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氧化三甲胺分布特征及其与肠道菌群的关联性 被引量:48
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作者 王珊 夏耿红 +4 位作者 何彦 廖硕希 尹恝 盛华芳 周宏伟 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期455-460,共6页
目的:了解中国社区人群氧化三甲胺(TMAO)分布水平,分析TMAO与心脑血管风险因素的相关性及探讨TMAO与肠道菌群关系。方法研究对象为颈动脉彩超检查无动脉硬化斑块的体检人群,共纳入181例,男96人,年龄30~73岁。采集血清标本,运... 目的:了解中国社区人群氧化三甲胺(TMAO)分布水平,分析TMAO与心脑血管风险因素的相关性及探讨TMAO与肠道菌群关系。方法研究对象为颈动脉彩超检查无动脉硬化斑块的体检人群,共纳入181例,男96人,年龄30~73岁。采集血清标本,运用稳定同位素内标液质联用法检测TMAO。采集粪便标本,通过Illumina高通量测序检测16S rRNA基因V4可变区,进行肠道菌群检测。采用SPSS分析TMAO与心脑血管疾病相关风险因素相关性,运用QIIME及LEfSe分析肠道菌群,找出与TMAO相关的菌属。结果健康人群中TMAO中值为2.66(1.96~4.91)μmol/L,呈偏态分布。TMAO不同水平组间传统心脑血管疾病风险因子没有差异,也没有特征性肠道菌群结构。通过统计发现TMAO与BMI及肠道菌群中的梭菌目(Clostridiales)下属的厌氧孢杆菌属(Anaerosporobacter)、梭菌属(Clostridiales)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、颤杆菌克属(Oscillibacter)及拟杆菌目(Bacteroidales)下属的Alistipes有相关性。结论中国人群TMAO水平普遍较低,TMAO水平与传统心脑血管疾病风险因子没有显著相关性,不同TMAO水平组间肠道菌群组成没有差异,个别菌属与TMAO水平有相关关系。 展开更多
关键词 氧化三甲胺 肠道菌群 动脉粥样硬化
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Illumina测序16S rRNA标签法分析细菌性阴道病患者阴道菌群多样性 被引量:18
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作者 许苏容 宗利丽 +3 位作者 刘木彪 何彦 黄雪梅 周宏伟 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期672-677,共6页
目的从菌群总体角度分析和比较健康育龄期女性和细菌性阴道病(BV)患者阴道菌群差异。方法采集临床Amsel标准及Nugent评分筛选的37例BV患者及37例健康育龄期女性阴道穹窿分泌物标本,提取总基因组DNA,对16S rRNA V6区基因进行扩增,所有扩... 目的从菌群总体角度分析和比较健康育龄期女性和细菌性阴道病(BV)患者阴道菌群差异。方法采集临床Amsel标准及Nugent评分筛选的37例BV患者及37例健康育龄期女性阴道穹窿分泌物标本,提取总基因组DNA,对16S rRNA V6区基因进行扩增,所有扩增的PCR产物经IIlumina测序后,通过BIPES、UCHIME、TSC、GAST最终得到样品的物种信息。结果健康育龄期女性阴道分泌物乳酸杆菌占95%以上,单独以惰性乳酸杆菌或卷曲乳酸杆菌为主,或者两者比例相当,同时存在少量加德纳氏菌属,颗粒链球菌属,链球菌属,普氏菌菌属,埃希氏杆菌属和其它菌属;30例BV患者阴道菌群Alpha多样性明显增加(P<0.001),Beta多样性也发生了明显变化,表现为乳酸杆菌明显减少,其相对比例从45%到1%(24例),以惰性乳酸杆菌为主,部分患者(6例)甚至未检出,同时加德纳氏菌属,普氏菌菌属,颗粒链球菌属,厌氧球菌,微单胞菌属,Peptoniphilus.harei-消化链球菌属,戴阿李斯特杆菌属等相对丰富度增加,不同于既往研究的是7例BV患者以少见的格氏乳杆菌,嗜酸乳杆菌为优势菌群,约占75%~50%。结论健康育龄女性阴道菌群以乳酸杆菌占绝对优势,单独以惰性乳酸杆菌或卷曲乳酸杆菌为主,或者两者相当,并与多种微生物并存;大部分BV患者阴道菌群表现为乳酸杆菌显著减少甚至缺失,小部分BV患者以少见的格氏乳酸杆菌、嗜酸乳酸杆菌为优势菌群。 展开更多
