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夏大豆重组自交系群体籽粒蛋白质含量超亲分离的遗传解析
被引量：
1
1
作者
曹永策
杨春燕
+1 位作者
赵团结
张孟臣
《大豆科技》
2019年第6期11-15,共5页
以夏大豆重组自交系群体NJK3N为试验材料进行5个环境的田间试验,进一步利用含1 733个bin标记的遗传图谱对籽粒蛋白质含量进行QTL定位。结果表明该群体中籽粒蛋白质含量存在超亲分离,单个环境最高值达51.23%,家系间、环境间以及环境与家...
以夏大豆重组自交系群体NJK3N为试验材料进行5个环境的田间试验,进一步利用含1 733个bin标记的遗传图谱对籽粒蛋白质含量进行QTL定位。结果表明该群体中籽粒蛋白质含量存在超亲分离,单个环境最高值达51.23%,家系间、环境间以及环境与家系互作上均存在极显著差异。在10个染色体上定位到11个控制籽粒蛋白质含量的QTL,其中qProt-11-1和qProt-12-1未见前人报道。增效等位变异来自母本和父本的分别有4个和7个,其通过杂交重组累加可能导致家系蛋白质含量出现超亲现象。
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关键词
夏大豆
籽粒蛋白质含量
超亲分离
QTL连锁定位
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职称材料
野生大豆染色体片段代换系群体中与百粒重关联的野生片段及其候选基因
被引量：
4
2
作者
刘成
张雅轩
+9 位作者
陈先连
韩伟
邢光南
贺建波
张焦平
张逢凯
孙磊
李宁
王吴彬
盖钧镒
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第8期1884-1893,共10页
一年生野生大豆是栽培大豆的祖先,在长期驯化改良过程中,百粒重逐渐增大,阐明该变化的遗传基础,对大豆的进化研究与品种改良具有重要意义。为了解析大豆百粒重驯化的遗传基础,本研究以177份全基因组重测序的野生大豆染色体片段代换系(So...
一年生野生大豆是栽培大豆的祖先,在长期驯化改良过程中,百粒重逐渐增大,阐明该变化的遗传基础,对大豆的进化研究与品种改良具有重要意义。为了解析大豆百粒重驯化的遗传基础,本研究以177份全基因组重测序的野生大豆染色体片段代换系(SojaCSSLP5)为材料,通过3个不同环境的表型评价,检测到13个与大豆百粒重相关的野生染色体片段,均具有减小大豆百粒重的加性效应,变幅为-0.49~-1.19 g,这与野生大豆具有较小百粒重相符。检测到的这些野生染色体片段分布在大豆11条染色体上,可以解释76.70%的表型变异,单个片段表型贡献率变幅为2.45%~15.14%。其中片段Gm03_LDB_15和Gm12_LDB_46的贡献率超过10%,为大豆百粒重由野生向栽培进化的大效应片段。结合双亲栽培大豆南农1138-2和野生大豆N24852的转录组数据和基因组数据,在这些区段内共预测到13个百粒重候选基因,涉及以下调控植物种子大小的途径:泛素蛋白激酶调控途径、G蛋白信号途径、裂原活化蛋白激酶途径、植物激素途径、转录调控因子途径和HAIKU途径。与前人利用栽培大豆的研究结果相比,本研究检测到13个大豆百粒重相关野生染色体片段中有4个片段是新检测到的,表明有9个野生染色体片段可能为野生大豆传递给栽培大豆的共享片段,而这4个新检测到的野生染色体片段相对应栽培片段可能为栽培大豆特有的进化片段。
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关键词
野生大豆
染色体片段代换系
百粒重
数量性状位点
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职称材料
利用动态转录组学挖掘大豆百粒重候选基因
被引量：
3
3
作者
曾健
徐先超
+4 位作者
徐昱斐
王秀成
于海燕
冯贝贝
邢光南
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第11期2121-2133,共13页
百粒重是影响大豆产量的重要农艺性状,揭示其分子基础发掘关键候选基因对大豆改良具有重要意义。本研究通过对12个大豆品种籽粒发育3个时期共36个样本的转录组数据进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network anal...
