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微生微生物组学大数据分析方法、挑战与机遇
被引量：
16
1
作者
盛华芳
周宏伟
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第7期931-934,共4页
微生物组学是新兴学科,与肠道、代谢、生殖、神经等大量慢性疾病相关。通过测序分析微生物组,主要包括16S rRNA和宏基因组两大技术。16S rRNA数据分析主要包括序列处理、样品多样性分析及统计分析3个步骤。宏基因组数据分析主要包括序...
微生物组学是新兴学科,与肠道、代谢、生殖、神经等大量慢性疾病相关。通过测序分析微生物组,主要包括16S rRNA和宏基因组两大技术。16S rRNA数据分析主要包括序列处理、样品多样性分析及统计分析3个步骤。宏基因组数据分析主要包括序列处理、分类、注释及统计分析4个环节。随着测序技术的升级,测序成本将逐步降低,而大数据分析将成为核心内容。数据的标准化和可积累性、通过数据建模和预测疾病的发生发展是未来应用的基础,数据知识产权保护以及数据本身价值的开发与保护价值将日益显现,培养和基于培养的功能验证将是未来的重点之一。人体微生物组学将阐述并调整人与微生物组之间的关系,此领域相关研究有巨大的发展空间。
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关键词
微生物组学
大数据分析
宏基因组学
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职称材料
一种新的芳烃双加氧酶基因的克隆和功能研究
被引量：
5
2
作者
周宏伟
周美娟
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第5期717-719,共3页
芳烃双加氧酶是多环芳烃在细菌中降解的起始关键酶。本研究通过基因组步移法从地杆菌(Terrabactersp.)中克隆出一种新的双加氧酶基因。采用pET17b载体表达该基因,在共表达电子传递链蛋白的条件下检测获得双加氧酶活性。通过高效液相色...
芳烃双加氧酶是多环芳烃在细菌中降解的起始关键酶。本研究通过基因组步移法从地杆菌(Terrabactersp.)中克隆出一种新的双加氧酶基因。采用pET17b载体表达该基因,在共表达电子传递链蛋白的条件下检测获得双加氧酶活性。通过高效液相色谱和气相色谱-质谱分析发现该基因产物可以催化菲、芘和荧蒽生成相应的顺式双羟基产物,表明该基因为一种新型高分子多环芳烃降解基因。
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关键词
多环芳烃
双加氧酶
基因组步移法
质谱分析
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职称材料
白令海和楚科奇海表层沉积物中多环芳烃降解微生物多样性
被引量：
8
3
作者
张荣秋
董纯明
+6 位作者
盛华芳
白秀花
矫立萍
刘金禄
汪卫国
周宏伟
邵宗泽
《海洋学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期52-61,共10页
为了研究白令海（海盆及陆架）至楚科奇海陆架表层沉积物中多环芳烃（PAHs）降解菌的多样性，并获得新的PAHs降解菌资源。在GC—MS分析沉积物中PAHs种类和含量的基础上，以萘、菲和芘的混合物为唯一碳源和能源对表层沉积物样品进行富集...
为了研究白令海（海盆及陆架）至楚科奇海陆架表层沉积物中多环芳烃（PAHs）降解菌的多样性，并获得新的PAHs降解菌资源。在GC—MS分析沉积物中PAHs种类和含量的基础上，以萘、菲和芘的混合物为唯一碳源和能源对表层沉积物样品进行富集，通过平板分离鉴定可培养菌株，并验证其降解能力；同时利用变性梯度凝胶电泳（DGGE）和Illumina高通量测序技术分析降解菌群结构。GC—MS测定结果表明，14个表层沉积物中PAHs总干质量介于32．99～276．97ng／g。富集菌群中共分离获得51株可培养细菌，平板纯培养、PCR—DGGE及Illumina测序结果均表明，菌群中优势的降解菌是7Lproteobacteria的Marinobacter，Pseudoalteromonas，Pseudomonas和Actinobacteria门的Dietzia菌。此外，Illumina测序结果还表明14个降解菌群在菌群结构组成上，可分为海盆区和陆架区两种类群；同时检测到一些低丰度的海洋专属PAHs降解菌，如Cyclo—clasticus，Alteromonas和Neptunomonas等。本文结果将加深对白令海及楚科奇海表层沉积物中PAHS降解菌资源与生物多样性的认识。
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关键词
白令海和楚科奇海
表层沉积物
多环芳烃
生物降解
生物多样性
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职称材料
题名
微生微生物组学大数据分析方法、挑战与机遇
被引量：
16
1
作者
盛华芳
周宏伟
机构
南方医科大学公共卫生与热带医学学院环境卫生系
出处
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第7期931-934,共4页
基金
国家自然基金(31322003,31270152)~~
文摘