关键词 Illumina测序 BIPES 细菌性阴道病 阴道菌群 16S RRNA
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低质量浓度臭氧水对小白菜营养成份的影响 被引量:5
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作者 吴继国 栾天罡 +2 位作者 陈玉成 蓝崇钰 林里 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期48-51,共4页
臭氧在食品保鲜和消毒杀菌上的应用越来越广,但有关臭氧处理对食品营养成份影响的研究极少。研究了小白菜(Brassica chinensis)经低质量浓度臭氧水处理后几种营养成份的变化情况。结果表明:1.4 mg/L的臭氧水处理小白菜30 min,67%(w)的... 臭氧在食品保鲜和消毒杀菌上的应用越来越广,但有关臭氧处理对食品营养成份影响的研究极少。研究了小白菜(Brassica chinensis)经低质量浓度臭氧水处理后几种营养成份的变化情况。结果表明:1.4 mg/L的臭氧水处理小白菜30 min,67%(w)的脱氢维生素C被破坏,而总维生素C也损失近30%(w);其它营养成份如可溶性糖、可溶性蛋白和叶绿素则无显著性变化。研究结果说明应用臭氧水处理小白菜等叶类蔬菜时,需要考虑臭氧对蔬菜中维生素C等还原性成份的破坏作用。 展开更多
关键词 臭氧处理 蔬菜 维生素C 营养成份
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SPME-GC/MS法测定垃圾渗沥液中双酚A 被引量:9
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作者 吴继国 周宏伟 《环境科学与技术》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期130-131,148,共3页
建立了固相微萃取-气相色谱质谱联用法测定垃圾渗沥液中双酚A的方法,并用于广州大田山垃圾渗沥液中双酚A含量的测定。对影响萃取的参数进行了优化,实验选用涂层厚度为85μm聚丙烯酸酯(PA)萃取纤维,在搅拌速度为1200r/min、NaCl浓度为20%... 建立了固相微萃取-气相色谱质谱联用法测定垃圾渗沥液中双酚A的方法,并用于广州大田山垃圾渗沥液中双酚A含量的测定。对影响萃取的参数进行了优化,实验选用涂层厚度为85μm聚丙烯酸酯(PA)萃取纤维,在搅拌速度为1200r/min、NaCl浓度为20%、pH2.0和室温条件下萃取60min。方法的线性范围为0.1~100μg/L,检出限为0.03μg/L,精密度为6.6%。应用本方法监测了广州大田山垃圾渗沥液中BPA的含量在生物法处理过程中的变化情况。 展开更多
关键词 双酚A 固相微萃取 垃圾渗沥液 气相色谱质谱
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微生微生物组学大数据分析方法、挑战与机遇 被引量:16
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作者 盛华芳 周宏伟 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期931-934,共4页
