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miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析
被引量：
11
1
作者
聂伟伟
唐林
+5 位作者
韦凤
陈龙邦
张辰宇
朱琳
李冬海
管晓翔
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2012年第3期229-233,共5页
目的生物信息学方法是预测miRNA二级结构及miRNA靶基因的有用工具。miRNA、转录因子和靶基因之间的调控网络参与多种生理、病理活动的分子机制。文中用生物信息学方法预测mir-144/451基因簇的调控网络结构。方法运用多个在线数据库,研究...
目的生物信息学方法是预测miRNA二级结构及miRNA靶基因的有用工具。miRNA、转录因子和靶基因之间的调控网络参与多种生理、病理活动的分子机制。文中用生物信息学方法预测mir-144/451基因簇的调控网络结构。方法运用多个在线数据库,研究miR-144/451基因簇的上游转录因子及下游靶基因间的多个反馈和前反馈环路,对参与miR-144/451基因簇调控环路的基因进行功能聚类分析,绘制miR-144/451基因簇的核心调控网络图。结果 miR-144/451基因簇与其上游转录因子GATA1有17个共调控的靶基因,与生物体蛋白磷酸化、性腺发育、上皮细胞分化、葡萄糖代谢等生化学过程密切相关,并参与胰岛素信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)信号通路、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒作用、Toll样受体信号通路、ErbB信号通路及黄体酮调节卵细胞成熟等体内重要生理过程。结论对miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析有助于理解其在细胞发育、细胞周期调控和肿瘤发生过程中的作用机制,为后续实验提供了理论依据。
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关键词
微小RNA
miR-144/451基因簇
生物信息学
反馈环路
基因功能
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职称材料
题名
miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析
被引量：
11
1
作者
聂伟伟
唐林
韦凤
陈龙邦
张辰宇
朱琳
李冬海
管晓翔
机构
南京
大学医学院临床学院(
南京
军区
南京
总医院)肿瘤内科
南京
大学生命科学院医药
生物
技术重点实验室
南京市先声药业研究院生物评价研究所
出处
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2012年第3期229-233,共5页
基金
国家自然科学基金(81141094,31000323)
江苏省自然科学基金(BK2011656)
+1 种基金
高等学校博士学科点专项科研基金(20100091120023,20100091120026)
高校基本科研业务费专项资金(1095020823)
文摘
目的生物信息学方法是预测miRNA二级结构及miRNA靶基因的有用工具。miRNA、转录因子和靶基因之间的调控网络参与多种生理、病理活动的分子机制。文中用生物信息学方法预测mir-144/451基因簇的调控网络结构。方法运用多个在线数据库,研究miR-144/451基因簇的上游转录因子及下游靶基因间的多个反馈和前反馈环路,对参与miR-144/451基因簇调控环路的基因进行功能聚类分析,绘制miR-144/451基因簇的核心调控网络图。结果 miR-144/451基因簇与其上游转录因子GATA1有17个共调控的靶基因,与生物体蛋白磷酸化、性腺发育、上皮细胞分化、葡萄糖代谢等生化学过程密切相关,并参与胰岛素信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)信号通路、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒作用、Toll样受体信号通路、ErbB信号通路及黄体酮调节卵细胞成熟等体内重要生理过程。结论对miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析有助于理解其在细胞发育、细胞周期调控和肿瘤发生过程中的作用机制,为后续实验提供了理论依据。
关键词
微小RNA
miR-144/451基因簇
生物信息学
反馈环路
基因功能
Keywords
microRNA
miR-144/451 cluster
Bioinformatic analysis
Feedforward loop
microRNA feedback loop
Gene function
分类号
Q522 [生物学—生物化学]
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题名
作者
出处
发文年
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1
miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析
聂伟伟
唐林
韦凤
陈龙邦
张辰宇
朱琳
李冬海
管晓翔
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2012
11
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