翻白叶树是中国南方的常绿树种,具有重要的经济和药用价值。通过Illumina HiSeq X ten高通量测序平台,对翻白叶树叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析翻白叶树的叶绿体基因组特征及系统发育关系。结果表明,翻白叶树叶绿体全基因组具...翻白叶树是中国南方的常绿树种,具有重要的经济和药用价值。通过Illumina HiSeq X ten高通量测序平台,对翻白叶树叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析翻白叶树的叶绿体基因组特征及系统发育关系。结果表明,翻白叶树叶绿体全基因组具有典型的四分体结构,全长为162843 bp,共注释126个基因,其中包括81个蛋白编码基因、37个tRNA和8个rRNA。密码子偏好性分析表明,翻白叶树的密码子使用模式偏向以A或U结尾,亮氨酸(Leu)密码子使用频率最高,半胱氨酸(Cys)使用率最低。重复序列分析共检测到284个SSR位点,其中单碱基重复的SSR位点最多,有171个,6碱基重复最少,仅有2个。翅子树属叶绿体基因组比较分析显示,反向重复区域的位置和边界区域的基因分布存在收缩与扩张的现象。系统发育分析表明,翻白叶树与景东翅子树、勐仑翅子树、截裂翅子树和蚬木亲缘关系较近。该研究为翻白叶树的分子标记开发、物种鉴定以及遗传多样性评估等研究提供重要的理论依据。展开更多
文摘翻白叶树是中国南方的常绿树种,具有重要的经济和药用价值。通过Illumina HiSeq X ten高通量测序平台,对翻白叶树叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析翻白叶树的叶绿体基因组特征及系统发育关系。结果表明,翻白叶树叶绿体全基因组具有典型的四分体结构,全长为162843 bp,共注释126个基因,其中包括81个蛋白编码基因、37个tRNA和8个rRNA。密码子偏好性分析表明,翻白叶树的密码子使用模式偏向以A或U结尾,亮氨酸(Leu)密码子使用频率最高,半胱氨酸(Cys)使用率最低。重复序列分析共检测到284个SSR位点,其中单碱基重复的SSR位点最多,有171个,6碱基重复最少,仅有2个。翅子树属叶绿体基因组比较分析显示,反向重复区域的位置和边界区域的基因分布存在收缩与扩张的现象。系统发育分析表明,翻白叶树与景东翅子树、勐仑翅子树、截裂翅子树和蚬木亲缘关系较近。该研究为翻白叶树的分子标记开发、物种鉴定以及遗传多样性评估等研究提供重要的理论依据。