微生物组学是新兴学科,与肠道、代谢、生殖、神经等大量慢性疾病相关。通过测序分析微生物组,主要包括16S rRNA和宏基因组两大技术。16S rRNA数据分析主要包括序列处理、样品多样性分析及统计分析3个步骤。宏基因组数据分析主要包括序... 微生物组学是新兴学科,与肠道、代谢、生殖、神经等大量慢性疾病相关。通过测序分析微生物组,主要包括16S rRNA和宏基因组两大技术。16S rRNA数据分析主要包括序列处理、样品多样性分析及统计分析3个步骤。宏基因组数据分析主要包括序列处理、分类、注释及统计分析4个环节。随着测序技术的升级,测序成本将逐步降低,而大数据分析将成为核心内容。数据的标准化和可积累性、通过数据建模和预测疾病的发生发展是未来应用的基础,数据知识产权保护以及数据本身价值的开发与保护价值将日益显现,培养和基于培养的功能验证将是未来的重点之一。人体微生物组学将阐述并调整人与微生物组之间的关系,此领域相关研究有巨大的发展空间。 展开更多
关键词 微生物组学 大数据分析 宏基因组学
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不同提取缓冲液对红树林土壤DNA提取品质的影响 被引量:5
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作者 蒋云霞 郑天凌 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期87-93,共7页
针对1种典型的酸性、高有机质含量类型土壤——红树林土壤,从DNA产量、DNA纯度、土壤腐殖酸类物质的提取量以及DNA提取物PCR(polymerase chain reaction)扩增反应的敏感度等方面比较了不同提取缓冲液对土壤DNA品质的影响。结果表明,酸性... 针对1种典型的酸性、高有机质含量类型土壤——红树林土壤,从DNA产量、DNA纯度、土壤腐殖酸类物质的提取量以及DNA提取物PCR(polymerase chain reaction)扩增反应的敏感度等方面比较了不同提取缓冲液对土壤DNA品质的影响。结果表明,酸性SDS(sodium dodecyl sulfate)提取缓冲液所获得的土壤DNA产量及纯度均较低;PVP(polyvinylpyrrolidone)提取缓冲液所获得的土壤DNA产量较高,但土壤腐殖酸类物质的提取量亦远高于其他提取缓冲液;酸性SDS提取缓冲液及PVP提取缓冲液所获得的土壤DNA提取物即使稀释到10?3量级亦不能获得目的基因PCR扩增条带。PVPP(polyvinylpolypyrrolidone)提取缓冲液及CTAB(cetyltrimethylammonium bromide)+PVPP提取缓冲液所获得的土壤DNA产量较PVP提取缓冲液低,但其纯度较高,并且其纯度随提取缓冲液中PVPP浓度的升高而提高;当2%PVPP提取缓冲液及CTAB+PVPP提取缓冲液所获得的土壤DNA提取物分别稀释到10?2及10?1量级时,均能获得PCR扩增条带。综上所述,酸性提取缓冲液及PVP提取缓冲液不适用于酸性、高有机质含量类型土壤DNA的提取,而2%PVPP提取缓冲液及CTAB+PVPP提取缓冲液均能提高此类土壤DNA的提取品质。 展开更多
关键词 红树林土壤 DNA提取 DNA产量 腐殖酸 提取缓冲液
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一种新的芳烃双加氧酶基因的克隆和功能研究 被引量:5
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作者 周宏伟 周美娟 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期717-719,共3页
芳烃双加氧酶是多环芳烃在细菌中降解的起始关键酶。本研究通过基因组步移法从地杆菌(Terrabactersp.)中克隆出一种新的双加氧酶基因。采用pET17b载体表达该基因,在共表达电子传递链蛋白的条件下检测获得双加氧酶活性。通过高效液相色... 芳烃双加氧酶是多环芳烃在细菌中降解的起始关键酶。本研究通过基因组步移法从地杆菌(Terrabactersp.)中克隆出一种新的双加氧酶基因。采用pET17b载体表达该基因,在共表达电子传递链蛋白的条件下检测获得双加氧酶活性。通过高效液相色谱和气相色谱-质谱分析发现该基因产物可以催化菲、芘和荧蒽生成相应的顺式双羟基产物,表明该基因为一种新型高分子多环芳烃降解基因。 展开更多
关键词 多环芳烃 双加氧酶 基因组步移法 质谱分析
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多环芳烃诱导的菌群结构变化研究