百粒重是影响大豆产量的重要农艺性状,揭示其分子基础发掘关键候选基因对大豆改良具有重要意义。本研究通过对12个大豆品种籽粒发育3个时期共36个样本的转录组数据进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),得到20个基因共表达模块,与百粒重及4个粒形性状关联后发现green模块与表型最为相关,之后根据Gene Significance(GS)值和Eigengene Connectivity(kME)值筛选出13个green模块内的核心基因(hub gene);然后对2组百粒重存在极显著差异的大豆品种的籽粒发育3个时期分别进行基因差异表达分析发现大豆在籽粒发育前中期可能通过MAPK信号通路调节百粒重大小;之后对其进行SNPs/InDels挖掘并根据Gene Ontology(GO)注释发现green模块内的Glyma.14G043900和Glyma.15G217400由于SNP变异造成同义以及非同义突变,且存在调控基因表达相关的GO Terms以及锌指结构域,表明它们可能通过调控hub基因和差异表达基因调控大豆百粒重及粒形性状。Glyma.15G217400位于已报道的4个百粒重QTL中,而Glyma.14G043900位于已报道的一个籽粒蛋白含量及一个油脂含量QTL中。通过比对大豆公共数据库发现这2个基因的百粒重增效等位变异受到人工选择,其频率从野生大豆到地方品种再到育成品种的过程中逐渐升高。这些结果为进一步发掘大豆百粒重候选基因及其表达调控机制提供了新思路。
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关键词
大豆
百粒重
转录组学
WGCNA
候选基因
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职称材料
题名
夏大豆重组自交系群体籽粒蛋白质含量超亲分离的遗传解析
被引量：
1
1
作者
曹永策
杨春燕
赵团结
张孟臣
机构
南京农业大学
大豆
研究所
/国家
大豆
改良
中心/
农业
农村部
大豆
生物学
与遗传
育种
重点
实验室
(
综合
)/
作物
遗传与
种质
创新
国家
重点
实验室
/江苏省
现代
作物
生产
协同
创新
中心
河北省农林科学院粮油
作物
研究所
/国家
大豆
改良
中心
石家庄分
中心/
农业
农村部
黄淮海
大豆
生物学
与遗传
育种
重点
实验室
/河北省农
作物
遗传
育种
重点
实验室
出处
《大豆科技》
2019年第6期11-15,共5页
基金
国家重点研发计划(2017YFD0101403)
河北省重点研发计划(16227516D)
国家863计划(2012AA101106)
文摘
以夏大豆重组自交系群体NJK3N为试验材料进行5个环境的田间试验,进一步利用含1 733个bin标记的遗传图谱对籽粒蛋白质含量进行QTL定位。结果表明该群体中籽粒蛋白质含量存在超亲分离,单个环境最高值达51.23%,家系间、环境间以及环境与家系互作上均存在极显著差异。在10个染色体上定位到11个控制籽粒蛋白质含量的QTL,其中qProt-11-1和qProt-12-1未见前人报道。增效等位变异来自母本和父本的分别有4个和7个,其通过杂交重组累加可能导致家系蛋白质含量出现超亲现象。
关键词
夏大豆
籽粒蛋白质含量
超亲分离
QTL连锁定位
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
野生大豆染色体片段代换系群体中与百粒重关联的野生片段及其候选基因
被引量：
4
2
作者
刘成
张雅轩
陈先连
韩伟
邢光南
贺建波
张焦平
张逢凯
孙磊
李宁
王吴彬
盖钧镒
机构
南京农业大学
大豆
研究所
/国家
大豆
改良
中心/
农业
农村部
大豆
生物学
与遗传
育种
重点
实验室
(
综合
)/
作物
遗传与
种质
创新
国家
重点
实验室
/江苏省
现代
作物
生产
协同
创新
中心
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第8期1884-1893,共10页
基金
江苏省农业科技自主创新资金项目(CX(20)2007)
中央高校基本科研业务费专项(KYZ202103)
+2 种基金
国家自然科学基金项目(31601325)
长江学者和创新团队发展计划项目(PCSIRT_17R55)
国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-04)资助。
文摘
一年生野生大豆是栽培大豆的祖先,在长期驯化改良过程中,百粒重逐渐增大,阐明该变化的遗传基础,对大豆的进化研究与品种改良具有重要意义。为了解析大豆百粒重驯化的遗传基础,本研究以177份全基因组重测序的野生大豆染色体片段代换系(SojaCSSLP5)为材料,通过3个不同环境的表型评价,检测到13个与大豆百粒重相关的野生染色体片段,均具有减小大豆百粒重的加性效应,变幅为-0.49~-1.19 g,这与野生大豆具有较小百粒重相符。检测到的这些野生染色体片段分布在大豆11条染色体上,可以解释76.70%的表型变异,单个片段表型贡献率变幅为2.45%~15.14%。其中片段Gm03_LDB_15和Gm12_LDB_46的贡献率超过10%,为大豆百粒重由野生向栽培进化的大效应片段。结合双亲栽培大豆南农1138-2和野生大豆N24852的转录组数据和基因组数据,在这些区段内共预测到13个百粒重候选基因,涉及以下调控植物种子大小的途径:泛素蛋白激酶调控途径、G蛋白信号途径、裂原活化蛋白激酶途径、植物激素途径、转录调控因子途径和HAIKU途径。与前人利用栽培大豆的研究结果相比,本研究检测到13个大豆百粒重相关野生染色体片段中有4个片段是新检测到的,表明有9个野生染色体片段可能为野生大豆传递给栽培大豆的共享片段,而这4个新检测到的野生染色体片段相对应栽培片段可能为栽培大豆特有的进化片段。
