寡核苷酸片断的芯片进行杂交。结果是:在负荷前后组内、组间的基因表达都有差异;又用基因功能分类方法对差异进行了评估,实验组与对照组间的运动敏感基因表达的差异主要体现在与染色质合成、核小体、囊泡、细胞骨架以及膜蛋白受体功能有关的基因上;与离子转运和离子通道活性相关基因表达方面,两组间的基准值在运动前就有明显差异,而在运动过后其差异变得更大。 展开更多
关键词 慢性疲劳综合症 差异表达基因 基因芯片 运动实验 基因功能分类对比
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人参皂甙对K562细胞作用的基因表达谱研究 被引量:4
2
作者 周烨 马文丽 +3 位作者 曲戎梅 向征 李长征 郑文岭 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期512-514,共3页
目的运用基因芯片技术研究人参总皂甙(TSPG)作用后K562细胞基因表达谱的变化。方法200 μg/mlTSPG作用于K562细胞3d后,提取总RNA,合成cRNA并分别用cy3和cy5标记,与Agilent Human 1B寡核苷酸基因芯片杂交,研究基因表达谱的变化。结果TSP... 目的运用基因芯片技术研究人参总皂甙(TSPG)作用后K562细胞基因表达谱的变化。方法200 μg/mlTSPG作用于K562细胞3d后,提取总RNA,合成cRNA并分别用cy3和cy5标记,与Agilent Human 1B寡核苷酸基因芯片杂交,研究基因表达谱的变化。结果TSPG刺激K562细胞后共有362个基因表达发生变化,与对照组K562细胞比较,表达上调的基因有20个,主要有代谢相关基因,信号转导相关基因,细胞受体相关基因等;表达下调的有342个,包括免疫防御相关基因,DNA结合与转录因子,代谢相关基因,细胞周期相关基因等。RT-PCR技术验证了FOSL1、E2F2、CCNE2和ODZ1四个基因表达的变化。结论TSPG刺激K562细胞后,影响了细胞内一系列基因的表达。这些基因可能与TSPG的抗肿瘤机制有关。 展开更多
关键词 人参总皂甙 K562细胞 基因表达谱 基因芯片
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浸润性膀胱癌差异基因的互作网络分析及验证研究 被引量:3
3
作者 石嵘 赵镇 +5 位作者 高洋 吴清华 宋艳斌 姜立 郑文岭 马文丽 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期1771-1774,共4页
目的采用蛋白互作网络分析研究表达谱基因芯片数据,构建浸润性膀胱癌基因互作网络图并对筛选出的网络中心节点进行实验验证。方法将表达谱芯片筛选到的浸润性膀胱癌152个共同差异表达基因,导入STRING在线数据库进行分析,绘制差异基因互... 目的采用蛋白互作网络分析研究表达谱基因芯片数据,构建浸润性膀胱癌基因互作网络图并对筛选出的网络中心节点进行实验验证。方法将表达谱芯片筛选到的浸润性膀胱癌152个共同差异表达基因,导入STRING在线数据库进行分析,绘制差异基因互作网络图,并将互作网络数据导出到Cytoscape2.6.2软件中,筛选出网络中心节点。采用KEGG数据库等进行信号通路分类及基因功能研究,进而采用实时定量RT-PCR对其基因表达进行验证,筛选出基因表达在膀胱癌组与正常膀胱粘膜组差异最大的基因,并对浸润性膀胱癌发生的分子机制进行初步探讨。结果共有103个膀胱癌共同差异表达基因编码的蛋白经STRING筛选存在相互作用,并构成一个复杂的互作网络图;Cytoscape共筛选出26个网络中心节点,广泛参与肿瘤发生的多条信号通路;实时定量RT-PCR结果表明UBE2C、VEGF、TGFBR2、CAV1四个基因表达量在膀胱癌组与正常膀胱粘膜组的差异最大,分别为9.45、4.17、0.13、0.18倍(以GAPHD作为内参,计算2-△△Ct),与芯片检测结果的趋势一致。结论本研究构建出的浸润性膀胱癌差异基因互作网络图,尤其是其中的网络中心节点基因,对于浸润性膀胱癌发生分子机制的研究、早期诊断及分子靶向治疗研究具有较好的提示作用。 展开更多
关键词 膀胱癌 互作网络 中心节点 实时定量逆转录PCR
