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miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析
被引量：
11
1
作者
聂伟伟
唐林
+5 位作者
韦凤
陈龙邦
张辰宇
朱琳
李冬海
管晓翔
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2012年第3期229-233,共5页
目的生物信息学方法是预测miRNA二级结构及miRNA靶基因的有用工具。miRNA、转录因子和靶基因之间的调控网络参与多种生理、病理活动的分子机制。文中用生物信息学方法预测mir-144/451基因簇的调控网络结构。方法运用多个在线数据库,研究...
目的生物信息学方法是预测miRNA二级结构及miRNA靶基因的有用工具。miRNA、转录因子和靶基因之间的调控网络参与多种生理、病理活动的分子机制。文中用生物信息学方法预测mir-144/451基因簇的调控网络结构。方法运用多个在线数据库,研究miR-144/451基因簇的上游转录因子及下游靶基因间的多个反馈和前反馈环路,对参与miR-144/451基因簇调控环路的基因进行功能聚类分析,绘制miR-144/451基因簇的核心调控网络图。结果 miR-144/451基因簇与其上游转录因子GATA1有17个共调控的靶基因,与生物体蛋白磷酸化、性腺发育、上皮细胞分化、葡萄糖代谢等生化学过程密切相关,并参与胰岛素信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)信号通路、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒作用、Toll样受体信号通路、ErbB信号通路及黄体酮调节卵细胞成熟等体内重要生理过程。结论对miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析有助于理解其在细胞发育、细胞周期调控和肿瘤发生过程中的作用机制,为后续实验提供了理论依据。
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关键词
微小RNA
miR-144/451基因簇
生物信息学
反馈环路
基因功能
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职称材料
利用脉冲激光技术研究哺乳动物碳氧血红蛋白光解量子产率
被引量：
1
2
作者
赵瑾瑜
渠敏
+5 位作者
李家璜
张铮
张淑仪
水修基
杨跃涛
华子春
《南京大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第2期155-163,共9页
本文利用脉冲光解法测量了哺乳动物碳氧血红蛋白的光解反应的量子产率.脉冲光解法是利用一束波长为532 nm、脉冲宽度为8 ns、重复频率为10 Hz的脉冲激光照射碳氧血红蛋白溶液,使其发生光解反应.考虑到碳氧血红蛋白溶液和其光解产物脱氧...
本文利用脉冲光解法测量了哺乳动物碳氧血红蛋白的光解反应的量子产率.脉冲光解法是利用一束波长为532 nm、脉冲宽度为8 ns、重复频率为10 Hz的脉冲激光照射碳氧血红蛋白溶液,使其发生光解反应.考虑到碳氧血红蛋白溶液和其光解产物脱氧血红蛋白的光吸收系数不同,可利用另一束波长为432 nm的连续激光检测溶液在光解前、后的透射率的变化,以测定溶液的光解量子产率.利用此实验系统,对人、猪、牛、马和兔等5种哺乳动物的碳氧血红蛋白的光解量子产率进行了测量和研究,结果表明,不同物种的光解量子产率各不相同,其中猪、牛、马的碳氧血红蛋白的光解量子产率很接近,兔的碳氧血红蛋白的光解量子产率与其他物种的差异最大.最后,对测量的结果从血红蛋白的氨基酸序列、氢键和盐桥排布、四级结构等方面进行了分析与讨论.
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关键词
碳氧血红蛋白
光解反应
量子产率
脉冲激光激发—检测技术
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职称材料
题名
miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析
被引量：
11
1
作者
聂伟伟
唐林
韦凤
陈龙邦
张辰宇
朱琳
李冬海
管晓翔
机构
南京大学
医
学院
临床
学院
(
南京
军区
南京
总医院)肿瘤内科
南京大学
生命
科学院
医药
生物技术
重点
实验室
南京
市先声药业研究院
生物
评价研究所
出处
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2012年第3期229-233,共5页
基金
国家自然科学基金(81141094,31000323)
江苏省自然科学基金(BK2011656)
+1 种基金
高等学校博士学科点专项科研基金(20100091120023,20100091120026)
高校基本科研业务费专项资金(1095020823)
文摘
目的生物信息学方法是预测miRNA二级结构及miRNA靶基因的有用工具。miRNA、转录因子和靶基因之间的调控网络参与多种生理、病理活动的分子机制。文中用生物信息学方法预测mir-144/451基因簇的调控网络结构。方法运用多个在线数据库,研究miR-144/451基因簇的上游转录因子及下游靶基因间的多个反馈和前反馈环路,对参与miR-144/451基因簇调控环路的基因进行功能聚类分析,绘制miR-144/451基因簇的核心调控网络图。结果 miR-144/451基因簇与其上游转录因子GATA1有17个共调控的靶基因,与生物体蛋白磷酸化、性腺发育、上皮细胞分化、葡萄糖代谢等生化学过程密切相关,并参与胰岛素信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)信号通路、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒作用、Toll样受体信号通路、ErbB信号通路及黄体酮调节卵细胞成熟等体内重要生理过程。结论对miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析有助于理解其在细胞发育、细胞周期调控和肿瘤发生过程中的作用机制,为后续实验提供了理论依据。
关键词
微小RNA
miR-144/451基因簇
生物信息学
反馈环路
基因功能
Keywords
microRNA
miR-144/451 cluster
Bioinformatic analysis
Feedforward loop
microRNA feedback loop
Gene function
分类号
Q522 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
利用脉冲激光技术研究哺乳动物碳氧血红蛋白光解量子产率
被引量：
1
2
作者
赵瑾瑜
渠敏
李家璜
张铮
张淑仪
水修基
杨跃涛
华子春
机构
南京大学
声学研究所近代声学
实验室
南京大学生命科学院医药生物技术实验室
南京
市第一医院
南京大学
医
学院
附属医院
出处
《南京大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第2期155-163,共9页
基金
国家自然科学基金(11074125)
文摘
本文利用脉冲光解法测量了哺乳动物碳氧血红蛋白的光解反应的量子产率.脉冲光解法是利用一束波长为532 nm、脉冲宽度为8 ns、重复频率为10 Hz的脉冲激光照射碳氧血红蛋白溶液,使其发生光解反应.考虑到碳氧血红蛋白溶液和其光解产物脱氧血红蛋白的光吸收系数不同,可利用另一束波长为432 nm的连续激光检测溶液在光解前、后的透射率的变化,以测定溶液的光解量子产率.利用此实验系统,对人、猪、牛、马和兔等5种哺乳动物的碳氧血红蛋白的光解量子产率进行了测量和研究,结果表明,不同物种的光解量子产率各不相同,其中猪、牛、马的碳氧血红蛋白的光解量子产率很接近,兔的碳氧血红蛋白的光解量子产率与其他物种的差异最大.最后,对测量的结果从血红蛋白的氨基酸序列、氢键和盐桥排布、四级结构等方面进行了分析与讨论.
关键词
碳氧血红蛋白
光解反应
量子产率
脉冲激光激发—检测技术
Keywords
carboxy-hemoglobin,photolysis,quantum yield,optical pump-probe technique
分类号
Q518.4 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析
聂伟伟
唐林
韦凤
陈龙邦
张辰宇
朱琳
李冬海
管晓翔
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2012
11
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职称材料
2
利用脉冲激光技术研究哺乳动物碳氧血红蛋白光解量子产率
赵瑾瑜
渠敏
李家璜
张铮
张淑仪
水修基
杨跃涛
华子春
《南京大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2011
1
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职称材料
已选择
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