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基于二代高通量测序技术的新型冠状肺炎病毒S朊突变点分析
被引量：
3
1
作者
徐朋朋
李爽
+1 位作者
金德才
万云洋
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2021年第1期52-57,共6页
通过对美国华盛顿洲在2020年3至4月底爆发的新冠肺炎病人二代高通量测序数据分析,找出新冠病毒刺突糖蛋白(简称S朊)中存在的所有突变类型,为研究病毒在体内复制的突变规律及研究疫苗提供基础资料。利用NCBI中公布的130例美国华盛顿区报...
通过对美国华盛顿洲在2020年3至4月底爆发的新冠肺炎病人二代高通量测序数据分析,找出新冠病毒刺突糖蛋白(简称S朊)中存在的所有突变类型,为研究病毒在体内复制的突变规律及研究疫苗提供基础资料。利用NCBI中公布的130例美国华盛顿区报道的新冠肺炎病人二代高通量测序数据,进行序列组装,并对其朊编码基因进行深度突变分析,找出其潜在的疑似抗原变异位点(antigen variation,以下简称突变点)。排除30条未获全长的数据,共获得100份病人完整的SARS CoV 2序列,其S朊编码基因,主要突变点集中在S1区的SP区及受体结合区(RBD)之前的间隔区(突变区基本呈连续分布:126aa~153aa,194aa~204aa)和S2区的1250aa~1270aa区。100份样本的数据研究结果显示,新冠病毒S基因在病人体内复制过程中较为稳定,编码氨基酸的突变点(突变频率>15%)呈单样本散在分布,且S2区较S1区更为稳定。未在新冠病毒的RBD区找到突变率>20%的点,而S区散在零星突变区域主要集中在S1区间隔区(126aa~153aa,194aa~204aa处,且基本呈连续分布)和S2末端约20aa处。
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关键词
二代高通量测序
新型冠状肺炎病毒
新型冠状病毒肺炎
刺突糖朊
突变点
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职称材料
题名
基于二代高通量测序技术的新型冠状肺炎病毒S朊突变点分析
被引量：
3
1
作者
徐朋朋
李爽
金德才
万云洋
机构
南京普维康生物科技有限公司
中国石油大学(北京)油气资源与探测国家重点实验室地层微
生物
资源与应用研究中心非常规油气科学技术研究院
华北理工大学实验动物中心
中国科学院生态环境研究中心
出处
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2021年第1期52-57,共6页
基金
科技新星和领军人才培育计划项目(Z161100004916033)
中国石油大学(北京)前瞻导向项目(ZX20190209)
中国石油天然气集团有限公司-中国石油大学(北京)战略合作科技专项(ZLZX2020010805,ZLZX2020020405)。
文摘
通过对美国华盛顿洲在2020年3至4月底爆发的新冠肺炎病人二代高通量测序数据分析,找出新冠病毒刺突糖蛋白(简称S朊)中存在的所有突变类型,为研究病毒在体内复制的突变规律及研究疫苗提供基础资料。利用NCBI中公布的130例美国华盛顿区报道的新冠肺炎病人二代高通量测序数据,进行序列组装,并对其朊编码基因进行深度突变分析,找出其潜在的疑似抗原变异位点(antigen variation,以下简称突变点)。排除30条未获全长的数据,共获得100份病人完整的SARS CoV 2序列,其S朊编码基因,主要突变点集中在S1区的SP区及受体结合区(RBD)之前的间隔区(突变区基本呈连续分布:126aa~153aa,194aa~204aa)和S2区的1250aa~1270aa区。100份样本的数据研究结果显示,新冠病毒S基因在病人体内复制过程中较为稳定,编码氨基酸的突变点(突变频率>15%)呈单样本散在分布,且S2区较S1区更为稳定。未在新冠病毒的RBD区找到突变率>20%的点,而S区散在零星突变区域主要集中在S1区间隔区(126aa~153aa,194aa~204aa处,且基本呈连续分布)和S2末端约20aa处。
关键词
二代高通量测序
新型冠状肺炎病毒
新型冠状病毒肺炎
刺突糖朊
突变点
Keywords
second-generation sequencing
new coronal pneumonia virus
COVID-19
spike glycoprotein
mutation site
分类号
Q939.93 [生物学—微生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于二代高通量测序技术的新型冠状肺炎病毒S朊突变点分析
徐朋朋
李爽
金德才
万云洋
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2021
3
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