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肝选择性未知基因loc91614的功能预测及表达研究 被引量:3
4
作者 廖之君 马文丽 +3 位作者 梁爽 林德馨 王晓江 郑文岭 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2013年第15期2447-2450,共4页
目的:预测肝脏组织选择性未知基因loc91614的功能,实验验证其基因表达。方法:构建含未知基因的肝组织选择性细胞通讯(LSCC)基因网络,再进行聚类、文献挖掘、基因本体、KEGG通路、Transfac转录因子结合位点等分析,用以预测loc91614的功... 目的:预测肝脏组织选择性未知基因loc91614的功能,实验验证其基因表达。方法:构建含未知基因的肝组织选择性细胞通讯(LSCC)基因网络,再进行聚类、文献挖掘、基因本体、KEGG通路、Transfac转录因子结合位点等分析,用以预测loc91614的功能特征,最后,从mRNA和蛋白质水平验证其基因表达。结果:获得21个节点的LSCC基因网络,聚类显示loc91614与apob密切关联;文献挖掘显示基因与肝组织、胞质、脂等关键词显著相关;GO功能富集分析揭示loc91614具有细胞通讯、信号转导、细胞内信号级联的功能,有7个TFBS可对含loc91614的靶基因集进行调控,loc91614基因在肝细胞表达明显高于肝癌细胞。结论:loc91614可能分布于肝细胞的胞质中,很可能在肝组织中发挥细胞通讯等功能,也可能参与肝脏的糖、脂代谢过程,在肝细胞选择性高表达。 展开更多
关键词 基因表达 组织选择性 loc91614基因 细胞通讯 相互作用网络
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应用扩增的Treg预防异基因骨髓移植后移植物抗宿主病的实验研究 被引量:2
5
作者 曹东林 陈伟 王玲 《实用医学杂志》 CAS 2008年第20期3474-3476,共3页
目的:探讨扩增后的小鼠CD4+CD25+T细胞(Treg)输注对异基因骨髓移植(allo-BMT)后移植物抗宿主病(GVHD)的影响。方法:利用免疫磁珠法分选小鼠Treg细胞;以羊抗鼠CD3ε单抗、羊抗鼠CD28单抗、鼠重组IL-2及辐射过的BALB/c小鼠脾细胞为共刺激... 目的:探讨扩增后的小鼠CD4+CD25+T细胞(Treg)输注对异基因骨髓移植(allo-BMT)后移植物抗宿主病(GVHD)的影响。方法:利用免疫磁珠法分选小鼠Treg细胞;以羊抗鼠CD3ε单抗、羊抗鼠CD28单抗、鼠重组IL-2及辐射过的BALB/c小鼠脾细胞为共刺激因子,扩增Treg细胞;建立C57BL/6→BALB/c小鼠allo-BMT模型,移植受鼠随机分为3组,移植后6~8h后分别予尾静脉输注扩增的Treg细胞、CD4+CD25-T细胞和RPMI1640培养液。以移植后GVHD表现,肝、脾、小肠组织病理形态、生存期为观察指标并进行组间比较。结果:经免疫磁珠法分选可获得高纯度(91.80±2.15)%及具较强活力(97.58±1.23)%的Treg细胞;移植后(4周左右)的扩增后Treg细胞移植组小鼠肝、脾、小肠GVHD病理损害较同期CD4+CD25-T细胞移植组与空白对照组小鼠有一定程度的减轻。3组小鼠移植后平均存活时间分别为(61.45±27.88)d、(18.58±12.39)d和(26.37±15.65)d,扩增后Treg细胞移植组小鼠平均存活时间较CD4+CD25-T细胞、空白对照组小鼠延长(P<0.05)。结论:allo-BMT后输注扩增的Treg细胞可以减轻移植后GVHD程度,延长小鼠生存时间。 展开更多
关键词 移植物抗宿主病 T淋巴细胞 骨髓移植
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两种基因芯片杂交法荧光信号的比较研究
6
作者 丁大鹏 马文丽 +3 位作者 周珏宇 石嵘 吴清华 郑文岭 《实用医学杂志》 CAS 2006年第4期370-372,共3页
