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一种新的猪链球菌整合性接合元件的鉴定及环化分析 被引量:2
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作者 何培娟 潘子豪 +2 位作者 古其兵 张越 姚火春 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1125-1134,共10页
[目的]本试验以猪链球菌Chz型的2株临床分离株AH681和HN136为研究对象,通过分析鉴定其整合性接合元件(integrative and conjugative element,ICE)和检测其环化活性,探讨猪链球菌ICE与耐药基因转移的关系和多重耐药机制。[方法]采用最小... [目的]本试验以猪链球菌Chz型的2株临床分离株AH681和HN136为研究对象,通过分析鉴定其整合性接合元件(integrative and conjugative element,ICE)和检测其环化活性,探讨猪链球菌ICE与耐药基因转移的关系和多重耐药机制。[方法]采用最小抑菌浓度法测定猪链球菌AH681和HN136的耐药性。建立生物信息学方法预测细菌基因组中整合性接合元件,结合已报道猪链球菌ICE的位置特点对其进行定位;用环化试验和接合试验检测所预测ICE的活性;构建进化树分析猪链球菌中ICE的进化关系。[结果]AH681和HN136均为多重耐药菌株,其基因组中存在明显外源插入的基因岛,其中大小为73 kb和115 kb的基因岛具备整合性接合元件的典型特点,且这2个基因岛对应的ICE(ICESsuAH681和ICESsuHN136)属于ICESa2603家族。进一步分析发现,ICESsuAH681中存在四环素类抗生素耐药基因tet(O)、大环内酯类抗生素耐药基因erm(B)、氟喹诺酮类药物出口ATP接合蛋白基因、细菌素操纵子和砷酸盐还原酶基因等;ICESsuHN136中存在tet(O)、erm(B)和细菌素基因簇等。环化试验证实ICESsuAH681可自主地从基因组上切离并成环,但未在P1/7菌株上获得ICESsuAH681的接合子;未检测到ICESsuHN136的切离和成环。进化分析结果表明猪链球菌中已明确位置的ICE在进化关系上有6个大分支,ICESsuAH681与ICESa2603家族ICE的亲缘关系更近。[结论]猪链球菌Chz型多重耐药菌株AH681中存在1个73 kb的携带tet(O)、erm(B)和arsc等抗性基因的ICESsuAH681,它可从基因组上切除并环化,是一个有环化活性的ICE。 展开更多
关键词 猪链球菌 耐药性 整合性接合元件 进化分析
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7株奶牛源牛支原体中国分离株的比较基因组学分析
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作者 吴春琳 王梦瑶 +4 位作者 吴雨伦 殳婕 孙学强 潘子豪 姚火春 《南京农业大学学报》 北大核心 2025年第4期892-901,共10页
[目的]本文旨在利用高通量测序技术结合生物信息学方法探究中国部分地区奶牛源牛支原体分离株的基因组多样性和遗传相关性。[方法]通过PCR、测序等技术对中国6个省(自治区)奶牛临床样本进行牛支原体的分离鉴定。结合从NCBI数据库中获取... [目的]本文旨在利用高通量测序技术结合生物信息学方法探究中国部分地区奶牛源牛支原体分离株的基因组多样性和遗传相关性。[方法]通过PCR、测序等技术对中国6个省(自治区)奶牛临床样本进行牛支原体的分离鉴定。结合从NCBI数据库中获取的28株牛支原体基因组,运用生物信息学技术对分离株进行泛基因组分析和系统发育、毒力基因及耐药基因分析。[结果]共分离到7株牛支原体,命名为P-MB1—P-MB7。分离株的基因组全长范围为920~970 kb;含有882~927个编码基因。泛基因组分析结果显示,以上菌株的基因组中共含有2833个基因,核心基因数为474,占比16.7%。核心基因组的系统进化和多位点序列分型(MLST)显示,国内分离株多属于Ⅰ群,ST-52型。毒力基因预测表明,不同分离株均携带7个毒力因子相关基因,涉及黏附、酶、细胞毒性等。此外,共检测到13个耐药基因,其中头孢菌素类和艾法霉素类耐药基因IreK和EF-Tu的携带率最高(100%)。[结论]本研究结果进一步丰富了国内牛支原体流行株的基因组结构、组成和进化信息,也为未来牛支原体适应性进化机制的研究提供了遗传背景资料。 展开更多
关键词 牛支原体 分离鉴定 全基因组学 系统进化分群 毒力基因 耐药基因
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