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作者 周宏伟 周美娟 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期846-848,共3页
环境中的微生物生态变化是理解污染物降解行为的关键。本研究探讨了添加混合的多环芳烃后盐沼底泥中的多环芳烃降解菌群的动态过程。通过平板培养法和种群特异性变性梯度凝胶电泳分析,发现样品中存在多样化的降解菌。其中鞘氨醇假单胞... 环境中的微生物生态变化是理解污染物降解行为的关键。本研究探讨了添加混合的多环芳烃后盐沼底泥中的多环芳烃降解菌群的动态过程。通过平板培养法和种群特异性变性梯度凝胶电泳分析,发现样品中存在多样化的降解菌。其中鞘氨醇假单胞菌属和分支杆菌属分别在三环以及四环多环芳烃的降解中发挥重要作用。 展开更多
关键词 多环芳烃 假单胞菌 分支杆菌 菌群结构 变性梯度凝胶电泳
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针对芳烃双加氧酶保守区的聚合酶链式反应研究
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作者 周宏伟 周美娟 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第7期1034-1036,共3页
芳烃双加氧酶是芳环类污染物在微生物降解途径中发挥起始作用的关键酶。本研究通过对数据库中的双加氧酶序列进行序列比对,发现并选取其中的主要保守区序列。聚类分析表明该保守区能够代表全长序列的聚类信息。通过对应该序列设计的聚... 芳烃双加氧酶是芳环类污染物在微生物降解途径中发挥起始作用的关键酶。本研究通过对数据库中的双加氧酶序列进行序列比对,发现并选取其中的主要保守区序列。聚类分析表明该保守区能够代表全长序列的聚类信息。通过对应该序列设计的聚合酶链式反应引物,能够从土壤分离的降解菌中扩增相应的基因产物。测序及聚类结果揭示,除传统的nahAc基因类型外,phnA1a和phnA1b是新的广泛存在于鞘氨醇单胞菌属细菌中的双加氧酶基因类型。 展开更多
关键词 芳烃化合物 保守区 双加氧酶 聚合酶链式反应
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白令海和楚科奇海表层沉积物中多环芳烃降解微生物多样性 被引量:8
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作者 张荣秋 董纯明 +6 位作者 盛华芳 白秀花 矫立萍 刘金禄 汪卫国 周宏伟 邵宗泽 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期52-61,共10页
为了研究白令海(海盆及陆架)至楚科奇海陆架表层沉积物中多环芳烃(PAHs)降解菌的多样性,并获得新的PAHs降解菌资源。在GC—MS分析沉积物中PAHs种类和含量的基础上,以萘、菲和芘的混合物为唯一碳源和能源对表层沉积物样品进行富集... 为了研究白令海(海盆及陆架)至楚科奇海陆架表层沉积物中多环芳烃(PAHs)降解菌的多样性,并获得新的PAHs降解菌资源。在GC—MS分析沉积物中PAHs种类和含量的基础上,以萘、菲和芘的混合物为唯一碳源和能源对表层沉积物样品进行富集,通过平板分离鉴定可培养菌株,并验证其降解能力;同时利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)和Illumina高通量测序技术分析降解菌群结构。GC—MS测定结果表明,14个表层沉积物中PAHs总干质量介于32.99~276.97ng/g。富集菌群中共分离获得51株可培养细菌,平板纯培养、PCR—DGGE及Illumina测序结果均表明,菌群中优势的降解菌是7Lproteobacteria的Marinobacter,Pseudoalteromonas,Pseudomonas和Actinobacteria门的Dietzia菌。此外,Illumina测序结果还表明14个降解菌群在菌群结构组成上,可分为海盆区和陆架区两种类群;同时检测到一些低丰度的海洋专属PAHs降解菌,如Cyclo—clasticus,Alteromonas和Neptunomonas等。本文结果将加深对白令海及楚科奇海表层沉积物中PAHS降解菌资源与生物多样性的认识。 展开更多