目的:探讨样品在流动态和静置态两种杂交环境下分别与基因芯片进行杂交,比较两种方法对杂交信号的影响。方法:人红白血病K562细胞mRNA经限制性荧光标记后在循环流动的杂交环境和传统静置的杂交环境中分别与K562表达谱芯片杂交,在同等条... 目的:探讨样品在流动态和静置态两种杂交环境下分别与基因芯片进行杂交,比较两种方法对杂交信号的影响。方法:人红白血病K562细胞mRNA经限制性荧光标记后在循环流动的杂交环境和传统静置的杂交环境中分别与K562表达谱芯片杂交,在同等条件下进行杂交后的清洗和芯片扫描检测。结果:流动态的样品相对于静置态的样品与芯片杂交产生的杂交信号荧光背景低,灵敏度和信噪比高,并且杂交点的同一性好。结论:样品在流动态与芯片杂交得到的杂交效果要好过传统的杂交方法,从而为基因芯片的实际应用提供了新的研究方法和思路。 展开更多
关键词 寡核苷酸 序列分析 原住杂交 荧光
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膀胱癌表达谱的全基因组芯片检测及易感标志基因的筛选研究 被引量:2
7
作者 赵镇 毛向明 +5 位作者 陈清 聂军 李建栋 朱文昌 石嵘 俞守义 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期1026-1029,共4页
目的采用70mer全基因组寡核苷酸基因芯片研究膀胱癌基因表达谱,获得差异基因并筛选出膀胱癌特异的肿瘤易感标志基因。方法取正常膀胱移行上皮、肌层浸润性(T2以上)膀胱癌组织各10例,抽提mRNA逆转录成cDNA后,再反转录成cRNA并标记后,与70... 目的采用70mer全基因组寡核苷酸基因芯片研究膀胱癌基因表达谱,获得差异基因并筛选出膀胱癌特异的肿瘤易感标志基因。方法取正常膀胱移行上皮、肌层浸润性(T2以上)膀胱癌组织各10例,抽提mRNA逆转录成cDNA后,再反转录成cRNA并标记后,与70mer oligo全基因组基因芯片杂交,洗脱,扫描及数据分析,采用Cluster及Treeview等统计分析软件比较正常膀胱移行上皮与膀胱癌组织基因表达谱差异,获得差异基因及其表达差异水平。进一步采用Panther数据库检索差异基因在各信号通路中的存在情况,初步阐述浸润性膀胱癌发生的可能的分子机制,筛选出膀胱癌特异的肿瘤标志基因。结果在19568个探针的全基因组芯片上,发现膀胱癌基因表达谱共同差异表达基因152个,其中表达上调的基因70个(膀胱癌中上调10倍以上的29个),与肿瘤发生明确相关的基因23个;下调基因81个(膀胱癌中下调10倍以上的16个),与肿瘤发生明确相关的基因17个;通过Panther数据库检索,发现上调基因涉及32条信号通路,下调基因涉及38条信号通路,其中部分信号通路已被证实与肿瘤发生密切相关。结论采用70mer oligo全基因组基因芯片分析膀胱癌基因表达谱,获得的差异表达基因及膀胱癌标志基因,对膀胱癌发生机理阐明、早期诊断以及人群基因易感性预测的前瞻性研究具有重要意义。 展开更多
关键词 膀胱癌 基因表达谱 基因芯片
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转基因大豆、玉米、油菜和水稻品系特异性检测质粒标准分子的快速构建及应用 被引量:11
8
作者 吴永彬 肖维威 +5 位作者 张宝 蔡翠霞 康文杰 周琳华 刘唐书 马文丽 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期775-782,共8页
本文采用重叠延伸PCR技术快速构建了转基因大豆GTS40-3-2、玉米NK603、油菜RT73和水稻TT51-1的4种品系作物的质粒标准分子.经快速PCR鉴定及测序分析验证后,将构建的阳性质粒标准分子应用于实时荧光定量PCR标准曲线的构建,并建立其相应... 本文采用重叠延伸PCR技术快速构建了转基因大豆GTS40-3-2、玉米NK603、油菜RT73和水稻TT51-1的4种品系作物的质粒标准分子.经快速PCR鉴定及测序分析验证后,将构建的阳性质粒标准分子应用于实时荧光定量PCR标准曲线的构建,并建立其相应的荧光定量PCR检测体系,同时对该体系的扩增效率、精确度、灵敏度等指标进行了评估.结果显示,建立的实时荧光定量PCR检测体系中,目标序列的扩增效率均在97.434%~101.479%正常范围内(R2≥0.995),定量极限为20 copies,表明我们已成功构建了这4种转基因作物的品系质粒标准分子,并能有效应用于实时荧光定量PCR标准曲线的构建. 展开更多
