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题名基于生物信息学技术筛选狼疮性肾炎相关生物标志物
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作者
张莉
龚政
马钧
罗亚维
蒋丽琼
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机构
南京医科大学附属苏州医院医学检验中心
南京医科大学附属苏州医院肾内科
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出处
《临床检验杂志》
2025年第2期136-143,共8页
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基金
苏州市智慧+重大疾病生物标志物研究与转化重点实验室项目(SZS2024029)
苏州市肾脏病学重点学科项目(Szxk201807)。
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文摘
目的 利用生物信息学方法筛选狼疮性肾炎(LN)的关键表达基因,寻找诊断LN的潜在生物标志物,探讨LN的发病机制。方法 从高通量基因表达(GEO)数据库下载慢性肾脏病相关的GSE99339数据集,用WGCNA方法筛选与LN相关的核心模块。获取GSE32591数据集,对32例LN患者和14例正常对照的肾小球基因表达谱进行差异分析,将差异基因与WGCNA筛选的LN核心模块基因取交集。使用DAVID在线工具对交集基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,构建蛋白质相互作用网络(PPI),并使用Cytoscape软件筛选关键基因。基于验证集GSE112943的基因表达数据,绘制关键基因的箱线图和ROC曲线,评估其诊断效能。结果 黄绿色模块(102个基因)与LN强相关(r=0.85,P<0.01)。GSE32591数据集的差异表达基因有361个,与黄绿色模块基因取交集得到53个共有基因。LN相关基因主要富集于抗病毒反应、固有免疫、丙型肝炎和流感病毒A等生物学过程和信号通路。PPI网络分析显示,排名前5的关键基因分别为IFIT3、MX1、OAS1、RSAD2和OAS3。IFIT3、MX1、OAS1和RSAD2基因在LN组和正常对照组间存在显著差异(P<0.05),ROC曲线分析表明这4个基因预测LN的ROC曲线下面积值均大于0.8,具有较高的诊断效能。结论 IFIT3、MX1、OAS1和RSAD2可能是LN的关键表达基因,有望成为LN的潜在诊断生物标志物和治疗靶点。
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关键词
高通量基因表达
狼疮性肾炎
加权基因共表达网络分析
富集分析
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Keywords
high-throughput gene expression
lupus nephritis
weighted gene co-expression network analysis
enrichment analysis
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分类号
R446
[医药卫生—诊断学]
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