关键词 白令海和楚科奇海 表层沉积物 多环芳烃 生物降解 生物多样性
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基于肠道菌群结构预测摄入益生元后双歧杆菌的变化趋势 被引量:7
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作者 罗月梅 刘斐童 +4 位作者 陈慕璇 唐文丽 杨月莲 谭细兰 周宏伟 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期251-260,共10页
目的研究益生元干预对肠道菌群的影响,基于肠道菌群数据建立模型预测摄入益生元后双歧杆菌的变化。方法将35名健康志愿者随机分为2组,分别接受16 g/d低聚果糖(FOS)或低聚半乳糖(GOS)干预,干预时间9 d,采集第0、5、9天粪便标本进行16s r ... 目的研究益生元干预对肠道菌群的影响,基于肠道菌群数据建立模型预测摄入益生元后双歧杆菌的变化。方法将35名健康志愿者随机分为2组,分别接受16 g/d低聚果糖(FOS)或低聚半乳糖(GOS)干预,干预时间9 d,采集第0、5、9天粪便标本进行16s r RNA基因高通量测序分析,分析两种益生元干预对肠道菌群结构、多样性与功能的影响。用随机森林方法区分益生元干预5 d后双歧杆菌变化,并用初始的菌群构建一个连续型指数(index),实现指数与双歧杆菌实际变化量相关联,而后,对模型进行验证。结果 FOS干预5 d后降低肠道菌群α多样性,9 d时回升,GOS在干预5、9 d时α多样性均下降。两种益生元对β多样性影响均无统计学意义(P>0.05)。通过随机森林方法建立的预测模型,ROC曲线下面积为89.6%;建立的指数与双歧杆菌变化量关联r值为0.45(P<0.01),验证模型r值为0.62(P<0.01)。结论益生元干预可迅速降低肠道菌群α多样性。根据干预前的肠道菌群预测服用益生元后双歧杆菌的变化,预测效果良好,此方法为精准膳食的实现奠定基础。 展开更多
关键词 益生元 低聚果糖 低聚半乳糖 肠道菌群 精准膳食 双歧杆菌
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基于肠道菌群预测摄入胆碱后血氧化三甲胺的变化 被引量:5
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作者 路浚齐 王珊 +5 位作者 尹恝 吴珊 何彦 郑慧敏 盛华芳 周宏伟 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期290-295,共6页
目的建立基于肠道菌群预测摄入胆碱食物后体内氧化三甲胺(TMAO)代谢水平变化趋势的模型,为个体精准膳食提供指导,同时为潜在的心脑血管疾病高危人群筛选提供参考。方法采集18位健康志愿者的空腹血清样本及食用等量胆碱食品8 h后的血清样... 目的建立基于肠道菌群预测摄入胆碱食物后体内氧化三甲胺(TMAO)代谢水平变化趋势的模型,为个体精准膳食提供指导,同时为潜在的心脑血管疾病高危人群筛选提供参考。方法采集18位健康志愿者的空腹血清样本及食用等量胆碱食品8 h后的血清样本,根据前后血清TMAO水平升降趋势,将志愿者分为升高组和降低组。采集粪便样品,对粪便样本DNA的16 SrRNA基因V4可变区进行测序分析,比较两组志愿者的肠道菌群数据;根据肠道菌群及TMAO的数据,采用机器学习随机森林方法建立预测模型,并对模型进行检验。结果升高组与降低组在反映肠道菌群β多样性的主坐标分析(PCOA)图展示明显的区分,两组肠道菌群物种多样性存在差异;建立的预测模型曲线下面积为86.39%,95%置信区间为(72.7%,100%);验证集合代入模型显示降低组志愿者的TMAO变化水平被模型判定为降低的可能性明显高于升高组志愿者。结论根据肠道菌群可以建立预测TMAO水平变化模型,模型预测效果良好。 展开更多
关键词 肠道菌群 氧化三甲胺 机器学习 模型