微生物组学是新兴学科,与肠道、代谢、生殖、神经等大量慢性疾病相关。通过测序分析微生物组,主要包括16S rRNA和宏基因组两大技术。16S rRNA数据分析主要包括序列处理、样品多样性分析及统计分析3个步骤。宏基因组数据分析主要包括序列处理、分类、注释及统计分析4个环节。随着测序技术的升级,测序成本将逐步降低,而大数据分析将成为核心内容。数据的标准化和可积累性、通过数据建模和预测疾病的发生发展是未来应用的基础,数据知识产权保护以及数据本身价值的开发与保护价值将日益显现,培养和基于培养的功能验证将是未来的重点之一。人体微生物组学将阐述并调整人与微生物组之间的关系,此领域相关研究有巨大的发展空间。
关键词
微生物组学
大数据分析
宏基因组学
Keywords
16S
microbiome
big data analyses
metagenome
16S
分类号
R37 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
一种新的芳烃双加氧酶基因的克隆和功能研究
被引量：
5
2
作者
周宏伟
周美娟
机构
南方医科大学公共卫生与热带医学学院环境卫生系
南方医科大学
公共
卫生与
热带
医学
学院
医学
放射系
出处
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第5期717-719,共3页
基金
广东省重大专项课题(2006C33761001)
Research Grant Council of Hong-Kong(CityU 149-05M)
文摘
芳烃双加氧酶是多环芳烃在细菌中降解的起始关键酶。本研究通过基因组步移法从地杆菌(Terrabactersp.)中克隆出一种新的双加氧酶基因。采用pET17b载体表达该基因,在共表达电子传递链蛋白的条件下检测获得双加氧酶活性。通过高效液相色谱和气相色谱-质谱分析发现该基因产物可以催化菲、芘和荧蒽生成相应的顺式双羟基产物,表明该基因为一种新型高分子多环芳烃降解基因。
关键词
多环芳烃
双加氧酶
基因组步移法
质谱分析
Keywords
cis-dihydrodiol
dioxygcnasc
genomc walking method
fluoranthcnc
分类号
R346 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
白令海和楚科奇海表层沉积物中多环芳烃降解微生物多样性
被引量：
8
3
作者
张荣秋
董纯明
盛华芳
白秀花
矫立萍
刘金禄
汪卫国
周宏伟
邵宗泽
机构
国家海洋局第三海洋研究所海洋生物遗传资源重点实验室
南方医科大学公共卫生与热带医学学院环境卫生系
国家海洋局第三海洋研究所海洋-大气化学与全球变化重点实验室
国家海洋局第三海洋研究所海洋与海岸地质
环境
实验室
出处
《海洋学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期52-61,共10页
基金
国家海洋局青年海洋科学基金(2012142)
国家自然科学基金(41206158)
+2 种基金
海洋公益性行业科研专项(201005032)
国家海洋局第三海洋研究所基本科研业务费项目(2011)
北极地区环境与资源潜力综合评估(CHINARE2012-2015)
文摘
为了研究白令海（海盆及陆架）至楚科奇海陆架表层沉积物中多环芳烃（PAHs）降解菌的多样性，并获得新的PAHs降解菌资源。在GC—MS分析沉积物中PAHs种类和含量的基础上，以萘、菲和芘的混合物为唯一碳源和能源对表层沉积物样品进行富集，通过平板分离鉴定可培养菌株，并验证其降解能力；同时利用变性梯度凝胶电泳（DGGE）和Illumina高通量测序技术分析降解菌群结构。GC—MS测定结果表明，14个表层沉积物中PAHs总干质量介于32．99～276．97ng／g。富集菌群中共分离获得51株可培养细菌，平板纯培养、PCR—DGGE及Illumina测序结果均表明，菌群中优势的降解菌是7Lproteobacteria的Marinobacter，Pseudoalteromonas，Pseudomonas和Actinobacteria门的Dietzia菌。此外，Illumina测序结果还表明14个降解菌群在菌群结构组成上，可分为海盆区和陆架区两种类群；同时检测到一些低丰度的海洋专属PAHs降解菌，如Cyclo—clasticus，Alteromonas和Neptunomonas等。本文结果将加深对白令海及楚科奇海表层沉积物中PAHS降解菌资源与生物多样性的认识。
关键词
白令海和楚科奇海
表层沉积物
多环芳烃
生物降解
生物多样性
Keywords
PAHs
biodegradation
Bering Sea and Chukchi Sea} surficial sediment} biodiversity
分类号
Q938 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
微生微生物组学大数据分析方法、挑战与机遇
盛华芳
周宏伟
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
16
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
一种新的芳烃双加氧酶基因的克隆和功能研究
周宏伟
周美娟
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
白令海和楚科奇海表层沉积物中多环芳烃降解微生物多样性
张荣秋
董纯明
盛华芳
白秀花
矫立萍
刘金禄
汪卫国
周宏伟
邵宗泽
《海洋学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
8
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职称材料
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