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大豆钾转运体基因GmKT12的克隆和信息学分析
被引量：
5
1
作者
朱晓玲
陈海峰
+8 位作者
王程
郝青南
陈李淼
郭丹丹
伍宝朵
陈水莲
沙爱华
周蓉
周新安
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第9期1701-1709,共9页
以钾高效和钾敏感型大豆品系为试验材料,设置低钾胁迫试验,在8个时间段取样提取RNA,利用Realtime PCR检测GmKT12基因的表达量,结果显示GmKT12基因在不同品系地上部和地下部表达水平有显著差异,其原因来自GmKT12基因的氨基酸序列和蛋白...
以钾高效和钾敏感型大豆品系为试验材料,设置低钾胁迫试验,在8个时间段取样提取RNA,利用Realtime PCR检测GmKT12基因的表达量,结果显示GmKT12基因在不同品系地上部和地下部表达水平有显著差异,其原因来自GmKT12基因的氨基酸序列和蛋白质结构的变异。从2个品系中分别克隆目的基因并对基因序列进行同源性及生物信息学分析表明,与GmKT12基因相似性在30%以上的同源基因有56个,GmKT12在进化树中的位置与Glyma18g18822最近;GmKT12编码蛋白为可溶性跨膜蛋白,具有多个磷酸化位点,该基因与信号转导有关,对大豆获取及转运钾离子可能起着关键作用。
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关键词
大豆
钾转运体基因
克隆
生物信息学分析
Real—time
PCR
序列测定
同源性分析
系统发育分析
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职称材料
大豆细胞质雄性不育系MADS-box基因的分离分析
被引量：
7
2
作者
韩利涛
姜伟
+2 位作者
杨守萍
喻德跃
盖钧镒
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第6期905-910,共6页
采用cDNA-AFLP差异显示技术对大豆细胞质雄性不育系NJCMS2A与其保持系NJCMS2B间基因差异表达进行研究,结果从NJCMS2A花蕾中分离到一个差异表达片段,对该差异片段进行克隆、测序和序列比对分析,Blast检索结果显示它与大豆基因组中Gm13上g...
采用cDNA-AFLP差异显示技术对大豆细胞质雄性不育系NJCMS2A与其保持系NJCMS2B间基因差异表达进行研究,结果从NJCMS2A花蕾中分离到一个差异表达片段,对该差异片段进行克隆、测序和序列比对分析,Blast检索结果显示它与大豆基因组中Gm13上g29510.1 cDNA片段的同源性达98.7%,与大豆中一个MADS-box基因的同源性达98%,氨基酸序列比对结果表明它与大豆中一个MADS-box蛋白有96%的同源性,与豌豆中MADS-box M7蛋白有83%的同源性,与苦瓜中MADS-box2蛋白有88%的同源性,与海岛棉典型的MADS-box基因编码的AGAMOUS蛋白保守区有83%的同源性,进一步对其氨基酸序列进行结构和功能预测显示该差异片段具有MADS-box转录因子的典型结构域K-box,证明其编码蛋白为一MADS-box转录因子,半定量RT-PCR分析结果显示其在NJCMS2A花蕾中表达量很高,而在NJCMS2B花蕾中表达量很低,推测该差异片段可能与大豆细胞质雄性不育有关。
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关键词
大豆
细胞质雄性不育
CDNA-AFLP
MADS-box转录因子
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职称材料
应用RNA重测序分析低硫条件下大豆基因表达谱
3
作者
王慧
吴志医
+1 位作者
张玉娥
喻德跃
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期105-118,共14页
大豆是重要的粮油兼用作物,其硫利用的研究不足。本研究评价了云梦六月花叶和沁阳大豆对低硫的耐性,以这2个品种为材料,利用RNA重测序技术分析了对照(+S)和缺硫(-S)水平下根和叶中的表达谱。结果表明,云梦六月花叶对低硫表现为耐性,沁...
