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犬Ⅰ型腺病毒E1A蛋白的生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
徐文悦
廉士珍
+7 位作者
刘晓颖
邓效禹
胡博
张蕾
薛向红
贾琳琳
闫喜军
朱言柱
《特产研究》
2020年第5期34-40,共7页
为进一步了解犬Ⅰ型腺病毒,并深入探究E1A蛋白的基本结构,为CAdV-Ⅰ的研究奠定基础。该研究利用Protparam、ProtScale、SignalP 5.0 Server和TMHMMServer 2.0等在线服务器对E1A蛋白的理化性质、信号肽和二级及三级结构等进行预测。结果...
为进一步了解犬Ⅰ型腺病毒,并深入探究E1A蛋白的基本结构,为CAdV-Ⅰ的研究奠定基础。该研究利用Protparam、ProtScale、SignalP 5.0 Server和TMHMMServer 2.0等在线服务器对E1A蛋白的理化性质、信号肽和二级及三级结构等进行预测。结果发现,E1A蛋白氨基酸数量为225个;等电点为11.86,带正电荷氨基酸残基数和带负电荷氨基酸残基数分别为36和2;E1A蛋白为有跨膜结构、疏水性蛋白、无信号肽、无糖基化位点、含有9个丝氨酸磷酸化位点,10个苏氨酸磷酸化位点,不存在酪氨酸磷酸化位点;-螺旋和无规则卷曲结构是E1A蛋白的二级结构中最主要的元件,可信度为19.0%,蛋白覆盖率为9%,有6个抗原决定簇。以上结果有利于进一步开展E1A蛋白的研究,为建立CAdV-Ⅰ的抗体检测方法和亚单位疫苗提供了基础。该研究运用生物信息学分析方法预测E1A蛋白,但生物信息学是在已有知识基础上的预测,所以未来还需要对此进行进一步研究探讨。
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关键词
犬Ⅰ型腺病毒
生物信息学分析
E1A蛋白
磷酸化位点
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职称材料
犬1型腺病毒E1B-55K蛋白的结构预测及分析
被引量：
1
2
作者
郑伟
刘晓颖
+7 位作者
廉士珍
张蕾
张海玲
吕爽
李亚丽
王中英
闫喜军
朱言柱
《特产研究》
2020年第6期21-29,共9页
犬1型腺病毒E1区包括E1A、E1B-55K和E1B-19K。为了研究E1B-55K可延缓细胞过早凋亡,并协助mRNA翻译的作用。本文采用生物信息学方法预测E1B-55K蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区结构、二级及三级结构、磷酸化及糖基化位点和抗原表位,并...
犬1型腺病毒E1区包括E1A、E1B-55K和E1B-19K。为了研究E1B-55K可延缓细胞过早凋亡,并协助mRNA翻译的作用。本文采用生物信息学方法预测E1B-55K蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区结构、二级及三级结构、磷酸化及糖基化位点和抗原表位,并分析其结构和功能。结果发现E1B-55K有424个氨基酸,原子组成为C2199H3535N575O538S39,分子量为47887.13,带负电与正电的氨基酸残基总数分别为25和46个,不稳定指数为42.53。E1B-55K蛋白有23个磷酸化位点。只有1个糖基化位点位于第64位。E1B-55K是平均亲水系数为0.662的疏水蛋白,无信号肽和跨膜区结构。二级结构中折叠占12.50%、螺旋占38.68%、无规卷曲和延伸链分别为23.58%和25.24%。在三级结构中获得E1B-55K蛋白的可信度和覆盖率分别为38.6%和2%。有17个抗原决定簇和45个优势的B细胞抗原表位存在于E1B-55K蛋白中。从而得出预测E1B-55K蛋白的性质、结构和功能有助于建立基于E1B-55K的ELISA检测方法和亚单位疫苗的结论。
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关键词
犬1型腺病毒
E1B-55K
结构与功能
生物信息学
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职称材料
题名
犬Ⅰ型腺病毒E1A蛋白的生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
徐文悦
