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瓦氏黄颡鱼全基因组微卫星的分布特征及其定位的初步研究
被引量：
11
1
作者
彭冶
李杰
+4 位作者
王涛
张凯
宁先会
暨杰
尹绍武
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期90-98,共9页
文章探究了瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)全基因组微卫星的分布特征及其规律,旨在为相关功能性微卫星分子标记的筛选提供依据。利用MISA (MIcroSAtellite identification tool)软件对其全基因组微卫星进行筛查和分析,并对外显子中...
文章探究了瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)全基因组微卫星的分布特征及其规律,旨在为相关功能性微卫星分子标记的筛选提供依据。利用MISA (MIcroSAtellite identification tool)软件对其全基因组微卫星进行筛查和分析,并对外显子中含有微卫星的基因进行了GO (Gene Ontology)注释和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析。在瓦氏黄颡鱼全基因组(约663.53 Mb)中筛查到6种完整型微卫星共417 724个,相对丰度为630个·Mb-1,在全基因组总长度中占比1.48%。其中二碱基重复类型的微卫星个数最多,占微卫星总数的43.36%,其他依次分别是单碱基(39.02%)、四碱基(9.05%)、三碱基(7.34%)、五碱基(1.12%)和六碱基(0.12%)。对筛选得到的完整型微卫星进行初步定位,发现其中10 924个微卫星分布在外显子区,共定位到5 788个基因上。GO分析表明注释到生物过程的基因数量最多,GO富集较为显著的条目为结合活性和细胞大分子代谢过程。KEGG富集表明这些基因共富集到273条通路,其中黄酮与黄酮醇生物合成等通路最为显著(P=0)。联合分析预测瓦氏黄颡鱼定位到外显子上的微卫星和其体内的生物代谢过程密切相关。
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关键词
瓦氏黄颡鱼
基因组
微卫星
分布规律
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题名
瓦氏黄颡鱼全基因组微卫星的分布特征及其定位的初步研究
被引量：
11
1
作者
彭冶
李杰
王涛
张凯
宁先会
暨杰
尹绍武
机构
南京师范大学海洋科学与工程学院/江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心
出处
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期90-98,共9页
基金
国家自然科学基金青年基金(32102760)
江苏省农业重大新品种创制项目(PZCZ201742)
+2 种基金
江苏省农业科技自主创新资金项目[CX(19)2034]
江苏省高校自然科学研究面上项目(18KJB240001,20KJD240001)
浙江省淡水水产研究所农业部淡水渔业健康养殖重点实验室开放课题(重大)(ZJK202003)。
文摘
文章探究了瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)全基因组微卫星的分布特征及其规律,旨在为相关功能性微卫星分子标记的筛选提供依据。利用MISA (MIcroSAtellite identification tool)软件对其全基因组微卫星进行筛查和分析,并对外显子中含有微卫星的基因进行了GO (Gene Ontology)注释和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析。在瓦氏黄颡鱼全基因组(约663.53 Mb)中筛查到6种完整型微卫星共417 724个,相对丰度为630个·Mb-1,在全基因组总长度中占比1.48%。其中二碱基重复类型的微卫星个数最多,占微卫星总数的43.36%,其他依次分别是单碱基(39.02%)、四碱基(9.05%)、三碱基(7.34%)、五碱基(1.12%)和六碱基(0.12%)。对筛选得到的完整型微卫星进行初步定位,发现其中10 924个微卫星分布在外显子区,共定位到5 788个基因上。GO分析表明注释到生物过程的基因数量最多,GO富集较为显著的条目为结合活性和细胞大分子代谢过程。KEGG富集表明这些基因共富集到273条通路,其中黄酮与黄酮醇生物合成等通路最为显著(P=0)。联合分析预测瓦氏黄颡鱼定位到外显子上的微卫星和其体内的生物代谢过程密切相关。
关键词
瓦氏黄颡鱼
基因组
微卫星
分布规律
Keywords
Pelteobagrus vachelli
Genome
Microsatellite
Distribution characteristics
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
瓦氏黄颡鱼全基因组微卫星的分布特征及其定位的初步研究
彭冶
李杰
王涛
张凯
宁先会
暨杰
尹绍武
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2022
11
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