当前,AI大模型逐渐被应用于蛋白质科学和生物信息学中,但其复杂性常常使人们无法解释神经网络如何从复杂的生物数据中提取和理解关键特征.为了理解这类计算模型如何拥有推断生物大分子的结构、功能和相互作用的能力,在前人关于预测治疗...当前,AI大模型逐渐被应用于蛋白质科学和生物信息学中,但其复杂性常常使人们无法解释神经网络如何从复杂的生物数据中提取和理解关键特征.为了理解这类计算模型如何拥有推断生物大分子的结构、功能和相互作用的能力,在前人关于预测治疗性抗体结合特异性的研究基础上进一步拓展,提出了基于通道注意力机制可解释的残差卷积神经网络.该网络能够有效预测具有不同氨基酸序列的抗体特异性结合概率,网络交叉验证的AUC(Area under Curve)达到0.943,与传统方法相比有显著提高.其次,通过非线性变换和积分梯度的方法获得各位点对于结合能力的贡献,从而推断出抗体序列的残基分布模式.提出的方法可以获得氨基酸序列背后潜在的信息,也能显著减小特异性抗体预测未知的突变空间,证明该网络不仅性能更优,对于理解复杂的神经网络背后的逻辑也有所帮助.展开更多
传统套装软件(shrink-wrap software,SWS)和软件即服务(software as a service,SaaS)是两种常见的软件交付模式,SWS交付模式下软件可在通用基础上二次开发并部署安装在用户本地服务器上,SaaS交付模式下软件提供商通过互联网将软件应用...传统套装软件(shrink-wrap software,SWS)和软件即服务(software as a service,SaaS)是两种常见的软件交付模式,SWS交付模式下软件可在通用基础上二次开发并部署安装在用户本地服务器上,SaaS交付模式下软件提供商通过互联网将软件应用程序交付给远程的企业用户。本文考虑一个由两家软件提供商和企业用户构成的市场,每个软件提供商都可以选择采用SWS或者SaaS模式向市场提供软件产品,分别研究不考虑软件质量提升(短期视角下)和考虑软件质量提升(长期视角下)时软件提供商的交付模式选择。研究发现,无论在短期视角下还是长期视角下,企业用户需求越统一、SWS模式二次开发成本越高时,提供商越倾向于选择SaaS模式。在长期视角下,当质量提升成本系数适中或较高时,可形成一家提供商独占市场类型均衡或两家提供商都获得正利润的均衡。最后,我们分析了质量提升对提供商、顾客和社会福利的影响。质量提升在大部分参数范围内损害提供商的利润,对顾客和社会福利有利。展开更多
文摘当前,AI大模型逐渐被应用于蛋白质科学和生物信息学中,但其复杂性常常使人们无法解释神经网络如何从复杂的生物数据中提取和理解关键特征.为了理解这类计算模型如何拥有推断生物大分子的结构、功能和相互作用的能力,在前人关于预测治疗性抗体结合特异性的研究基础上进一步拓展,提出了基于通道注意力机制可解释的残差卷积神经网络.该网络能够有效预测具有不同氨基酸序列的抗体特异性结合概率,网络交叉验证的AUC(Area under Curve)达到0.943,与传统方法相比有显著提高.其次,通过非线性变换和积分梯度的方法获得各位点对于结合能力的贡献,从而推断出抗体序列的残基分布模式.提出的方法可以获得氨基酸序列背后潜在的信息,也能显著减小特异性抗体预测未知的突变空间,证明该网络不仅性能更优,对于理解复杂的神经网络背后的逻辑也有所帮助.
基金the support of the National Natural Science,Foundation of China (Grant No. 22073044 and Grant No. 12334007)the open research fund of Key Laboratory of Quantum Materials and Devices of Ministry of Education,Southeast University,China
文摘传统套装软件(shrink-wrap software,SWS)和软件即服务(software as a service,SaaS)是两种常见的软件交付模式,SWS交付模式下软件可在通用基础上二次开发并部署安装在用户本地服务器上,SaaS交付模式下软件提供商通过互联网将软件应用程序交付给远程的企业用户。本文考虑一个由两家软件提供商和企业用户构成的市场,每个软件提供商都可以选择采用SWS或者SaaS模式向市场提供软件产品,分别研究不考虑软件质量提升(短期视角下)和考虑软件质量提升(长期视角下)时软件提供商的交付模式选择。研究发现,无论在短期视角下还是长期视角下,企业用户需求越统一、SWS模式二次开发成本越高时,提供商越倾向于选择SaaS模式。在长期视角下,当质量提升成本系数适中或较高时,可形成一家提供商独占市场类型均衡或两家提供商都获得正利润的均衡。最后,我们分析了质量提升对提供商、顾客和社会福利的影响。质量提升在大部分参数范围内损害提供商的利润,对顾客和社会福利有利。