关键词 转基因 重叠延伸PCR 质粒标准分子 品系特异性检测 实时荧光定量PCR
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太极拳运动对老年人骨骼肌全基因组表达的影响 被引量:11
9
作者 柯杰兵 马文丽 +3 位作者 钟梅 姜立 林建棣 郑文岭 《中国康复医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期306-309,322,共5页
目的:研究太极拳运动对骨骼肌全基因组表达的影响及太极拳促进健康的分子机制。方法:6名健康的老年人(65.5±8.9岁)参加了为期12周的太极拳训练。在训练前后分别对实验对象进行肌活验,提取总RNA,经处理后与Affymetrix U133A基因芯... 目的:研究太极拳运动对骨骼肌全基因组表达的影响及太极拳促进健康的分子机制。方法:6名健康的老年人(65.5±8.9岁)参加了为期12周的太极拳训练。在训练前后分别对实验对象进行肌活验,提取总RNA,经处理后与Affymetrix U133A基因芯片进行杂交,分析数据。结果:太极拳运动使老年人骨骼肌全基因组表达发生明显改变,筛选出725条表达有差异的基因。本文对表达差异最显著的20条差异表达基因进行研究(3条基因表达上调,17条基因表达下调)。根据基因功能分类对比,差异表达基因分别归属8种细胞组分和生物过程,经KEGG搜索找到4条基因的代谢途径。结论:太极拳运动有助保持神经系统的灵敏性,提高反应能力,有助于抗衰老和减肥等,而不利于骨骼肌蛋白质的合成。 展开更多
关键词 BRB阵列工具 KEGG搜索 基因表达 数据挖掘 太极拳
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有氧运动对老年慢性阻塞性肺病患者骨骼肌全基因组表达的影响 被引量:8
10
作者 柯杰兵 南宁 +7 位作者 杨文彬 孙毅 熊耘云 李大富 傅忠义 王丽娜 王王 姜立 《中国康复医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期690-694,I0001,共6页
目的:研究有氧运动对慢性阻塞性肺病患者骨骼肌全基因组表达的影响及其促进健康的分子机制。方法:6例COPD患者参加了有计划的太极拳训练,在训练前和训练12周后,分别对实验对象的骨骼肌进行针吸活组织采样,经处理后采用基因芯片进行全基... 目的:研究有氧运动对慢性阻塞性肺病患者骨骼肌全基因组表达的影响及其促进健康的分子机制。方法:6例COPD患者参加了有计划的太极拳训练,在训练前和训练12周后,分别对实验对象的骨骼肌进行针吸活组织采样,经处理后采用基因芯片进行全基因组表达检测。结果:本研究将全基因组表达芯片技术、BRB基因分析软件及DAVID在线搜索的生物信息学手段相结合,对基因芯片生物信息进行初步探索。筛选出差异表达基因55条(其中10条表达下调,45条表达上调)。进行生物信息学分析后,发现有氧运动使核糖体蛋白基因(包括PRL28、PRS19、SNRPF、RPS21、SNRPE)表达下调,内毒素抑制蛋白(CRI1)基因表达上调,与COPD患者炎症细胞的抑制有关。结论:PIK3R1基因表达上调可能是导致TNF-α基因表达下调的分子机制。在众多调节机制和代谢途径中,各条基因的表达变化都与PIK3R1基因表达上调有关。 展开更多
关键词 基因芯片 慢性阻塞性肺病 基因表达 有氧运动 太极拳
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植物油DNA的高效提取方法研究 被引量:10
11
作者 蔡翠霞 肖维威 +4 位作者 吴慧慧 周琳华 吴永彬 耿启斌 马文丽 《中国油脂》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期69-72,共4页