关键词
野生大豆
染色体片段代换系
百粒重
数量性状位点
Keywords
wild soybean
chromosome segment substitution line
100-seed weight
QTLs
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
在线阅读
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职称材料
题名
利用动态转录组学挖掘大豆百粒重候选基因
被引量：
3
3
作者
曾健
徐先超
徐昱斐
王秀成
于海燕
冯贝贝
邢光南
机构
南京农业大学
大豆
研究所
/国家
大豆
改良
中心/
农业
农村部
大豆
生物学
与遗传
育种
重点
实验室
(
综合
)/
作物
遗传与
种质
创新
国家
重点
实验室
/江苏省
现代
作物
生产
协同
创新
中心
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第11期2121-2133,共13页
基金
国家重点研发计划项目(2016YFD0100201)
国家自然科学基金项目(31571694)
+5 种基金
中央高校基本科研业务费专项资金(KYT201801)
长江学者和创新团队发展计划(PCSIRT_17R55)
高等学校学科创新引智基地项目111(B08025)
国家现代农业产业技术体系(大豆)建设专项(CARS-04)
江苏省优势学科建设工程专项
江苏省JCIC-MCP项目资助
文摘
百粒重是影响大豆产量的重要农艺性状,揭示其分子基础发掘关键候选基因对大豆改良具有重要意义。本研究通过对12个大豆品种籽粒发育3个时期共36个样本的转录组数据进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),得到20个基因共表达模块,与百粒重及4个粒形性状关联后发现green模块与表型最为相关,之后根据Gene Significance(GS)值和Eigengene Connectivity(kME)值筛选出13个green模块内的核心基因(hub gene);然后对2组百粒重存在极显著差异的大豆品种的籽粒发育3个时期分别进行基因差异表达分析发现大豆在籽粒发育前中期可能通过MAPK信号通路调节百粒重大小;之后对其进行SNPs/InDels挖掘并根据Gene Ontology(GO)注释发现green模块内的Glyma.14G043900和Glyma.15G217400由于SNP变异造成同义以及非同义突变,且存在调控基因表达相关的GO Terms以及锌指结构域,表明它们可能通过调控hub基因和差异表达基因调控大豆百粒重及粒形性状。Glyma.15G217400位于已报道的4个百粒重QTL中,而Glyma.14G043900位于已报道的一个籽粒蛋白含量及一个油脂含量QTL中。通过比对大豆公共数据库发现这2个基因的百粒重增效等位变异受到人工选择,其频率从野生大豆到地方品种再到育成品种的过程中逐渐升高。这些结果为进一步发掘大豆百粒重候选基因及其表达调控机制提供了新思路。
关键词
大豆
百粒重
转录组学
WGCNA
候选基因
Keywords
soybean
100-seed weight
transcriptomics
WGCNA
candidate gene
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
夏大豆重组自交系群体籽粒蛋白质含量超亲分离的遗传解析
曹永策
杨春燕
赵团结
张孟臣
《大豆科技》
2019
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
野生大豆染色体片段代换系群体中与百粒重关联的野生片段及其候选基因
刘成
张雅轩
陈先连
韩伟
邢光南
贺建波
张焦平
张逢凯
孙磊
李宁
王吴彬
盖钧镒
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
4
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下载PDF
职称材料
3
利用动态转录组学挖掘大豆百粒重候选基因
曾健
徐先超
徐昱斐
王秀成
于海燕
冯贝贝
邢光南
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
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