大豆是重要的粮油兼用作物,其硫利用的研究不足。本研究评价了云梦六月花叶和沁阳大豆对低硫的耐性,以这2个品种为材料,利用RNA重测序技术分析了对照(+S)和缺硫(-S)水平下根和叶中的表达谱。结果表明,云梦六月花叶对低硫表现为耐性,沁阳大豆对低硫表现为敏感。表达谱分析在云梦六月花叶和沁阳大豆的叶中分别鉴定到9064个和9795个低硫响应的差异表达基因,根中分别鉴定到3185个和5006个差异表达基因。KEGG富集分析发现,2个材料叶中有9个共有途径,仅植物MAPK信号途径富集更多的上调表达基因。2个材料根中有18个共有途径,其中9个途径在2个材料的中对低硫的响应一致,4个途径包含更多的上调表达基因,5个途径包含更多的下调表达基因。在其余9个途径中,云梦六月花叶包含更多的上调表达基因。大豆硫酸根转运蛋白基因对硫酸根的吸收和转运非常重要,在表达谱中鉴定到27个硫酸根转运蛋白基因,分属4个亚组,亚组1、2、4的基因多受低硫诱导,亚组3的基因对低硫的响应较为复杂。基于富集分析结果,本研究从植物MAPK信号途径中克隆了一个受低硫诱导的基因GmEIL1,通过转化大豆毛状根证明该基因参与大豆硫利用的调控。本研究结果为深入探索大豆硫利用效率的遗传机理奠定了基础,为大豆耐低硫育种提供了候选基因。
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关键词
大豆
低硫
RNA重测序
硫酸根转运蛋白
EIN3/EIL
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职称材料
题名
大豆钾转运体基因GmKT12的克隆和信息学分析
被引量：
5
1
作者
朱晓玲
陈海峰
王程
郝青南
陈李淼
郭丹丹
伍宝朵
陈水莲
沙爱华
周蓉
周新安
机构
中国
农业
科学院油料
作物
研究所/
农业
部油料
作物
生物学
重点
开放
实验室
中国
农业
科学院研究生院
南京农业大学/国家大豆改良中心/作物遗传与种质创新国家重点实验室
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第9期1701-1709,共9页
基金
国家转基因生物新品种培育科技重大专项(2011ZX08004-005
2009ZX08009-133B)
+2 种基金
国家自然科学基金项目(30871554
30900906)
中国农业科学院公益性院所科研基金(1610172011006)资助
文摘
以钾高效和钾敏感型大豆品系为试验材料,设置低钾胁迫试验,在8个时间段取样提取RNA,利用Realtime PCR检测GmKT12基因的表达量,结果显示GmKT12基因在不同品系地上部和地下部表达水平有显著差异,其原因来自GmKT12基因的氨基酸序列和蛋白质结构的变异。从2个品系中分别克隆目的基因并对基因序列进行同源性及生物信息学分析表明,与GmKT12基因相似性在30%以上的同源基因有56个,GmKT12在进化树中的位置与Glyma18g18822最近;GmKT12编码蛋白为可溶性跨膜蛋白,具有多个磷酸化位点,该基因与信号转导有关,对大豆获取及转运钾离子可能起着关键作用。
关键词
大豆
钾转运体基因
克隆
生物信息学分析
Real—time
PCR
序列测定
同源性分析
系统发育分析
Keywords
Soybean （Glycine max [L.] Merri）
Potassium transporter
Cloning
Bioinformatics analysis
Real-time PCR
Sequencing
Homologous analysis
Phylogenetic analysis
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
大豆细胞质雄性不育系MADS-box基因的分离分析
被引量：
7
2
作者
韩利涛
姜伟
杨守萍
喻德跃
盖钧镒
机构
南京农业大学/国家大豆改良中心/作物遗传与种质创新国家重点实验室
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第6期905-910,共6页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)项目(2009AA101106)
作物遗传与种质创新国家重点实验室开放基金(ZW2007004)资助
文摘