针对植物油中DNA含量极低、DNA序列片段短、破坏严重的特点,以食用植物油为原料,旨在建立一种从植物油中稳定、高效提取DNA的方法。实验采用硅膜吸附柱法提取植物油基因组DNA,PCR扩增其相应内源基因进行质量鉴定,再针对通用的外源基因Ca... 针对植物油中DNA含量极低、DNA序列片段短、破坏严重的特点,以食用植物油为原料,旨在建立一种从植物油中稳定、高效提取DNA的方法。实验采用硅膜吸附柱法提取植物油基因组DNA,PCR扩增其相应内源基因进行质量鉴定,再针对通用的外源基因CaMV35S启动子进行PCR、LAMP和实时荧光PCR检测对该方法进行评价。结果表明:该方法提取的DNA质量可靠,采用PCR、LAMP和实时荧光PCR技术成功地检测出了植物油中的CaMV35S启动子。因此,硅膜吸附柱法提取的植物油DNA可以作为PCR、LAMP、实时荧光PCR扩增模板用于转基因成分的检测,该方法经济、稳定、安全,为植物油的基因检测奠定了基础。 展开更多
关键词 植物油 DNA提取 转基因检测
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改良Chelex-100法快速提取转基因农产品DNA 被引量:6
12
作者 蔡翠霞 肖维威 +4 位作者 康文杰 周琳华 吴永彬 郑远金 马文丽 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期210-214,共5页
旨在建立一种从转基因农产品中快速提取DNA的方法。分别采用改良Chelex-100法和常规CTAB法提取转基因大豆GTS40-3-2基因组DNA,测其浓度和纯度,PCR扩增其内源基因(Lectin)、启动子(CaMV35S)和品系特异性序列,对两种方法进行比较和评价,... 旨在建立一种从转基因农产品中快速提取DNA的方法。分别采用改良Chelex-100法和常规CTAB法提取转基因大豆GTS40-3-2基因组DNA,测其浓度和纯度,PCR扩增其内源基因(Lectin)、启动子(CaMV35S)和品系特异性序列,对两种方法进行比较和评价,并研究两种方法提取的DNA在-20℃下保存一个月内的检测效果,以及改良Chelex-100法在玉米、小麦和水稻等其他转基因农产品的应用效果。结果表明,改良Chelex-100法能够快速在1.5 h之内从样品中提取DNA,所提取的DNA直接用于PCR扩增反应,产物电泳条带清晰明亮。两种方法提取的DNA在-20℃下保存一个月内的检测效果未见明显差别。该方法在玉米、小麦和水稻等转基因农产品的应用效果稳定。因此,改良Chelex-100法提取的DNA可以作为PCR扩增模板用于转基因农产品检测。该方法具有经济、简便、快速、安全的特点,适合转基因农产品大规模筛选和鉴别。 展开更多
关键词 Chelex-100法 CTAB法 DNA提取 PCR
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肝组织选择性细胞通讯类基因转录调控网络的构建 被引量:5
13
作者 廖之君 马文丽 +3 位作者 梁爽 孟伟 商涛 郑文岭 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1582-1585,共4页
目的探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制。方法按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究。收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些... 目的探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制。方法按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究。收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些基因的转录因子(TFs)以及转录因子结合位点(TFBS),并进行文献挖掘,最后构建基因转录调控网络。结果获得含23个基因的肝组织选择性细胞通讯类探针集,两种软件预测分别得到50和72个TFs,两者交集有18个相同TFs,得分最高前10条TFBS序列基本上与预测的TFs相对应,文献挖掘结果提示LSCC基因和TFs除具有肝组织的选择性、转录因子的一般性词汇外,还与白蛋白、糖尿病、葡萄糖、脂类、代谢、JNK等显著相关。调控网络显示LSCC基因和TFs具有参与糖、脂代谢调节,结合、转运功能,凝血信号转导,炎症应答等功能,未进入网络的PPP2R1B基因与网络中DUSP10基因部分功能相似。结论LSCC基因和预测的TFs参与肝脏多种重要功能的调控,这些功能整合在复杂的转录调控网络中,转录因子JUN可能是发挥调控作用的重要靶点,推测PPP2R1B也可能参与JUN的调控。 展开更多