廉士珍
刘晓颖
邓效禹
胡博
张蕾
薛向红
贾琳琳
闫喜军
朱言柱
机构
中国农业科学院特产研究所
吉林农业大学
华威特科技有限责任公司
出处
《特产研究》
2020年第5期34-40,共7页
基金
吉林省科技发展计划重点研发项目(20200402045NC)
吉林省自然科学基金(学科布局项目)(20200201126JC)。
文摘
为进一步了解犬Ⅰ型腺病毒,并深入探究E1A蛋白的基本结构,为CAdV-Ⅰ的研究奠定基础。该研究利用Protparam、ProtScale、SignalP 5.0 Server和TMHMMServer 2.0等在线服务器对E1A蛋白的理化性质、信号肽和二级及三级结构等进行预测。结果发现,E1A蛋白氨基酸数量为225个;等电点为11.86,带正电荷氨基酸残基数和带负电荷氨基酸残基数分别为36和2;E1A蛋白为有跨膜结构、疏水性蛋白、无信号肽、无糖基化位点、含有9个丝氨酸磷酸化位点,10个苏氨酸磷酸化位点,不存在酪氨酸磷酸化位点;-螺旋和无规则卷曲结构是E1A蛋白的二级结构中最主要的元件,可信度为19.0%,蛋白覆盖率为9%,有6个抗原决定簇。以上结果有利于进一步开展E1A蛋白的研究,为建立CAdV-Ⅰ的抗体检测方法和亚单位疫苗提供了基础。该研究运用生物信息学分析方法预测E1A蛋白,但生物信息学是在已有知识基础上的预测,所以未来还需要对此进行进一步研究探讨。
关键词
犬Ⅰ型腺病毒
生物信息学分析
E1A蛋白
磷酸化位点
Keywords
CAdV-Ⅰ
bioinformatics
E1A protein
phosphorylation sites
分类号
S852.655 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
犬1型腺病毒E1B-55K蛋白的结构预测及分析
被引量：
1
2
作者
郑伟
刘晓颖
廉士珍
张蕾
张海玲
吕爽
李亚丽
王中英
闫喜军
朱言柱
机构
中国农业科学院特产研究所
吉林农业大学中药材学院
吉林大学第一医院
华威特科技有限责任公司
出处
《特产研究》
2020年第6期21-29,共9页
基金
中国农业科学院特产研究所基本科研业务费(2060302-201923,1610342019001)
吉林省发改委项目(2019C052-10).
文摘
犬1型腺病毒E1区包括E1A、E1B-55K和E1B-19K。为了研究E1B-55K可延缓细胞过早凋亡,并协助mRNA翻译的作用。本文采用生物信息学方法预测E1B-55K蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区结构、二级及三级结构、磷酸化及糖基化位点和抗原表位,并分析其结构和功能。结果发现E1B-55K有424个氨基酸,原子组成为C2199H3535N575O538S39,分子量为47887.13,带负电与正电的氨基酸残基总数分别为25和46个,不稳定指数为42.53。E1B-55K蛋白有23个磷酸化位点。只有1个糖基化位点位于第64位。E1B-55K是平均亲水系数为0.662的疏水蛋白,无信号肽和跨膜区结构。二级结构中折叠占12.50%、螺旋占38.68%、无规卷曲和延伸链分别为23.58%和25.24%。在三级结构中获得E1B-55K蛋白的可信度和覆盖率分别为38.6%和2%。有17个抗原决定簇和45个优势的B细胞抗原表位存在于E1B-55K蛋白中。从而得出预测E1B-55K蛋白的性质、结构和功能有助于建立基于E1B-55K的ELISA检测方法和亚单位疫苗的结论。
关键词
犬1型腺病毒
E1B-55K
结构与功能
生物信息学
Keywords
CAdV-1
E1B-55K
structure and function
Bioinformatics
分类号
S852.655 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
犬Ⅰ型腺病毒E1A蛋白的生物信息学分析
徐文悦
廉士珍
刘晓颖
邓效禹
胡博
张蕾
薛向红
贾琳琳
闫喜军
朱言柱
《特产研究》
2020
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
犬1型腺病毒E1B-55K蛋白的结构预测及分析
郑伟
刘晓颖
廉士珍
张蕾
张海玲
吕爽
李亚丽
王中英
闫喜军
朱言柱
《特产研究》
2020
1
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