采用cDNA-AFLP差异显示技术对大豆细胞质雄性不育系NJCMS2A与其保持系NJCMS2B间基因差异表达进行研究,结果从NJCMS2A花蕾中分离到一个差异表达片段,对该差异片段进行克隆、测序和序列比对分析,Blast检索结果显示它与大豆基因组中Gm13上g29510.1 cDNA片段的同源性达98.7%,与大豆中一个MADS-box基因的同源性达98%,氨基酸序列比对结果表明它与大豆中一个MADS-box蛋白有96%的同源性,与豌豆中MADS-box M7蛋白有83%的同源性,与苦瓜中MADS-box2蛋白有88%的同源性,与海岛棉典型的MADS-box基因编码的AGAMOUS蛋白保守区有83%的同源性,进一步对其氨基酸序列进行结构和功能预测显示该差异片段具有MADS-box转录因子的典型结构域K-box,证明其编码蛋白为一MADS-box转录因子,半定量RT-PCR分析结果显示其在NJCMS2A花蕾中表达量很高,而在NJCMS2B花蕾中表达量很低,推测该差异片段可能与大豆细胞质雄性不育有关。
关键词
大豆
细胞质雄性不育
CDNA-AFLP
MADS-box转录因子
Keywords
Soybean
Cytoplasmic male sterility
cDNA-AFLP
MADS-box transcription factor
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
应用RNA重测序分析低硫条件下大豆基因表达谱
3
作者
王慧
吴志医
张玉娥
喻德跃
机构
南京农业大学/国家大豆改良中心/作物遗传与种质创新国家重点实验室
/
农业
农村部
大豆
生物学与
遗传
育种
重点
实验室
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期105-118,共14页
基金
国家自然科学基金项目(32072080)资助。
文摘
大豆是重要的粮油兼用作物,其硫利用的研究不足。本研究评价了云梦六月花叶和沁阳大豆对低硫的耐性,以这2个品种为材料,利用RNA重测序技术分析了对照(+S)和缺硫(-S)水平下根和叶中的表达谱。结果表明,云梦六月花叶对低硫表现为耐性,沁阳大豆对低硫表现为敏感。表达谱分析在云梦六月花叶和沁阳大豆的叶中分别鉴定到9064个和9795个低硫响应的差异表达基因,根中分别鉴定到3185个和5006个差异表达基因。KEGG富集分析发现,2个材料叶中有9个共有途径,仅植物MAPK信号途径富集更多的上调表达基因。2个材料根中有18个共有途径,其中9个途径在2个材料的中对低硫的响应一致,4个途径包含更多的上调表达基因,5个途径包含更多的下调表达基因。在其余9个途径中,云梦六月花叶包含更多的上调表达基因。大豆硫酸根转运蛋白基因对硫酸根的吸收和转运非常重要,在表达谱中鉴定到27个硫酸根转运蛋白基因,分属4个亚组,亚组1、2、4的基因多受低硫诱导,亚组3的基因对低硫的响应较为复杂。基于富集分析结果,本研究从植物MAPK信号途径中克隆了一个受低硫诱导的基因GmEIL1,通过转化大豆毛状根证明该基因参与大豆硫利用的调控。本研究结果为深入探索大豆硫利用效率的遗传机理奠定了基础,为大豆耐低硫育种提供了候选基因。
关键词
大豆
低硫
RNA重测序
硫酸根转运蛋白
EIN3/EIL
Keywords
soybean
low sulfur
RNA-seq
sulfate transporter
EIN3/EIL
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大豆钾转运体基因GmKT12的克隆和信息学分析
朱晓玲
陈海峰
王程
郝青南
陈李淼
郭丹丹
伍宝朵
陈水莲
沙爱华
周蓉
周新安
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
大豆细胞质雄性不育系MADS-box基因的分离分析
韩利涛
姜伟
杨守萍
喻德跃
盖钧镒
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
应用RNA重测序分析低硫条件下大豆基因表达谱
王慧
吴志医
张玉娥
喻德跃
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
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职称材料
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