关键词 组织选择性 转录因子 转录因子结合位点 转录调控网络
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采用哺乳动物细胞表面展示技术构建全长人源抗肾癌抗体基因库 被引量:9
14
作者 陈振瑞 李长征 +5 位作者 贺微 周烨 张哲欢 刘叔文 谭万龙 周辰 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期1059-1062,1065,共5页
目的采用哺乳动物细胞表面展示技术构建全长人源抗肾癌抗体基因库。方法分离肾癌患者的外周血淋巴细胞(PBMC),提取PBMC的总RNA,采用RT-PCR的方法扩增抗体全长Kappa型轻链(LCκ)和重链可变区(VH)基因,分别插入载体pDGB-HC-TM,电击转化感... 目的采用哺乳动物细胞表面展示技术构建全长人源抗肾癌抗体基因库。方法分离肾癌患者的外周血淋巴细胞(PBMC),提取PBMC的总RNA,采用RT-PCR的方法扩增抗体全长Kappa型轻链(LCκ)和重链可变区(VH)基因,分别插入载体pDGB-HC-TM,电击转化感受态大肠杆菌TOPO10,构建轻、重链抗体基因库,然后将轻、重链抗体基因库联合转染293T细胞,流式细胞仪分析全长人源抗体在293T细胞表面的表达。结果成功构建IgG1-Kappa型抗肾癌抗体基因库,随机挑选的克隆经DNA序列分析显示轻、重链库的序列正确性达90%(9/10)和80%(8/10),流式细胞仪分析显示来自轻、重链库的上述克隆各有7个可检测到相应基因在293T细胞表面的表达,可表达抗体库库容量高达7.5×1010。结论 IgG1-Kappa型抗肾癌抗体基因库转染293T细胞后能够在细胞表面表达全长人源抗体,抗体的多样性为下一步筛选特异性抗体奠定良好的基础。 展开更多
关键词 哺乳动物细胞表面展示 肾癌 抗体基因库 全长人源抗体 流式细胞仪
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苏云金芽孢杆菌Cry1A(b)抗虫基因LAMP检测方法的建立与应用 被引量:7
15
作者 周琳华 肖维威 +4 位作者 吴永彬 蔡翠霞 康文杰 刘唐书 马文丽 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期165-169,共5页
以转基因玉米MON810为模板,针对Cry1A(b)抗虫基因核酸保守序列设计特异性引物,建立LAMP检测体系。对该体系的可行性、灵敏性、特异性进行分析,并应用于转基因产品的检测。研究结果显示该方法快速简单、灵敏度特异性高、结果可视化,可应... 以转基因玉米MON810为模板,针对Cry1A(b)抗虫基因核酸保守序列设计特异性引物,建立LAMP检测体系。对该体系的可行性、灵敏性、特异性进行分析,并应用于转基因产品的检测。研究结果显示该方法快速简单、灵敏度特异性高、结果可视化,可应用于转基因产品中Cry1A(b)基因的初步筛选。 展开更多
关键词 苏云金芽孢杆菌 环介导等温扩增技术 检测
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乳腺癌转移相关基因的筛选与生物信息学分析 被引量:5
16
作者 余海浪 夏晓燕 +3 位作者 丁大鹏 周珏宇 郑文岭 马文丽 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1069-1074,共6页
乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤,转移与复发是乳腺癌患者死亡的主要原因.研究与乳腺癌细胞转移相关的分子靶点对预防乳腺癌术后复发、提高疗效有重要意义.本研究以3组乳腺癌转移相关的基因表达谱数据(GSE2034,GSE2603,GSE12276)为分析材... 乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤,转移与复发是乳腺癌患者死亡的主要原因.研究与乳腺癌细胞转移相关的分子靶点对预防乳腺癌术后复发、提高疗效有重要意义.本研究以3组乳腺癌转移相关的基因表达谱数据(GSE2034,GSE2603,GSE12276)为分析材料,采用GeneSpring软件筛选乳腺癌原发瘤与转移瘤芯片数据的差异表达基因,结合生物信息学工具PATHER、STRING、pSTIING和文献挖掘工具iHOP对差异基因及其相互作用关系进行分析.结果显示,共筛选出乳腺癌转移共同差异基因147个,其中表达上调93个,表达下调54个.这些差异基因主要涉及细胞周期与增殖、细胞粘附、细胞迁移、血管形成及信号转导等生物通路和生物过程.差异基因编码蛋白间的相互作用主要集中在14个蛋白,且在更为复杂的网络图谱中仍可见其中9个基因(CXCR4、MMP1、MMP2、MMP3、CTGF、COL1A1、MEF2C、PTGS2及SPARC)在重要的节点位置.文献挖掘发现,COL1A1基因可能为新发现的乳腺癌转移候选基因,为乳腺癌转移的发病机制提供新的思路,也为转移性乳腺癌的分子诊断和个体化治疗奠定基础. 展开更多
关键词 乳腺癌 转移 基因 生物信息学
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抗酶1基因转染对HeLa细胞增殖及细胞周期的抑制作用 被引量:5
17
作者 姜立 马文丽 +3 位作者 李晋 彭翼飞 徐兵 郑文岭 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1006-1011,共6页
研究抗酶(antizyme)1对人宫颈癌HeLa细胞增殖与细胞周期的影响,并分析抗酶1对细胞周期蛋白D1(cyclin D1)的表达影响.采用定点突变技术,将抗酶1的frameshift位点缺失,随后将突变基因重组至真核表达载体pEGFP-N1中,鉴定后转染HeLa细胞.通... 研究抗酶(antizyme)1对人宫颈癌HeLa细胞增殖与细胞周期的影响,并分析抗酶1对细胞周期蛋白D1(cyclin D1)的表达影响.采用定点突变技术,将抗酶1的frameshift位点缺失,随后将突变基因重组至真核表达载体pEGFP-N1中,鉴定后转染HeLa细胞.通过MTT法检测细胞增殖变化,流式细胞术分析抗酶1对细胞周期的影响.RT-PCR和Western印迹检测抗酶1转染对细胞周期蛋白D1基因表达的影响.酶切结果显示,抗酶1突变基因成功克隆至pEGFP-N1中.成功转染HeLa细胞后,检测结果显示,抗酶1能够减慢HeLa细胞增殖速度,并使细胞停滞于G0/G1期,细胞周期蛋白D1基因的表达同时受到抑制.实验说明,抗酶1基因能够抑制HeLa细胞增殖,通过降低细胞周期蛋白D1的表达阻滞细胞周期. 展开更多
关键词 抗酶 细胞增殖 细胞周期 细胞周期素D1
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GEO(Gene Expression Omnibus):高通量基因表达数据库 被引量:9
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作者 刘华 马文丽 郑文岭 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期236-244,共9页