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间歇性断食对老年前期肥胖大鼠肠道菌群及代谢的影响 被引量:17
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作者 容祖华 梁少聪 +7 位作者 路浚齐 何彦 罗月梅 游超 夏耿红 Prabhakar M 李攀 周宏伟 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期423-430,共8页
目的研究间歇性断食对老年前期肥胖大鼠代谢和肠道菌群的影响。方法雌性Wistar大鼠经42周高脂高糖饲料饲养造模,根据体质量选取模型鼠进行间歇性断食干预。干预方法为每2周断食72 h,总干预时间18周。干预后进行口服葡萄糖耐量试验、血脂... 目的研究间歇性断食对老年前期肥胖大鼠代谢和肠道菌群的影响。方法雌性Wistar大鼠经42周高脂高糖饲料饲养造模,根据体质量选取模型鼠进行间歇性断食干预。干预方法为每2周断食72 h,总干预时间18周。干预后进行口服葡萄糖耐量试验、血脂4项检测。收集粪便,通过Illumina高通量测序检测16S r RNA基因V4可变区,运用QIIME及LEf Se分析肠道菌群。结果间歇性断食组体质量相对于模型对照组显著下降(P<0.01);高密度脂蛋白胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇均显著下降(P<0.05);空腹血糖显著上升(P<0.01);葡萄糖耐量测试曲线下面积显著高于模型对照组,糖耐量减退(P<0.05);HE染色显示间歇性断食轻度减少肝脏脂肪变性。肠道菌群结果显示,断食组肠道菌群得到显著改善,具体表现为YS2、RF32、Helicobacteraceae(螺杆菌科)增加,Lactobacillus(乳杆菌属)、Roseburia(罗氏菌属)、Erysipelotrichaceae(韦荣球菌科)、Ralstonia(青枯菌属)、Bradyrhizobiaceae(慢生根瘤菌科)和RF39减少。Spearman相关性分析发现Bradyrhizobiaceae与总胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇呈正相关;大鼠体质量与RF39呈负相关。结论间歇性断食能改善肠道菌群,降低老年前期肥胖大鼠体质量和血脂水平,但对糖代谢有不良影响。 展开更多
关键词 肥胖 断食 肠道菌群 16S RRNA
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黄龙带水库浮游生物资源调查及水质评价 被引量:6
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作者 唐美琳 陈颖 +6 位作者 冼鸿仪 连圳炜 姜燃 黄浩宇 郑钟黛西 彭晓武 胡大林 《现代农业科技》 2022年第8期154-158,共5页
为探讨黄龙带水库浮游生物现状及水质情况,于2021年2—5月对黄龙带水库进行环境流行病学调查采样,分析其浮游生物的种类组成和丰度;通过Shannon-Wiener多样性指数和Pielou均匀度指数对水质进行综合评价。结果表明:本次调查共采集到黄龙... 为探讨黄龙带水库浮游生物现状及水质情况,于2021年2—5月对黄龙带水库进行环境流行病学调查采样,分析其浮游生物的种类组成和丰度;通过Shannon-Wiener多样性指数和Pielou均匀度指数对水质进行综合评价。结果表明:本次调查共采集到黄龙带水库浮游植物6门30种,其优势藻类为绿藻门;浮游动物13属15种,以轮虫门为主。浮游植物和浮游动物丰度分别为10.00×10^(5) ind./L和413 ind./L。黄龙带水库浮游生物Shannon-Wiener多样性指数大于3;浮游植物和浮游动物Pielou均匀度指数分别为0.67和0.94。黄龙带水库浮游生物多样性较高,水质综合评价结果为清洁贫营养型。 展开更多
关键词 浮游生物 生物多样性 均匀度指数 水质评价 黄龙带水库
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