GEO(Gene Expression Omnibus)数据库包括高通量实验数据的广泛分类,有单通道和双通道以微阵列为基础的对mRNA丰度的测定;基因组DNA和蛋白质分子的实验数据;其中包括来自以非阵列为基础的高通量功能基因组学和蛋白质组学技术的数据也被... GEO(Gene Expression Omnibus)数据库包括高通量实验数据的广泛分类,有单通道和双通道以微阵列为基础的对mRNA丰度的测定;基因组DNA和蛋白质分子的实验数据;其中包括来自以非阵列为基础的高通量功能基因组学和蛋白质组学技术的数据也被存档,例如基因表达系列分析(serial analysis of gene expression,SAGE)和蛋白质鉴定技术.迄今为止,GEO数据库包含的数据含概10000个杂交实验和来自30种不同生物体的SAGE库.本文概述了GEO数据库的查询和浏览,数据下载和格式,数据分析,贮存与更新,并着重分析GEO数据浏览器中控制词汇的使用,阐述了GEO数据库的数据挖掘以及GEO在分子生物学领域中的应用前景.GEO可由此公众网址直接登陆http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/. 展开更多
关键词 基因表达 数据库 控制词汇 数据挖掘
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基于基因表达谱的途径筛选肺腺癌治疗药物 被引量:5
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作者 王桂平 叶云 +4 位作者 杨晓勤 陈新美 梁爽 郑文岭 马文丽 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2010年第3期266-272,共7页
目的:探讨基于基因表达谱的途径在肺腺癌治疗药物筛选中的应用。方法:从GEO数据库中获得GSE10072和GSE7670两个数据集,然后利用dchip软件进行差异表达基因分析,采用基因集富集方法(gene set enrichment analysis,GSEA)对肺腺癌进行通路... 目的:探讨基于基因表达谱的途径在肺腺癌治疗药物筛选中的应用。方法:从GEO数据库中获得GSE10072和GSE7670两个数据集,然后利用dchip软件进行差异表达基因分析,采用基因集富集方法(gene set enrichment analysis,GSEA)对肺腺癌进行通路富集分析,最后通过Connectivity map(Cmap)筛选肺腺癌候选治疗化合物,并进行实验验证。结果:共获得差异表达基因379个,其中上调基因94个,下调基因285个;GSEA主要富集到细胞周期等18条信号通路与肺腺癌相关;通过Cmap分析,筛选到Vorinos-tat、15-delta prostaglandin J2、trichostatin A、tanespi mycin等8种候选药物或化合物,在进一步的实验中也证实15d-PGJ(2)可有效抑制A549细胞的增殖。结论:基于基因表达谱的途径为药物发现提供新思路,加速了药物发现过程。 展开更多
关键词 基因表达谱 肺腺癌 CONNECTIVITY MAP
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颞叶癫痫相关基因的生物信息学分析 被引量:4
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作者 周烨 石嵘 +4 位作者 鲍勇 李长征 谢炜 郑文岭 马文丽 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期180-183,共4页
目的从分子水平揭示癫痫的发病机制,为癫痫的基础研究和临床治疗提供新思路。方法从基因芯片公共数据库GEO中下载癫痫相关基因芯片数据,利用String、KEGG、Panther等在线分析软件对差异表达基因进行生物信息学分析。结果在71个差异表达... 目的从分子水平揭示癫痫的发病机制,为癫痫的基础研究和临床治疗提供新思路。方法从基因芯片公共数据库GEO中下载癫痫相关基因芯片数据,利用String、KEGG、Panther等在线分析软件对差异表达基因进行生物信息学分析。结果在71个差异表达基因所编码的蛋白中,有51个存在蛋白与蛋白的相互作用关系;其涉及的主要生物学通路包括刺激神经的配体-受体相互作用通路、促分裂原活化蛋白激酶信号通路、钙信号通路等。结论通过生物信息学分析癫痫相关基因芯片数据,提示癫痫发病是多种基因作用的结果,对相关基因的进一步分析有利于揭示癫痫的发病机制。 展开更多
关键词 颞叶癫痫 基因芯片 生物信息学
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